2. 항소비용은 원고가 부담한다.

피고가 2014. 7. 3. 원고에게 한 2009년 1기분 부가가치세 1,157,576원, 2009년 2기분 부가가치세 6,078,292원 및 2009년 귀속 종합소득세 1,315,348원의 각 부과처분을취소한다(금액은 2015. 12. 29.자 감액경정결정 후에 남은 부분이다).

2. 항소취지

제1심 판결 중 아래에서 취소를 구하는 부분에 해당하는 원고 패소부분을 취소한다.피고가 2014. 7. 3. 원고에게 한 2009년 1기분 부가가치세 1,157,576원의 부과처분 중 583,799원 부분, 2009년 2기분 부가가치세 6,078,292원의 부과처분 중 5,088,047원 부분, 2009년 귀속 종합소득세 1,315,348원의 부과처분 중 1,032,261원 부분을 각 취소한다.

가. 원고는 주식회사 ○○○(이하 '○○○'라 한다) 등 다수 운송회사의 대표이사로등재되어 있는 사람이다.

나. 피고는 2014. 5. 7.부터 2014. 8. 29.까지 주식회사 ＡＡ운수(이하 'ＡＡ운수'라 한다), ＡＡ운수의 대표 김○○ 및 김△△에 대한 세무조사를 실시하던 중, 김○○과 원고 사이의 입출금 내역을 발견하였다. 피고는 원고가 김○○로부터 입금받은 금액을 화물자동차 번호판 매매대금으로 보고 직권으로 원고에 대한 사업자등록(업종 : 서비스, 무형자산중개, 개업일 : 2009. 1. 1.)을 한 후, 2014. 7. 3. 원고에게 2009년 1기분 부가가치세 38,258,350원, 2009년 2기분 부가가치세 13,110,770원 및 2009년귀속 종합소득세 6,452,970원을 각 결정・고지하였다(이하 '당초처분'이라 한다).

다. 원고는 2014. 9. 25. 조세심판원에 당초처분에 대한 심판청구를 하였으나 2014. 12. 22. 기각당하자, 2015. 1. 2. 이 사건 소를 제기하였다.

라. 피고는 2015. 6. 25.부터 2015. 12. 24.까지 원고 및 원고가 대표이사로 등재되어있던 ○○○ 등 6개 법인에 대한 통합조사를 실시한 후, 2015. 12. 29. 원고가 김○○로부터 송금받은 금액은 중개수수료로 보되, 다른 사람으로부터 송금받은 일부 금액은 화물자동차 번호판 매매대금으로 보아 당초처분을 아래와 같이 감액하는 경정결정을 하였다(이하 '감액경정결정'이라 하고, 당초처분 중 감액경정결정 후에 남은 부분을 '이 사건 처분'이라 하고, 이 사건 처분 중 원고가 항소하여 다투고 있는 무자료매출로인한 부분을 '이 사건 쟁점처분'이라 한다. 원고는 당심에서 이 사건 처분 중 중개수수료로 인한 부분은 다투지 않고 있다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 4, 6호증(가지번호를 포함한다. 이하 같다), 을

제1 내지 13호증의 각 기재, 제1심의 ○○○세무서장에 대한 사실조회 결과, 변론전체의 취지

2. 피고의 본안 전 항변에 대한 판단

가. 피고의 주장

위 감액경정결정은 당초처분 중 일부 항목(김○○의 송금액, 중개수수료)의 감액과다른 항목(다른 사람의 송금액, 화물자동차 번호판 판매대금)의 증액이 합쳐서 이루어진 것인데, 원고는 그 중 증액 부분 결정의 취소를 구하고 있다. 그러나 위 감액경정결정은 전체적으로 세액이 감소하여 실질적으로 원고에게 불이익을 주는 처분이 아니므로, 원고로서는 그 취소를 구할 이익이 없다.

나. 판단

1) 감액경정처분은 당초의 신고 또는 부과처분과 별개인 독립의 과세처분이 아니라 그 실질은 당초의 신고 또는 부과처분의 변경이고 그에 의하여 세액의 일부 취소라는납세자에게 유리한 효과를 가져오는 처분이므로, 그 경정결정으로도 아직 취소되지않고 남아 있는 부분이 위법하다 하여 다투는 경우 항고소송의 대상은 당초 신고나부과처분 중 경정결정에 의하여 취소되지 않고 남은 부분이며, 감액경정결정이 항고 소송의 대상이 되는 것은 아니다(대법원 1996. 11. 15. 선고 95누8904 판결 등 참조).

2) 을 제12호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 위 감액경정결정은 당초 처분 중 일부 항목의 증액과 일부 항목의 감액으로 인하여 전체적으로 세액이 감소 (2009년 1기 부가가치세 : 38,258,358원 → 1,157,576원, 2009년 2기 부가가치세 : 13,110,777원 → 6,078,292원)한 사실이 인정되므로, 이는 별도로 항고소송의 대상이되는 처분에 해당하지 않는다.

그러나 이 경우에 항고소송의 대상이 되는 것은 당초처분 중 감액경정결정에 의하여 취소되지 않고 남은 부분이고(물론 원고에게 남은 부분의 처분취소를 구할 이익이있다), 원고가 이에 해당하는 이 사건 처분의 취소를 구하는 취지임은 기록상 명백하므로, 이 사건 소는 적법하다고 할 것이다. 따라서 이와 달리 원고가 감액경정결정의 취소를 구하는 취지임을 전제로 하는 피고의 주장은 더 살필 필요 없이 이유 없다.

3. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 사업양도에 해당하여 부가가치세 비과세대상이라는 주장(이하 '제1주장'이라 한다)

이 사건 쟁점처분은 2009. 6. 15.부터 2009. 10. 19.까지 이루어진 4건의 화물자동차 번호판 매매[을 제11호증(조사종결보고서) 제9면에 있는 '화물자동차 번호판 무자료 매출 명세표' 중 순번 1 〜 5(그 중 2, 3은 1건 매매) 기재 부분이다. 이하 '이 사건 매매'라 한다)]가 무자료매출에 해당한다는 전제에서, 원고에게 부가가치세 등을 부과한 처분이다. 그러나 화물자동차 번호판은 화물자동차 운송사업의 허가권을 표창하므로 화물자동차 번호판을 양도하는 것은 실질적으로 화물자동차 운송사업을 양도하는 것에 해당한다. 그리고 화물자동차 운송사업 허가권은 영업용 자산으로서 이에 대한 부가가치세는 납부자에게 전액 환급되어야 한다. 따라서 이 사건 매매는 구 부가가치세법(2010. 1. 1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)과 구 부가가치세법시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22043호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)에서 부가가치세 부과대상으로 정한 '재화의 공급'에 해당하지 않으므로, 이 사건 쟁점처분 중부가가치세 부분은 위법하다.

2) 이 사건 매매의 재화공급자는 원고가 아니라 ○○○라는 주장(이하 '제2주장' 이라 한다)

화물자동차 번호판은 관련 법령상 화물자동차 운송사업자만이 소유할 수 있을 뿐만아니라, 실제로도 원고는 운송사업자인 ○○○에 이 사건 매매를 알선하면서 매수자금을 빌려 주었고, ○○○가 그 자금으로 화물자동차 번호판을 매수한 후 타에 전매하는 내용의 이 사건 매매를 하였으므로, 이 사건 매매의 재화공급자이자 과세물건 귀속주체는 원고가 아니라 ○○○이다. 따라서 원고를 상대로 한 이 사건 쟁점처분은 처분상대방을 잘못 특정한 위법이 있고, 실질과세의 원칙에도 위배된다.

3) 비과세관행이 존재한다는 주장(이하 '제3주장'이라 한다)

과세관청은 1998. 1. 1. 화물자동차운수사업법이 시행된 이래 지금까지 화물자동차번호판 매매에 대하여는 부가가치세를 부과한 사실이 없으므로, 묵시적으로 이에 관한 비과세관행이 성립되었다.

4) 부과제척기간이 경과하였다는 주장(이하 '제4주장'이라 한다)

이 사건 쟁점처분 중 2009년 1기분 부가가치세의 부과제척기간의 기산점은 그 확정 신고기한의 다음날인 2009. 7. 26.이고, 2009년 2기분 부가가치세의 부과제척기간의 기산점은 그 확정신고기한의 다음날인 2010. 1. 26.이다. 그런데 피고는 위 감액경정결정을 하면서 이 사건 매매에 관한 무자료매출(합계 29,700,000원)을 추가하여 이사건 쟁점처분을 하였다. 이는 부가가치세 부과제척기간 5년을 도과하여 이미 소멸된과세권에 근거한 처분으로, 위법하므로 취소되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 '관계 법령' 기재와 같다.

다. 이 사건 매매가 사업양도에 해당하는지 여부(제1주장에 대한 판단)

1) 관련 법리

구 부가가치세법은, 재화(재산 가치가 있는 모든 유체물과 무체물) 또는 용역의 공급 거래에 대하여 부가가치세를 부과하고(제1조 제1항 제1호, 제1조 제2항), 영리목적의 유무에 관계없이 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자(사업자)는 부가가치세를 납부할 의무가 있다(제2조 제1항 제1호)고 규정하고 있다. 구 부가가치세법 시행령은, 재화인 무체물에는 동력・열 기타 관리할 수 있는 자연력 및 권리 등으로서재산적 가치가 있는 유체물 이외의 모든 것이 포함된다(제1조 제2항)고 규정하고있다.

구 부가가치세법 제6조 제6항 및 구 부가가치세법 시행령 제17조 제2항에서 정하고 있는 '재화의 공급으로 보지 아니하는 사업의 양도'라 함은 사업용 재산을 비롯한물적・인적 시설 및 권리의무 등을 포괄적으로 양도하여 사업의 동일성을 유지하면서 경영주체만을 교체시키는 것을 뜻한다고 할 것이므로, 그 사업은 인적・물적 시설의유기적 결합체로서 경영주체와 분리되어 사회적으로 독립성을 인정받을 수 있는 것이어야 하고(대법원 2006. 4. 28. 선고 2004두8422 판결 등 참조), 양도대상이 단순한 물적시설이 아니라 이러한 유기적 결합체라는 사실은 부가가치세에 있어서 과세장해 사유로서 그에 대한 입증책임은 납세의무자가 진다(대법원 1998. 7. 10. 선고 97누12778 판결 등 참조).

2) 판단

자동차의 등록번호는 시・도지사가 국토해양부령에 따라 자동차의 관리를 위하여 부여한 것이고, 그 등록번호가 표시된 등록번호판은 그 자동차에 부착・봉인한 표지에 불과할 뿐이며, 등록번호판 자체가 그 자동차와 분리되어 독립적 가치가 있는 고유재산에 해당되거나 양도의 대상이 될 수도 없다. 운송사업용 자동차 등록번호는 그 운송사업허가가 있는 것을 전제로 부여되는 것이므로, 운송사업용 자동차로 등록된 자동차에 관하여 소유권이전등록을 하는 경우에는 그 운송사업 자체를 양수하는 등의 특별한사정이 없는 한 종전의 등록번호 그대로 이전등록을 할 수는 없고 새로운 등록번호를부여받게 된다(대법원 2013. 4. 26. 선고 2013다737 판결 등 참조). 따라서 화물자동차번호판을 매매한다는 것은 곧 그 번호판이 표창하는 '화물자동차 운송사업용 자동차등록번호를 사용할 수 있는 권리'를 매매하는 것에 불과할 뿐, 그 등록번호 부여의전제가 된 운송사업 자체를 양도・양수하는 것과는 차이가 있다고 할 것이다.

앞서 본 바와 같이, 이 사건 매매는 그 화물자동차의 소유권은 여전히 지입차주에게 있는 상태에서 그 번호판 매매만 하는 것으로서, 그 실질은 그 번호판이 표창하는화물자동차 등록번호를 사용할 수 있는 권리를 매매한 것이라 할 것이다. 따라서 이는구 부가가치세법 제1조 제1항 제1호, 제1조 제2항, 구 부가가치세법 시행령 제1조제2항에서 정한 무체물(권리 등으로서 재산적 가치가 있는 유체물 이외의 모든 것), 즉 부가가치세 부과대상인 '재화의 공급'에 해당한다고 보아야 한다. 이러한 점에 비추어 보면, 원고가 주장하는 사유와 갑 제1 내지 8호증의 각 기재만으로는, 이 사건매매가 구 부가가치세법 제6조 제6항 제2호, 구 부가가치세법 시행령 제17조 제2항에서 정한 '사업장 별로 그 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는사업양도'에 해당한다고 인정하기에 부족하다.

따라서 이와 달리 이 사건 매매가 영업양도에 해당함을 전제로 하는 원고의 제1주장은 더 살필 필요 없이 이유 없다.

라. 이 사건 매매의 재화공급자가 원고인지, ○○○인지 여부(제2주장에 대한 판단)

1) 관련 법리

구 국세기본법(2010. 12. 27. 법률 제10405호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제14조 제1항은 이른바 '실질과세의 원칙'을 천명하고 있다. 따라서 소득이나 수익, 재산, 행위 또는 거래 등의 과세대상에 관하여 귀속 명의와 달리 실질적으로 지배・관리하는 자가 따로 있는 경우에는 형식이나 외관을 이유로 귀속 명의자를 납세의무자로 삼을 것이 아니라, 실질과세의 원칙에 따라 실질적으로 당해 과세대상을 지배・관리하는 자를 납세의무자로 삼아야 할 것이다. 그리고 그러한 경우에 해당하는지는 명의사용의 경위와 당사자의 약정 내용, 명의자의 관여 정도와 범위, 내부적인 책임과 계산관계, 과세대상에 대한 독립적인 관리・처분 권한의 소재 등 여러 사정을 종합적으로 고려하여판단하여야 한다. 한편, 과세요건사실의 존부 및 과세표준에 관하여는 원칙적으로과세관청이 증명할 책임을 부담하는바, 이는 거래 등의 귀속 명의와 실질적인 귀속주체가 다르다고 다투어지는 경우에도 증명책임을 전환하는 별도의 법률 규정이 있는 등의 특별한 사정이 없는 한 마찬가지이다. 다만 과세관청이 사업명의자를 실사업자로 보아 과세를 한 이상 거래 등의 귀속 명의와 실질이 다르다는 점은 과세처분을 받은 사업명의자가 주장・증명할 필요가 생기는데, 이 경우에 증명의 필요는 법관으로 하여금 과세요건이 충족되었다는 데 대하여 상당한 의문을 가지게 하는 정도면 족하다(대법원 2014. 5. 16. 선고 2011두9935 판결 등 참조).

한편, 조사과정에서 조사대상자로부터 조사대상과 같은 사실이 있었음을 자인하는내용의 확인서를 징구하였다면, 그 확인서가 작성자의 의사에 반하여 강제로 작성되었거나, 혹은 그 내용의 미비 등으로 인하여 구체적인 사실에 대한 입증자료로 삼기어렵다는 등의 특별한 사정이 없는 한, 그 확인서의 증거가치는 쉽게 부인할 수 없다(대법원 2002. 12. 6. 선고 2001두2560 판결 등 참조).

2) 이 사건 매매의 재화공급자가 누구인지

가) 인정사실

갑 제2호증, 을 제1 내지 11호증의 각 기재, 제1심의 ○○○세무서장에 대한 사실조회 결과에 변론 전체의 취지를 종합하면, 다음의 사실을 인정할 수 있다.

① 이 사건 매매의 매매대금은 아래와 같이 원고 명의의 계좌(○○은행 ○○○-○○-○○○-7, △△은행 △△△-01-△△△)로 입금된 후, 원고 명의로 출금되어 사용되었다.

② 원고는 세무조사 중인 2015. 12.경 피고에게, '원고가 2009. 1. 1.부터 2012.12. 31.까지 붙임 명세(이 사건 매매내역이 포함되어 있다)와 같이 사업자등록 없이 화물자동차 번호판을 운수회사 등에 매출세금계산서를 발행하지 않고 판매한 사실이 있고, 그 경우 통상 5% 정도의 매매차익이 있었다'는 내용의 확인서(을 제11호증의 제8,9면)를 작성하여 주었다.

③ 이 사건 매매의 매매대금이 입금된 원고 명의의 각 계좌에는 원고도 인정하고 있는 원고와 김○○ 사이의 화물자동차 번호판 중개수수료는 입금되어 있으나, ○○○의사업 관련 입출금 내역은 찾아보기 어렵다.

나) 판단

위 인정사실에서 나타나는 이 사건 매매의 매매대금 입출금 내역, 원고 계좌의 이용 현황, 이 사건 확인서의 작성경위 및 그 내용 등을 종합하여 보면, 이 사건 매매의재화공급자이자 과세물건 귀속주체는 원고라고 봄이 타당하고, 화물자동차 운송사업권이나 화물자동차 등록번호의 명의자가 ○○○라는 사정만으로 위 판단을 뒤집기에부족하다.

따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 제2주장도 이유 없다.

마. 비과세관행의 존재 여부(제3주장에 대한 판단)

1) 관련 법리

조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 국세기본법 제15조, 제18조 제3항의규정이 정하는 신의칙 내지 비과세의 관행이 성립되었다고 하려면 장기간에 걸쳐 어떤 사항에 대하여 과세하지 아니하였다는 객관적 사실이 존재할 뿐만 아니라 과세관청자신이 그 사항에 대하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정에 의하여 과세하지 않는다는 의사가 있고 이와 같은 의사가 대외적으로 명시적 또는 묵시적으로표시될 것임을 요한다고 해석되며, 같은 법 제18조 제3항 규정에서의 '일반적으로납세자에게 받아들여진 세법의 해석 또는 국세행정의 관행'이란 비록 잘못된 해석또는 관행이라도 특정납세자가 아닌 불특정한 일반납세자에게 정당한 것으로 이의없이 받아들여져 납세자가 그와 같은 해석 또는 관행을 신뢰하는 것이 무리가 아니라고 인정될 정도에 이른 것을 말한다(대법원 2010. 4. 15. 선고 2007두19294 판결 등 참조).

2) 판단

앞서 본 바와 같이, 피고는 ＡＡ운수나 김○○에 대한 세무조사 과정에서 원고의 부가가치세 등 신고누락을 발견하자 곧바로 당초처분을 하였다. 이러한 사정에 비추어보면, 단순히 이 사건 처분 전에 화물자동차 번호판 매매에 대하여 부가가치세를 부과한 사실이 없었다는 사정만으로는, '이에 대한 비과세관행이 성립되었다고 할 정도로 장기간에 걸친 비과세 사실이 있었다'거나 '과세관청 자신이 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정에 의하여 과세하지 않는다는 의사를 가지고 이를 대외적으로표시하였다'는 점을 인정하기에 부족하다.

따라서 이를 전제로 하는 원고의 제3주장도 이유 없다.

바. 부가가치세 부과제척기간의 도과 여부(제4주장에 대한 판단)

"구 국세기본법은, 국세 부과의 제척기간은 일반적으로 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간이지만(제26조의2 제1항 제3호), 납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간(제26조의2 제1항 제2호)라고 규정하고 있다. 구 국세기본법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22038호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제12조의3 제1항 제1호는 '과세표준과 세액을신고하는 국세의 경우 당해 국세의 과세표준과 세액에 대한 신고기한 또는 신고서제출기한의 다음날'을 국세를 부과할 수 있는 날로 규정하고 있다. 구 부가가치세법은,사업자에 대한 부가가치세의 과세기간은제1기 : 1. 1.부터 6. 30.까지, 제2기 : 7. 1.부터 12. 31.까지'로 정하고(제3조 제1항), 사업자는 각 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 그 과세기간 종료 후 25일 이내에 사업장 관할세무서장에게 신고하여야 한다(제19조 제1항)고 규정하고 있다.",앞서 본 바와 같이 원고는 이 사건 매매에 관하여 당초 과세표준 확정신고 자체를하지 않았으므로, 이 사건 매매로 인한 부가가치세에 대하여는 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제2호에 정한 7년의 부과제척기간이 적용된다. 원고의 주장과 같이 이 사건매매에 대한 부가가치세 부과처분이 2016. 2.경에 있었다고 하더라도, 2009년 1, 2기에 이루어진 이 사건 매매로 인한 부가가치세 부과제척기간의 기산일은 2009. 7. 26.,2010. 1. 26.이 되고, 그로부터 부과제척기간 7년이 경과하기 전에 이루어진 부과처분은 적법하다.

따라서 이와 달리 5년의 부과제척기간을 전제로 하는 원고의 제4주장도 이유 없다.

4. 결론

그렇다면 이 사건 처분의 취소를 구하는 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.