2. 항소비용은 원고가 부담한다.

다음 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑제1, 2호증, 을제1 내지 17호증(각 가지번호 포함)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있다.

가. 비상장법인인 주식회사 오리엔트텔레콤(통신기기 제조업, 이하 ‘오리엔트텔레콤’이라 한다)은 2001. 11. 27. 법인세법 시행령(2005. 2. 19. 대통령령 제18706호로 개정되기 전의 것, 이하 개정관계를 불문하고 ‘법인세법 시행령’이라고 하고 법인세법 시행령 규정을 원용할 때에는 별지 관계법령 기재의 각 해당 법인세법 시행령 규정을 가리킨다) 제87조 에 따른 특수관계자인 비상장법인 영송정기 주식회사(시계줄 제조업, 이하 ‘영송정기’라 한다)와 사이에 다음과 같은 내용의 합병계약(이하 ‘이 사건 합병’이라 한다)을 체결하였는데, 그 주요내용은 다음과 같다.

나. 오리엔트텔레콤은 2001. 12. 27. 임시주주총회를 거쳐 2002. 2. 1. 합병등기를 마치고, 신주 364,000(28,000 × 13)주를 발행하여 이 사건 합병당시 영송정기의 주주인 소외인과 한서시계 주식회사에게 각 321,100(24,700 × 13)주와 42,900(3,300 × 13)주를 각 교부하였다. 합병 전·후에 따른 오리엔트텔레콤과 영송정기의 주주 현황은 아래 〈표1〉의 기재와 같다.

〈표1〉 합병 전·후의 주주현황

다. 이 사건 합병 당시 소외인은 원고의 대표이사이자 오리엔트텔레콤의 이사로서 한서시계 주식회사의 총주식 388,880주 중 138,268주(지분율 35.57%)를 보유하고 있었고, 원고와 영송정기의 주주인 소외인, 한서시계 주식회사는 법인세법시행령 제87조 에 따라 특수관계자였다.

라. 한편 피고는 이 사건 합병 등기일인 2002. 2. 1.을 평가기준일로 하여 당시 오리엔트텔레콤과 영송정기의 합병 전후의 순자산가액·발행주식총수·1주당 순자산가액·1주당 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액을 아래 〈표2〉의 기재와 같이 산정한 후, 오리엔트텔레콤과 영송정기의 합병 전 주식가액 8,291,397,663원(≒ 오리엔트텔레콤의 1주당 가액 0원 × 560,000주 + 영송정기의 1주당 가액 296,121원 × 28,000주, 계산하면 8,291,388,000원이나 단수처리상 8,291,397,663원으로 산정된 것으로 보이는바, 그 차액은 9,663원으로서 근소하므로 적정하게 계산된 것으로 본다)을 합병 후 오리엔트텔레콤의 주식 924,000주로 나눈 후 합병 후 오리엔트텔레콤의 1주당 가액을 8,973원(8,291,397,663원 ÷ 924,000주)으로 각 평가하였고 그에 따라 원고가 법인세법 시행령 제87조 제1항 에 따른 특수관계자인 영송정기의 주주 소외인과 한서시계 주식회사로부터 이 사건 합병으로 인하여 그 보유 주식수에 해당하는 이익 2,369,736,630원(≒ 264,000주 × 1주당 8,973원, 계산하면 2,368,872,000원이나 단수처리상 2,369,736,630원으로 산정된 것으로 보이는바, 그 차액은 864,630원으로서 근소하므로 적정하게 계산된 것으로 본다)을 분여받은 것으로 보고 이를 법인세법 시행령 제11조 제9호 에 따라 익금에 산입하여 2007. 8. 1. 원고에게 2002년 귀속 법인세 953,168,770원을 경정·고지하였다(이후 피고는 2007. 8. 27. 이월결손금 조정액을 반영하여 22,897,816원을 감액경정하고 2007. 10. 8. 가산세 중복반영분을 조정하여 272,512원을 감액경정하는 등, 2007. 8. 1.자 법인세 부과처분 중 이 사건 소제기 전까지 남아 있는 금액은 929,998,442원이다. 이하 위와 같이 감액되어 남은 법인세 부과처분 부분을 ‘이 사건 처분’이라 한다).

〈표2〉 주당 가액의 산정

마. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2007. 10. 30. 조세심판원에 심판청구를 하였으나 2008. 6. 18. 기각결정을 받았으며 2009. 9. 12. 이 사건 소를 제기하였다.

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 아래와 같은 사유를 들어 이 사건 처분이 위법하다고 주장한다.

① 피고는 원고가 이 사건 합병을 통하여 특수관계자로부터 분여받은 이익이 있다고 보아 법인세법 시행령 제11조 제9호 , 제88조 제1항 제8호 가목 에 따라 이를 익금에 산입하여 이 사건 처분을 하였는바, 법인세법 시행령은 특수관계자로부터 분여받은 이익을 어떻게 산정하는지에 관하여 규정하고 있지 아니하여 피고는 특수관계자가 누구인지, 그 이익을 어떤 근거 법령에 따라 어떻게 산정하였는지를 명확히 밝혀야 함에도 이를 밝히지 아니한 이 사건 처분은 위법하다.

② 법인세법 제15조 제1항 , 제18조 제1항 에 따르면 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액이고 자산의 평가차익은 익금에서 제외된다. 따라서 하위법령인 법인세법 시행령 제11조 제9호 가 비록 법인세법 제15조 제1항 의 위임을 받아 특수관계자로부터 분여받은 이익을 수익의 범위에 포함시켜도 그 이익이 자산의 평가차익에 불과하다면 이를 수익으로 보아 익금에 산입해서는 아니된다. 결국 원고는 이 사건 합병으로 인하여 신주를 취득한 것이 아니라 단지 합병 전후로 오리엔트텔레콤의 재무상태가 더 좋아져 원고가 보유하고 있던 오리엔트텔레콤의 주식가치가 상승한 것일 뿐이고 원고가 이를 처분하지 않는 이상 그 평가차익은 실현된 것이 아니므로 이를 익금에 산입할 수는 없다.

③ 설령 특수관계자로부터 분여받은 이익으로서 자산의 평가차익에 해당하는 수익을 익금에 산입하는 것이 옳다고 하더라도, 그 계산방식에 관하여 법인세법 시행령 제11조 제9호 에서 법인세법 시행령 제89조 제6항 을 준용하는 규정이 없는 이상 피고가 그 이익을 계산함에 있어서 법인세법 시행령 제89조 제6항 을 적용한 것은 조세법령의 유추적용으로 위법하다. 나아가 법인세법 시행령 제89조 제6항 은 법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호 에 따라 부당행위계산의 유형으로 법인주주가 특수관계자인 다른 주주에게 이익을 분여한 경우 익금에 산입할 금액의 계산방법을 규정하고 있는바, 위 규정을 영송정기의 주주로서 자연인인 소외인이 원고에게 이익을 분여한 부분에 그대로 적용할 수도 없다.

④ 원고가 이 사건 합병으로 인하여 분여받은 이익은 법인세법상의 대원칙인 순자산증가설에 따라야 하고 결국 원고의 합병 전 보유 주식가치와 원고의 합병 후 보유 주식가치와의 차액만큼이 익금에 산입되어야 하는바, 합병 전 오리엔트텔레콤의 1주당 순자산가치를 △7,747원으로 보아(피고는 이를 0으로 보았다) 합병 후 오리엔트텔레콤의 1주당 순자산가치를 4,277원{합병 후 오리엔트텔레콤의 순자산가액 3,952,720,050원(합병 전 오리엔트텔레콤의 합병 전 순자산가액 △4,338,677,613원 ＋ 합병 전 영송정기의 순자산가액이 8,291,397,663원) ÷ 합병 후 오리엔트텔레콤의 총 주식수 924,000주, 원미만 버림}으로 계산하고, 이를 합병 후 오리엔트텔레콤의 1주당 순손익액 △ 1,001원과 비교하여 큰 금액인 4,277원을 1주당 순자산가치로 평가하여 위 분여이익을 산정하면, 1,129,128,000원(1주당 순자산가치 4,277원 × 원고의 합병 후 오리엔트텔레콤의 주식수 264,000주)에 불과하다.

⑤ 만약 법인세법 시행령 제89조 제6항 에 따라 상속세 및 증여세법(이하 ‘상증법’) 시행령 제28조 제3항 내지 제7항 의 규정 등을 적용한다 하더라도 상증법 시행령 제28조 제5항 에 따르면 합병 후 존속하는 법인이 비상장법인인 경우 합병당사법인의 합병 직전 주식가액의 평가기준일을 상법 제522조의2 에 따른 대차대조표 공시일로 보는데, 합병당사법인인 오리엔트텔레콤과 영송정기는 이 사건 합병을 위한 주주총회 회일인 2001. 12. 27.부터 2주 전인 2001. 12. 13. 위 상법 규정에 따라 대차대조표를 실제로 공시하였다. 그럼에도 불구하고 피고는 위 2001. 12. 13.이 아닌 이 사건 합병 등기일 2002. 2. 1.을 평가기준일로 하여 합병 전 오리엔트텔레콤과 영송정기의 주식가액을 평가하였는바, 이는 합병 직전 주식가액의 평가기준일에 관한 상증법 시행령을 위반하여 위법하다.

나. 관계법령

별지 관계법령의 기재와 같다.

다. 판단

⑴ ① 주장에 대한 판단

과세관청이 과세기간별로 과세하는 법인세 등을 부과하면서 과세 귀속연도 및 납부할 총세액과 그 산출근거인 과세표준, 세율, 공제세액 등을 기재한 법정의 납세고지서에 의하여 부과·고지하였다면 국세징수법 제9조 제1항 , 법인세법 제70조 , 법인세법 시행령 제109조 제1항 에 따른 산출근거나 세액의 계산명세는 위와 같이 기재한 정도로 충분하고, 익금과 손금 등 세액산출의 실질적 근거나 경로, 경위, 근거법령 등을 기재하지 아니하였다고 하더라도 위법하지 아니한바( 2004. 1. 27. 선고 2001두11014 판결 참조), 앞서 든 증거에 의하면 피고는 이 사건 처분을 함에 있어서 납세고지서에 과세연도, 과세표준, 세율, 산출세액, 가산세 등을 기재한 사실이 인정되므로, 피고가 그 근거가 된 특수관계자의 특정 또는 이익의 계산근거를 기재하지 않았다고 하더라도 이는 세액산출의 실질적 근거나 경위 또는 근거법령에 불과하여 이를 기재하지 않은 것을 두고 이 사건 처분이 위법하다고 할 수는 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

⑵ ② 주장에 대한 판단

법인세법 시행령 제11조 제9호 는 법인세법 제15조 제3항 의 위임에 따라 법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호 각 목 에 따른 자본거래로 인하여 특수관계자로부터 분여받은 이익은 법인세법 제15조 제1항 의 규정에 의한 수익으로 한다고 규정하고, 여기에 법인세법 제52조 제1항 , 같은 법 시행령 제88조 제1항 제8호 가목 을 더해 보면 이때 법인세법 시행령 제11조 제9호 는 법인이 특수관계자로부터 불공정비율 합병을 통하여 분여받은 이익을 무상으로 받은 자산으로 보아 익금에 산입하는 것이다.

살피건대, 비록 법인세법 제18조 제1호 에 따르면 자산의 평가차익에 불과한 수익은 원칙적으로 익금에 산입하지 않으나 이는 조세회피 등을 방지하기 위하여 임의평가차익을 인정하지 않는다는 취지이다. 불공정비율 합병에 따라 특수관계자로부터 분여받은 이익은 사실상 합병 전후 주식의 평가가액의 차액으로 존재할 수밖에 없는데, 만약 평가차익에 불과하다는 이유로 법인세법 제18조 제1호 에 따라 익금에 산입하지 않는다면 법인세법 시행령 제11조 제9호 , 제88조 제1항 제8호 가목 을 무의미하게 하는 결과를 가져온다는 점에서 이러한 경우까지 법인세법 제18조 제1항 에 따라 익금에 산입할 수 없다고 해석할 수는 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

⑶ ③ 주장에 대한 판단

㈎ 조세법률주의의 원칙상 과세요건사실이거나 비과세요건사실이거나를 막론하고 조세법규는 문언에 따라서 엄격하게 해석하여야 하고 함부로 확장해석이나 유추해석을 해서는 안된다고 할 것이나, 객관적이고 합리적인 근거와 이유가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 보충적으로 법률규정의 취지, 목적에 따르는 목적론적 해석이 허용된다고 보아야 할 것이다.

이 사건에 관하여 보건대, 법인세법 시행령 제11조 제9호 , 제88조 제1항 제8호 가목 은 법인주주가 특수관계자인 다른 주주에게 불공정비율 합병에 의한 이익을 분여한 경우 분여한 법인주주에 대하여는 부당행위계산에 해당되어 부인됨에도 불구하고 여전히 그에 상응하는 이익을 분여받은 법인주주에 대하여 익금으로 산입한다는 취지라고 할 것이다. 따라서 법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호 의 ‘분여한’ 이익과 법인세법 시행령 제11조 제9호 의 ‘분여받은’ 이익은 그 실질적인 대상 내지 내용에 있어서 동일하다고 볼 것이므로, 법인세법 시행령 제89조 제5항 , 제6항 , 상증법 제63조 , 상증법 시행령 제28조 , 제54조 , 제56조 가 위와 같이 이익을 ‘분여한’ 법인의 사업연도 소득금액을 계산함에 있어서 부당행위계산부인에 따라 익금에 산입할 금액을 계산하는 방법을 규정하고 있는 이상 위 이익을 ‘분여받은’ 법인에 대해서도 같은 방법으로 소득금액을 계산하여 익금으로 봄이 상당하다 할 것이다. 이러한 해석은 조세법령에 관한 정당한 해석의 범위에 속하는 것으로 ‘분여한’ 이익의 산정방법에 관한 규정을 ‘분여받은’ 이익의 경우에 유추적용하는 것이라고 볼 수 없을 뿐만 아니라 그렇지 않다고 하더라도 앞서 본 해당 규정의 취지와 ‘분여한‘ 이익과 ’분여받은‘ 이익의 성질 등에 비추어 보면, ’분여한‘ 이익의 산정방법에 관한 규정을 ’분여받은‘ 이익을 산정함에 적용하였다고 하여 이를 합리적 이유 없이 함부로 조세법령을 유추해석하는 것에 해당하여 위법하다고 단정하기도 어렵다고 할 것이다.

㈏ 또한 구 법인세법 시행령(2000. 12. 29. 대통령령 제17033호로 개정되기 전의 것) 제11조 제9호 는 ‘ 제88조 제1항 제8호 의 규정에 의하여 특수관계자로부터 분여받은 이익’이라고 규정한 반면 개정된 법인세법 시행령 제11조 제9호 는 ‘ 제88조 제1항 제8호 각목 의 규정에 의한 자본거래로 인하여 특수관계자로부터 분여받은 이익’이라고 규정하고 있어 결국 위 규정은 자본거래의 유형만을 법인세법 시행령 제88조 로부터 준용하고 있다고 보이는 점, 법인세법 시행령 제89조 제6항 이 그 해석상 법인이 분여한 경우 그 이익의 산정방법을 규정하고 있으나 이는 그 규정이 법인에 관하여 규정하는 데서 비롯한 것에 불과한 점 등에 비추어 보면, 법인세법 시행령 제11조 제9호 는 법인이 특수관계자인 법인으로부터 뿐만 아니라 특수관계자인 개인으로부터 불공정비율 합병을 통하여 이익을 분여받은 경우에도 이를 무상으로 받은 자산으로 보아 익금에 산입하는 취지로 봄이 상당하다. 따라서 원고가 개인주주인 소외인으로부터 이익을 분여받은 경우도 이에 포함되고 결국 그 이익산정규정인 상증법 및 시행령의 관련규정이 그대로 적용된다고 할 것이다.

⑷ ④ 주장에 대한 판단

법인세법 시행령 제89조 제6항 에서는 특수관계자에게 이익을 분여한 경우 익금에 산입할 금액의 계산에 관하여는 상증세법의 관계 규정을 준용하도록 하고 있고, 이에 따른 상증세법 시행령 제54조 , 제56조 의 규정에 의하면, 비상장주식의 가액은 1주당 순손익가치와 순자산가치 중 큰 금액으로 하고, 순자산가치가 0원 이하인 경우에는 0원으로 한다고 규정하고 있으므로, 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장은 이유 없다[만약 원고가 주장하는 방식으로 이익을 계산하는 경우, 앞서 본 바와 같이 오리엔트 텔레콤의 합병등기시 1주당 순자산가액은 △7,747원이고 합병 후 1주당 순자산가액은 4,277원{3,952,720,050원(오리엔트텔레콤의 합병등기시 순자산가액 △4,338,677,613원 ＋ 영송정기의 순자산가액이 8,291,397,663원) ÷ 합병 후 오리엔트텔레콤의 주식수 924,000주, 원 미만 버림}이므로 이 사건 합병으로 인하여 원고가 특수관계자로부터 분여받은 이익은 3,174,336,000원{(합병 후 원고가 보유한 주식 1주당 가액 4,277원－합병 전 원고가 보유한 주식 1주당 가액 △7,747원) × 원고가 보유한 합병 후 오리엔트텔레콤의 주식수 264,000주}이 되어 결국 피고가 산정한 금액보다 더 크게 된다].

⑸ ⑤ 주장에 대한 판단

상증법 시행령 제28조 제5항 , 소득세법 시행령 제22조 에서는 합병에 따른 이익의 계산방법에 관하여 합병 후 존속하는 법인이 주권상장법인 또는 협회등록법인 외의 법인인 경우 합병 직전 주식가액의 평가기준일을 상법 제522조의2 제1항 에 의한 ‘대차대조표 공시일’로 규정하고 있다. 한편 상법 제522조의2 제1항 은 합병을 위한 주주총회 회일의 2주 전부터 합병을 한 날 이후 6월이 경과하는 날까지 합병당사회사의 최종 대차대조표와 손익계산서 등을 본점에 비치하도록 규정하는바, 갑제3호증, 갑제4호증의 1, 2의 각 기재만으로는 원고 주장과 같이 오리엔트텔레콤과 영송정기가 합병을 위한 주주총회 회일의 2주 전인 2001. 12. 13. 각 회사의 최종 대차대조표와 손익계산서 등을 실제로 본점에 비치하였다고 인정하기에 부족하고, 달리 실제 ‘대차대조표 공시일’을 인정할 만한 아무런 자료도 없다.

살피건대, 이 사건과 같이 상법의 규정에 따른 ‘대차대조표 공시일’을 알 수 없는 경우 그 평가기준일을 언제로 보아야 하는지에 관하여 상증법이나 법인세법은 아무런 규정을 두고 있지 아니하여 결국 객관적이고 합리적인 방법에 의하여 평가기준일을 정하여야 할 것인바, 앞서 든 각 증거와 을제18, 19호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 ① 상법 제522조의2 제1항 에 따르면 대차대조표의 공시의무기간이 주주총회 회일의 2주 전부터 합병을 한 날 이후 6월이 경과하는 날까지이고, 오리엔트텔레콤은 2001. 12. 27. 임시주주총회를 거쳐 2002. 2. 1. 합병등기를 마침으로써 상법이 정한 대차대조표의 공시의무기간에 합병등기일이 포함되어 있으며, 대차대조표의 공시의무가 발생하는 첫날로서 주주총회 회일의 2주 전이 되는 날만을 평가기준일로 보아야 할 이유가 없는 점, ② 합병당사법인이 이 사건 합병 당시 합병공고 및 채권자 이의제출공고 등을 실시한 사실은 있으나, 대차대조표 공시의무기간 동안 대차대조표와 손익계산서 등을 작성하여 공시하지 않았던 것으로 보이는 점, ③ 원고 주장의 ‘대차대조표 공시일’은 2001. 12. 13.로서 피고가 평가기준일로 본 이 사건 ‘합병등기일’인 2002. 2. 1.과 시기적으로 큰 차이가 없을 뿐만 아니라, 원고가 주장하는 2001. 12. 13.을 합병당사법인의 주식가액 등의 평가기준일로 삼는다고 하더라도 원고가 분여받은 이익이 당초 2,369,736,630원에서 2,357,784,000원으로 변경되어 그 고지세액이 929,998,442원에서 925,137,246원으로 감액되는 정도에 불과하여 그 차액이 미미한 점 등에 비추어 보면, 피고가 합병당사법인의 ‘대차대조표 공시일’을 알 수 없어 부득이 이 사건 ‘합병등기일’을 평가기준일로 하여 합병 직전 주식가액 등을 평가한 것은 나름대로 객관적이고 합리적인 방법에 의하여 평가기준을 정한 것이라고 봄이 상당하다. 따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

3. 결 론

그렇다면 제1심 판결은 정당하므로 원고의 항소를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

[별지 관계 법령 생략]