2. 피고가 2008. 12. 10. 원고에게 한 2003. 7. 1.부터 2004. 6. 30.까지의 사업연도 귀

법인세 가산세 21,117,525원의 부과처분, 2004. 7. 1.부터 2005. 6. 30.까지의 사업연도 귀속 법인세 가산세 956,470,513원의 부과처분, 2004년 제1기분 부가가치세 가산세 82,622,765원의 부과처분 및 2005년 제2기분 부가가치세 가산세 43,367,490 원의 부과처분을 각 취소한다.

3. 원고의 나머지 주위적 청구 및 예비적 청구를 모두 기각한다.

4. 소송비용 중 60%는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

청 구 취 지

1. 주위적 청구취지

가. 피고가 2010. 4. 14. 원고에게 한 2004. 7. 1.부터 2005. 6. 30.까지의 사업연도 귀속 법인세 2,225,805,753원의 부과처분 및 법인세 가산세 1,164,030,094원의 부과처분에 대하여, 주문 제1항 기재와 같은 판결 또는 위 각 부과처분이 부존 재함을 확인한다.

나. 주문 제2항의 기재와 같은 판결 및 피고가 2008. 12. 10. 원고에게 한 2003. 7. 1.부터 2004. 6. 30.까지의 사업연도 귀속 법인세 본세 650,327,417원의 부과처 분 중 538,015,620원을 초과하는 부분，2004. 7. 1.부터 2005. 6. 30.까지 사업연 도 귀속 법인세 본세 2,167,271,715원의 부과처분 중 2,012,053,390원을 초과하 는 부분, 2004년 제1기분 부가가치세 본세 137,785,945원의 부과처분 및 2005년 제1기분 부가가치세 본세 92,000,000원의 부과처분을 모두 취소한다.

"다. 피고가 별지 1부과내역'의 1. 주의적 청구취지 중 2010. 11. 3. 및 2013. 7. 16. 원고에 게 한, 해 당 각 부과세액 '란 기 재 각 부과처 분 중 해 당 각원고주장 정당 세액'란 기재 세액을 초과하는 부분을 모두 취소한다.",2. 예비적 청구취지

피고가 별지 1 '부과내역'의 2. 예비적 청구취지 중 '처분일'란 기재 각 처분일자에 원고에게 한, 해당 각 '부과세액'란 기재 각 부과처분 중 해당 각 1 원고주장정당세액'란 기재 세액을 초과하는 부분을 모두 취소한다.

"가. 원고는 ○○시 □□읍 ◇◇리 126에서 단열재 제조, 부동산 건설 및 임대를 영 위하는 법인으로서, 2003. 7. 1.부터 2008. 6. 30.까지 각 사업연도 귀속 법인세를 별지 2 '구체적인 부과처분 경위'의 각신고'란 기재와 같이 신고・납부하였다.",나. CC지방국세청장은 2008. 10. 6.부터 2008. 11. 5.까지 원고에 대한 법인세 정기 조사를 실시하고 피고에게 과세자료를 통보하였다. 피고는 이에 따라 2008. 12. 10.

2003. 7. 1.부터 2004. 6. 30.까지 사업연도(이하 '2004 사업연도'라 한다)의 법인세,

"2004. 7. 1.부터 2005. 6. 30.까지 사업연도(이하2005 사업연도'라 한다)의 법인세와 2007. 7. 1.부터 2008. 6. 30.까지 사업연도(이하2008 사업연도'라 한다)의 법인세 및 농어촌특별세를 별지 2구체적인 부과처분 경위' 중 '증액경정(2008. 12. 10.)1란 각 기 재와 같이 증액경정・고지하고, 2003년 제1기부터 2008년 제2기까지 부가가치세 383,172,140원을 경정・고지하였다. 그후 피고는 직권으로 2009. 5. 10. 2004, 2005 및 2008 사업연도의 각 법인세를 별지 2 '구체적인 부과처분 경위' 중 '감액경정(2009.", "5. 10.)'란 각 기 재와 같이 감액경 정・고지하고, 2009. 9. 30. 2005 및 2008 사업 연도 의 각 법인세를 별지 2구체적인 부과처분 경위1、중 감액경정(2009. 9. 30.)'란 각 기",재와 같이 감액 경정・고지 하였다.

"다. 한편，원고는 2009. 3. 13. 이에 불복하여 CC지방국세청장에게 이의신청을 하였 고, CC지방국세청장은 이에 대하여 '2009. 10. 16. 원고의 2004 사업연도 중 차입현황 을 조사하여 세법상 건설자금이자를 산정하고，원고가 2001. 6. 7. 취득한 ○○ 군 ■■읍 ◇◇리 산21 임야 33,313 및 2003. 7. 14. 취득한 경기도 ○○시 □□읍 ◇◇ 리 산 43-3 임야 3,739nf에 대하여 업무와 관련 없는 자산으로 보는 기간을 유예기간 2년을 제외한 기간으로 하여 2003. 7. 1.부터 2008. 6. 30.까지의 각 시업연도 법인세 과 세표준과 세액을 결정하고，나・머지 청구는 기각한다.'는 취지의 결정을 하였다. 피고는 2010. 1. 8. 위 이의신청 결정에 따라 2004 및 2005 시・업연도의 각 법인세를 별지 2구체적인 부 과처분 경위' 중감액경정(2010. 1. 8.)'란 각 기재와 같이 감액경정・고지하였다.", "라. 한편，CC지방국세청장은 원고의 건설자금이자 산정에 대하여 재조사한 결과를 피고에게 통보하였고, 피고는 2010. 4. 14. 2005 및 2008 사업연도의 각 법인세를 별지 2 '구체적인 부과처분 경위' 중 1증액경정(2010. 4. 14.)'란 각 기재와 같이 증액경정 한 후 다시 2010. 4. 19. 과세전적부심사결정을 반영하여감액경정(2010. 4. 19.)'란 기 재와 같이 감액경정하였다(위 2010. 4. 14.자 증액경정 납세고지서의 송달 여부에 대하 여 당사자 사이 에 다툼이 있는 바, 이에 대하여는 후술하기로 한다).", "마. 원고는 2010. 1. 20. 이에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였고, 피고는 2010. 11. 3. 원고의 심판청구를 일부 받아들여 2008 사업연도의 법인세 및 농어촌특 별세를 별지 2구체적인 부과처분 경위' 중감액경정(2010. 11. 3.)'란 각 기재와 같이 감액경정고지하였으며, 조세심판원은 2011. 11. 3. 원고의 심판청구를 전부 기각하는 결정을 하였다.", "바. 원고는 2012. 2. 6. 이 사건 소를 제기하였는데, 피고는 이 시건 소송 계속 중 원고가 2010. 4. 19.자 증액경정결정의 송달여부에 대하여 다투자 2013. 7. 16. 부과제척 기간이 아직 경과하지 아니한 2008 사업연도의 법인세에 대하여 라.항 기재 2010. 4. 19.자 증액경정결정을 직권으로 취소하고, 같은 날 별지 2 '구체적인 부과처분 경위' 중 1증액경정(2013. 7. 16.)'란 각 기재와 같이 증액경정・고기하였다.",[인정근게 다툼 없는 사실, 갑 저U호증의 1 내지 5, 갑 제2호증의 1, 2, 갑 저|9호증， 을 제1 내지 28, 41 내지 48호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건의 쟁점 및 관련 세액의 구분

가. 이 사건의 쟁점

"원고가 주장하는 당초처분과 증액경정처분의 위법사유를 기준으로 정리한 이 사건 의 쟁점은 다음과 같다(이하에서는 이 사건 쟁점들을 그 순번에 따라쟁점'이라 한 다).",쟁점

원고의 주장

피고의 주장

비고

판단

IO는 2010. 4. 14. 원고에

게 2005 사업연도 법인세를

직원에게 2010. 4. M.자 슴

증액경정・고지를 하였다고

1. 납세고

주장하나, 원고는 위 납세고

액결정결의서 사본과 님세고

주위적

지서 미송

지서를 수령한 바가 없

지서를 직지 교부송하였」),

청구원 인

인용

로, 위 법인세 및 가산세

원:는 이에 따리 기한

내에 증액된 법인세 품 S H

괴처 분은 부존재 하거 나 무효

하였으디로. 원고의 주장몬

이다.

3. 쟁점 1에 대한 판단(2010. 4. 14.자 증액경정 납세고지서의 송달여부, 주위적 청구원 인에 대한 판단)

가. 당사자의 주장

1) 원고의 주장

피고는 2010. 4. 14. 원고에게 2005 사업연도 법인세를 2,167,272,715원에서 2,225,805,753원으로, 같은 사업연도 가산세를 1,117,399,200원에서 1,164,030,094원으 로 각 증액경 정・고지 를 하였다고 주장하나，원고는 위 납세 고지 서를 수령 한 바가 없으 므로, 위 법인세 및 가산세 부과처분은 부존재하거나 무효이다.

2) 피고의 주장

"원고 회 사 직 원 정명 완은 2010. 4. 10.자 증액 경 정결의 및 2010. 4. 19.자 감액 경 정결의 가 있은 후 피고 사무실에 방문하여 위 각 경 정결의 서 를 요구하였고, 피고 직 원 최창주는 2010. 4. 29.2010. 4. 14.자 증액경 정처분'괴-2010. 4. 19.자 감액경정처분'에 대한 각 결정결의서 사본과 납세고지서(이하 '이 사건 납세고지서 등'라 한다)를 출력하여 피고 사무실에 방문한 원고 회사 직원에게 이를 교부하였고, 원고는 이에 따 라 납부기한인 2010. 5. 13. 증액된 세액 76,067,160원을 모두 납부하였으므로, 원고의 주장은 이유 없다.",다. 인정사실

1) CC지방국세청장은 원고의 건설자금이자 산정에 대하여 재조사한 결과를 피고 에게 통보하였고，피고는 2010. 4. 14. 2005 및 2008 사업연도의 각 법인세를 별지 2 '구체적인 부과처분 경위1 중 1증액경정(2010. 4. 14J란 각 기재와 같이 증액경정결의 를 한 후 다시 2010. 4. 19. 과세전적부심사결정을 반영하여 '감액경정(2010. 4. 19.V란 기재와 같이 감액경정결의를 하였다.

나) 원고는 이 사건 납세고지서 등이 정한 납부기한인 2010. 5. 13. 증액분인 76,067，160원을 납부하였다. 한편，피고는 2010. 4. 14.자 증액경정에 따른 납세고지서 에 대한 송달서에 서명날인을 받거나 서명날인을 받지 못한 사실을 송달서에 기재하지 않았다.

[인정 근게 다툼 없는 사실，을 제38호증의 1 내지 3의 각 기재, 변론 전체의 취지 라. 판단

1) 세법에서 규정하고 있는 서류는 그 명의인의 주소, 거소, 영업소 또는 사무소에 송달하고(국세기본법 제8조 제1항), 위 서류의 송달은 교부，우편 또는 전자송달의 방 법으로 한다(국세기본법 제10조 제1항). 한편，교부에 의한 서류 송달은 해당 행정기관 의 소속 공무원이 서류를 송달할 장소에서 송달을 받아야 할 지에게 서류를 교부하는 방법으로 하되, 다만 송달을 받아야 할 자가 송달받기를 거부하지 아니하면 다른 장소 에서 교부할 수 있다(국세기본법 제10조 제3항). 서류률 교부하였을 때에는 송달서에 수령인이 서명 또는 날인하게 하여야 하되, 수령인이 서명 또는 날인을 거부하면 그 사실을 송달서에 적어야 한다(국세기본법 제10조 저16항).

세법상 서류의 송달은 국가와 납세의무자 사이의 조세채권채무관계 등 형성에 중대 한 영향을 미치는 행위이고，특히 납세고지서 송달은 구체적 납세의무를 확정시키고 징수절차의 시발점이 되어 국가와 납세의무자 사시의 조세채권채무관계가 이를 중심으로 전개될 뿐만 아니 라 납세의무자의 불복기간의 기준이 되는 중대한 의미를 갖는다. 따라서 국세기본법 제10조 제6항에서 정한 송달의 방법에 대한 규정들은 위와 같은 납 세고지서 등 송달의 중요성을 고려하여 송달이 적법하게 이루어졌는지에 관하여 당사 자 사이에 다툼이 있는 경우를 대비하여 이를 명확히 확정하려는 쥐지에서 나온 강행 규정이고, 위 규정의 요건을 중족하지 못한 경우에는 적법한 송달이 없었다고 해석하는 것이 타당하다(서울고등법원 2011누2134 판결 등 참조).

2) 이 사건에 관하여 보건대，을 제40호증의 1, 2의 각 기재만으로는 피고가 원고 직원에게 이 사건 납세고지서 등을 교부송달하였음을 인정하기 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.

설령 피고의 주장과 같이 이 사건 납세고지서 등이 교부에 의한 송달이 되었다고 하더라도 이 사건 납세고지서 등에 대한 송달서에 수령인의 서명날인이 있거나 서명날인 을 거부한 사실이 부기되어 있지도 않은바，이에 따라 이 사건 2010. 4. 14.자 증액경 정 처분에 관한 납세고지서 의 송달은 위 규정 에 위배하는 부적법 한 것으로서 송달의 효 력이 발생하지 아니하였다고 할 것이다. 따라서 피고의 원고에 대한 2010. 4. 14.자 증 액경정처분은 무효라고 할 것이므로€다만, 원고에게 적법하게 고지된 2008. 12. 10.자 2005 사업연도 귀속 법인세 2,167,272,715원의 부과처분은 그 후에 이루어진 무효인 위 과세처분에 흡수 소멸되지 아니하고 독립하여 존속하고 있다고 할 것이다(대법원 1995. 8. 22. 선고 95누3909 판결 등 참조)

4. 쟁점 2에 대한 판단(건설자금이자의 손금산입 여부)

가. 당사자의 주장 1) 원고의 주장

피고는 원고의 국민주택기금 차입금이 건설자금에 소요되었는지 여부에 관계없 이 그 이자 전액을 손금으로 산입하지 아니하고 법인세를 부과하였으므로, 이 사건 처 분은 위법하다. 한편, 2005. 7. 1.부터 2006. 6. 31.까지 사업연도(이하 '2006 사업연도' 라 한다) 법인세에 건설자금이자 558,339,096원을 및 2006. 7. 1.부터 2007. 7. 31.까지 사업연도(이하 '2007 사업연도'라 한다) 법인세에 건설자금이자 198,001,370원을 각 당 해사업연도 손금에 산입하게 되면 그 금액 상당액만큼 2008 사업연도 이월결손금이 증액되게 되므로, 2008년 사업연도 법인세 802,548,260원 중 30,872,785원을 조과하는 부분은 위법하여 쥐소되어야 한다.

2) 피고의 주장

원고는 차입 금을 국민주택 기 금에서 임대주택 건설자금으로 차입 하였고, 주택 법 제63조 제1항은 국민주택기금은 국민주택의 건설, 국민주택을 건설하기 위한 대지조성 사업 등의 용도 외에는 이블 운용할 수 없다고 규정하고 있으므로, 원고가 국민수택기 금에서 차입한 차입금은 국민주택의 건설 등의 용노에만 사용되어야 하는 것이고, 특 별한 사정이 없는 한 위 차입금은 건설자금에 사용된 것으로 보아야 한다.

3. 기타 사업용고정자산의 경우에는 사용개시일

다. 인정사실

1) 국민주택기금은 무주택 서민들의 주거안정 등을 위하여 임대주택 등 국민주택 의 건설지원 등에 사용되는 기금으로서 그 사용용도가 국민주택의 건설 능으로 엄격히 제한되어 있고, 그 대출한도는 채무자가 장차 건설할 아파트 단지별 또는 지역별로 세 대당 지원 금액에 건축예정 세대수를 곱하는 방식으로 산정되며, 그 대출금 전액이 일 시 에 지 급되 는 것 이 아니 라 공사착공 후 일부가 선 지급되고, 그 후 기성고에 따라 분할금이 지급되며, 공사가 완료된 이후에 준공금이 지급되는 형식으로 분할하여 지급된다.

"2) 원고는 국민주택기금에서 차입한 자금으로 임대아파트를 건설하여 임대사업을 영위하는 법인으로서 2004 내지 2008 사업연도 법인세 신고를 하면서 아래와 같이 국 민주택기금에서 차입한 대출금(이하 통틀어이 사건 대출금'이라 한다)을 원고가 건설 중이 던 임 대 아파트의 건설자금이 자로 계상하여 손금에 불산입 하였다.",사업연도

2004

2005

2006

2007

2008

건설자금이자

415,969,620원

574.886.390 원

558,339,096 원

198,001,370원

197,536.870원

[인정근게 다툼 없는 사실, 앞서 본 증거, 갑 저H호증의 1 내지 5의 각 기재, 변론 전 체의 취지 라. 판단

1) 구 법인세법(2005. 12. 31. 법률 제7838호로 개정되기 전의 것) 제28조 제1항 제3호，구 법인세법 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제22577호로 개정되기 전의 것) 제 52조 제1항에 의하면，사업용 고정자산의 매입・제작 또는 건설에 소요되는 차입금에 대한 지급이자 또는 이와 유사한 성질의 지출금은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액 계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니하되, 다만, 고정자산의 건설 등에 소요된지 의 여부가 분명하지 아니 한 차입금을 제외한다.

한편, 과세관청이 납세자가 당초 신고한 것과는 달리 차입금의 이자가 고정자산의 건설에 사용된 건설자금 관련 지급이자에 해당한다는 이유로 이를 손금에 불산입하기 위해서는 당해 차입금이 고정자산의 건설에 사용되었음을 주장하는 과세관청이 이를 입증하여야 한다고 할 것이나, 납세의무자가 합리적인 이유가 없음에노 불구하고 손금 에 산입될 비용 중 일부를 스스로 손금에 불산입함으로써 과세표준 및 세액을 과다 신 고하는 것은 경험칙상 이 례적이라고 할 것이므로, 납세자가 당초 신고한 것과 달리 차 입금에 대한 지급이자가 건설자금과 무관하거나 건설자금에 사용되었는지 여부가 분명 하지 아니한 차입금에 대한 것이라는 이유로 이를 손금에 산입하여야 한다고 주장하는 경우에는 납세자 스스로 위와 같은 과다 신고에 합리적인 사정이 있었다거나, 당해 차 입금이 고정자산의 건설자금과 무관한 용도로 사용되었다거니, 또는 건설자금으로 사 용되었는지 여부가 분명하지 아니하다는 점을 입증하여야 한다고 봄이 상당하디(대법 원 2010. 8. 19. 선고 2007두21877 판결 등 참조).

2) 살피건대, 원고는 당초 국민주택기금으로부터 차입한 이 사건 대출금을 건설자 금이자로 보아 손금에 불산입하는 것으로 신고하였다가 다시 이 사건 대출금은 원고의 고정자산인 임대아파트 건설에 소요되었는지 여부가 불분명한 차입금에 해당하여 손금에 불산입하여야 한다고 주장하나, 이를 인정할 아무런 증거가 없다、 오히려 앞서 본 인정사실을 통하여 알 수 있는 다음과 같은 사정 즉, CD 원고는 사업용고정자산에 해 당하는 임대아파트 건설을 주된 업무로 하는 점, 然 국민주택기금 대출금은 그 용도가 엄격히 제한되어 있을 뿐만 아니라 대출한도의 설정방법, 대출금의 지급방식 등에 비 추어 볼 때 그 대출금의 대부분이 본래의 용도인 임대아파트 건설에 사용되었을 것으 로 보이는 점, 貧 원고는 이 사건 대출금 중 어느 부분이 건설에 직접 사용되지 않았는지 또는 일시적으로 운영자금으로 전용하였는지 등에 대한 일체의 증거를 제출하지 아니한 점 등을 종합하여 보면，결국 원고가 국민주택기금으로부터 차용한 이 사건 대 출금을 원고의 고정자산인 임대아파트의 건설자금이자로 보아 각 사업연도의 손금에 산입하지 않은 것은 적법하다고 봄이 상당하므로, 원고의 주장은 이유 없다.

5. 쟁점 3에 대한 판단(기부금의 귀속시기)

가. 당사자의 주장

1) 원고의 주장

"원고는 기숙사를 증죽하여 학교법인 AA학원에게현물'로 기부를 한 것이므로, 그 기부금의 손금 귀속시기는 건물의 사용가능일 즉, 임시사용승인을 받은 2006. 2. 28.이 속한 2006 사업연도이다. 다만，원고의 2006 및 2007 사업연도는 그 소득금액이 0이므로, 법인세법 제24조 제3항에 따라 위 기부금은 2008 사업연도에 손금산입되어야 한다.",2) 피고의 주장

법인세법상 기부금의 귀속시기에 관하여 현금의 지출이 있을 때에 비용으로 계 상하는 현금주의를 채택하는 점，기숙사의 건축주 역시 AA학원으로 되어 있는 점，원고도 실제로 현금을 지출한 2004 사업연도 및 2005 사업연도에 AA학원 증축 공사비 를 기부금으로 손금 산입한 점 등에 비추어 볼 때, 워고는 현물비 아닌 1현금'을 기부 하였다고 보아야 한다. 따라서 피고가 원고의 각 현금 지급일인 2004 및 2005 사업연 도에 손금으로 산입한 이 사건 처분은 적법하다.

다. 인정사실

"1) 학교법 인 AA학원(이 하 'AA학원'이 라 한다)은 2001. 1. 27. ○○도 □□군 △△ 산 57외 33필지 지상 철골조 및 조적조 및 절근콘크리트조 드러스 및 박공지붕 10층 기숙사건물(이하이 사건 기숙사'라 한다)에 관하여 소유권보존등기를 미쳤다.", "2) 원고는 2004.경 AA건설 주식회사(이하AA건설'이라 한다)에게 이 사건 기숙 사 증축공사를 도급금액 25억 원으로 정하여 도급을 주는 계약을 체결하였다.",3) AA학원은 2006. 2. 28. ■■군수로부터 이 사건 건물 증축공사에 대하여 임시 사용승인을 받았다.

4) 한편, 원고는 AA건설에게，2004. 6. 17. 1,363,636,364원을，2005. 5. 25. 909,090,909원을 각 지급하고, 각 지급일이 속한 사업연도(2004 내지 2005 사업연도) 에 기부금으로 계상하여 법인세를 신고하였다. AA학원 역시 원고에게 이 사건 기숙 사 증축공사와 관련하여 2004. 6. 17.자 1,363,636,364원，2005. 5. 25.자 909,090,909원 의 각 기부금영수증을 교부하였다.])

[인정근게 다툼 없는 사실, 앞서 본 증거, 을 제30 내지 37호증(가지번호 포함)의 각 기재，변론 전체의 취지

라. 판단

1) 구 법인세법(2006. 3. 24. 법률 제7908호로 개정되기 전의 것) 제24조 제2항 제 4호 (가)목에 의하면, 사립학교법에 의한 사립학교에 시설비 등으로 지출하는 기부금의 경우 등과 같은 법정기부금의 경우 이를 손금에 산입하되, 그 법정기부금을 합한 금액 이 당해 사업연도의 소득금액에서 결손금을 차감한 후의 금액에 100분의 50을 곱하여 산출한 금액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액은 당해 사업연도의 소득금액계산에 있 어서 이를 손금에 산입하지 아니한다.

2) 앞서 본 인정사실을 통하여 알 수 있는 다음과 같은 사정에 비추어 볼 때, 원고는 AA학원에게 이 사건 기숙사 증축건물을 '현물'로 기부한 것이 아니라 공사대금 상당의 '현금'을 기부한 것이라고 봄이 상당하므로, 따라서 피고가 원고의 각 현금 지급일인 2004 및 2005 사업연도에 이를 기부금으로 보아 손금으로 산입한 이 사건 처 분은 적법하다고 할 것이니, 원고의 주장은 이유 없다

(가) 건물이 증축된 경우에 증축 부분이 기존건물에 부합된 것으로 볼 것인가 아닌가 하는 점은 증축 부분이 기존건물에 부착된 물리적 구조뿐만 아니라, 그 용도와 기능의 면에서 기존건물과 독립한 경제적 효용을 가지고 거래상 별개의 소유권 객체가 될 수 있는지의 여부 및 증축하여 이를 소유하는 자의 의사 등을 종합하여 판단하는데 (대법원 2002. 10. 25. 선고 2000다63110 판결 등 참조), 이 사건 기숙사 위 기존 건물 과 증축된 건물의 용노와 기능 그리고 위 증축된 부분 역시 기존 건물의 소유자인 세 경학원에게 귀속시키려는 당사자들의 의사 능을 종합하여 보면, 위 증축 부분은 기존 의 기숙사건물에 부합된 것으로 봄이 상당하다、따라서 위 증축 부분은 AA학원의 소유라고 볼 것이고, 달리 원고의 소유라고 보기 어렵다

(나) 원고는 피고에게 법인세 신고를 하면서 원고가 AA건설에게 공사대금을

지급한 날이 속한 2004 및 2005 사업연도에 각 공사대금을 기부금으로 보아 이를 손 금에 산입하였고，AA학원도 같은 사업연도에 원고에게 역시 같은 취지의 기부금영수 증을 교부하였다.

6. 쟁점 4에 대한 판단(매입세액 공제 여부)

가. 당사자의 주장

1) 원고의 주장

원고는 AA학원에 기숙사용 건물을 증축하여 기부하였는데, 건물증축과 관련하 여 교부받은 세금계산서의 매입세액은 부가가치세 매출세액에서 공제되어야 함에도 이 를 공제하지 아니한 2004년 1기분 부가가치세 220,448,710원 및 2005년 1기분 부가가 치세 135,367,490원의 부과처분은 각 위법하다.

2) 피고의 주장

이 사건 기숙사건물은 AA학원의 소유로서. 증축과 관련한 모든 권리의무는 학교법인에 귀속되며, 원고는 공사대금 상당을 기부하였을 뿐이고, 또는 원고는 위 기 숙사 증축공사비 상당액의 기부금 영수증을 학교법인 AA학원으로부터 수취하기도 하 였다. 결국 원고는 세금계산서를 교부받을 자가 아니고, 자기의 사업을 위하여가 아닌 기부목적으로 위 공사대금 상당을 지출한 것에 불과하므로, 위 금액을 부가가치세 매입세액에서 불공제한 것은 정당하다.

다. 판단

1) 구 부가가치세법(2006. 12. 30. 법률 제8142호로 개정되기 전의 것) 제17조 제1 항에 의하면, 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액은 자기가 공급한 재화 또는 용역 에 대한 세액에서 ① 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공 급에 대한 세액과 後 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액을 공제한 금액으로 한다.

"현행 부가가치세의 과세방법은 원칙적으로 사업자의 자기생산 부가가치에 대해서만 과세가 이루어지도록 하기 위하여 납부세액 산출방식에 있어 자기생산 부가가치와 매 입 부가가치를 합한 금액을 공급가액으로 하고, 이에 대하여 징수할 매출세액에서 매입 부가가치에 대하여 지출된 매입세액을 공제하도록 히-는 기본적 구조를 채택하고 있다. 이러한 구조 하에서 법 제17조는 매출세액에서 공제하는 매 입세액에 관하여 제1항 에서 '자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될' 재화 또는 용역의 공급 또는 수입에 대한 세액에 해당하는 이상 그 전부를 공제하도록 규정함으로써 그 기준을 사업 관련 성 에 두는 한편, 저)2항 제2호에서 공제하지 아니하는 매입 세액의 하나로사업과 직 접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액'을 들고 있는데, 이는 부가가치세의 원리상 당연히 매출세액에서 공제될 수 없는 경우를 규정하고 있는 것으로 이해된다(대법원 1995. 12. 21. 선고 94누1449 전원합의체 판결 등 참조). 따라서 사업 관련성이 없는 지출에 대 한 매입세액은 법 제17조 제1항, 제2항 제2호에 의하여 매출세액에서 공제될 수 없으 나, 여기에서 말하는 사업 관련성의 유무는 지출의 목적과 경위, 사업의 내용 등에 비 추어 그 지출이 사업의 수행에 필요한 것이었는지를 살펴 개별적으로 판단하여야 한다 (대법원 2013. 5. 9. 선고 2010두15902 판결 등 참조).",2) 살피건대, 이 사건 기숙사의 증축부분은 원시적으로 AA학원에게 귀속되고, 원고는 단지 AA학원에게 위 공사대금 상당의 현금을 기부한 것으로 봄이 상당함은 앞 서 본 바와 같은바, 원고는 AA학원을 대신하여 AA건설에게 위 공사대금을 지급한 것에 불과하여 이를 두고 원고의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 용역의 공급이 있다고 볼 수 없으므로, 위 용역의 공급에 대한 세액은 공제의 대상이 되는 매입세액 이라고 볼 수 없다. 따라서 원고의 주장은 이유 없다.

7. 쟁점 S에 대한 판단(산출근거 미기재)

가. 당사자의 주장

1) 원고의 주장

하나의 납세고지서에 의하여 본세와 가산세를 함께 부과할 때에는 납세고지서에 본세와 가산세 각각의 세액과 산출근거 등을 구분하여 기재해야 하는데, 피고는 2. 나.

"3) 쟁점 5에 따른 가산세 등 부과처분' 기재와 같은 가산세 등(이하이 사건 가산세 등'이라 한디 을 부과하면서 이에 대한 산출근거를 전혀 기재하지 아니하였으므로 위 가산세 등의 부과처분은 위법하다.",나) 피고의 주장

납세고지서에 관계 법령에서 요구하는 기재시항을 누락한 하자가 있더라도 과 세관청이 과세처분에 앞서 납세의무자에게 보낸 과세예고통지서 등에 납세고지서의 필 요적 기재사항이 이미 모두 기재되어 있다면, 납세고지의 하자는 보완되거나 치유될 수 있다고 할 것인데, 피고는 원고 직원의 요청에 따라 원고 직원에게 법인세 과세표 준 및 세액결의서, 부가가치세 재경정결의서 사본음 송달하였으므로，피고가 납세고지 서 에 가산세의 산출근거 등을 미기재한 하자는 모두 치유되었다.

다. 판단

"1) 하나의 납세고지서에 의하여 본세와 가산세를 함께 부과할 때에는 납세고지서 에 본세와 가산세 각각의 세액과 산출근거 등을 구분하여 기재해야 하는 것이고, 또한, 여러 종류의 가산세를 함께 부과하는 경우에는 가산세 상호 간에는 종류별로 세액 과 산출근거 등을 구분하여 기재함으로써 납세의무자가 납세고지서 자체로 각 과세처 분의 내용을 알 수 있도록 하는 것이 당연한 원칙이므로, 가산세 부과처분이라고 하여 그 종류와 세액의 산출근거 등을 전혀 밝히지 않고 가산세의 합계액만을 기재한 경우 에는 그 부과처분은 위법하다 할 것이다-(대법원 2012. 10. 18. 선그'. 2010두12347 전원 합의체 판결 등 참조). 다만, 납세고지서에 관계 법령에서 요구하는 기재사항을 누락한 하자가 있더라도 과세관청이 과세처분에 앞서 납세의무자에게 보낸 과세예고 통지서 등에 납세고지서의 필요적 기재사항이 이미 모두 기재되어 있어 남세의무자가 그 처분 에 대한 불복 여부의 결정 및 불복신청에 전혀 지장을 받지 않은 것이 명백하다면, 이 로써 납세고지의 하자는 보완되거나 치유될 수는 있다 할 것이다(대법원 2001. 3. 27. 선고 99두8039 판결 등 참조).",2) 먼저 피고의 2008. 12. 10.자 2004 사업연도 귀속 법인세 가산세 21,117,525원 의 부과처분, 2005 사업연도 귀속 법인세 가산세 956,470,513원의 부과처분, 2004년 제1기분 부가가치세 가산세 82,622,765원의 부과처분 및 2005년 제1기분 부가가치세 가산세 43,367,490원의 부과처분에 대하여 살펴본다. 갑 제1호증의 1 내지 5의 각 기 재에 변론 전체의 취지를 종합하면，피고가 2008. 12. 10. 원고에게 2004 및 2005 사 업연도의 법 인세 및 2004년 제1기 분 및 2005년 제1기 분 부가가치 세의 부과처분을 함 에 있어 작성된 납세고지서에는 위 각 본세에 대한 가산세가 그 종류별로 구분되지 아 니한 채 단순히 합계 액 만이 기 재되어 있고, 그 가산세의 산출근거노 제 대로 기 재되어 있지 않은 사실을 인정할 수 있고, 달리 반증이 없다. 따라서 이 부분 부과처분 중 가 산세 부분의 납세고지는 관계 법령에서 요구하는 기재사항을 누락하는 등의 하자가 있 고, 달리 그 하자가 보완되거나 치유되었다고 볼 만한 특별한 사정도 발견할 수 없으 므로(피고가 원고에게 법인세 과세표준 및 세액결의서, 부가가치세 재경정결의서 사본 을 송달하였음을 인정할 아무런 증거가 없다), 피고의 2008. 12. 10.자 가산세 부과처 분의 위법을 주장하는 원고의 주장은 이유 있다.

3) 다음으로 피고의 2013. 7. 16.자 2008 사업연도 귀속 법인세 가산세 22,358,223 원 및 2008 사업연도 귀속 농어촌특별세 가산세 1,029,893워 의 부과처분에 대하여 살 펴본다. 갑 제9호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 피고가 2013. 7. 16. 원고 에게 2008 사업연도의 법인세 및 농어촌특별세의 부과처분을 함에 있어 작성한 납세 고지서에는 가산세를 그 종류별로 과소신고(일반), 납부불성실로 구분한 후 각 대상금 액，세율 및 세액을 기재한 사실을 인정할 수 있다. 따라서 납세의무자인 원고로서는 위 납세고지서 자체로 과세처분의 내용을 알 수 있었디・고 할 것이乂로, 위 납세고지에 는 관계 법령에서 요구하는 기재사항을 누락하는 등의 히가가 있디-고 볼 수 없다원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

"4) 다음으로 피고의 2013. 7. 16.자 법인세 부과처분 중법인세 감면 등 추가납부 세액'에 관하여 살펴본다. 과세관청이 과세기간별로 과세하는 법이세 등을 부과하면서 과세귀속연도 및 납부할 총세액과 그 산출근거인 과세표준, 세율, 공제세액 등을 기재 한 법정의 납세고지서에 의하여 부과・고지한 데 대해，익금과 손금 등 세액산출의 실질 적 근거나 경로, 경위, 근거법령 등을 기재하지 아니하였다고 하더라도 위법하다고 볼 수 없다(대법원 2004. 1. 27. 선고 2001두11014 판결 등 잠조). 갑 제9호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 2008 사업연도 법인세와 관련하여 과세귀속연도 및 납 부할 총세액과 그 산출근거인 과세표준, 세율, 공제세액 등이 납세고지서에 각 기재되 어 있는 사실을 인정할 수 있고，위법인세 감면 등 추가납부세액'은 구 조세특례제한 법(2006. 12. 30. 법률 제8146호로 개정되기 전의 것) 제4조 저H항, 제9조 제2항, 제4 항, 법인세법 64조에 따라 1법인세'로 납부되어야 하는 세액으로서 위 근거법령 등을 기재하지 않았다고 하여 그 자체만으로 위법하다고 볼 수는 없으므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.",라. 소결

쟁점 5와 관련하여 원고의 주장이 인정되는 부분과 인정되지 아니한 부분은 다음 과 같다.

처분일자

세목

사업연도

부과세 액

판단

법인세 가산세

2004

21,117,525

이 요

2008. 12. 10.

법인세 가산세

2005

956,4/0,513

인 용

부가가치세 가산세

2004 1기분

82.622.765

"P'S",부가가치세 가산세

2005 1기분

43,367.490

"P'g",법인세 가산세

58.3

기각

2013. 7. 16.

법인세 감면 등 추가납부세액

2008

101,999,250

기각

농어촌특별세 가산세

1,0요9,893

기각

8. 소결

이 사건 쟁점 중 쟁점 1과 쟁점 5 중 일부에 한하여 원고의 주장은 이유 있으므로, 피고가 2010. 4. 14. 원고에게 한 2004. 7. 1.부터 2005. 6. 30.까지의 사업연도 귀속 법인세 2,225,805,753원의 부과처분 및 법인세 가산세 1,164,030,094원의 부과처분은 각 무효임을 확인하고, 피고가 2008. 12. 10. 원고에게 한 각 가산세 부과처분은 위법 하므로 취소되어야 한다.

한편, 쟁점 1을 제외한 나머지 쟁점 2 내지 5는 주위적 청구원인 및 예비적 청구원인 모두에 공통된 쟁점에 해당하므로, 예비적 청구원인에 대하여는 별도로 판단하지 아니한다.

9. 결 론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있으므로 이를 인용하고, 나머지 주위적 청구 및 예비적 청구는 이유 없으므로 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.