2. 항소비용은 원고가 부담한다.

이 법원이 이 판결에 적을 이유는, 제1심 판결 이유 중 제2의 다. (2)항 ㈏목 부분(제1심 판결문 제5면 제16행부터 제7면 제14행까지)을 아래 제2항과 같이 고쳐 쓰고, 당심에서의 원고의 새로운 주장에 대한 판단과 정당한 세액 계산에 관한 부분을 아래 제3항과 같이 추가하며, 당심에서 추가로 제출·조사된 증거로서 제1심이 인정한 사실을 뒤집기에 부족한 증거로 갑 제19, 22호증의 각 기재와 당심증인 소외 2의 증언을 추가하는 외에는 제1심 판결의 이유 기재와 같으므로 이를 인용한다.

2. 고쳐 쓰는 부분

『(나) 피고가 산정한 이 사건 제1, 2 대지 및 건물의 양도가액이 적법한지 여부

먼저 피고가 원고가 주장하는 총 실지양도가액의 액수(45억 원)는 인정하면서도 원고가 주장하는 토지(25억 원)와 건물(20억 원)에 대한 각 실지양도가액을 인정하지 아니하고 구 소득세법(2006. 3. 3. 법률 제7873호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제100조 제2항 에 따라 기준시가의 비율에 따른 안분계산액을 기준으로 양도가액을 산정한 것이 적법한지에 관하여 본다.

살피건대, 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 제2, 20, 21호증, 을 제3호증의 각 기재와 변론의 전체 취지에 의하면, 원고가 2006. 3. 8. 소외 주식회사 제이에스애드컴(이하 ‘소외 회사’라 한다)에게 이 사건 부동산을 45억 원에 양도하기로 하는 매매계약을 체결할 당시 특약사항으로 토지 대금을 25억 원으로, 건물 대금을 20억 원(그 중 주택가격은 6억 원)으로 구분하여 정한 사실, 이후 원고는 위 건물 매도가액 20억 원을 부가가치세 매출가액으로 신고하고 그에 따른 부가가치세를 납부한 사실, 피고도 소외 회사로부터 이 사건 부동산의 양도와 관련한 대금영수증 및 송금확인증, 세금계산서, 거래처원장, 취득세·등록세 납부영수증 등을 넘겨받아 이를 확인함으로써 그 거래내용의 진위 여부를 확인한 사실을 각 인정할 수 있다.

앞서 본 법리와 같이 원래 양도자가 실지거래가액에 관한 증빙서류로서 제출한 매매계약서 등은 특별한 사정이 없는 한 당사자 사이의 계약 내용대로 작성된 것으로 추정되고, 그와 다른 특별한 사정이 있다는 점은 어디까지나 과세관청이 이를 입증하여야 한다. 그런데 이 사건에서 위와 같이 원고와 소외 회사는 처음부터 토지가액과 건물가액을 구분하여 그 금액을 명시한 매매계약서를 작성하고, 이를 근거로 세무서에 부가가치세를 신고하거나 관련 장부에 기재한 사정에 비추어 보면, 피고가 제출한 증거나, 피고의 주장과 같이 원고와 소외 회사가 이 사건 제1, 2 대지와 건물의 양도가액을 각 25억 원과 20억 원으로 각 평가하게 된 구체적 근거가 제시되지 아니하였다는 점이나, 양도 당시의 공시지가와 별반 차이가 없다는 점 혹은 양도 당시 이 사건 건물 시가가 위 특약사항에서 정한 액수보다 훨씬 하회하였을 것으로 보인다는 점 등만으로는 위 매매계약서가 실제와 달리 작성되었다는 등의 특별한 사정이 있다고 보기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.

이에 따르면 피고가, 원고가 주장하는 이 사건 제1, 2대지와 토지와 건물에 대한 각 실지양도가액을 인정하지 아니하고 구 소득세법 제100조 제2항 에 따른 기준시가의 비율에 따른 안분계산액을 기준으로 양도가액을 산정한 것은 부당하다. 이 부분에 관한 원고의 주장은 이유 있다(다만, 뒤의 ‘(4) 정당한 세액의 계산’에서 보는 바와 같이 결과적으로는 이 사건 처분이 위법하다고 볼 수는 없다).』

3. 추가 판단 부분

가. 당심에서 원고가 한 새로운 주장에 대하여 아래와 같은 판단을 추가한다.

(1) 원고의 주장

원고는 당심에 이르러, 원고가 공인된 감정기관 2곳에 소급감정을 의뢰하여 산출된 감정가액 중 최저금액을 구 소득세법 제97조 제1항 제1호 나목 에 따라 이 사건 토지의 실지거래가액으로 인정하여 취득가액을 산정하여야 한다고 주장한다.

(2) 판 단

살피건대, 위 조항에서 말하는 ‘대통령령이 정하는 감정가액’이란 양도일 또는 취득일 전후 각 3월 이내에 당해 자산에 대하여 2이상의 감정평가법인이 평가한 것으로서 신빙성이 있는 것으로 인정되는 감정가액(감정평가기준일이 양도일 또는 취득일 전후 각 3월 이내인 것에 한한다)이 있는 경우에 그 감정가액의 평균액을 의미하는 것이다[ 구 소득세법 시행령(2006. 4. 28. 대통령령 제19463호로 개정되기 전의 것) 제176조의2 제3항 제2호 참조].

그런데, 갑 제23, 24호증의 각 기재에 의하면 주식회사 가람감정평가법인 등이 이 사건 제1, 2대지에 관하여 각 소급감정을 실시하였으나, 그 시기는 원고가 위 각 대지를 취득한 시점으로부터 3월이 훨씬 경과한 2011. 2.경임이 인정되므로, 그 각 소급감정가액은 구 소득세법상의 실지거래가액을 대체할 수 있는 감정가액으로 볼 수 없다( 대법원 1997. 2. 11. 선고 96누860 판결 참조). 결국 원고의 위 주장은 더 나아가 살필 필요 없이 이유 없다.

나. 제1심 판결문 제12면 제18행 다음에 아래와 같은 내용을 추가한다.

『(4) 정당한 세액의 계산

위와 같은 판단에 따라 이 사건 부동산의 양도에 따른 정당한 세액을 계산해 본다. 앞서 본 바와 같이 이 사건 제1, 2대지와 건물에 관한 양도가액을 원고 주장과 같은 실지거래가액(토지 25억 원, 건물 20억 원, 주택 6억 원)으로 인정해 주되, 원고가 이 사건 제1, 2대지 별로 실지거래가액을 구분하여 특정하지 아니하고 주택에 대하여도 그 건물과 부지 별로 구분하여 가액을 특정하지 아니한 이상 원고의 해당 지분비율이 모두 상이한 위 각 부동산에 대한 개별양도가액은 원고가 주장하는 토지(25억 원)와 주택(6억 원)에 관한 실지거래가액을 양도 당시 기준시가의 비율대로 이 사건 제1, 2대지와 건물에 안분할 수밖에 없다. 또한 이 사건 부동산의 취득가액의 산정에 있어서는 위에서 본 바와 같이 실지거래가액이 확인되지 아니하고 달리 그 기준이 될 만한 매매사례가액, 감정가액이 없으므로 환산가액을 적용하여야 한다. 여기에 피고가 이 사건 처분 당시 원고가 실제로 지출한 양도비용 전액을 필요경비로 인정하여 양도가액에서 공제한 잘못( 구 소득세법 제97조 제1항 , 제3항 , 구 소득세법 시행령 제163조 제3 , 6항 에 의하면, 취득가액을 실지거래가액으로 적용하는 경우에만 실제로 지출한 양도비용을 공제할 수 있고, 취득가액을 환산가액으로 인정한 경우에는 일률적으로 취득당시 기준시가의 3%만 필요경비로 공제하는 것으로 규정하고 있다)이 있어 이를 수정하여 정당한 양도소득세액을 계산해 보면, 그 액수는 별지 세액계산표의 기재와 같이 443,932,250원이 된다.

이에 따르면, 피고가 이 사건 부동산의 양도가액을 산정함에 있어서 원고가 주장하는 실지거래가액을 적용하지 않은 잘못이 있다 하더라도, 이로 인하여 부과고지된 양도소득세 세액(419,262,930원)이 원래 납세자인 원고가 부담하여야 할 정당한 세액(443,932,250원)을 넘지 않는 이상 이 사건 처분이 위법하다고 할 수는 없으므로( 대법원 2006. 6. 15. 선고 2004두3823 판결 등 참조), 결국 원고의 주장은 모두 받아들일 수 없다.』

4. 결 론

그렇다면, 제1심 판결은 정당하므로, 원고의 항소를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

[별지 세액계산표 등 생략]