1. 수정신고안내서의 송달에 관한 상고이유에 대하여

원심판결 이유에 의하면, 원심은 그 채택증거를 종합하여 판시와 같은 사실을 인정한 다음, 원고는 피고가 수정신고를 독려하고 있는 사실을 충분히 알 수 있었을 것으로 보이고, 피고는 부가가치세 납세의무자에게 증액경정처분을 하기에 앞서 수정신고안내서를 송달하거나 수정신고안내를 고지하여야 할 법령상 의무를 부담하고 있지는 아니한 사정 등에 비추어 보면, 설령 원고가 수정신고안내서를 직접 송달받지 못하였더라도 이를 이 사건 부과처분의 취소사유로 삼기에 부족하다고 판단하였다. 기록에 비추어 살펴보면 원심의 위와 같은 판단은 정당한 것으로 수긍할 수 있고, 거기에 상고이유의 주장과 같이 과세처분의 절차적 하자를 간과하는 등의 위법이 없다.

2. 조세형평의 원칙에 관한 상고이유에 대하여

원심판결 이유에 의하면 원심은, 피고가 수정신고안내서를 통하여 세금계산서 자료의 교차거래가 확인된 상인들에게 2005년 제1기, 2006년 제1기, 2006년 제2기의 3개 과세기간에 대하여 스스로 정확하게 수정신고를 하도록 알리는 한편 수정신고를 하지 아니하거나 부당 축소신고를 할 경우에는 자료 발생기간 전부에 대한 재검토 작업이 이루어질 수 있다고 명시적으로 안내하였다는 이유로, 그 안내서에 의하여 수정신고 여부와 상관없이 위에서 본 3개 과세기간에 한정하여 경정처분이 이루어진다는 신뢰가 형성되었다거나 그 신뢰를 전제로 과세의 형평에 반하는 결과가 초래되었다는 원고의 주장을 배척하였다. 관련 법리와 기록에 비추어 살펴보면 원심의 위와 같은 조치는 정당한 것으로 수긍할 수 있고, 거기에 상고이유의 주장과 같이 조세형평의 원칙에 관한 법리를 오해하는 등의 위법이 없다.

3. 가공매출액에 관한 상고이유에 대하여

가. 원심판결 이유에 의하면 원심은, 설령 2001년 제2기부터 2006년 제1기까지 각 과세기간의 매출거래가 가공거래이어서 실제 매출이 없었다고 하더라도 원고가 각 해당 과세기간에 매출로 신고한 부분이 그대로 확정된 이상 그 부분을 전체매출액에서 공제할 것은 아니라는 이유로, 매출신고 거래가 가공거래인지 여부에 관하여 나아가 판단하지 아니한 채 매출신고 거래가 가공거래로서 과세표준에서 공제되어야 한다거나 추계조사의 방법으로 매출액을 다시 결정하여야 한다는 원고의 주장을 배척하였다.

나. 그러나 원심이 원고가 매출로 신고한 부분이 확정되었다는 이유만으로 매출신고 거래가 가공거래인지 여부에 관하여 나아가 판단하지 아니한 조치는 그대로 수긍하기 어렵다.

(1) 구 국세기본법(2007. 12. 31. 법률 제8830호로 개정되기 전의 것. 이하 같다) 제45조의2 제1항은 "과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 자는 다음 각 호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한 경과 후 3년 이내에 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다."고 규정하면서, 그 제1호에서 '과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때'를, 그 제2호에서 '과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미달하는 때'를 규정하고 있다. 그리고 구 부가가치세법(2007. 12. 31. 법률 제8826호로 개정되기 전의 것) 제21조 제1항은 "사업장 관할세무서장・사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 결정 또는 경정한다."고 규정하면서, 그 제2호에서 '확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때'를 규정하고 있다. 납세의무자가 신고한 과세표준과 세액에 관하여 오류 또는 탈루가 있다고 보아 과세관청이 증액경정처분을 한 경우 납세의무자는 국세기본법 제45조의2 제1항에 의하여 증액경정처분에 대한 경정청구를 할 수 있을 뿐만 아니라 경정청구와 별도로 증액경정처분의 취소를 구하는 항고소송을 제기하는 방법으로도 증액경정처분을 다툴 수 있다(대법원 2002. 9. 27. 선고 2001두5989 판결 등 참조). 그리고 납세의무자는 이와 같은 증액경정처분의 취소를 구하는 항고소송에서 과세관청의 증액경정사유뿐만 아니라 당초신고에 관한 과다신고사유도 함께 주장하여 다툴 수 있다(대법원 2013. 4. 18. 선고 2010두11733 전원합의체 판결 참조).

(2) 원심이 인용한 제1심 판결 이유와 원심이 적법하게 채택한 증거에 의하면, BB세무회계사무소의 실질적 운영자인 양현중이 남대문상가 약 1,223개 업체에 대한 기장대리 및 세무신고를 하여 오면서 부가가치세 과세표준, 매입세액 및 납부세액을 일정하게 맞추기 위하여 실지거래 없이 상호합의 아래 매출・매입세금계산서를 발행한 사실, 원고는 양현중이 발행한 매입세금계산서의 매입세액을 과세기간별 매출세액에서 공제하여 부가가치세를 신고한 사실, 그런데 원고는 매입세액과 마찬가지로 해당 과세기간별 매출세액 또한 상당 부분 양현중이 발행한 매출세금계산서에 기초하여 신고한 사실, 피고는 2009. 2. 10. 위 각 매입세금계산서가 사실과 다른 세금계산서라는 이유로 그 매입세액을 불공제하였으나, 원고가 신고한 매출세액 중 2004년 제1기분부터 2006년 제2기분까지 6개 과세기간에 대하여는 피고가 실지조사를 거쳐 원고의 새마을금고 계좌번호에 입금된 금액에서 원고가 매출거래의 공급가액으로 인정한 금액을 기준으로 경정하였고, 나머지 2001년 제2기분부터 2003년 제2기분까지의 5개 과세기간에 대하여는 원고가 신고한 대로 인정하여 원고가 납부할 부가가치세를 증액하는 이 사건 부과처분을 한 사실을 알 수 있다.

(3) 앞서 본 법 규정과 법리에 비추어 보면, 우선 이 사건 부과처분 중 2001년 제2기분부터 2003년 제2기분까지 5개 과세기간에 대한 부가가치세 부과처분과 관련하여, 원고가 가공매출액이라는 과다신고사유를 주장하고 있으므로, 원심으로서는 원고의 해당 과세기간별 매출액 중 가공매출액을 심리・확정한 다음 그 부분은 원고가 신고한 부가가치세의 과세표준에서 제외하고 정당한 세액을 산정하여 이 사건 부과처분의 위법 여부를 판단하였어야 한다. 그럼에도 원심은 이와 달리 신고납세방식의 조세인 부가가치세에서 납세의무자가 매출로 신고한 부분은 그대로 확정되고 매출세액 등이 과다신고된 경우라도 납세의무자는 감액경정청구 등의 절차에 의하여 불복할 수 있을 뿐 증액경정처분을 다투는 소송에서 신고에 의하여 확정된 과세표준과 세액을 다툴 수 없다고 보아 해당 과세기간별 매출액 중 가공매출액이 제외되어야 한다는 원고의 주장을 배척하고 위 5개 과세기간에 대한 이 사건 부과처분이 적법하다고 판단하였으니, 이러한 원심의 판단에는 증액경정처분의 취소를 구하는 항고소송에서 과다신고를 한 납세의무자가 다툴 수 있는 불복사유의 범위에 관한 법리를 오해한 나머지 필요한 심리를 다하지 아니함으로써 판결에 영향을 미친 잘못이 있다고 할 것이다. 이 부분 상고이유의 주장은 이유 있다.

(4) 그러나 이 사건 부과처분 중 2004년 제1기분부터 2006년 제2기분까지 6개 과세기간에 대한 부가가치세 부과처분은, 피고가 실지조사를 거쳐 확정한 매출거래의 공급가액을 기준으로 부가가치세를 부과한 것으로서 가공의 매출거래에 기인한 것이라 보기 어려우므로, 비록 원심이 원고가 매출로 신고한 부분이 확정되었다는 이유만으로 매출신고 거래가 가공거래인지 여부에 관하여 나아가 판단하지 아니하는 등 그 이유를 설시함에 있어서 적절하지 아니한 점은 있으나, 위 과세기간 동안의 매출거래가 가공거래로서 과세표준에서 공제되어야 한다거나 추계조사의 방법으로 매출액을 다시 결정하여야 한다는 원고의 주장을 배척한 조치는 결론에서 정당하여 이를 수긍할 수 있고, 거기에 상고이유의 주장과 같이 근거과세원칙이나 대법원판례를 위반하는 등의 위법이 없다.

다. 한편 이 사건 부과처분이 실질과세의 원칙, 신의성실의 원칙, 부가가치세법 제13조 제1항, 제17조 제1항, 제21조 제1항, 제2항을 위반하였다는 취지의 상고이유의 주장은 상고심에서의 새로운 주장에 해당하거나 부가가치세법위반에 관한 구체적이고도 명시적인 이유의 기재가 없는 때에 해당하는 것으로서(대법원 2011. 4. 14. 선고 2008다14633 판결 등 참조) 적법한 상고이유가 될 수 없다.

4. 결론

그러므로 원심판결 중 2001년 제2기분, 2002년 제1기분, 2002년 제2기분, 2003년 제1기분, 2003년 제2기분 부가가치세 부과처분에 관한 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 다시 심리・판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하며, 나머지 상고를 기각하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.