1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 1992. 9. 15.부터 인천 중구 C에서 시내버스 운송업을 운영하는 법인으로 2010. 12. 28. 상호를 D 주식회사에서 A 주식회사로 변경하였다.

나. 원고의 지분을 각각 44%씩 보유하고 있던 B과 E는 2001. 12. 20.부터 2008. 12. 22.까지 공동으로 원고의 대표이사를 역임하였고, 2009. 12. 22.부터 2009. 3. 20.까지는 B이, 2009. 3. 20. 이후에는 F가 대표이사를 맡고 있다.

다. 피고는 원고에 대하여 2013. 4. 29.부터 2013. 6. 7.까지 법인세 정기조사를 하였는데, B, E가 상무인 G 명의의 차명계좌에 원고의 자금을 입금하여 사용하거나 B 개인명의로 취득한 부외자산(횡령회수명목의 H 명의 아파트) 양도액을 누락하는 등의 방법으로 횡령하거나 사외유출된 사실을 확인한 후, 2013. 12. 2. 별지1 ‘부과 법인세’란 기재와 같이 법인세를 경정ㆍ고지하고, ‘소득금액변동통지(상여)’란 기재와 같이 소득금액변동통지를 하였다

[이 중 원고가 취소를 구하는 2005년, 2006년 사업연도 법인세 경정ㆍ고지를 ‘이 사건 법인세 부과처분’, 2007년 귀속 소득금액변동통지(귀속자 B)를 ‘이 사건 소득금액변동통지’라 하고, 이를 합하여 ‘이 사건 각 처분’이라 한다]. 라.

원고는 이에 불복하여 2014. 1. 23. 중부지방국세청장에게 이의신청을 하였으나, 중부지방국세청장은 2014. 2. 21. 위 신청을 기각하였다.

원고는 2014. 5. 21. 조세심판원장에게 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2015. 5. 24. 위 청구를 기각하였다.

마. 피고는 이 사건 소송 중이던 2016. 3. 14. 별지1 기재 소득금액변동통지 중 소득자 B 2004년 귀속 15,000,000원, 소득자 E 2004년 귀속 15,000,000원, 소득자 B 2005년 귀속 58,000,000원의 각 소득금액변동통지를 직권으로 취소하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑1~4,...