1. 원고의 피고들에 대한 청구를 모두 기각한다.

2. 원고보조참가인의 참가신청을 허가한다.

3....

1. 처분의 경위

가. 피고 서울지방국세청장은 2013. 4. 17.부터 2013. 6. 15.까지 원고에 대한 2009~2011 사업연도 법인세통합조사를 실시하였다.

피고 서울지방국세청장은 원고(변경전 상호 : C 주식회사)의 당시 대표이사 D, 임직원 E, B(원고보조참가인, 이하 ‘B’이라 한다), F(이하 ‘이 사건 임직원들’이라 한다)가 2009년 제2기부터 2011년 제2기까지 원고의 하수급업자인 G(개인사업자로 상호는 ‘H’)로부터 하도급 공사대금 중 1,156,000,000원을 돌려받았다는 이유로 해당 금액(이하 ‘이 사건 지급금’이라 한다)이 가공거래에 해당한다는 등의 과세자료를 피고 강남세무서장에게 통보하였다.

나. 피고 강남세무서장은 원고가 공사대금을 부풀리는 방법으로 이 사건 지급금에 대한 거짓 세금계산서를 수취한 것으로 보아 이 사건 지급금에 상응하는 공급가액(1,050,909,090원)을 부가가치세 매입세액에서 불공제하고 법인세 계산시 손금불산입하는 등 과세표준 및 세액을 재계산하여 2013. 8. 1. 원고에게 [별지1] 과세처분내역 기재와 같이 2009년 제2기~2011년 제2기 부가가치세 부과처분 및 2009~2011 사업연도 법인세 부과처분을 하였다.

피고 서울지방국세청장은 2013. 8. 12. [별지2] 소득금액변동통지내역기재와 같이 원고에게 이 사건 지급금을 이 사건 임직원들에 대한 상여로 소득처분하는 내용의 각 소득금액변동통지를 하였다.

다. 원고는 위 나항 기재 부과가치세 부과처분, 법인세 부과처분, 소득금액변동통지에 불복하여 2013. 11. 1. 조세심판원에 심판청구(조심 2014서613)를 하였다.

조세심판원은 2016. 5. 19. 원고의 주장들 중 이 사건 지급금 관련 주장은 받아들이지 않고 나머지 주장들 중 일부만 받아들여 ‘2011년 제1기 부가가치세 부과처분 및 2011...