상고를 기각한다.

상고비용은 피고가 부담한다.

상고이유(상고이유서 제출기간이 지난 후에 제출된 상고이유보충서들의 기재는 상고이유를 보충하는 범위 내에서)를 판단한다.

1. 구 법인세법(2008. 12. 26. 법률 제9267호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제19조 제1항은 ‘손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.’고 규정하고, 같은 조 제3항의 위임에 따른 구 법인세법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21302호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제19조 제3호는 구 법인세법 제19조 제1항에 따른 손비의 하나로 ‘인건비’를 들고 있다.

2. 원심은, ① 주식회사 하나금융지주(이하 ‘하나금융지주’라 한다)가 자회사인 원고의 임직원들에게 하나금융지주 주식에 대한 주식매수선택권을 부여한 사실, ② 원고의 임직원들이 2006년부터 2008년에 걸쳐 주식매수선택권을 행사하여 하나금융지주로부터 행사가격과 시가의 차액을 현금으로 지급받자, 원고는 사전약정에 따라 하나금융지주에 그 주식매수선택권 행사비용(이하 ‘이 사건 보전액’이라 한다)을 보전하여 준 사실, ③ 원고가 2006, 2007 및 2008 각 사업연도 법인세를 신고하면서 이 사건 보전액을 손금에 산입하지 아니하였다가 그후 이를 손금에 산입하여 달라는 취지로 경정청구를 하였으나, 피고는 이를 거부하는 이 사건 처분을 한 사실 등을 인정하였다.

나아가 원심은, 법인이 그 임직원들에게 부여하는 주식매수청구권은 근로 제공에 대한 대가로서 법인의 수익창출에 기여하는 점, 법인이 사전약정에 따라 모회사에 보전하는 주식매수선택권 행사비용은 결국 해당 법인의 부담으로 귀속되는 점, 2009. 2. 4.대통령령...