[사건번호]조심2012서5182 (2013.03.11)

[세목]양도[결정유형]기각

[결정요지]종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 이전까지의 양도소득은 조세특례제한법 제99조의3에서 규정한 감면대상에 해당한다고 보기 어려움

[관련법령] 조세특례제한법 제99조의3

[참조결정]조심2012서5116 / 조심2012부0243

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구인은 1997.8.211. 서울특별시 OOO 소재 무허가 주택(이하 “종전주택”이라 한다)을 취득하여 보유하던 중도시재개발 사업으로 종전주택과 청구인이 2003.9.2. 등기이전받은 서울특별시 OOO 및 같은 동 78-478 소재 국유지 3필지 97㎡(이하 “쟁점국유지”라 한다)가 환지되어 2003.6.5. 서울특별시 OOO(이하 “신축주택”이라 한다)의 임시사용승인을 얻은 후 이를 2008.5.21. OOO에 양도하고, 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제99조의3에 의한 양도소득세 과세특례 규정에 따라 양도소득금액 OOO 전액을 감면소득으로, OOO을 감면세액으로, 납부할 세액을 “0”로 하여 신고하였다.

나. 처분청은 청구인의 양도소득금액 중 종전주택 취득일부터 신축주택의 취득일 전까지의 기간에 대한 양도소득금액은 감면대상이 아니라고 보아 감면소득을 OOO, 감면세액을 OOO으로 재계산하여 2012.7.19. 청구인에게 2008년 귀속 양도소득세 OOO을 경정·고지하였다.

다.청구인은 이에 불복하여 2012.9.21. 이의신청을 거쳐 2012.11.12. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 조특법 시행령 제99조 제1항에서 감면양도소득금액은 같은 법 시행령 제40조 제1항의 규정을 준용하도록 되어 있고, 동 규정에서는 {양도소득금액 × (취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가) / (양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}로 정하여 분모 및 분자의 취득당시 기준시가를 동일하게 규정하고 있음에도 불구하고,

처분청이 내부지침인 예규(부동산거래관리과-127(2011.2.10.)를 적용하여 감면소득금액을 “{양도소득금액 × (신축주택 취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 신축주택 취득당시의 기준시가) / (신축주택 양도당시의 기준시가 - 종전주택 취득당시의 기준시가)}”의 산식으로 계산하여 분모와 분자의 취득당시의 기준시가를 달리 적용한 것은 확장해석 또는 유추해석을 금하는 조세법률주의에 반한다.

또한, 조특법 제99조의3 제1항 제1호는 건설사업자로부터 취득한 주택의 경우이고, 같은 조 제2호는 직접 건설한 신축주택의 경우로, 처분청에서는 제1호의 감면세액 계산시에는 신축주택 취득일의 기준시가를 적용하고, 제2호의 감면세액 계산시에는 종전주택 취득당시 기준시가를 적용하고 있는데, 이는 동일한 조세법규를 처분청의 내부처리 지침인 예규에 따라 신축주택의 취득 유형별로 구분하여 계산하고 있어, 확장해석 또는 유추해석을 금지하는 조세법률주의에 반한다.

(2) 신축주택의 양도시 양도차익은 실제거래가액에 의하여 계산하고 있으나, 감면소득의 계산에만 기준시가에 의하여 계산하므로 실제 5년간 발생한 양도차익과는 상이한 결과가 발생하므로, 감면소득금액의 계산은 실지거래가액에 따라 계산되어야 한다. 청구인의 경우 실제양도가액 OOO에서 신축주택의 분양가 OOO을 차감한 OOO에서 장기보유특별공제액을 차감하여 감면소득금액을 OOO으로 계산하여야 하나, 처분청의 감면소득금액은 이와 과도한 차이가 난다. 청구인의 과세대상소득은 전체양도차익에서 신축주택의 취득 후 양도차익을 차감한 종전주택과 국유지 매입분인바, 청구인의 신축주택 취득가 OOO보다 종전주택 및 국유지의 취득가 OOO이 더 크므로, 신축주택의 취득전 양도차익은 발생하지 아니하여 청구인의 과세대상소득은 결손이 발생하므로 전체양도차익이 감면소득이다.

(3) 처분청이 2011년 이후 변경된 해석에 의하여 조특법 시행령 제40조 제1항의 감면소득 계산식에서 분모의 취득당시 기준시가를 종전주택 취득당시의 기준시가로 보더라도, 계산산식에서 ‘분모의 취득당시 기준시가’는 ‘종전주택 취득당시 기준시가’에 ‘쟁점국유지 기준시가’ 및 ‘청산금 납부분에 해당하는 토지 및 건물의 취득당시 기준시가’를 합계한 금액으로 계산하여야 한다. 그러나, 처분청은 감면소득의 계산시 청구인의 취득가액 중 하나인 종전주택에 대하여만 취득당시 기준시가에 반영하여 청구인의 감면세액을 축소 계산하여 부당하다.

(4) 조특법 제99조의3에서는 해당 신축주택을 취득한 날부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상금액에서 빼도록 규정하고 있는바, 청구인의 경우 신축주택을 취득 후 5년경과 전에 양도하였으나, 감면소득금액의 계산은 5년 경과후 양도하는 경우와 동일하게 하면서 감면세액 계산시에만 소득차감 방식이 아닌 세액감면 방식을 적용할 이유가 없다.

나. 처분청 의견

(1) 신축주택을 취득자에 대한 양도소득세 과세특례를 규정하고 있는 조특법 제99조의3 및 관련 예규인 재산세과-227(2009.1.20.), 부동산거래관리과-708(2010.5.18.), 부동산거래관리과-127(2011. 2.10.) 등에 의하면 신축한 주택의 5년 내 양도소득금액에 대하여만 감면에 해당하고, 구주택 취득시점부터 신주택 준공일 전일까지의 양도소득금액과 5년 경과 후의 양도소득금액은 감면배제 되어야 하므로, 청구인이 양도소득세 신고 시 구주택 취득시점부터 신주택 준공일 전일까지의 과다감면세액에 대한 경정, 고지 처분은 정당하다.

(2) 신축취득주택에 대한 양도소득세 감면소득 산정은 조특법 시행령 제40조 제1항에 당초 양도소득금액을 ‘기준시가’로 안분하여 감면소득금액을 계산토록 규정되어 있으므로, ‘실지거래가액’에 따라 감면소득금액을 산정하여야 한다는 청구인의 주장은 받아들일 수 없다.

(3) 신축주택에 있어 청산금을 납부한 경우 종전부동산의 취득당시 기준시가에 청산금납부분에 해당하는 건물분의 신축주택 취득당시 기준시가를 더한 값을 분모의 취득당시 기준시가로 적용하여야 한다고 주장하나, “청산금을 납부한 신축주택의 감면소득 계산 시 분모의 취득당시 기준시가는 종전주택 취득 당시 기준시가를 적용하여야 한다”라고 규정하고 있는 부동산거래관리과-127(2011.02.10)에 의거 과다감면분에 대한 당초 고지처분은 적법하다. 그리고, 당초 종전주택 취득 당시 기준시가 계산시 쟁점국유지 매입분에 대한 기준시가 OOO이 반영되어 있다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일까지의 양도소득금액이 조특법 제99조의3에 의한 감면소득인지 여부

② 감면소득금액계산시 기준시가가 아닌 실지거래가액을 적용함이 타당하다는 청구주장의 당부

③ 취득당시 기준시가에 신축주택 취득을 위한 종전주택 부수토지인 국유지 매입 및 청산금 관련 기준시가를 추가하여야 한다는 청구주장의 당부

④ 양도소득 과세표준 및 세액계산시 감면대상 소득금액을 양도소득금액에서 직접 차감하여 계산함이 타당하다는 청구주장 당부

나. 관련법령

(1) 조세특례제한법 제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】① 거주자(주택건설사업자는 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 고려하여 부동산 가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역 외의 지역에 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 신축주택(그 주택에 딸린 토지로서 해당 건물 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 면제하고, 해당 신축주택의 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다. 다만, 해당 신축주택이 「소득세법」제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가 주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우: 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다)중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(「주택법」에 따른 주택조합 또는 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령으로 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택은 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(「주택법」에 따른 주택조합 또는 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 정비사업조합을 통하여 대통령령으로 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우: 신축주택취득기간에 사용승인 또는 사용검사(임시 사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

(2) 「조세특례제한법 시행령」 제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】② 법 제99조의3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다.

제40조【구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등】① 법 제43조 제1항에서 "당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액"이라 함은 「소득세법」제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는 「법인세법」제99조 제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다.

{양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청 과세자료에 의하면, 청구인은 1997.8.21. 종전주택을 취득하고, 2003.9.2. 종전주택의 부지인 쟁점국유지의 소유권이전등기를 마쳤으며, 도시재개발사업에 따라 종전주택과 쟁점국유지를 OOO에 평가받고, 청산금 OOO을 납부하여(평가액 및 청산금 합계 OOO) 2003.6.5. 신축주택의 임시사용승인을 얻었고,신축주택의 취득일로부터 5년이 경과하지 아니한 2008.5.21.신축주택을 양도한 사실이 나타난다.

(2) 청구인은 신축주택의 양도에 대하여, 아래 산식에 따라 감면대상소득을 OOO으로 산정하고, 이에 대한 감면세액을 OOO으로 하여 양도소득세를 신고한 것으로 나타난다.

(3) 처분청은 종전주택의 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면대상에 해당되지 않는다고 보아, (2)항의 산식 중 ‘신축주택 취득 당시의 기준시가’ OOO을 아래 <표>에 따라 산정된 OOO(당초 OOO이었으나, 서울특별시 OOO 소재 대지 55㎡의 취득시기를 2003.9.2.로 보도록 한 이의신청 결정에 따라 변동되었다)으로 변경하여 감면대상소득을 OOO, 감면세액을 OOO으로 재계산하고 이를 산출세액에 OOO서 차감한 것으로 나타나는바, 처분청이 인정한 OOO은 종전주택과 쟁점국유지의 취득당시 기준시가의 합계이고, 청산금 부담분에 대한 기준시가는 반영하지 아니한 것으로 나타난다.

OOOOOOOOO OOOO OOOO O OOOO OOOO OO OO

(OO : O, O)

(4) 쟁점①에 대하여 살펴본다.

청구인은 처분청이 조특법 제99조의3, 같은 법 시행령 제99조의3 및 제40조 제1항의 산식에 따라 감면대상 양도소득금액을 산정하면서 분모와 분자의 취득당시 기준시가를 달리 적용한 것은 조세법률주의에 위반된다고 주장하고 있으나, 조특법 제99조의3에서 규정한 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 규정은 ‘신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화’에 그 입법취지가 있는 점, 조특법 제99조의3 제1항 및 같은 법 시행령 제99조의3 제2항에 의하면, 과세특례대상 양도소득금액을 ‘해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려운 점 등으로 볼 때, 분모의 ‘취득당시의 기준시가’는 종전주택의 취득당시 기준시가를 말하는 것으로 보는 것이 신축주택의 감면되는 양도소득세를 합리적으로 산정하기 위한 조특법 제99조의3의 입법취지에 부합된다고 판단된다(조심 2012서5116, 2013.1.31. 외 다수 같은 뜻).

따라서, 처분청이 당초 계산식과 같이 감면대상 소득금액을 계산한 것은 타당하다고 할 것이고, 이에 대한 청구인의 주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

(5) 쟁점②에 대하여 살펴본다.

감면소득금액은 기준시가가 아닌 실지거래가액에 따라 계산되어야 한다고 주장하나, 조특법 시행령 제40조 제1항의 계산식에서 분자와 분모 모두를 기준시가에 의하여 계산하여야 한다고 명문으로 규정하고 있어, 감면소득금액계산 산식 중 분모와 분자를 기준시가에 의하여 감면소득을 계산한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

(6) 쟁점③에 대하여 살펴본다.

청구인은 조특법 시행령 제40조 제1항에 따른 산식의 분모 중 취득당시 기준시가에는 ‘쟁점국유지 기준시가’ 및 ‘청산금 납부분에 해당하는 토지 및 건물의 취득당시 기준시가’가 포함되어야 한다고 주장하나, (3)항의 <표>에 의하면 처분청의 감면대상 양도소득 계산시 쟁점국유지의 기준시가는 이미 분모에 포함된 것으로 나타나는 점, 청산금은 「소득세법 시행령」제166조 제7항에 따라 양도차익에서 공제될 수 있을 뿐 양도소득금액 감면산식에 반영하도록 관련법령에서 별도로 규정하고 있지 아니하는 점(조심 2012부243, 2012.3.13. 참고) 등을 고려하면 이 부분 청구인의 주장도 받아들이기 어렵다고 판단된다.

(7) 쟁점④에 대하여 살펴본다.

청구인은 신축주택을 취득일로부터 5년이 경과한 이후 양도한 경우와 같이 감면대상소득을 양도소득금액에서 직접 차감하여 양도소득세 과세표준과 세액을 계산하여야 한다고 주장하나, 조특법 제99조의3은 신축주택을 취득한 날부터 5년 이내에 양도하는 경우와 그 이후에 양도하는 경우를 구분하여 전자에 대하여는 세액을 감면하고, 후자에 대하여는 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 과세대상 소득금액에서 차감하도록 달리 규정하고 있는 점을 고려하면, 신축주택을 취득한 날부터 5년 이내에 양도하는 경우에는 양도소득금액에 대한 세액을 감면하는 방법으로 산정하여야 할 것으로, 이에 따라 취득 후 5년 신축주택을 양도한 본 건에서 처분청이 감면세액을 산출세액에서 공제하여 이 건 양도소득세를 부과한 처분에는 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.