1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 2002. 4. 2.부터 서울 송파구 B 소재 C빌딩(변경 전: D빌딩, 이하 ‘이 사건 건물’이라 한다)을 사업장으로 하여 부동산임대업을 영위해 왔다.

나. 원고는 2012. 4. 13. E에게 이 사건 건물을 4,550,000,000원에 양도하였다

(이하 ‘이 사건 계약’이라 한다). E는 2012. 7. 31.까지 매매대금을 모두 지급하고, 같은 날 이 사건 건물 중 8/10 지분에 관하여 E 앞으로, 2/10 지분에 관하여 처(妻) F 앞으로 각 소유권이전등기를 마쳤다.

다. 원고는 2012. 8. 27. 피고에게 ‘폐업일: 2012. 7. 31., 폐업사유: 사업포괄양도’로 하여 폐업신고를 하고, 2012년 2기 부가가치세 확정신고를 하였다. 라.

(1) E는 2012. 8. 3. 상호를 ‘C빌딩’으로 하여 이 사건 건물에 관한 부동산 임대업으로 사업자등록을 하고, 2012. 9. 21. 송파세무서장에게 “이 사건 계약은 사업양도가 아니라 부동산 매매계약이다.”는 이유로 매입자발행세금계산서 발급을 위한 거래사실 확인신청을 하였다.

그러나 E는 2012. 10. 29. 송파세무서장으로부터 “이 사건 계약은 사업양도에 해당하므로, 거래사사실 확인이 불가능하다.”는 통지를 받았다.

(2) E는 이에 불복하여 심판청구 등을 거쳐 2013. 7. 16. 서울행정법원(2013구합18506)에 송파세무서장을 상대로 거래사실확인불가처분 취소소송을 제기하였고, 2013. 11. 14. 위 법원으로부터 “거래사실 확인신청 거부처분을 취소한다.”는 판결을 받았다.

위 판결은 그 무렵 확정되었다

마. (1) 피고(관할구역 변경으로 처분청이 송파세무서장에서 피고로 변경되었다)는 이에 따라 2014. 2. 11. E에게 거래사실 확인통지를 하면서, 원고에게도 조세특례제한법 시행령(2013. 6. 28. 대통령령 제24638호로 개정되기 전의 것) 제121조의4 제8항에 따라 거래사실...