상고를 모두 기각한다.

상고비용은 피고들이 부담한다.

상고이유를 판단한다.

1. 원심은 판시와 같은 이유를 들어, C영농조합법인(이하 ‘소외 조합’이라 한다)이 2011. 7. 25. 법률 제10898호로 개정되어 2016. 1. 28. 법률 제13931호로 개정되기 전의 보조금 관리에 관한 법률(이하 ‘개정 보조금법’이라 한다)에 정해진 간접보조사업자라고 전제한 다음, 소외 조합이 이 사건 보조금으로 취득한 중요재산인 이 사건 건물에 관하여 개정 보조금법 제35조 제3항을 위반하여 중앙관서의 장의 승인 없이 근저당권설정계약을 체결한 것은 무효이고, 그에 따라 마친 근저당권설정등기도 원인무효라고 판단하였다.

2. 2011. 7. 25. 법률 제10898호로 개정, 제명 변경되기 전의 보조금의 예산 및 관리에 관한 법률(이하 ‘구 보조금법’이라 한다) 제35조는 “보조사업자는 보조금으로 취득한 중요한 재산을 담보에 제공할 수 없다.”라고만 규정하였고, 간접보조사업자에 관하여는 명시적으로 규정하지 않았다.

구 보조금법 제2조가 ‘보조금보조사업보조사업자’와 ‘간접보조금간접보조사업간접보조사업자’를 정의하고 개별 조항에서 보조사업자와 간접보조사업자를 명시적으로 구별하여 규율하는데, 구 보조금법 제35조는 ‘간접보조사업자’와 ‘간접보조금’을 적용 대상으로 명시하지 않는 등 구 보조금법의 규율 체계와 방식, 구 보조금법 제35조의 입법 취지 등을 종합적으로 고려하면, 구 보조금법 제35조가 간접보조사업자간접보조금에는 적용되지 않는다(대법원 2018. 11. 15. 선고 2015다247257 판결 참조). 따라서 간접보조사업자가 간접보조금으로 취득한 재산을 담보로 제공하더라도 그 효력에 영향을 받지 않는다.

3. 개정 보조금법 제35조 제3항 본문은 "보조사업자 또는 간접보조사업자는 해당...