1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 2000. 7. 14. 네덜란드 법인인 Renault Group BV가 70.1% 지분을 투자하여 설립한 외국인투자기업인 자동차 제조회사로서, 2003. 12. 19. 재정경제부장관으로부터 전자제어식 엔진(이하 ‘이 사건 엔진’이라 한다)이 고도의 기술을 수반하는 사업에 해당한다는 이유로 조세감면을 승인받았다.

나. 원고는 2003 사업연도부터 이 사건 엔진으로 발생한 소득을 정비용 엔진의 대리점 판매가격을 기준으로 정하여 신고하여 법인세를 감면받았다.

다. 서울지방국세청장은 2012. 8. 13. 부터 2013. 1. 16.까지 원고에 대하여 2007-2011 사업연도 법인세 통합조사(이하 ‘이 사건 세무조사’라 한다)를 실시한 후 2013. 2. 4. 이 사건 엔진의 시가를 정비용 엔진의 대리점 판매가격이 아니라 국외특수관계자에 대한 OEM 수출가격을 기준으로 정하여 2008-2010 사업연도의 법인세 감면세액을 취소하고, 가산세를 부과한다는 내용의 세무조사 결과통지를 하였다. 라.

원고는 2013. 3. 6. 과세전적부심사청구를 하였는데, 국세청장은 2013. 5. 27. 정비용 엔진의 대리점 판매가격이나 국외특수관계자에 대한 OEM 수출가격 모두 이 사건 엔진의 시가로 보기 어렵고 다만 최종제품 매출액에 투입된 부품 중 감면해당 부품액 비율을 곱하여 계산한 금액을 시가로 적용하여 감면소득으로 계산(이하 ‘원가 비례법’이라 한다)한 후 과세할 여지가 있다는 취지의 결정을 하였다.

마. 피고는 위 과세전적부심사결정 취지에 따라 원가비례법으로 감면소득 및 감면세액을 재계산하여 2013. 6. 21. 별지1 목록 기재와 같이 2008-2010 사업연도 법인세를 경정고지하였다

(이하 조세심판원에서 취소된 금액을 제외한 잔존세액에 대한 부과처분을 ‘이 사건 처분’이라 한다). 바....