원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원에 환송한다.

상고이유(상고이유서 제출기한이 지난 후에 제출된 상고이유보충서의 기재는 상고이유를 보충하는 범위 내에서)를 판단한다.

1. 구 국세기본법(2016. 12. 20. 법률 제14382호로 개정되기 전의 것)은 제81조에서 심판청구에 관하여는 심사청구에 관한 제65조를 준용한다고 규정하고, 제80조 제1항, 제2항에서 심판청구에 대한 결정의 효력에 관하여 제81조에서 준용하는 제65조에 따른 결정은 관계 행정청을 기속하고, 심판청구에 대한 결정이 있으면 해당 행정청은 결정의 취지에 따라 즉시 필요한 처분을 하여야 한다고 규정하고 있으며, 제65조 제1항 제3호에서 심사청구가 이유 있다고 인정될 때에는 그 청구의 대상이 된 처분의 취소경정 결정을 하거나 필요한 처분의 결정을 한다고 규정하고 있다.

과세처분에 관한 불복절차에서 그 불복사유가 옳다고 인정하고 이에 따라 필요한 처분을 하였을 경우에는 불복제도와 이에 따른 시정방법을 인정하고 있는 위 법 규정의 취지에 비추어 동일 사항에 관하여 특별한 사유 없이 이를 번복하고 다시 종전의 처분을 되풀이할 수는 없다

(대법원 2016. 10. 27. 선고 2016두42999 판결 등 참조). 2. 원심판결 이유와 기록에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다. 가.

원고는 2009. 10. 19. 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제25조에 의하여 기술보증기금으로부터 벤처기업임을 최초로 확인받은 후(유효기간: 2009. 10. 19. ~ 2010. 10. 18.), 2010. 10. 18.(유효기간: 2009. 10. 19. ~ 2011. 10. 18.), 2011. 10. 17.(유효기간: 2011. 10. 19. ~ 2013. 10. 18.), 2012. 6. 19.(유효기간: 2012. 6. 19. ~ 2014. 6. 18.), 2014. 6. 19.(유효기간: 2014. 6. 19. ~ 2016. 6. 18.) 추가로 확인을 받았다.

나. 원고는 2014. 3. 31. 창업중소기업 등에 대한 세액감면을 규정하고 있는 구...