원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원에 환송한다.

상고이유를 판단한다.

1. 구 지방세법(2015. 12. 29. 법률 제13636호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제7조 제5항 전문은 간주취득세 납세의무에 관하여 ‘법인의 주식을 취득함으로써 지방세기본법 제47조 제2호에 따른 과점주주가 되었을 때에는 그 과점주주가 해당 법인의 부동산 등을 취득한 것으로 본다’고 규정하고 있다.

여기서 과점주주란 구 지방세기본법(2016. 12. 27. 법률 제14474호로 전부개정되기 전의 것, 이하 같다) 제47조 제2호에 정한 바와 같이 주주 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자의 소유주식의 합계가 해당 법인의 발행주식 총수의 100분의 50을 초과하면서 그에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자를 말한다.

그리고 구 지방세법 시행령(2015. 12. 31. 대통령령 제26836호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제11조 제2항 본문은 ‘이미 과점주주가 된 주주가 해당 법인의 주식을 취득하여 그가 가진 주식의 비율이 증가된 경우에는 그 증가분을 취득으로 보아 법 제7조 제5항에 따라 취득세를 부과한다’고 규정하고 있다.

실질과세의 원칙 중 구 지방세기본법 제17조 제1항이 규정하고 있는 실질귀속자 과세의 원칙은 소득이나 수익, 재산, 거래 등의 과세대상에 관하여 귀속 명의와 달리 실질적으로 귀속되는 자가 따로 있는 경우에는 형식이나 외관을 이유로 귀속 명의자를 납세의무자로 삼을 것이 아니라 실질적으로 귀속되는 자를 납세의무자로 삼겠다는 것이다.

그리고 구 지방세법 제7조 제5항 전문이 법인의 과점주주에 대하여 그 법인의 재산을 취득한 것으로 보아 취득세를 부과하는 것은 과점주주가 되면 해당 법인의 재산을 사실상 임의처분하거나 관리운용할 수 있는 지위에 서게 되어 실질적으로 그 재산을...