법인세과-694 (2009.6.10)

법인

비영리법인이 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입은 수익사업이나 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(수익사업 제외)에 직접 사용한 경우에는 수익사업에 해당되지 아니함

법인으로 보는 단체로 승인받은 종교단체가 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(수익사업 제외)에 직접 사용한 주택을 양도하는 경우 당해 주택의 양도로 인하여 발생하는 소득은 수익사업에 해당되지 않는 것이나, 귀 질의가 이에 해당하는지 여부는 사실판단 할 사항입니다.

법인세법 제3조 【과세소득의 범위】

1. 질의내용 요약

○사실관계

-본인목사가 교회명의로 증여등기한 아파트에서 교회 고유번호증을 발급받고 예배를 드리고 있음

○ 질의내용

-종교법인이 아파트를 3년 이상 고유목적용도로 사용한 후 양도할 때법인세 과세여부

2. 질의내용에 대한 자료

【關聯法令】

○ 법인세법 제3조 【과세소득의 범위】

③비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다. (1998. 12. 28. 개정) (중 략)

5.고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입(1998. 12. 28. 개정)(이하생략)

○ 법인세법 시행령 제2조 【수익사업의 범위】(중 략)

②법 제3조 제2항 제5호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 당해 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항의 규정에 해당하는 수익사업을 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 당해 고정자산의 유지ㆍ관리 등을 위한 관람료ㆍ입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다. (1998. 12. 31. 개정)

○ 법인세법 제55조의 2【토지 등 양도소득에 대한 과세특례】

①내국법인이 다음 각 호의 1에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의 2에서 “토지 등”이라 한다)을 양도한 경우에는 당해 각호에 의하여 계산한 세액을 토지 등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조의 규정에 의한 과세표준에 제55조의 규정에 의한 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 2 이상에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다. (2005. 12. 31. 후단신설)

1. 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제125조의 규정에 의하여 국토해양부장관이 조사한 당해 지역의 직전분기의 평균지가가 직전전 분기 대비 100분의 3 이상 상승하거나 전년도 동분기 대비 100분의 10 이상 상승한 지역으로서 대통령령이 정하는 지역에 소재하는 토지 등을 양도한 경우에는 그 양도로 인하여 발생한 소득에 100분의 10(미등기토지 등의 양도소득에 대하여는 100분의 20)을 곱하여 산출한 세액 (2008. 2. 29. 직제개정 ; 정부조직법 부칙)

2. 대통령령이 정하는 주택(그 부수토지를 포함한다)을 양도한 경우에는 토지 등의 양도소득에 100분의 30(미등기토지 등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액 (2003. 12. 30. 개정)

3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 30(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액 (2005. 12. 31. 신설)

○ 법인세법 제92조 의2 【토지등양도소득에 대한 과세특례】

② 법 제55조의2제1항제2호에서 "대통령령이 정하는 주택"이라 함은 국내에소재하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을말한다.

1. 「임대주택법」에 따라 5호[ 「수도권정비계획법」 제2조제1호에 따른 수도권(이하 "수도권"이라 한다) 밖의 지역인 경우에는 1호]이상의 국민주택[수도권 밖의 지역인 경우에는 「주택법」에 따른 주택으로서 대지면적이 298제곱미터 이하이고 주택의 연면적( 「소득세법 시행령」 제154조제3항 본문에 따라 주택으로 보는 부분과 주거전용으로 사용되는 지하실부분의 면적을 포함하고, 공동주택의 경우에는 전용면적을 말한다)이 149제곱미터 이하인 주택. 이하 이 호에서 같다]을 임대하고 있는 법인이 10년(수도권 밖의 지역인 경우에는 7년) 이상 임대한 국민주택

1의2.해당 법인이 임대하는 「임대주택법」 제2조제2호에 따른 건설임대주택으로서 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택이 2호 이상인 경우 그 주택

1의3. 「부동산투자회사법」 제2조제1호에 따른 부동산투자회사 또는 「간접투자자산 운용업법」 제27조제3호에 따른 부동산간접투자기구가 2008년 1월 1일부터 2008년 12월 31일까지 취득 및 임대하는 「임대주택법」 제2조제3호에 따른 매입임대주택으로서 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택이 5호 이상인 경우 그 주택

1의4. 「임대주택법」 제2조제3호에 따른 매입임대주택[미분양주택( 「주택법」 제38조에 따른 사업주체가 같은 조에 따라 공급하는 주택으로서 입주자모집공고에 따른 입주자의 계약일이 지난 주택단지에서 2008년 6월 10일까지 분양계약이 체결되지 아니하여 선착순의 방법으로 공급하는 주택을 말한다. 이하 이 조에서 같다)으로서 2008년 6월 11일부터 2009년 6월 30일까지 최초로 분양계약을 체결하고 계약금을 납부한 주택에 한정한다]으로서 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택. 이 경우 해당 주택을 양도하는 법인은 해당 주택을 양도하는 날이 속하는 사업연도 과세표준신고 시 시장·군수 또는 구청장이 발행한 미분양주택 확인서 사본 및 미분양주택 매입 시의 매매계약서 사본을 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

2. 주주등이나 출연자가 아닌 임원(소액주주등인 임원을 포함한다) 및 사용인에게 제공하는 사택 및 그 밖에 무상으로 제공하는 법인 소유의 주택으로서 사택제공기간 또는 무상제공기간이 10년 이상인 주택

3. 저당권의 실행으로 인하여 취득하거나 채권변제를 대신하여 취득한 주택으로서 취득일부터 3년이 경과하지 아니한 주택

4. 그 밖에 부득이한 사유로 보유하고 있는 주택으로서 기획재정부령으로 정하는 주택

【關聯例規】

○ 법인-3549(2008.11.24)

비영리내국법인으로 승인받은 종교단체가 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(수익사업 제외)에 직접 사용하는 사택을 양도하는 경우 당해 소득은 수익사업소득에서 제외되어 법인세가 과세되지 않는 것이나, 귀 질의가 이에 해당하는 지 여부는 사실판단할 사항임.

또한, 내국법인이 「법인세법 시행령」 제92조의 2 제2항 각호의 1에 해당되는 주택을 제외한 주택을 양도한 경우에는 토지 등의 양도소득에 100분의30을 곱하여 산출한 세액을 법인세로 추가하여 납부하여야 하는 것임

○ 서면2팀-941(2008.05.14)

「법인세법 시행령」 제2조 제2항에 의해 비영리법인의 고정자산이 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 경우에는 당해 자산의 처분으로 인하여 생기는 수입은 비영리법인의 수익사업에 해당되지 않는 것이나, 귀 질의의 경우 고정자산 처분일 현재 3년 이상 계속하여 정관 등에 규정된 고유목적사업에 직접 사용여부는 제반사항을 감안하여 사실판단 할 사안임

○ 서면2팀-1180(2004.06.10)

1. 귀 (질의 1)의 경우 비영리내국법인이 고정자산 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업( 법인세법시행령 제2조 제1항의 수익사업 제외)에 직접 사용한 고정자산의 처분으로 인한 수입은 수익사업에서 발생한 소득에 해당하지 아니함

2. (질의 2)의 경우 비영리내국법인이 보유중인 부동산을 양도하는 경우로서, 당해 자산의 양도일이 속하는 사업연도에 법인세법 제3조 제2항 제1호의 규정에 의한 수익사업(이하 ‘수익사업’이라 함)을 영위하지 아니하는 경우에는 같은 법 제62조의 2의 규정을 적용받을 수 있는 것이나, 양도일이 속하는 사업연도에 수익사업을 영위하였는지 여부는 사실판단 할 사항임

○ 서면2팀-1000(2008.05.21)

내국법인이 법인세법 제55조의 2 제1항 각 호의 1에 해당하는 토지 및 건물을 양도한 경우에는 당해 각 호에 의하여 계산한 세액을 토지 등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조의 규정에 의한 과세표준에 제55조의 규정에 의한 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 하는 것임