원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원에 환송한다.

상고이유(상고이유서 제출기간이 경과한 후에 제출된 상고이유보충서 등의 기재는 상고이유를 보충하는 범위 내에서)를 판단한다.

1. 상고이유 제1점에 관하여

가. 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제52조 제1항, 제2항, 제4항, 구 법인세법 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제22577호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제88조 제1항 제6호, 제89조 제5항에 의하면, 법인이 특수관계자에게 금전, 그 밖의 자산 또는 용역을 무상 또는 시가보다 낮은 이율요율이나 임대료로 대부하거나 제공함으로써 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 이를 부당행위계산으로 보아 시가와의 차액 등을 익금에 산입하도록 하고 있고, 이때 그 시가는 금전 대여의 경우 구 법인세법 시행령 제89조 제3항에 따라, 그 밖의 자산 또는 용역 제공의 경우 구 법인세법 시행령 제89조 제1항, 제2항, 제4항에 따라 각각 달리 계산하도록 하고 있다.

부당행위계산의 유형으로서 금전 대여에 해당하는지 또는 자산용역 제공에 해당하는지는 그 거래의 내용이나 형식, 당사자의 의사, 계약체결의 경위, 거래대금의 실질적경제적 대가관계, 거래의 경과 등 거래의 형식과 실질을 종합적으로 고려하여 거래관념과 사회통념에 따라 합리적으로 판단하여야 한다.

나. 원심판결 이유와 원심이 적법하게 채택한 증거에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다.

(1) 원고는 2005. 10. 26. 주식회사 E로부터 서귀포시 C 소재 토지 및 그 지상 건물을 분양받아 2006. 7. 28. 및 2007. 6. 1. 토지와 건물에 관한 소유권이전등기와 소유권보존등기를 각 마쳤다

(이하 토지와 건물을 합하여 ‘이 사건 부동산’이라고 한다). (2) 원고의...