1. 피고가 2012. 5. 1. 원고에게 한 양도소득세 54,161,360원의 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은...

1. 처분의 경위

가. 원고는 1976. 12. 18.경 서울 마포구 B 소재 주택을 취득하였는데, 재개발사업을 통하여 위 주택 멸실 후 C아파트 201동 803호(이하 ‘이 사건 주택’이라 한다)를 취득하였다가(임시사용승인일 1998. 10. 14.), 2006. 12. 15. 이를 양도하였다.

나. 원고는 이 사건 주택의 양도에 관하여 구 조세특례제한법(2006. 10. 4. 법률 제8050호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘조특법’이라 한다) 제99조 제1항에 따라 종전주택취득일부터 신축주택취득일 이후 5년이 되는 날까지 발생한 양도소득에 대한 양도소득세가 면제됨을 전제로, 2006. 12. 15.경 2006년도 귀속 양도소득세 44,934,810원을 신고ㆍ납부하였다.

그러나 피고는 신축주택취득일부터 5년 동안 발생한 양도소득에 대한 양도소득세만 면제됨을 이유로, 2012. 5. 1. 원고에게 양도소득세 54,161,360원을 경정ㆍ고지하였다

(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다). 다.

한편, 원고는 이 사건 주택 양도 당시 서울 강서구 D 4동 501호(이하 ‘쟁점주택’이라 한다)를 소유하고 있었다. 라.

원고는 전심절차를 거쳤다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1 내지 4, 을 1, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 당사자들의 주장 (1) 원고 : 쟁점주택은 조특법 제99조의 3 제1항에서 규정한 ‘자기가 건설한 신축주택’에 해당하므로, 이 사건 주택의 양도에 대하여 1세대 1주택 비과세 여부를 판단함에 있어 같은 조 제2항에 따라 원고의 소유주택으로 보지 아니한다.

따라서 이 사건 주택은 1세대 1주택으로서 양도소득세 비과세대상에 해당하므로, 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 위법하다.

(2) 피고 : 조특법 제99조의 3 제1항은 주택건설사업자인 원고에게는 적용되지 아니하므로, 이 사건 주택의 양도에 대하여...