국심2007부0412 (2008.01.29)

부가

취소

폐기물을 지정해역에 배출하기 위해서는 폐기물의 수집·운반, 일시보관, 선적 등이 필수적으로 선행되어야 하므로 청구법인이 폐기물해양배출 용역을 공급하기 우해 제공하는 폐기물수집·운반용역은 폐기물해양배출업의 부수용역으로 보아야 함

부가가치세법 제1조【과세대상】 / 부가가치세법시행령 제3조【부수재화 또는 용역의 범위】

OOO세무서장이 2006.7.3. 청구인에게 한 2005년 2기분 부가가치세 635,647,450원의 부과처분은 이를 취소합니다.

1. 처분개요

청구법인은 1962.9.11.부터 OOOOO OOO OOO OOOOOOO(이하 ‘본점’이라 한다)에서 폐기물해양배출업, 폐기물수집·운반업, 분뇨등수집운반업, 차체 및 특장차 제조업, 선박조선 수리업 등을 영위하면서 2005년 2기 부가가치세 191,456,000원을 신고·납부하였다.

OOO세무서장은 2006.2.9.부터 2006.2.28.까지 청구법인에 대해 법인세 정기조사를 실시하여 OOOOO OOO OOO OOOOOOO의 폐기물해양배출을 위한 장소(이하 ‘쟁점장소’라 한다)를 미등록사업장으로 보아 폐기물해양배출 관련 2005년 2기 부가가치세 매출분(4,997,189,994원)을 본점 과세표준에서 감액경정하고, 해양환경개선부담금 과세표준 신고누락분(47,913,300원)을 합산한 5,045,103,294원에 대해 과세자료를 쟁점장소의 관할세무서장인 처분청에 통보하였다.

처분청은 위 과세자료에 따라 2006.7.3. 쟁점장소에 2005년 2기 부가가치세 635,647,450원[본세 504,510,329원, 가산세 131,137,129원(사업자미등록 50,451,032원, 신고불성실 50,451,032원, 납부불성실 30,235,065원)]을 부과처분하였다.

청구인은 이에 불복하여 2006.9.28. 이의신청을 제기하였고 이에 대해 OO지방국세청장은 2006.11.2. 납부불성실가산세는 부과하지 않는 것으로 그 세액을 경정하고, 해양환경개선부담금 관련 과세표준은 43,557,545원으로 경정하고, 나머지 청구는 기각하였다.

청구인은 이에 불복하여 2007.1.30. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

쟁점장소는 단순히 본점의 지시에 따라 공급업무에 수반되는 대금의 영수 및 관리, 업무연락만 하는 장소로 업무는 본점에서 지시하고 최종결재를 하므로 사업장으로 볼 수 없다.

폐기물해양배출의 흐름을 보면 관리·영업은 본점에서, 폐기물 수집·운반·일시보관·선적은 쟁점장소에서, 해상운송·해양투기는 동해지정지역에서 용역을 제공하여 수개의 부분적 용역이 모여 하나의 용역제공이 완료되므로 쟁점장소는 사업장이 아니다.

폐기물해양배출업의 원가구성에서 운송용역이 80% 이상을 차지하여 운송업 성격이 강하며, 운송업의 사업장은 법인인 경우 법인의 등기부상 소재지로 하고 있다.

따라서 쟁점장소를 사업장으로 보아 부가가치세를 부과한 처분은 부당하며, 설혹 쟁점장소가 사업장에 해당된다고 하더라도 쟁점장소에서 부분공급된 수집·운반·일시보관·선적의 용역가액상당액을 기준으로 부가가치세를 부과하여야 한다.

나. 처분청 의견

쟁점장소에는 영업과, 차량과, 선박관리과 직원 55명이 상시 주재하여 영업업무와 장비관리업무를 수행하고 있으며, 선박, 공장, 기계장치 등 장부가액 104억원 상당의 폐기물처리업 관련시설을 갖추고 폐기물처리의 모든 과정이 이루어져 일련의 용역공급체계가 완성되므로 쟁점장소를 사업장으로 보아 부가가치세를 부과한 당초 처분은 정당하다.

폐기물해양배출업은 분뇨·폐기물 등을 지정된 해역에 배출처리하는 것이 주목적으로 폐기물의 수집·운반은 해양처리를 위한 부수용역으로 보아야하므로, 운수업의 예를 들어 본점에서 계산서를 교부할 수 있다는 주장과 쟁점장소에 과세시 투입원가로 역산출하여 공급가액을 환산해야 한다는 주장도 타당하지 않다.

한편, 2006.4.4. OO지방국세청 과세쟁점자문위원회는 청구법인이 2005.7.1. 폐기물 수집·운반업의 허가증상 주소를 쟁점장소로 변경한 사실, 2005.6.20. 쟁점장소를 지점등기한 사실, 차량과를 본점에서 쟁점장소로 이전 배치하여 일련의 폐기물 처리용역 공급체계를 완성한 사실 등으로 보아 2005.7.1. 이후부터 쟁점장소가 사업장에 해당된다고 결정하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

청구법인의 폐기물해양배출을 위한 쟁점장소를 미등록사업장으로보아 부가가치세를 부과한 처분의 당부를 가리는데 있다.

나. 관련법령

(1) 부가가치세법

제1조【과세대상】① 부가가치세는 다음 각호의 거래에 대하여 부과한다.

1. 재화 또는 용역의 공급

③ 제1항에서 용역이라 함은 재화 이외의 재산적 가치가 있는 모든 역무 및 기타 행위를 말한다.

④ 주된 거래인 재화의 공급에 필수적으로 부수되는 재화 또는 용역의 공급은 주된 거래인 재화의 공급에 포함되고, 주된 거래인 용역의 공급에 필수적으로 부수되는 재화 또는 용역의 공급은 주된 거래인 용역의 공급에 포함되는 것으로 본다.

제4조【신고ㆍ납세지】① 부가가치세는 사업장마다 신고ㆍ납부하여야 한다.

제5조【등록】① 신규로 사업을 개시하는 자는 사업장마다 대통령령이 정하는 바에 의하여 사업개시일부터 20일 이내에 사업장 관할세무서장에게 등록하여야 한다. (단서 생략)

제7조【용역의 공급】① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 역무를 제공하거나 재화ㆍ시설물 또는 권리를 사용하게 하는 것으로 한다.

제21조【결정 및 경정】① 사업장 관할세무서장ㆍ사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 결정 또는 경정한다.

1. 확정신고를 하지 아니한 때

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

(2) 부가가치세법 시행령

제3조【부수재화 또는 용역의 범위】법 제1조 제4항의 규정에 의하여 주된 거래인 재화 또는 용역의 공급에 포함되는 것으로 보는 재화 또는 용역은 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

1. 당해 대가가 주된 거래인 재화 또는 용역의 공급대가에 통상적으로 포함되어 공급되는 재화 또는 용역

제4조【사업장의 범위】① 법 제4조 제1항에 규정하는 사업장은 사업자 또는 그 사용인이 상시 주재하여 거래의 전부 또는 일부를 행하는 장소로 한다. (이하 생략)

(3) 폐기물관리법 제26조【폐기물처리업】① 폐기물의 수집·운반 또는 처리를 업(이하 "폐기물처리업"이라 한다)으로 하고자 하는 자는 환경부령이 정하는 바에 따라 폐기물처리사업계획서를 지정폐기물을 대상으로 하는 경우에는 환경부장관에게 제출하고, 그 밖의 폐기물을 대상으로 하는 경우에는 시·도지사에게 제출하여야 한다. 환경부령이 정하는 중요사항을 변경하고자 하는 때에도 또한 같다.

④ 폐기물처리업의 업종구분과 영업내용은 다음과 같다.

1. 폐기물수집·운반업

폐기물을 수집하여 처리장소로 운반하는 영업

2. 폐기물중간처리업 (내용 생략)

3. 폐기물최종처리업 (내용 생략)

4. 폐기물종합처리업 (내용 생략)

⑤ 제4항 제2호 내지 제4호에 해당하는 폐기물처리업 허가를 받은 자는 동항 제1호의 규정에 의한 폐기물수집·운반업의 허가를 받지 아니하고 그 처리대상폐기물을 스스로 수집·운반할 수 있다.

⑩ 제3항의 규정에 의하여 허가를 받은 자가 허가받은 사항중 환경부령이 정하는 중요사항을 변경하고자 하는 때에는 변경허가를 받아야 하고, 그 외의 사항중 환경부령이 정하는 사항을 변경하고자 하는 때에는 변경신고를 하여야 한다.

(4) 폐기물관리법 시행규칙 제19조의 4【폐기물처리업의 변경신고】① 법 제26조제10항의 규정에 의하여 폐기물처리업의 변경신고를 하여야 할 사항은 다음 각호와 같다.

1. 상호의 변경

2. 대표자의 변경 (괄호내용 생략)

3. 연락장소 또는 사무실 소재지의 변경

4. 임시차량의 증차 또는 운반차량의 감차

②변경신고를 하고자 하는 자는 제1항제1호 및 제2호의 경우에는 그 사유가 발생한 날부터 30일 이내에, 제1항제3호 및 제4호의 경우에는 변경 전에 각각 별지 제7호의3서식의 폐기물처리업 변경신고신청서에 허가증과 변경내용을 증명하는 서류를 첨부하여 시·도지사 또는 지방환경관서의 장에게 제출하여야 한다.

(5) 해양오염방지법

제16조【선박으로부터의 폐기물의 배출금지】① 누구든지 해양에서 선박으로부터 폐기물을 배출하는 행위를 하여서는 아니된다. (이하 생략)

④ 제1항 본문의 규정은 육지에서 처리가 곤란한 폐기물을 그 배출이 가능한 해역에서 해양수산부령이 정하는 처리기준 및 방법에 따라 배출하는 경우에는 이를 적용하지 아니한다. 이 경우 해양배출이 가능한 폐기물의 종류·배출해역의 범위 및 배출자에 대한 배출해역 지정절차 기타 필요한 사항은 해양수산부령으로 정한다.

제18조【폐기물해양배출업】제16조 제4항의 규정에 의하여 육지에서 처리가 곤란한 폐기물을 그 배출이 가능한 해역에서 해양수산부령이 정하는 처리기준 및 방법에 따라 배출하는 업(이하 "폐기물해양배출업"이라 한다)을 영위하고자 하는 자는 대통령령이 정하는 기준에 의한 폐기물운반선·시설·인력 및 장비를 갖추어 해양수산부장관에게 등록하여야 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 OOO세무서의 청구법인에 대한 법인세 정기조사 결과와 OO지방국세청 과세쟁점자문위원회 의결결과에 따라 쟁점장소를 사업장으로 보고 본점에 신고한 폐기물해양배출 관련 2005년 2기 매출액 4,997,189천원을 아래 <표>와 같이 쟁점장소에 경정·고지한 사실이 경정결의서 등 심리자료에 의하여 확인된다.

<본 점 >

(OOOOO)

<쟁 점 장 소 >

(OO O OO)

(2) 과세쟁점자문위원회는 쟁점장소 시설현황이 창고건물 및 사무동, 선박 계류시설 등으로, 폐기물을 바닷물과 희석하는 수조 및 펌프시설 이외에 폐기물을 정화하거나 분리하는 시설은 없는 것으로 확인되고, 창고건물이나 선박계류시설 등은 일기불순에 따른 폐기물의 일시보관과 폐기물의 선적을 위해서는 불가피한 시설임을 감안할 때 쟁점장소에 상주한 인원의 업무역할이 2005.7.1. 차량관리 업무를 본점으로부터 옮겨오기 전까지는 단순히 폐기물 선적업무, 선박관리업무, 기타 보조업무 등을 본점의 지시에 의하여 수행한 것으로 판단되며,

쟁점장소는 2000년 이후 폐기물 해상투기를 위한 시설물을 설치하고 시설물관리에 필요한 종업원을 상시 주재시킨 사실이 확인되나 이들이 행한 업무의 내용이 사업장으로 볼 수 있는 역할을 수행했는지 여부를 명확하게 판단하기는 어렵다고 보지만, 2005.7.1.자로 폐기물수집·운반업의 허가증상 주소를 변경한 사실, 법인등기부등본상 지점등기를 한 사실, 차량과를 배치하여 폐기물 수집·운반·보관·선적 등 일련의 폐기물 처리용역 공급체계가 완성된 사실 등으로 보아 2005.7.1. 이후부터 사업장으로 보아야 한다고 의결하였다.

(3) 처분청은 과세쟁점자문위원회 의결결과를 바탕으로 쟁점장소에 직원이 상시주재하여 업무를 수행하고 있고, 장부가액 104억원 상당의 관련시설을 갖추고 있으며, 일련의 폐기물 처리용역 공급체계가 완성되어 사업장에 해당된다고 주장하므로 이에 대하여 본다.

(가) 처분청이 제출한 청구법인의 조직도에는 쟁점장소에 주재하는 인력이 2006.2월 현재 총 56명으로 사무직 12명, 현장인력 44명이며, 현장인력은 주로 운전원과 선원으로 나타난다.

(나) 처분청은 쟁점장소에 선박, 공장, 기계장치 등 장부가액 104억원 상당의 폐기물처리업 관련시설을 갖추고 있다고 보았으나, 아래 <표>와 같이 104억원은 취득가액의 합계액이며, 2004년말 현재 장부가액은 29억원인 것으로 처분청이 제출한 폐기물처리업 관련 고정자산 현황 및 감가상각비 명세서에 의해 확인된다.

<고정자산 현황 >

(OO O OO)

(다) 청구법인은 폐기물해양배출업을 영위하기 위하여 폐기물해양배출업, 해상화물운송사업, 폐기물수집·운반업, 분뇨등수집운반업을 근거 법령에 따라 등록하였으며, 쟁점장소에 등록한 폐기물수집·운반업을 제외한 나머지 업종의 등록지는 본점인 것으로 청구인이 제출한 등록증 사본, 법인등기부등본 등 심리자료에 의해 확인된다.

청구인은 당초 폐기물수집·운반업의 등록지는 본점이었으나 2005.5월 사업자폐기물 지도점검시 사상구청 담당자가 사업장 소재지를 쟁점장소로 변경할 것을 요청하여, 청구법인이 쟁점장소를 2005.6.20. OO사무소로 지점등기하고 이를 근거로 2005.7.1. 폐기물수집·운반업의 등록지를 변경한 것으로 국세심판관회의에 출석하여 진술하였다.

(라) 처분청은 쟁점장소에서 폐기물 처리의 모든 과정이 이루어져 일련의 용역공급체계가 완성된다고 보고 있으므로 폐기물해양배출의 업무흐름을 살펴보면, 청구법인은 본점에서 폐기물배출처와 용역계약을 체결하고 폐기물배출처로부터 운반차량으로 폐기물을 수집·운반하여 쟁점장소에 일시보관하거나 폐기물운반선에 선적하고 해상운송과 화학처리를 거쳐 동해지정지역에 투기함으로써 폐기물해양배출 용역을 제공하고 있다.

(4) 청구법인은 폐기물해양배출업 등록지를 본점으로, 쟁점장소의 저장창고 및 구축물을 저장시설로 등록하였으며,

청구법인이 2003.1.10. OOOOOO OOOO와 체결한 폐기물 해양배출 처리계약서에서는 처리비에 육상운반비가 포함되어 있고, 2004.3.25. OOOOOOO(이하 ‘갑’이라 한다)와 체결한 정수 슬러지 처리용역 단가계약서에서는 기상악화 등으로 적기에 해양운반투기를 못하여 슬러지 처리지연으로 인한 정수장 운영에 지장이 발생하지 않도록 청구법인은 필요한 조치를 취하여야 하며, ‘갑’은 청구법인에게 처리시설물을 일체 제공하지 않고 청구법인이 모든 시설물의 설치 및 운영관리에 따른 비용을 부담토록 규정하고 있다.

(5) 위 사실관계와 관련법령의 내용을 종합해 보면, 부가가치세법령에서 부가가치세는 사업장마다 신고·납부하도록 규정하고 있고, 사업장은 “사업자 또는 그 사용인이 상시 주재하여 거래의 전부 또는 일부를 행하는 장소”로 규정하고 있는 바,

과세쟁점자문위원회도 쟁점장소에 상주한 인원들이 행한 업무의 내용이 사업장으로 볼 수 있는 역할을 수행했는지 여부를 명확하게 판단하지 못하고 있으며, 쟁점장소의 고정자산은 대부분 선박, 차량으로(총 취득가액 대비 83.5%), 창고건물, 사무동, 계류시설, 수조, 펌프 이외에 폐기물을 정화하거나 분리하는 시설은 없는 것으로 확인된다.

또한, 부가가치세법령에서는 “주된 거래인 용역의 공급에 필수적으로 부수되는 재화 또는 용역의 공급은 주된 거래인 용역의 공급에 포함되는 것”으로 규정하고, “당해 대가가 주된 거래인 재화 또는 용역의 공급대가에 통상적으로 포함되어 공급되는 재화 또는 용역”은 부수용역에 포함되는 것으로 규정하고 있고,

해양오염방지법령에서 폐기물해양배출업은 “육지에서 처리가 곤란한 폐기물을 그 배출이 가능한 해역에서 배출하는 업”으로 규정하고 폐기물관리법령에서 폐기물수집·운반업은 “폐기물을 수집하여 처리장소로 운반하는 영업”으로 규정하고 있는 바,

폐기물을 지정해역에 배출하기 위해서는 폐기물의 수집·운반, 일시보관, 선적 등이 필수적으로 선행되어야 하므로 처분청이 답변서에 기재한 바와 같이 청구법인이 폐기물해양배출 용역을 공급하기 위해 제공하는 폐기물수집·운반용역은 폐기물해양배출업의 부수용역으로 보아야 하며 이 경우 사업장은 주된 용역의 사업장인 본점으로 보아야 할 것이다.

한편, 청구법인이 오랜 기간 동안 본점에서 부가가치세의 신고납부의무를 성실하게 이행하였음에도 관련 공무원의 요청에 따른 등록지 변경을 근거로 쟁점장소를 별도의 사업장으로 보아 부가가치세를 부과한 것은 신의·성실의 원칙에 반하는 측면이 있다.

따라서, 처분청이 쟁점장소를 미등록사업장으로 보아 부가가치세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.