법인세경정거부처분취소

유예기간 중에 있던 기업이 관계기업에 해당할 경우 조세특례제한법이 규정하는 중소기업유예제도가 적용될 수 없음

구 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항

대전지방법원-2016-구합-100750

AAA오토시스 주식회사

아산세무서장

2016. 05. 26

2016. 07. 21

1. 처분의 경위

가. 원고는 자동차에 사용되는 마찰재인 브레이크 패드와 라이닝 등을 제조, 판매하

는 회사로서, 1985. 10.경 '주식회사 BBB'이라는 상호로 설립되어 2009. 12.

AAA비오토시스 주식회사'로 상호를 변경하였다.

나. 원고는 2011년 매출액이 1,000억 원 이상이 되어 2011년 사업연도부터 중소기업

에 해당하지 않게 되었으나, 구 조세특례제한법 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제

22583호로 개정된 것, 이하 '구 시행령'이라 한다) 제2조 제2항 본문이 정한 유예기간

에 해당하는 2012년 및 2013년 사업연도에 관하여 중소기업에 적용하는 공제율로 산

정한 연구인력개발비세액 및 고용창출투자세액(이하 '이 사건 공제세액'이라 한다)을

공제하는 방식으로 법인세를 신고하고 납부하였다.

다. 한편, 원고는 2011. 11. 14. 원고의 100% 자회사인 AAA렌탈 주식회사(이하

'AAA렌탈'이라 한다)를 설립하였다. AAA렌탈은 2011년 사업연도에는 매출이 없었

고, 2012년 사업연도에는 229,571,918원의 매출이 있었는데, 이는 모두 원고에 대한 매

출이었다.

라. 대전지방국세청장은 2013. 7. 17. 원고에게, '원고는 구 시행령이 정한 중소기업

독립성 요건을 위배하여 중소기업에 해당하지 않는 것으로 검토되었으므로, 해당 내용

을 소명하기 바란다'는 취지로 통보하였다.

마. 이에 원고는 2013. 8. 22. 2012년 및 2013년 사업연도에 관하여 중소기업 외의

기업에 적용하는 공제율로 다시 산정한 이 사건 공제세액을 공제하고 가산세 등을 재

산정하는 방식으로 법인세를 수정신고하고 납부하였는데, 그 납부금액은 2012년도 법

인세 386,505,453원(가산세 16,012,469원 포함), 2013년도 법인세 412,788,005원(가산세

11,787,533원 포함)이었다.

바. 원고는 2013. 12. 11. AAA렌탈을 흡수합병하였다.

사. 원고는 2015. 2. 25. 피고에게 위 마.항 기재와 같이 수정신고하고 납부한 법인세

를 환급하여 달라는 취지의 경정청구를 하였다.

아. 피고는 2015. 5. 15. 원고에 대하여 '원고와 원고의 자회사인 AAA렌탈은 관계

기업으로서, 두 회사의 매출액 합산액이 1,000억 원 이상으로서 중소기업의 실질적 독

립성 기준에 저촉되어 중소기업 유예기간 중 중소기업 졸업기준(구 시행령 제2조 제2

항 단서 제3호가 정한 기준을 가리킨다)을 충족하였다'라는 이유로 위 경정청구를 거부

한다고 통보하였다(이하 '이 사건 처분'이라 한다).

자. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2015. 8. 5. 국세청에 심사청구를 하였으나

2015. 11. 23. 기각결정을 받았다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 2011년 사업연도 종료 당시 시행중이던 구 시행령 제2조 제2항 본문에 따

라 2011년 사업연도부터 2014년 사업연도까지 '중소기업으로 보는 기업'에 해당하게

되었다. 그리고 구 시행령 제2조 제2항 단서 제3호는 중소기업이 중소기업에 해당하지

아니하게 된 최초 사유가 중소기업 졸업기준 충족인 경우에 한하여 중소기업 유예기간

을 적용하지 않는다는 의미일 뿐, 중소기업 유예기간 중에 있는 기업이 중소기업 졸업

기준을 충족한 경우 이미 적용되고 있던 유예기간을 배제한다는 의미는 아니라고 해석

하는 것이 문리해석 및 관련 법령의 취지에 부합한다.

따라서 원고는 2012년 및 2013년 사업연도에도 중소기업으로 보는 기업에 해당한

다고 보아야 하고, 이미 2011년 사업연도부터 중소기업 유예기간이 적용된 원고에 대

하여 그 유예기간 중에 중소기업 졸업기준을 충족했다는 이유로 중소기업 유예기간 적

용이 배제될 수는 없다. 그럼에도 이와 전제를 달리하여 이루어진 이 사건 처분은 위

법하다.

나. 관련 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 구 시행령 제2조 제2항 본문은 '중소기업이 그 규모의 확대 등으로 동항 각호

외의 부분 단서에 해당되거나 동항 제1호의 기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하

지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개

과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 동 기간(이하 이 조에서 유예기간 이라 한

다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한

다'라고 규정하고 있다.

구 시행령 제2조 제2항 단서는 '다만, 중소기업이 ① 중소기업기본법의 규정에 의

한 중소기업 외의 기업과 합병하는 경우, ② 유예기간 중에 있는 기업과 합병하는 경

우, ③ 제1항 제3호의 규정에 의한 기업 외의 기업에 해당되는 경우, ④ 창업일이 속하

는 과세연도 종료일부터 2년 이내의 과세연도 종료일 현재 중소기업기준을 초과하는

경우의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니

하고, 유예기간 중에 있는 기업과 합병하는 경우 유예기간 중에 있는 기업에 대해서는

합병일이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다'라고 규정하고 있다.

한편, 구 시행령 제2조 제2항 제3호가 규정하는 "제1항 제3호의 규정에 의한 기업

외의 기업에 해당되는 경우"의 하나로, 구 중소기업기본법 시행령(2009. 3. 25. 대통령

령 제21368호로 개정된 것) 제3조 제2호 다목, 구 시행령 제2조 제1항 각 호 외의 부

분 단서는 '관계회사에 속하는 기업의 경우 상시 사용하는 종업원수가 1,000명 이상,

자기자본이 1,000억 원 이상, 매출액이 1,000억 원 이상 또는 자산총액이 5,000억 원

이상인 경우'를 규정하고 있다.

결국 위 법령을 종합하면, 관계회사에 속하는 기업이 상시 사용하는 종업원수가

1,000명 이상, 자기자본이 1,000억 원 이상, 매출액이 1,000억 원 이상 또는 자산총액

이 5,000억 원 이상에 해당되면 중소기업에 해당하지 아니하게 되어 중소기업 유예기

간을 적용받을 수 없게 된다.

2) 이 사건에 관하여 살피건대, 원고와 원고의 자회사인 AAA렌탈은 구 중소기

업기본법 시행령이 정한 관계회사에 속하고, 2012년 사업연도에 원고의 매출액이

1,000억 원 이상인 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 앞서 든 증거들과 변론 전체

의 취지에 의하여 인정된다. 따라서 원고는 2012년 사업연도부터 중소기업 유예기간을

적용받을 수 없게 되었다고 할 것이다.

3) 이에 대하여 원고는 앞서 본 바와 같이, 원고가 일단 2011년 사업연도에 2011

년 사업연도부터 2014년 사업연도까지 중소기업 유예기간을 적용받게 된 이상, 원고에

대하여 2012년 사업연도부터 중소기업 유예기간을 적용하지 않는 것은 부당하다는 취

지로 주장한다.

살피건대, 비록 AAA렌탈의 매출 규모가 크지 아니하고, 원고가 AAA렌탈을 설

립하지 않았다면 2012년 및 2013년 사업연도에도 중소기업 유예기간이 적용될 수 있

었을 것으로 보이기는 하나, 앞서 본 사실 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다

음과 같은 사정 등을 종합하면, 구 시행령 제2조 제2항 본문에 의하여 중소기업 유예

기간 중에 있는 기업이 그 유예기간 중에 같은 항 단서가 정한 사유로 중소기업에 해

당하지 아니하게 된 경우 그 때부터 중소기업 유예기간이 적용되지 않는다고 보아야

할 것이고, 따라서 원고는 2012년 사업연도부터 중소기업 유예기간을 적용받을 수 없

으므로, 원고의 위 주장은 이유 없다.

가) 구 시행령 제2조 제2항 단서는 같은 항 본문에 대한 단서로서, 중소기업 졸

업기준 충족 등의 요건이 구비된 경우 그 기업에 대하여 중소기업 유예기간을 적용하

지 않는다고 규정하고 있을 뿐, 중소기업 유예기간 중에 있는 기업에 대하여는 단서

적용이 배제된다고 규정하고 있지 않다. 위와 같은 법령의 규정형식, 체제 및 문언, 조

세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법

규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해

석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히

특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합하

는 점(대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372 판결 등 참조) 등에 비추어 볼 때, 구 시

행령 제2조 제2항 단서는 중소기업 유예기간 중에 있는 기업에 대하여도 당연히 적용

된다고 해석하는 것이 상당하다.

나) 원고 주장처럼 구 시행령 제2조 제2항 단서를 해석한다면, 일단 같은 항 본

문에 의하여 중소기업 유예기간이 적용된 기업의 경우 당해 과세연도 및 그 다음 3개

과세연도까지 이르는 유예기간 동안 같은 항 단서가 정한 사유가 발생하더라도 중소기

업으로 간주되게 되는바, 그 경우 중소기업 유예기간을 인정하는 취지가 몰각되거나

잠탈될 우려가 있다.

다) 구 시행령 제2조 제2항 본문이 정한 사유는 '중소기업이 규모의 확대 등으

로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때'인바, 규정상 중소기업이라 할지라도 같은 항

단서가 정한 합병 등의 사유로 중소기업에 해당하지 않게 된 경우에는 중소기업 유예

기간이 적용될 수 없는데(기본원칙적 규정), 중소기업이 일단 규모의 확대 등으로 실질

적으로는 중소기업에 해당하지 아니하게 되고도 단지 중소기업 유예기간이 적용되는

것에 불과한 경우에는 같은 항 단서가 정한 합병 등의 사유에 불구하고 여전히 중소기

업 유예기간이 적용되어야 한다고 볼 근거가 없고(원칙에 따라 중소기업 유예기간 중

에 있는 기업에 대하여도 중소기업 유예기간이 적용되지 않는 것은 자명하다), 이렇게

해석하지 않는다면 오히려 형평에 반한다고 할 것이다(따라서 중소기업 유예기간 중에

있는 기업에 대하여 유예기간을 유지한다는 특별규정이 존재하지 않는 한, 원고 주장

과 같이 해석할 수는 없다). 가령, 위 단서 제2호가 정한 기업합병에 관하여 살피건대,

합병회사와 피합병회사가 모두 중소기업 유예기간 중에 있는 기업일 경우, 원고 주장

에 의하면 합병회사는 계속하여 중소기업 유예기간이 적용되는 반면, 피합병회사는 중

소기업 유예기간 적용이 배제되게 되는바(원고 역시 이 점은 인정하고 있다), 그와 같

이 규율할 합리적 근거가 인정되지 않는다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이

판결한다.