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신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 등
조세심판원 질의회신 | 2006-10-24 | 서면인터넷방문상담4팀-3517 | 양도
문서번호

서면인터넷방문상담4팀-3517 (2006. 10. 25)

세목

양도

요 지

감면대상 신축주택의 취득일은 잔금을 청산한 날이 되는 것이며, 잔금을 청산하기 전에 소유권이전등기를 한 경우에는 그 소유권이전등기접수일 되는 것임

회 신

1. 거주자(주택건설사업자 제외)로서 주택건설업자와 2001.05.23.부터 2003.6.30.까지의 기간(서울, 과천, 5대신도시의 경우에는 2001.5.23.부터 2002.12.31.까지)내에 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 “신축주택”( 소득세법 시행령 제156조에 해당하는 고가주택은 제외함)을 그 취득한 날부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하는 것이며, 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감하는 것이나, 농어촌특별세법 제3조 및 제5조의 규정에 의하여 그 감면세액의 20%를 농어촌특별세로 과세하는 것입니다.2. 상기 2.를 적용함에 있어 신축주택의 취득일은 잔금을 청산한 날이 되는 것이며, 잔금을 청산하기 전에 소유권이전등기를 한 경우에는 그 소유권이전등기접수일 되는 것입니다.3. 소득세법 제104조의 양도세율을 적용함에 있어 상기 2.에 해당하는 신축주택을 양도하는 경우에는 중과세율(60%)이 적용되지 아니하는 것이며, 소득세법 제95조의 장기보유특별공제를 받을 수 있는 것입니다.

관련법령

소득세법 제89조【비과세양도소득】

본문

1. 질의내용 요약

○ 사실관계

부동산의 표시 : ○○ ○구 소재 전용면적 84.99㎡ 아파트

취득 : 2003.3.6 최초분양계약(분양가 1억5890만원)

사용승인일 : 2005.3.18

등기부등본상 기재내용 : 2005.3.16 소유권보전 소유자(시행사)

2005.4.22 소유권이전 소유자(을, 현소유자)

○ 질의내용

1) 조세특례제한법상 양도소득세 감면주택에 해당여부?

2) 매각시 매매가격이 6억원을 초과하더라도 감면주택에 해당여부?

3) 취득이후 5년이내 양도소득세 감면적용시 취득시점이 최초분양 계약시점, 잔금지급시점, 등기이전시점중 어느 시점인지?

4) 취득후 5년이내 매각으로 감면받은 양도소득세의 20%를 농어촌특별세로 낼 경우 감면받는 양도소득세액 게산시 적용되는 세율(매각시 1가구 3주택일때)은 어떻게 되는지?

5) 취득후 5년이내 매각으로 감면받은 양도소득세액의 20%를 농어촌특별세로 낼 경우 감면받는 양도소득세액 계산시 장기보유특별공제(매각시 1가구 3주택일때)를 적용받는지?

6) 취득후 5년후 매각으로 5년이후분에 해당되는 양도소득세를 계산시 적용되는 세율(매각시 1가구 3주택일때)은 어떻게 되는지?

7) 취득후 5년후 매각으로 5년이후분에 해당되는 양도소득세를 계산시 장기보유특별공제(매각시 1가구 3주택일때)를 적용받는지?

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세 법령(법률, 시행령, 시행규칙)

조세특례제한법 제99조의 3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】 (2001. 8. 14. 제목개정)

① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다.다만, 당해 신축주택이 「소득세법」 제89조 제1항 제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.(2005. 12. 31. 개정)

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우 (2003. 5. 29. 개정 ; 주택건설촉진법 부칙)

2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 이하생략

소득세법 제89조 【비과세양도소득】

① 다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다. (2005. 12. 31. 개정)

1 ~ 2 생략

3. 대통령령이 정하는 1세대 1주택(가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득 (2005. 12. 31. 개정)

4. 이하생략

소득세법 시행령 제156조 【고가주택의 범위】 (2002. 12. 30. 제목개정)

①법 제89조 제1항 제3호에서 “가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택”이라 함은 주택 및 이에 부수되는 토지의 양도당시의 실지거래가액의 합계액(1주택의 일부를 양도하는 경우에는 실지거래가액 합계액에 양도하는 부분의 면적이 전체주택면적에서 차지하는 비율을 나누어 계산한 금액을 말한다)이 6억원을 초과하는 것을 말한다.(2005. 12. 31. 개정)

② 이하생략

소득세법 시행령 제162조 【양도 또는 취득의 시기】

① 법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금(당해 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 당해 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 제외한다)을 청산한 날로 한다. (1998. 12. 31. 개정)

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일 (2001. 12. 31. 개정)

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일

3 ~ 6 생략

② 완성 또는 확정되지 아니한 자산을 양도 또는 취득한 경우로서 당해 자산의 대금을 청산한 날까지 그 목적물이 완성 또는 확정되지 아니한 경우에는 그 목적물이 완성 또는 확정된 날을 그 양도일 또는 취득일로 본다.

③ 이하생략

소득세법 제95조 【양도소득금액】

① 생략

② 제1항에서 “장기보유특별공제액”이라 함은 제94조 제1항 제1호에 규정하는 자산(제104조 제1항 제2호의 3 내지 제2호의 8의 규정에 의한 세율을 적용받는 자산 및 동조 제3항에 규정하는 미등기양도자산을 제외한다)으로서 그 자산의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 다음 각호의 구분에 따라 계산한 금액을 말한다. (2005. 12. 31. 개정)

1. 이하생략

소득세법 제104조 【양도소득세의 세율】

① 거주자의 양도소득세는 당해 연도의 양도소득과세표준에 다음 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “양도소득산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각호의 규정에 의한 세율 중 2 이상의 세율에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다. (2003. 12. 30. 후단신설)

1 ~ 2의 2 생략

2의 3. 대통령령이 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다) (2003. 12. 30. 신설)

양도소득과세표준의 100분의 60

2의 4. 생략

조세특례제한법 시행령 제167조의 3 【1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위】

① 법 제104조 제1항 제2호의 3의 규정에서 “대통령령이 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택”이라 함은 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산함에 있어 이를 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각호의 1에 해당하지 아니하는 주택을 말한다. (2005. 12. 31. 개정)

1 ~ 4 생략

5. 「조세특례제한법」 제99조 및 제99조의 3의 규정에 의하여 양도소득세가 감면되는 신축주택 (2005. 2. 19. 개정)

6. 이하생략

나. 관련 예규 (법률, 시행령, 시행규칙)

○ 서면4팀-1408, 2006.05.18

【질의】

(내용)

조세특례제한법 제99조의 3의 규정에 해당하는 신축주택은 1세대 1주택 비과세 규정을 적용함에 있어서 당해 거주자의 소유주택으로 보지 않는 것이며, 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여 양도소득세의 전부를 감면하고 감면받은 세액의 20%를 농어촌특별세로 납부한다고 하는데,

전용면적 85㎡(25.7평) 이하 주택으로 2001.5.23.∼2002.12.31. 기간에 계약하여 취득한 주택으로 1세대 1주택인 경우 양도시 비과세 대상인 걸로 알고 있음.

(질의)

- 관할세무서에서 20%의 농어촌특별세를 납부하여야 한다고 하는데 어떤 근거로 납부하여야 하는 것인지.

【회신】

1.거주자(주택건설사업자를 제외함)로서 주택건설업자와 2001.5.23.부터 2003.6.30.까지의 기간(서울, 과천, 5대신도시의 경우에는 2001.5.23.부터 2002.12.31.까지)내에 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 “신축주택”( 소득세법 시행령 제156조에 해당하는 고가주택은 제외함)을 그 취득한 날부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하는 것이며, 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감하는 것이나, 농어촌특별세법 제3조 및 제5조의 규정에 의하여 그 감면세액의 20%를 농어촌특별세로 과세하는 것임.

2. 위 1.에 해당하는 신축주택은 「소득세법」 제89조 제1항 제3호의 규정에 의한 ‘1세대 1주택’을 판정함에 있어 당해 거주자의 소유주택으로 보지 아니하므로, 신축주택외의 다른 1주택을 양도하는 경우 양도일 현재 당해 주택의 보유기간이 3년 이상(서울, 과천, 5대신도시의 경우 2년 이상 거주요건을 추가 충족)인 경우에는 소득세법 시행령 제154조 제1항의 규정에 의하여 양도소득세가 비과세(실지양도가액이 6억원을 초과하는 고가주택은 제외)되는 것임.

○ 서면4팀-427, 2006.02.28

【질의】

(질의사항)

아래의 3주택을 보유하고 있는 1세대가 그 중 1주택을 양도하는 경우에 있어 비과세 및 양도세율 적용여부

1. A주택 : 경기도 소재 고가주택(호가 6억원 이상)으로 11년간 거주하고 질의일 현재 임대중에 있는 주택

2. B주택 : 경기도 소재 주택으로서 조세특례제한법 제99조의 3의 규정에 해당하는 감면대상 신축주택에 해당함. 질의일 현재 세대전원이 거주하고 있는 주택

3. C주택 : 수도권 및 광역시 외의 농촌 소재 주택(기준시가 1억원 이하 주택임)으로서 피상속인으로부터 상속받은 소수지분자의 상속주택( 소득세법 시행령 제155조 제2항의 선순위 상속주택으로 1999.12.10. 상속받음)

(질의 1) 상기 3주택중 고가주택인 A주택을 먼저 양도하는 경우 1세대 1주택 비과세 여부와 과세대상인 경우 적용될 양도세율

(질의 2) 상기 3주택중 B주택을 양도하는 경우로서 그 취득일로부터 5년이 경과하여 양도하는 경우 적용될 양도세율

(질의 3) 상기 3주택 중 C주택을 먼저 양도하는 경우 적용될 양도세율

【회신】

(질의 1) 귀 사례의 경우 보유하고 있는 3주택 중 1주택은 조세특례제한법 제99조의 3의 규정에 해당하는 감면대상 신축주택이고 또 1주택은 1세대 1주택 비과세 요건을 갖춘 고가주택(실지 양도가액이 6억원을 초과하는 주택)이고, 나머지 1주택은 중과세율 적용제외 주택으로서 공동상속주택의 소수지분을 소유한 경우이므로,

3주택 중 1세대 1주택 비과세 요건을 갖춘 고가주택(실지 양도가액이 6억원을 초과하는 주택)을 먼저 양도한 경우에는 양도소득세는 과세되는 것임. 이 경우 양도차익 등은 소득세법 제95조 제3항 및 동법 시행령 제160조의 규정에 따라 계산하는 것이며, 이 경우 양도세율은 당해 주택의 과세표준의 크기에 따라 같은법 제104조 제1항 제1호의 해당세율(9%∼36%)을 적용하면 됨.

(질의 2) 귀 사례의 경우 3주택 중 조세특례제한법 제99조의 3의 규정에 해당하는 감면대상 신축주택을 그 취득일로부터 5년이 경과된 상태에서 먼저 양도하는 경우에는 당해 신축 주택의 취득일부터 5년간 발생하는 양도소득금액( 동법 시행령 제40조 제1항의 산식에 의하여 계산한 금액)을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감(소득금액의 감면)하는 것이며, 이 경우 차감하는 소득금액에 대한 산출세액에 대하여는 농어촌특별세가 과세되는 것임. 이 경우 양도세율은 당해 주택의 과세표준의 크기에 따라 같은법 제104조 제1항 제1호의 해당세율(9%∼36%)을 적용하면 됨.

(질의 3) 귀 사례의 경우 3주택 중 공동상속주택의 소수지분을 먼저 양도하는 경우 적용되는 양도세율은 피상속인의 취득일부터 양도일까지의 보유기간이 2년 이상이므로 당해 주택의 과세표준의 크기에 따라 같은법 제104조 제1항 제1호의 해당세율(9%∼36%)을 적용하면 됨.

○ 서면4팀-536, 2005.04.11

【질의】

조세특례제한법 제99조의 3 감면대상 신축주택의 양도소득세 감면규정을 적용함에 있어 신축주택 취득시기의 기산점.

【회신】

1. 조세특례제한법 제99조의 3의 규정에 따라 거주자가 신축주택취득기간(2001.5.23.부터 2003.6.30.까지)중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부하여 취득하는 신축주택을 그 취득한 날부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하는 것임.

2.상기 1.를 적용함에 있어 신축주택의 취득일은 입주여부에 관계없이 잔금을 청산한 날이 되는 것이며, 잔금을 청산하기 전에 소유권이전등기를 한 경우에는 그 소유권이전등기접수일임.

○ 서면4팀-268, 2005.02.21

【질의】

조세특례제한법 제99조의 3 감면대상 신축주택 1채와 일반주택 2채를 포함하여 1세대가 3주택을 보유하고 있는 상태임.

(질의1) 상기의 조특법상 감면대상 신축주택 1채를 취득일로부터 5년 이내에 양도하는 경우 감면 여부 및 중과세율 적용여부 및 장기보유특별공제 가능여부

(질의2) 일반주택을 1채 양도한 이후 조세특례제한법상 제99조의 3 감면대상 신축주택 1채와 일반주택 1채를 보유한 상태에서 비과세 요건을 갖춘 일반주택 1채를 양도하는 경우 1세대 1주택으로 보아 양도소득세가 비과세되는 지 여부

【회신】

1. 거주자가 용인시 소재 아파트를 2001.5.23.부터 2003.6.30.까지의 기간 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부하여 취득하는 신축주택을 그 취득한 날부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 조세특례제한법 제99조의 3의 규정에 따라 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면(감면받은 세액의 20%에 상당하는 금액에 대하여는 농어촌특별세로 납부하여야 함) 받을 수 있는 것이며,

2. 소득세법 제104조의 양도세율을 적용함에 있어 상기 2.에 해당하는 신축주택을 양도하는 경우에는 중과세율(60%)이 적용되지 아니하는 것이며, 소득세법 제95조의 장기보유특별공제를 받을 수 있는 것임.

3. 조세특례제한법 제99조의 3 제1항 제1호의 규정을 적용받는 신축주택은 소득세법 제89조 제3호(1세대 1주택 비과세)의 규정을 적용함에 있어서 이를 당해 거주자의 소유주택으로 보지 않는 것임.

4. 귀 질의의 사례와 유사한 우리청 기 질의회신문(서일46014-10369, 2002.3.20. ; 재산46014-1384, 2000.11.21.)을 참조하기 바람.

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