기초공제를 배제하고 과세한 처분의 당부(경정)

서부산세무서장이 1993.12.16 청구인에게 결정고지한 1993년도분 종합소득세 111,362,190의 부과처분은1. 청구인이 납부한 등록세 44,438,490원 및 동 교육세 8,887,600원과 납부할 등록세 1,342,770원 및 동 교육세 268,550원, 합계 54,937,410원을 필요경비에 산입하며,2. 소득금액에서 기초공제를 하고 3. 소득세법 제70조 제3항 제3호의 세율(60%)을 적용하여, 그 과세표준과 세액을 경정한다.

[이 유]

1. 원처분 개요

청구인은 1992.1.29을 개업일로 한 부동산매매 및 임대업의 사업자등록증을 교부받았으며, 1992.4.11 계약체결에 의하여 부산광역시 사하구 OO동 OOOOO, OOOOO 소재 OOOOO아파트내 상가 비(B)동 29개 점포(지하1층 지상2층 연면적 1,387.712㎡) 및 대지지분(이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 청구외 OO금속(주)로부터 취득한 후 청구외 OOO 등에게 각 호별로 양도하고 1993.7.30 취득가액 1,526,052,061원, 양도가액 2,029,359,732원, 납부세액 201,961,440원으로 토지등 매매차익예정신고를 하였다.

처분청은 쟁점부동산이 미등기양도자산에 해당된다 하여 신고한 60%세율을 부인하고 소득세법 제70조 제3항 제4호에 규정한 75%의 세율을 적용하였으며, 취득에 따른 등록세를 필요경비 부인하고 기초공제를 부인하여 1993년도분 종합소득세 111,362,190원을 1993.12.16 청구인에게 결정고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 1994.2.14 심사청구를 거쳐 1994.6.7 심판청구를 하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

가. 청구주장

(1) 처분청은 청구인이 쟁점부동산을 미등기양도하였다 하여 청구인이 신고한 60%세율을 부인하고 75%세율에 의하여 과세하였으나, 청구인은 청구외 OO금속(주)에 합병되기 이전의 청구외 OO목재공업(주)와의 1992.4.11 양도양수계약으로 이를 취득한 후 건물준공 이전에 청구인 명의로 분양하였으므로 부동산을 취득하여 양도한 것이 아니라 부동산을 취득할 수 있는 권리를 취득하여 양도한 경우에 해당되어 동 자산은 등기대상자산이 아니기 때문에 미등기양도의 문제가 발생하지 아니하며, 설사 부동산의 양도로 본다 하더라도 양도당시까지도 사용검사가 되지 않아 청구외 OO금속(주) 앞으로 소유권보존등기가 불가능한데 당해 보존등기가 되지 아니한 이상 청구인 앞으로의 소유권이전등기가 불가능하며, 청구외 OO금속(주)는 이미 쟁점부동산을 청구인에게 양도한 것으로 부가가치세신고 등을 한 상태이므로 보존등기를 하는 경우 기왕의 제세신고를 무시하고 청구인 앞으로 소유권이전등기를 하지 아니한 채 청구인으로부터 분양받은 자들에게 바로 소유권이전등기를 해줄 아무런 이유가 없는 것이며, 청구인이 과세를 회피하고자 하였다면 애초부터 토지등 매매차익예정신고를 하지도 않았을 것인데도 청구인은 당해 신고를 한 점 등을 종합하여 볼 때 미등기양도에 해당된다고 볼 수 없다.

(2) 소득세법 시행령 제141조 제1항 제1호, 제94조 제1항 제1호, 제86조 제1항의 규정에 의하면 등록세는 취득원가로서 취득가액에 포함시키도록 규정하고 있는 바, 청구인의 경우 이 건 토지등 매매차익예정신고시 쟁점부동산이 준공되지 아니하여 부득이 등록세와 교육세 상당액을 산정하여 필요경비에 산입한 것으로 설사 미지급 등록세 등이라 하더라도 필수적으로 발생하는 비용이며 감면되지 않는 경우 취득자산의 취득가액에 가산될 금액이므로 미등기양도자산이 아닌한 총수입금액에 대응되는 필요경비로 인정되어야 한다.

(3) 소득세법 제92조 제3항, 제97조 제1항에서 양도차익에서 기초공제를 한 금액에 제70조 제3항의 세율을 적용하도록 규정하고 있으므로 배우자공제 등은 확정신고시에 한다 하더라도 기초공제는 하여야 하므로 처분청이 이를 배제하는 것은 부당하다.

나. 국세청장 의견

(1) 쟁점부동산은 청구인에게 양도한 청구외 OO목재공업(주)가 1993.6.29 가사용승인을 받고 1993.9.9 사용검사를 득하여 1993.11.25 보존등기한 사실이 있고 양도양수계약서 제5조에 상가건물 및 대지지분은 건물준공후 양도자인 OO목재공업(주)가 OO개발에 상가전체를 양도하고 등기이전한다고 약정되어 있는 사실 등을 볼 때 이 건 양도는 법률의 규정 또는 법원의 결정에 의하여 양도당시 그 자산의 취득등기가 불가능한 경우에 해당되지 아니하므로 처분청이 소득세법 제70조 제3항 제5호의 세율을 적용하여 과세한 처분은 잘못이 없으며,

(2) 청구인이 계상한 미납부 등록세는 쟁점부동산이 미등기자산으로 이 건 등기와 관련하여 등록세로 납부한 사실이나 결정고지된 사실이 없고 청구인 임의로 계상한 필요경비임을 알 수 있어 쟁점부동산의 취득과 관련하여 직접소요된 비용으로 볼 수 없으므로 처분청이 이를 필요경비에 불산입하고 한 부과처분은 정당하며,

(3) 소득세법 제92조 제2항에 부동산매매업자의 토지등 매매차익에 대한 산출세액은 토지등 매매차익에 소득세법 제70조 제3항의 세율을 적용하여 산출하도록 규정하고 있으므로 처분청이 소득공제를 하지 아니하고 과세한 처분은 관련법령에 적합한 처분이다.

3. 심리 및 판단

이 건 심판청구는 ① 청구인이 쟁점부동산을 미등기양도한 것으로 보아 75%의 세율을 적용하여 과세한 처분의 당부(쟁점1), ② 미지급등록세를 필요경비로 인정하지 아니한 처분의 당부(쟁점2)와 ③ 기초공제를 배제하고 과세한 처분의 당부(쟁점3)에 다툼이 있다.

가. 먼저 쟁점1에 대하여 살펴본다.

소득세법 제92조 제2항에서 『제1항의 매매차익에 대한 산출세액은 그 매매차익에 제70조 제3항 각 호에 규정하는 세율을 곱하여 계산한 금액으로 한다.』고 규정하고 있으며, 제70조 제3항에서 『거주자의 양도소득에 대한 소득세는 당해년도의 양도소득 과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “양도소득산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다.』고 하고, 그 제3호에서 『제23조 제1항 제1호 및 제2호에 규정하는 자산으로서 보유기간이 2년 미만인 것 : 양도소득 과세표준의 100분의 60』을, 제4호에서 『미등기양도자산 : 양도소득 과세표준의 100분의 75』를 규정하고 있으며, 제7항에서 『제3항 제4호에서 “미등기양도자산”이라 함은 제23조 제1항 제1호 및 제2호에 규정하는 자산을 취득한 자가 그 자산의 취득에 관한 등기를 하지 아니하고 양도하는 것을 말한다. 다만, 대통령령이 정하는 자산은 제외한다.』고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제121조의2 에서 『법 제70조 제7항 단서에서 “대통령령이 정하는 자산”이라 함은 다음 각호에 게기하는 것을 말한다.』고 하고 제2호에서 『법률의 규정 또는 법원의 결정에 의하여 양도당시 그 자산의 취득에 관한 등기가 불가능한 자산』을 규정하고 있다.

사실관계를 살펴보면,

첫째, 청구인이 취득하여 양도한 상가는 청구외 OO금속주식회사(당초 청구외 OO목재공업 주식회사가 사업허가를 받았으나 당해 법인은 1992.12.2 OO금속 주식회사에 합병되었다)가 신축한 부산광역시 사하구 OO동 OOOOO 외 1필지 토지상의 OOOOO아파트 2,181세대의 부속상가 2개동중 1개동으로서 청구인은 1992.4.11 청구외 OO목재공업(주)와 상가 2개동의 취득계약을 체결한 후 B동상가(쟁점부동산)는 분양완료하고 에이(A)동상가는 1993.7.7. 청구외 (주)OO상사에 사업양수도계약에 의하여 인계하었고,

둘째, 위 OOOOO아파트(상가 등 부속건물 포함)는 1990.8.14 사업승인 및 건축허가가 나고 1993.6.29 임시사용승인이 있은 후 1993.9.9. 사용검사필증이 교부되었으며,

셋째, 청구인은 1992.2.28 부동산매매업 및 임대업의 사업자등록을 하였으며 쟁점부동산을 취득하여 청구외 OOO 등에게 분양하고 취득 및 양도시기를 1993.6.30로 하고 양도가액을 2,029,359,732원, 취득가액을 1,526,052,061원(취득 및 양도가액은 실지거래가액이며 여기에는 다툼이 없다)으로 하고 60%의 세율을 적용하여 1993.7.31 토지등매매차익 예정신고를 한 후, 1993.9.1 사업양도를 이유로 1993.7.6을 폐업일로 한 폐업신고를 하였으며,

넷째, 처분청은 청구인의 토지등 매매차익 예정신고에 대하여 쟁점부동산이 미등기 양도자산에 해당된다 하여 청구인이 신고한 60%의 세율을 부인하고 75% 세율을 적용하여 과세하였음이 관련자료에 의하여 확인된다.

살피건대, 청구인은 쟁점부동산의 취득과 관련하여 1993.4.24까지 쟁점부동산의 취득가액에 상당하는 금액을 이미 청구외 OO금속(주)에 지급하였고 청구인으로부터 쟁점부동산의 각 호별 상가를 분양받은 청구외 OOO 등이 청구외 OO금속(주)와 새로운 계약을 체결하여 명의를 변경한 사실이 없으며, 쟁점부동산은 이미 1993.6.29 가사용승인을 받은 사실이 있어 양도시점에는 부동산인 건물로 간주될 수 있을 뿐 아니라 청구인이 분양시에 건물은 물론 토지의 지분까지 양도한 점을 볼 때, 부동산을 취득할 수 있는 권리를 양도하였다는 청구주장을 받아들이기는 어렵고 부동산을 양도한 것으로 봄이 타당하다 할 것이다.

한편, 처분청은 쟁점부동산의 양도가 미등기양도에 해당된다고 보았으나,

첫째, 청구인은 쟁점부동산 전체의 양도가액을 1993.6.30 확정하여 토지등 매매차익 예정신고를 하였고, 분양계약서 원본에 의하면 쟁점부동산의 분양에 따른 대금의 지급시기는 전체 29개 점포중 3개 점포만 1993.7.2로 되어 있고 나머지는 모두 1993.6.30 이전으로 약정되어 있으며, 등기부등본에 의하면 쟁점부동산중 1개 점포를 제외한 나머지 28개점포에 대하여 1994.3.11～8.17 청구인 앞으로 소유권이전등기가 되고 같은 날 청구외 OOO 등의 명의로 소유권이전등기가 되면서 그 등기원인의 매매일이 1993.7.2인 1개점포를 제외하고는 모두 1993.6.30 이전으로 기재되어 있으며, 청구인은 1993.7.6을 폐업일로 한 폐업신고를 한 사실이 있는 점을 종합하여 볼 때, 쟁점부동산은 1993.7.6 폐업시까지 잔금청산 또는 인도되어 전부 소득세법상 총수입금액의 귀속시기가 도래한 것으로 보아야 할 것이며,

둘째, 부동산등기법 제131조에서 소유권보존등기는 가옥대장등본에 소유자로 등록되어 있는 자가 신청할 수 있으며, 건축법 제29조 제1항 제1호에 사용검사필증을 교부한 경우 건축물대장에 기재하도록 규정하고 있고 소유권보존등기가 되어야만 소유권이전등기가 가능한 바, 쟁점부동산의 경우에는 1993.9.9에야 비로소 사용검사필증이 교부(같은 날 건축물관리대장 등재)되고, 1993.11.25 OO금속(주) 앞으로 소유권보존등기된 사실로 볼 때, 청구인이 쟁점부동산을 양도할 당시에는 법률의 규정에 의하여 소유권이전등기가 불가능하였다는 청구주장이 신빙성이 있으며,

셋째, 쟁점부동산은 청구인이 양도한 이후인 1994.3.11～8.17 사이에 지하1층2호(소유권보존등기만 되어 있는 상태임)를 제외하고는 각 호별로 모두 청구인 앞으로 취득등기된 후 청구인으로부터 분양받은 자들에게 소유권이전등기되었으며, 청구외 OO금속(주)는 청구인에게 쟁점부동산 양도에 따른 세금계산서를 발행하고 제세신고를 하였으므로 아직도 소유권보존등기 상태인 1개점포(지하1층 2호)도 청구인 앞으로 소유권이전등기를 하지 아니할 수 없음이 확인되고,

넷째, 미등기양도자산에 대한 중과는 자산을 등기하지 아니하고 양도하는 경우 자산양도에 관한 자료가 발생하지 않아 과세누락되는 것을 방지하기 위한 것인바(국세청 소득 1264-4031, 1981.11.23) 청구인의 경우 이미 취득등기전에 토지등 매매차익 예정신고를 함으로써 조세의 회피의사가 전혀 없었음이 확인되는 점 등을 종합하여 볼 때,

쟁점부동산은 미등기양도자산에 해당된다고 볼 수 없으므로 청구인이 신고한 60%의 세율을 부인하고 미등기양도자산에 대한 75%의 세율을 적용하여 과세한 처분은 사실조사를 소홀히 한 부당한 처분이라고 판단된다.

나. 쟁점2에 대하여 살펴본다.

소득세법 제92조 제1항에서 『부동산매매업자의 토지등 매매차익은 그 매매가액에서 제45조의 규정에 의한 필요경비를 공제한 금액으로 한다.』고 규정하고 같은 법 시행령 제141조 제1항에서 『법 제92조 제1항에 규정하는 토지등 매매차익은 그 매매가액에서 다음 각호의 금액을 공제한 것으로 한다.』고 규정하고 제1호에서 『제94조에 규정하는 양도자산의 필요경비에 상당하는 금액. 이 경우 동조 제5호의 규정은 이를 적용하지 아니한다.』고 규정하고 있으며, 같은 법 제45조 제1항에서 『거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 게기하는 것으로 한다.』고 하고 제1호에서 『취득가액』을 규정하고 그 가목에서 『제23조 제1항 제1호·제2호 및 제5호의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산의 취득당시의 기준시가. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그 자산의 취득에 소요된 실지거래가액에 의한다. 』고 규정하고 같은 법 시행령 제94조에서 『법 제45조 제1항 제1호 가목 단서 및 나목 본문에서 “취득에 소요된 실지거래가액”이라 함은 다음 각호의 금액을 합한 것으로 한다.』고 하고 제1호에서 『제86조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 취득원가에 상당하는 가액(부당행위계산에 의한 시가초과액을 제외한다)』고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제86조 제1항에서 『자산의 감가상각에 있어서 그 취득가액은 다음 각 호에 의한다.』고 하고 제1호에서 『매입한 고정자산은 매입 당시의 가액(등록세·취득세 기타 부대비용을 포함한다)으로 한다.』규정하고 있다.

한편, 소득세법 제31조 제1항에서 『부동산소득금액·사업소득금액·기타소득금액·양도소득금액 또는 산림소득금액의 계산에 있어서 필요경비로 산입할 금액은 당해년도의 총수입금액에 대응하는 비용의 합계액으로 한다』고 규정하고, 제2항에서 『당해 년도전의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 당해 년도에 확정된 것에 대하여는 당해 년도전에 필요경비로 계상하지 아니한 것에 한하여 당해년도의 필요경비로 본다』고 규정하고 있고, 같은법 시행령 제60조 제1항 제8호에서는 『부동산소득과 사업소득의 각 년도의 총수입금액에 대응하는 필요경비는 다음 각호에 게기하는 것으로 한다.』고 하고 제8호에서 『사업에 관련있는 것으로서 그 년도에 납부할 것이 확정된 공과금. 다만, 법과 이 령에 의하여 필요경비에 산입하지 아니하는 것은 제외한다』고 규정하고 있으며, 같은 법 제51조 제1항에서 『거주자의 각 년도의 총수입금액과 필요경비의 귀속년도는 그 총수입금액과 필요경비가 확정된 날이 속하는 년도로 한다.』고 규정하고 있다.

처분청은 청구인이 이 건 토지등 매매차익예정신고를 하면서 자체계산한 미납부 등록세 56,215,040원을 필요경비에 산입, 매매차익을 계산해서 신고한데 대하여 미납부 등록세는 필요경비에 해당되지 아니한다 하여 당해 금액을 필요경비 불산입한 사실이 관련증빙에 의하여 확인된다.

살피건대 총수입금액과 필요경비는 당해 총수입금액 또는 필요경비가 확정된 경우 그 확정된 날이 속하는 과세기간에 귀속한다 할 것인 바, 이 건 등록세의 경우 등록세가 부과되기 이전에 쟁점부동산을 취득하여 양도하였고 위에서 확인된 바와 같이 반드시 등기를 할 것임이 인정되므로 그 취득에 따른 등록세는 이미 납세의무의 성립이 확정된 것으로서 그 총수입금액의 귀속시기에 대응되는 필요경비로 등록세 상당액을 산출하여 계상하고 다만 그 후 실제로 부과된 등록세와의 차액이 발생한 경우 그 차액은 부과일이 속하는 과세기간의 필요경비로 처리하여야 할 것인 바(국세청 법인 46012-4017, 1993.12.21 같은 뜻), 위에서 살펴본 바와 같이 청구인의 총수입금액은 1993년 과세기간에 귀속되므로 등록세 상당액을 산정하여 필요경비로 계상하고 실제등록세를 납부한 과세기간에 그 차액을 귀속시켜야 할 것이나, 청구인은 1993.7.6 폐업하였기 때문에 추후 그 차액을 귀속시키기가 곤란할 뿐 아니라 청구인이 제출한 부산광역시 사하구청장 발행 지방세목별과세증명원에 의하면 심판청구 심리중에 이미 쟁점부동산의 각 호 점포의 취득등기에 따른 등록세 44,438,490원과 등록세분 교육세 8,887,600원을 납부한 사실이 확인되고 있고 등기되지 아니한 지하1층 2호 점포의 경우에도 당해 점포와 동일한 면적으로 동일한 가액에 분양되고 지방세과세시가표준액이 동일한 연접점포의 등록세 등과 동일하게 등록세 1,342,770원 및 동 방위세 268,550원이 과세될 것이 확실하므로 그 실제 납부한 등록세 등과 납부할 등록세등 상당액을 1993년 과세기간의 필요경비로 인정함이 타당하다고 판단된다(국심 94서5833, 1995.2.16 같은 뜻).

그렇다면, 청구인이 신고한 등록세상당액을 미지급등록세라 하여 필요경비로 인정하지 아니하고 과세한 처분청의 부과처분은 부당하다 할 것이고 실제납부한 등록세 등과 납부해야 할 등록세 등이 확인되므로 납부한 등록세 44,438,490원 및 등록세분 교육세 8,887,600원과 납부할 등록세 1,342,770원 및 동 교육세 268,550원, 합계 54,937,410원을 필요경비로 인정함이 타당하다고 판단된다.

다. 쟁점3에 대하여 살펴본다.

소득세법 제92조 제3항에서 『제2항의 매매차익에 대한 산출세액의 계산에 관하여는 제97조 제1항 내지 제5항의 규정을 준용한다.』고 규정하고 있으며, 제97조 제1항에서 『자산양도차익 예정신고납부에 있어서 납부할 세액은 그 양도차익에서 양도소득특별공제·장기보유특별공제·양도소득공제와 기초공제를 한 금액에 제70조 제3항의 규정에 의한 세율을 적용하여 계산한 금액을 그 산출세액으로 한다.』고 규정하고 있다.

청구인은 이 건 토지등 매매차익 예정신고를 함에 있어 매매차익에서 기초공제 600,000원과 배우자공제 540,000원을 하고 과세표준을 계산하여 신고한데 대하여 처분청은 위 기초공제 및 배우자 공제를 배제하여 세액을 산정하고 부과하였음이 확인되는 바, 전시한 관련법령에서 보는 바와 같이 토지등 매매차익에 대한 세액을 산정함에 있어서는 매매차익에서 기초공제를 한 금액으로 과세표준을 산정하도록 규정하고 있으므로 청구인이 신고한 기초공제액은 마땅히 인정되어야 할 것이다.

따라서 청구인이 신고시 계상한 기초공제액 600,000원을 인정하여 과세하여야 할 것인데도 불구하고 이를 부인하고 과세한 처분청의 부과처분은 부당하다고 판단된다.

라. 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

참조조문