특별부가세를 비과세할 수 있는지 여부(기각)

청구법인은 산업기지개발촉진법의 규정에 의하여 1989.1.1 이전에 산업기지개발구역으로 고시된 여천지구외 7개 지구의 조성토지중 1994.1.1～1994.12.31 사업년도에 분양한 3,649,000㎡ 및 1995.1.1～1995.12.31 사업년도에 분양한 3,432,000㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)의 양도차익에 대하여 당초 신고시에는 특별부가세가 50% 감면(1993.12.31 개정된 조세감면규제법 제64조 제1항 제4호)되는 것으로 신고·납부하였으나, 쟁점토지는 1989.1.1 이전에 이미 산업기지개발촉진법의 규정에 의거 지구지정이 되어 사업시행중 조성된 토지이므로 그 양도차익은 구 법인세법(법률 제4020호, 1988.12.26 개정) 부칙 제16조의 경과규정에 의거 종전대로 특별부가세 비과세대상이라 하여 1994사업년도분에 대하여는 1995.9.28 감액수정신고(특별부가세 △11,116,473,088원 및 농어촌특별세 △1,298,399,839원)를 하고, 1995사업년도분에 대하여는 1997.3.29 경정청구(특별부가세 △15,274,454,159원 및 농어촌특별세 △3,054,890,291원)를 하였다.

처분청은 청구법인이 한 감액수정신고 및 경정청구에 대하여 당초 신고한 내용이 정당하다는 이유로 1997.7.23 환급거부처분을 하였다.

청구법인은 이에 불복하여 1997.7.26 심사청구를 거쳐 1997.11.5 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견

가. 청구법인 주장

(1) 국세청장은 1994사업년도분 이 건 감액수정신고에 대하여 수정신고를 한 날로부터 60일이 되는 날을 불복청구 기산일로 보아 각하결정하였으나,

구 국세기본법에서는 이의신청, 심사청구 및 심판청구에 대한 결정기간내에 결정의 통지가 없을 때에는 그 이의신청등은 기각된 것으로 간주하던 것을 1993.12.31 개정된 현행 국세기본법 제61조에서는 이와 같은 간주기각제도를 폐지하였는 바, 이는 결정기간이 경과하여 결정통지를 받은 경우에는 결정통지를 받은 날을 청구기간의 기산일로 할 수 있도록 하여 납세자의 권익보호를 강화한 것 등의 취지로 해석되고, 이 건의 경우 수정신고에 대한 경정의 거부처분을 받은 날인 1997.7.23부터 60일 이내인 1997.7.26에 한 이 건 심사청구는 적법한 심사청구를 한 것이므로 본안심리를 하여야 하고,

(2) 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호 규정은 납세의무가 성립된 경우에만 적용되는 것이 아니라, 납세의무자가 과세요건을 실현하는 행위 또는 그 실현을 위한 불가피한 사전행위를 할 당시의 세법규정에 의해 예상할 수 있었던 법적 효과보다 불리한 처분을 내리는 경우에도 마찬가지라 할 것인 바,

1988.12.26 법률 제4020호로 개정된 구 법인세법 부칙 제16조의 경과규정에 “이 법 시행당시 산업기지개발촉진법의 규정에 의하여 산업기지개발구역으로 지정된 지구의 사업시행자가 조성한 토지등을 양도함으로써 발생한 소득에 대하여는 개정전 구 법인세법 제59조의 3 제1항 제14호(특별부가세 비과세)의 규정에 의한다”고 규정한 후 삭제나 폐지된 바 없으므로 1989.1.1 이전에 산업기지개발구역으로 지정되어 조성된 쟁점토지를 1994·1995사업년도에 양도함으로써 발생한 소득에 대하여도 위 1988.12.26 개정된 법인세법 부칙 제16조를 적용하여 특별부가세를 비과세하여야 한다.

나. 국세청장 의견

(1) 1994사업년도분 감액수정신고에 대한 환급거부처분의 정당성 여부를 다투는 심사청구가 적법한지를 보면,

구 국세기본법 제45조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 납세자가 법정신고기간 내에 감액수정신고를 한 경우에 과세관청이 그 결과를 법정기한인 60일 이내에 통지하지 아니하는 경우에는 과세관청이 거부한 처분(대법원 85누883호, 1989.1.31, 대법원 87누479호, 1988.11.8등 다수)으로 보도록 하고 있는 바, 이 건 청구의 사실관계를 보면 청구법인은 1994사업년도분 특별부가세등의 감액수정신고를 처분청에 1995.9.28에 하였으나, 처분청은 60일이 훨씬 지난 1997.7.23 청구법인에게 환급거부처분을 한다는 통지를 한 바 있고, 청구법인은 1997.7.26 심사청구를 제기하였는 바, 감액수정신고일로부터 60일이 되는 날을 기준으로 국세기본법 제61조에 규정한 기간(처분일로부터 60일) 이내에 하지 아니한 이 건 심사청구는 적법하지 아니하므로 본안심리의 대상이 아니다.

(2) 산업기지개발촉진법의 규정에 의하여 산업기지개발구역으로 1989.1.1 이전에 지정된 지구의 사업시행자인 청구법인이 조성한 토지를 1990.1.1 이후 양도하였을 경우 그 양도소득에 대하여서도 1988.12.26 개정된 구 법인세법 부칙 제16조의 경과규정을 적용하여 특별부가세를 비과세하여야 하는지에 대하여 보면 위 개정 법인세법 부칙 제16조에 “이 법 시행당시 산업기지개발촉진법의 규정에 의하여 지정된 지구의 사업시행자가 조성된 토지등을 양도함으로 인하여 발생한 소득에 대하여는 종전의 제59조의 3 제1항 제14호의 규정에 의한다”라고 규정하고 있으나,

1989.12.30 개정된 조세감면규제법 부칙 제5조 제1항에서 같은법 제59조의 규정(산업기지개발촉진법에 의하여 지정된 지구 또는 구역의 사업시행자가 조성한 토지등을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여 특별부가세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다는 내용임)은 같은법 시행일 이후에 최초로 양도하는 것부터 적용하도록 하는 외에 나아가 동 부칙 제5조 제3항에서는 종전의 법인세법등의 규정에 의하여 부과하였거나 부과할 양도소득세 및 특별부가세는 종전의 법인세법등의 규정에 의하도록 규정하였는 바, 1989년 개정된 조세감면규제법 시행일(1990.1.1) 이전에 양도가 이루어진 것에 대하여는 종전의 법인세법등을 적용하고, 1989년 개정된 조세감면규제법 시행 이후에 양도가 이루어진 것에 대하여는 개정된 조세감면규제법을 적용한다는 뜻을 명백히 한 것이라 할 것이고,

이로 인하여 1988년 개정된 법인세법 부칙 제16조의 규정은 1989년 개정된 조세감면규제법 부칙 제5조 제1항 및 제3항의 규정에 의하여 그 효력이 소멸된 것으로 해석하여야 할 것이므로 납세자의 신뢰이익 보호를 위한 비과세 경과규정의 효력을 존치한 것으로 볼 수 없고, 청구법인이 1989.1.1 이전에 산업기지개발구역으로 지정된 지구에 조성된 토지를 1990.1.1 이후에 양도한 소득에 대하여는 특별부가세의 100분의 50에 상당하는 세액만 감면하는 것(감심 96-188호, 1996.11.12, 국심 96전848호, 1997.1.22 같은 뜻임)이 타당하다 할 것이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

이 건은 (1) 청구법인이 한 1994사업년도분 특별부가세 및 농어촌특별세의 수정신고에 대한 심판청구가 적법한 전심절차를 거친 청구로서 본안심리의 대상이 되는지 여부 (2) 산업기지개발촉진법의 규정에 의하여 1989.1.1 이전에 산업기지개발구역으로 지정된 지구의 사업시행자인 청구법인이 조성한 토지를 1990.1.1 이후에 양도한 경우 그 양도차익에 대하여 1988.12.26 개정된 구 법인세법 부칙 제16조의 규정을 적용하여 특별부가세를 비과세할 수 있는지 여부를 가리는데 그 쟁점이 있다.

나. 쟁점(1)에 대하여 본다.

(1) 관계법령

(가) 국세기본법(1994.12.22, 법률 제4810호로 개정되기 전의 것) 제45조(과세표준수정신고) 제1항 제1호에 의하면 과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 자는 그 기재사항에 누락·오류가 있는 때에는 법인세의 경우에는 법정신고기한 경과후 6월내에 과세표준수정신고서를 제출할 수 있다고 규정하고,

같은조 제2항에서는 과세표준수정신고서의 기재사항중 대통령령이 정하는 국세에 관하여 당초에 신고한 과세표준 또는 납부세액을 감소시키거나 환급세액을 증가시키는 사항이 있는 경우에는 정부는 이를 조사하여 그 결과를 당해 수정신고서를 받은 날로부터 60일내에 신고인에게 통지하는 동시에 경정할 사항은 경정하여야 한다고 규정하고 있다.

(나) 국세기본법 제55조(불복) 제1항에서는 이 법 또는 세법에 의한 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익의 침해를 당한 자는 이 장의 규정에 의한 심사청구를 하여 그 처분의 취소 또는 변경이나 필요한 처분을 청구할 수 있다고 규정하고,

같은법 제61조 제1항에서는 심사청구는 당해 처분이 있은 것을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)로부터 60일(납세자가 외국에 주소를 둔 경우에는 90일) 내에 하여야 한다고 규정하고 있다.

(2) 사실관계 및 판단

(가) 청구법인은 이 건 1994사업년도분에 대한 수정신고를 1995.9.28에 하였고, 처분청은 위 수정신고일로부터 60일이 되는 날(1995.11.27)까지 그 결과를 청구법인에게 통지하지 아니하였으며, 1997.7.23 수정신고에 대한 환급거부통지를 하였고, 청구법인은 위 거부통지일로부터 60일 이내인 1997.7.26 심사청구를 제기하였다.

(나) 국세기본법 제45조 제2항의 규정에 의하면 과세표준수정신고서의 기재사항중 당초에 신고한 과세표준 또는 납부세액을 감소시키는 사항이 있는 경우 정부는 이를 조사하여 그 결과를 당해 수정신고서를 받은 날로부터 60일내에 신고인에게 통지하는 동시에 경정할 사항은 경정하도록 규정하고 있는데도 처분청은 이 건 감액수정신고에 대한 경정대상인지 여부를 동 기간내에 통지하지 아니하였다.

한편, 행정심판법 제18조 제7항에서는 행정청이 법률상 해야 할 의무가 있음에도 이를 이행하지 아니하는 처분청의 부작위에 대하여는 불복청구기간에 제한을 두고 있지 아니하며, 같은법 제43조 제2항에서 행정심판에 대하여 다른 법률에 특례를 정한 경우에도 그 법률에서 규정하지 아니한 사항에 관하여는 행정심판법이 정하는 바에 의한다고 규정하고 있고, 국세기본법 제55조 제1항에서는 과세관청의 부작위로 인하여 권익의 침해를 당한 경우에는 불복청구가 가능하도록 규정하고 있으나, 같은법 제61조에서 심사청구는 당해 처분이 있은 것을 안 날로부터 60일 이내에 하도록 규정하면서 부작위에 대한 청구기한은 별도로 규정하고 있지 아니하다.

그러므로 부작위에 대한 불복청구기간은 행정심판법에 정하는 바에 따라야 할 것이고 행정심판법에서 행정청의 부작위로 인한 권익의 침해에 대하여는 불복청구기간에 제한을 두고 있지 아니하므로 처분청의 부작위 상태로 권익의 침해가 계속되는 한 그 불복청구기한에는 제한이 없다 할 것이다.

따라서 처분청이 감액수정신고서를 접수하여 법정기한(60일) 이내에 그 결과를 청구인에게 통지하지 아니한 이 건의 경우 납세자는 법정기한이 경과한 날로부터 또는 구체적으로 행정처분을 받은 날로부터 60일내에 선택적으로 불복청구를 할 수 있다 할 것이다(97중597, 1998.2.20 합동회의, 같은 뜻임).

처분청은 이 건 감액수정신고에 대하여 1997.7.23 수정신고대상이 아니라는 사실을 청구법인에게 통지하였으며, 청구법인은 동 통지일로부터 60일 이내인 1997.7.26 이 건 심사청구를 제기한 사실이 확인되는 바, 이 건 심판청구는 적법한 전심절차를 거친 것이므로 1994사업년도분 환급거부처분에 대하여도 본안심리의 대상이라고 판단된다.

나. 쟁점(2)에 대하여 본다.

(1) 관계법령

산업기지개발촉진법의 규정에 의하여 산업기지개발구역으로 지정된 지구의 사업시행자인 청구법인이 조성한 토지등을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 비과세·감면규정의 개정연혁을 보면 다음과 같다.

(가) 1988.12.26 개정되기 전 구 법인세법 제59조의 3 제1항 제14호

특별부가세를 비과세하는 것으로 규정함.

(나) 1988.12.26 법인세법 개정시

위 제59조의 3 제1항 제14호를 삭제하고, 동조 제2항 제4호에서 세액의 100분의 50을 감면하는 것으로 규정(개정)함과 동시에 동법 부칙 제12조 제1항에서는 위 제2항 제4호의 규정은 “이 법 시행(1989.1.1) 이후 최초로 양도하는 분부터 적용한다”고 규정함.

아울러 동 부칙 제16조에서 “이 법 시행당시(1989.1.1) 산업기지개발촉진법의 규정에 의하여 지정된 지구의 사업시행자가 조성한 토지등을 양도함으로 인하여 발생한 소득에 대하여는 종전의 제59조의 3 제1항 제14호에 의한다”고 규정함.

(다) 1989.12.30 법인세법 개정시

위 법 제59조의 3 제2항 제4호(50% 감면규정)를 삭제함.

(라) 1989.12.30 조세감면규제법 개정시

위 법인세법의 규정을 조세감면규제법(이하 “조감법”이라 한다) 제59조 제5호로 옮겨 규정하면서 그 부칙 제5조 제1항에서는 조감법 제59조의 개정규정(50% 감면규정)은 “이 법 시행(1990.1.1) 이후 최초로 양도하는 분부터 적용한다”고 규정하고, 동조 제3항에서 “이 법 시행당시 종전의 법인세법의 규정에 의하여 부과하였거나 부과할 특별부가세에 관하여는 종전의 규정에 의한다”고 하면서 동 부칙 제19조 제2항에서는 “ 법인세법 제59조의 3 제2항 내지 제4항을 각각 삭제한다”고 규정함.

(마) 1993.12.31 조감법 개정시

개정전 조감법 제59조 제5호에 규정된 것을 제64조 제1항 제4호로 옮겨 규정하면서 동 부칙 제7조에서는 “이 법중 양도소득세 또는 특별부가세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 양도하는 분부터 적용한다”고 규정함.

(2) 적용 및 판단

(가) 쟁점토지의 양도소득에 대하여 처분청은 1993년 개정된 조감법 제64조 제1항 제4호의 규정을 적용하여 특별부가세가 50%만 감면되는 것으로 보아 과세하였으나, 청구법인은 1988년 개정된 구 법인세법의 부칙 제16조의 규정을 적용하여 특별부가세를 비과세하여야 한다고 주장함으로써 다툼이 있는 바, 이 건의 경우 쟁점토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대한 특별부가세가 비과세되는 것으로 볼 수 있는지에 대하여 살펴본다.

(나) 1988년 개정된 구 법인세법 부칙 제16조에서 “이 법 시행당시 산업기지개발촉진법의 규정에 의하여 지정된 지구의 사업시행자가 조성한 토지등을 양도함으로써 발생한 소득에 대하여는 종전의 제59조의 3 제1항 제14호에의 규정에 의한다”고 규정하고 있으나, 1989년 개정된 구 조감법 부칙 제5조 제1항에서 동법 제59조의 규정은 동법 시행일 이후에 최초로 양도하는 것부터 적용하는 것 이외에 동 부칙 제5조 제3항에서는 종전의 법인세법등의 규정에 의하여 부과(감면)하였거나 부과(감면)할 양도소득세 및 특별부가세는 종전의 법인세법등의 규정에 의하도록 규정한 것은 1989년 개정된 구 조감법 시행(1990.1.1)전에 양도가 이루어진 것에 대하여는 종전의 법인세법등을 적용하고, 1989년 개정된 구 조감법 시행후 양도가 이루어진 것에 대하여는 개정된 조감법을 적용한다는 뜻을 명백히 한 것이라 할 것이고, 이로 인하여 1988년 개정된 구 법인세법 부칙 제16조의 규정은 1989년 개정된 구 조감법 부칙 제5조 제1항 및 제3항의 규정에 의하여 그 효력이 소멸된 것으로 해석하여야 할 것인 바, 청구법인이 1989.1.1 이전에 산업기지개발구역으로 지정된 지구에 조성한 토지를 1990.1.1 이후 양도함으로써 발생한 소득에 대하여는 특별부가세의 50%를 감면하는 것이 타당하다 할 것이므로 처분청의 당초 과세처분은 정당하다고 판단된다(96전848, 1997.1.22 같은 뜻임).

다. 따라서 이 건 심판청구는 1994사업년도분에 대하여도 본안심리의 대상인 점은 인정되나 쟁점토지에 대한 특별부가세가 비과세되어야 한다는 주장은 이유없다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.