서이46012-10537 (2001.11.15)

법인

수익사업을 영위하는 비영리법인이, 2000년 12월 29일 시행령이 개정되기 전에 고유목적에 사용하던 토지를 처분하면서 계산서를 교부하지 아니한 경우, 가산세를 적용하지 아니하는 것임.

법인세법시행령 제2조제1항의 규정에 의한 수익사업을 영위하는 비영리법인이 2000. 12. 29. 대통령령 제17033호로 개정된 법인세법시행령 제120조제2항제2호의 규정이 시행되기 전에 고유목적에 사용하던 토지를 처분하면서 법인세법 제121조제1항의 규정에 의한 계산서를 교부하지 아니한 경우 동법 제76조제9항의 규정에 의한 가산세를 적용하지 아니하는 것입니다.

법인세법 제76조 【가산세】

1. 질의내용 요약

○ 우리 연구소는 특정연구육성법에 따라 설립된 과학기술부 산하 이공계 비영리정부출연연구소로서 ′73. 2월 ○○시에서 방사선 시험연구농장을 취득하여 원자력을 이용한 농작물 품종개량 및 육종개량 등 한국원자력연구소법에 명시된 고유목적사업으로 연구수행을 해오던 중 ○○공사 ○○사업단에서 택지개발 공공사업용지로 수용을 해 2000년 6월 중순에 손실보상계약을 체결하였음

○ 고정자산 처분내용

- 처분사유 : ○○공사의 공공용지 취득을 위한 토지 수용으로 매각

- 유형자산 사용현황 : 연구소 고유목적인 방사선 농학에 관한 연구개발업무를 위한 원자력시험농장으로 활용

- 처분일자 및 금액

○ ′00. 06. 15. : 1차 중도금 162억

○ ′00. 11. 13. : 2차 중도금 29억

○ ′01. 04. 03. : 잔금 11억 합계 202억

○ 상기 고정자산의 처분에 대하여 계산서를 발급하지 않았는바 이와 관련 법인세법 제76조제9항의 규정에 의하여 가산세가 적용되는지 여부

(갑설) 2000. 12. 29. 법인세법시행령이 개정되기 전에 발생된 거래의 경우에는 수익사업을 일부라도 영위하고 있는 비영리법인이 고유목적사업에 사용했던 토지의 처분에 대하여 계산서를 교부하지 아니한 경우에는 계산서미교부 가산세가 적용됨

(을설) 2000. 12. 29. 법인세법시행령이 개정되기 전에 발생된 거래의 경우에도 비영리법인이 수익사업과 관련이 없는 고유목적사업용 토지의 처분에 대하여 계산서를 교부하지 아니한 경우에는 계산서미교부가산세가 적용되지 않음

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 법인세법 제76조【가산세】

⑨ 납세지 관할세무서장은 법인(대통령령이 정하는 법인을 제외한다)이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 공급가액의 100분의 1에 상당하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다.(후단 생략)

1. 제121조 제1항 또는 제2항의 규정에 의하여 계산서를 교부하지 아니한 경우 또는 교부한 분에 대한 계산서에 대통령령이 정하는 기재하여야 할 사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 경우 (1998. 12. 28 개정)

○ 법인세법시행령 제120조【가산세의 적용】

② 법 제76조 제5항 및 제9항에서 “대통령령이 정하는 법인”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 법인을 말한다.(1998.12.31. 개정)

1. 국가 및 지방자치단체

2. 제2조 제1항의 규정에 해당하는 수익사업을 영위하지 아니하는 비영리법인

2. 비영리법인(제2조 제1항의 규정에 해당하는 수익사업과 관련된 부분은 제외한다) (2000.12.29. 개정)

나. 유사사례 (판례, 심판례, 심사례, 예규 등)

○ 재법인46012-117, 2001.06.13

비영리내국법인이 법인세법시행령 제2조 제1항의 규정에 의한 수익사업에 사용하던 고정자산을 처분하면서 법인세법 제121조 제1항의 규정에 의한 계산서를 교부하지 아니한 경우 법인세법 제76조 제9항의 규정에 의한 가산세를 적용하지 아니하는 것임.