정부보조금 등의 감면대상소득 해당 여부(경정)

1.OOO세무서장이 2005.6.15 청구법인에게 한 법인세 2001.1.1～2001.12.31사업연도분 36,762,320원, 2002.1.1～2002.12.31사업연도분27,826,310원, 2003.1.1～2003.12.31사업연도분 12,956,630원의 부과처분은 처분청이 조세특례제한법 제7조 제1항의 규정에 의한 중소기업특별세액 감면대상소득에서 차감한 유류세액 인상액의 보조금 2001사업연도분 14,331,240원, 2002사업연도분 49,578,780원, 2003사업연도분 93,945,840원을 각각 당해 사업연도 감면대상소득에 가산하고,

2. 2003사업연도의 경우, 중소기업에 대한 특별세액감면액 대신중소기업투자세액공제를 적용하여 그 과세표준과 세액을 경정하며,

3. 나머지 청구는 이를 기각합니다.

[이 유]

1. 처분개요

청구법인은 1986.11.1부터 OOOOOOOO을 영위하는 중소기업으로서, 여객자동차운수사업법 제51조 및 같은 법 시행규칙 제86조의 4호의 규정에 의하여 정부로부터 지급받은 유류세액 인상액의 보조금(이하 “쟁점보조금”이라 한다)과 조세특례제한법 부칙(1998.12.28 법률 제5584호로 전면개정된 것) 제18조의 규정에 의한 OOOOOOOOO의 부가가치세 납부세액 경감액(이하 “쟁점경감액”이라 한다)에 대하여 2001～2003사업연도 법인세과세표준 및 세액신고시 조세특례제한법 제7조의 규정에 의한 중소기업특별세액감면을 적용하여 법인세를 신고납부하였다.

처분청은 쟁점보조금과 쟁점경감액이 감면대상소득에 해당하지 아니하는 것으로 보아 중소기업특별세액감면을 배제하여 2005.6.15 청구법인에게 법인세2001.1.1～2001.12.31사업연도분36,762,320원, 2002.1.1～2002.12.31사업연도분27,826,310원, 2003.1.1～2003.12.31사업연도분 12,956,630원을 결정고지하였다.

청구법인은 이에 불복하여2005.9.5이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 쟁점보조금과 쟁점경감액은 당해 사업에 대한 특정경비를 보전하기 위하여 정부에서 지원한 것으로서, 기업회계기준에 따라 이에 대응하는 특정경비와 상계처리한 쟁점보조금 및 쟁점경감액은 여객운수업을 영위하는 청구법인의 수익을 구성하는 것임에도 이를 감면대상소득에 해당되지 아니하는 것으로 보아 감면배제한 처분은 부당하다.

(2) 쟁점보조금 및 쟁점경감액을 감면소득에서 제외할 경우2003사업연도의 경우는 중소기업에 대한 특별세액감면이 3,111,476원으로 감소되어 2003사업연도의 운송차량취득에 대한 중소기업투자세액공제 8,147,729원보다 적어 중소기업에 대한 특별세액감면이 납세자에게 불리하게 되므로 중소기업투자세액공제규정을 적용하는 것이 타당하다.

나. 처분청 의견

(1) 여객자동차운수사업법상의 OOOOOOOOO가 교부받은 쟁점보조금과 쟁점경감액은 조세특례제한법 제7조의 규정에의한 감면대상소득에 해당되지 아니하므로 이 건 처분은 정당하다.

(2) 조세특례제한법시행령 제4조 제2항에 중소기업투자세액공제를 받고자 하는 자는 과세표준신고서와 함께 투자세액공제신청서를 제출하여야 한다고 규정하고, 같은 법 제127조 제4항에서는 중복적용배제만을 규정하고 있으므로 신청서 미제출에 따라 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

1. 여객자동차운수사업법상의 OOOOOOOOO가 정부로부터 교부받은 쟁점보조금과 부가가치세 쟁점경감액이 조세특례제한법 제7조에서 규정한 감면대상소득에 해당하는지 여부

2. (예비적청구) 쟁점보조금 및 쟁점경감액을 감면소득에서 제외할 경우 2003사업연도의 중소기업에 대한 특별세액감면액이 감소되어 중소기업투자세액공제 보다 적어지는 경우, 중소기업투자세액공제를 적용할 수 있는지 여부

나. 관련법령

(1) 쟁점 1 관련법령

(가) 조세특례제한법 제7조(2003.12.30 법률 제7003호로 개정되기 전의 것) 【중소기업에 대한 특별세액감면】① 중소기업 중 다음 제1호의 감면업종을 영위하는 기업에 대하여는 2003년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 당해 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 제2호의 감면비율을 적용하여 산출한 세액 상당액을 감면한다.

1. 감면업종

마. 운수업 중 여객운송업

2. 감면비율

나. 수도권외의 지역에서 중소기업을 영위하는 내국인 : 100분의 30

(나) 조세감면규제법(1996.12.30 법률 제5195호로 개정되었다가 1998.12.28 삭제된 것) 제100조의 2 【부가가치세 납부세액경감】① 자동차운수사업법상 OOOOOOOO자에 대하여는 부가가치세 납부세액의 100분의 50을 경감한다.

조세특례제한법 부칙 제18조【부가가치세 납부세액경감에 관한 경과조치】 종전의 조세감면규제법 제100조의 2 제1항의 규정은 법률 제4952호 조세감면규제법 중 개정법률 부칙 제5조의 규정에 불구하고 2003년 12월 31일까지 종료하는 과세기간분까지 이를 적용한다. (2000.12.29. 개정)

(2) 쟁점 2 관련법령

(가) 조세특례제한법(2001.12.29 법률 제6538호로 개정된 것) 제5조 【중소기업투자세액공제】 ① 중소기업을 영위하는 내국인이 다음 각호의 1에 해당하는 자산에 2003년 12월 31일까지 투자(중고품에 의한 투자를 제외한다)하는 경우에는 당해 투자금액의 100분의 3에 상당하는 금액을 그 투자를 완료한 날이 속하는 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다.

1. 사업용자산

④ 제1항 및 제2항의 규정을 적용받고자 하는 내국인은 대통령령이 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다.

(나) 같은 법 시행령 제4조 【중소기업투자세액공제】 ① 중소기업이 제2조 제1항의 규정에 의한 업종에 해당하는 사업과 기타의 사업에 공동으로 사용되는 사업용자산, 판매시점정보관리시스템설비 및 정보보호시스템설비를 취득한 경우에는 당해 자산은 그 자산을 주로 사용하는 사업의 자산으로 보아 법 제5조의 규정을 적용한다.

② 법 제5조의 규정에 의한 투자세액공제를 받고자 하는 자는 투자완료일이 속하는 과세연도(동조 제2항의 규정을 적용받고자 하는 경우에는 당해 투자가 이루어지는 각 과세연도를 말한다)의 과세표준신고와 함께 재정경제부령이 정하는 투자세액공제신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1)여객자동차운수사업법상의 OOOOOOOOO가 정부로부터교부받은 쟁점보조금과 부가가치세 쟁점경감액이 조세특례제한법 제7조에서 규정한 감면대상소득에 해당하는지 여부에 대하여 살펴본다.

(가) 먼저, 쟁점보조금에 대하여 보면, 쟁점보조금은 여객자동차운수사업법 제51조 및 같은 법 시행규칙 제86조의 4호의 규정에 의하여 정부로부터 지급받은 유류세액 인상액의 보조금으로 동 보조금은 정부가 물가안정과 서민생활보호를 위하여공공요금을 규제하고 이에 따른 손실을 보전할 목적으로 지원하는 것으로서, 청구법인은 2001～2003사업연도에 총157,855,860원(2001사업연도14,331,240원, 2002사업연도에 49,578,780원, 2003사업연도 93,945,840원)을 교부받아 유류대총지급액에서 쟁점보조금을 상계하는 방법으로 회계처리한 사실이 심리자료 등에 의하여 확인된다.

한편, 회계기준위원회의의 “상환의무가 없는 국고보조금에 대한 회계처리 지침(2001.12.27.)에 의하면, 자산취득에 사용될 국고보조금외의 상환의무가 없는 국고보조금을 받는 경우에는 당기의 손익에 반영하고, 이에 대응하는 비용이 없는 경우 영업외 수익으로 회계처리하고 특정비용을 보전할 목적으로 받는 국고보조금은 특정의 비용과 상계처리한다고 규정하고 있는 바, 이는 국고보조금도 당해 사업의 손익을 구성한다는 의미로 보인다 할 것이다.

그렇다면, 쟁점보조금은 정부로부터 손실보전 목적으로 지원받는 보조금으로 여객운송업에서 발생한 수익의 일부를 구성하는 것으로 봄이 타당하므로 이를 조세특례제한법 제7조에서 규정하는 당해 사업에서 발생한 소득으로 보아야 할 것이다(OO OOOOOOOOO, OOOOO OO OOO OO OO)O

(나) 다음으로,쟁점경감액에 대하여 보면, 교통난이 날로 악화되어감에 따라 택시운송회사의 경영난이 가중되고, 택시기사들의 처우가 열악하여지고 있어 여객자동차운수사업법상 OOOOOOOOO에 한하여 부가가치세 납부세액의 100분의 50에 상당하는 세액을 경감하도록 조세특례제한법 부칙 등에서 규정하고 있으며, 청구법인은2001～2003사업연도에 총280,386,251원(2001사업연도 102,425,597원,2002사업연도103,117,274원, 2003사업연도74,843,380원)을 경감받아 이를영업외수익의 잡수익계정에 기장한 후, 노동조합에 직접 지급된 복지후생비는 잡수익계정에서 상계하였으며, 나머지 잔액은 결산시 매출원가계정에서 상계한 사실이 심리자료 및 결산서 등에 의하여 확인된다.

위 쟁점경감액은 쟁점보조금과는 달리 택시회사의 부가가치세 납부세액의 100분의 50을 경감하고, 그 경감분을 운전자의 처우개선에만 활용토록한 것으로서, 청구법인의 수익과 직접적인 관련이 없다고 봄이 타당하므로 이는 조세특례제한법 제7조의 규정에 의한 감면대상소득에 해당되지 아니한다고 판단된다.

(2) 예비적청구로서 쟁점경감액을 감면소득에서 제외할 경우 2003사업연도의 중소기업에 대한 특별세액감면이 감소되어 중소기업투자세액공제 보다 적어지므로 중소기업투자세액공제를 적용할 수 있는지 여부에 대하여 살펴본다.

(가) 청구법인은 2001～2003사업연도의 감면방법 선택에 있어 중소기업에 대한 특별세액감면방법으로 신고하였으나, 2003사업연도의 경우, 중소기업에 대한 특별세액감면액 4,308,918원이 중소기업투자세액공제 6,518,184원 보다 2,209,266원이 적어지므로 중소기업투자세액공제를 선택하는 것이 청구법인에게 유리한 것으로 나타난다.

(나) 조세특례제한법 제5조 제4항 및 같은 법시행령 제4조 제2항에서 중소기업투자세액공제를 받고자 하는 자는 과세표준신고와 함께 투자세액공제신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다 고 규정하고 있으나, 위 관련법령에서 본 바와 같이 중소기업투자세액공제는 중소기업으로서 법령에서 규정된 업종에만 해당하면 당해 사업에서 발생한 소득에 대한 법인세 등을 감면하게 되어있는 것으로서 다른 특별한 감면요건이 규정되어 있지 아니할 뿐만 아니라, 원칙적으로 감면신청을 하여야 할 것이지만 감면신청을 하지 아니한 경우에 감면대상에서 제외한다는 규정이 없어 위 감면신청규정이 감면신청을 한 경우에만 감면을 적용한다는 강제규정으로 볼 수 없으므로, 청구법인이 2003사업연도 법인세 신고시 중소기업투자세액 공제신청을 하지 않았다 하더라도 감면요건이 충족되면 세액을감면하는 것이 타당하다(OO OOOOOOOOO, OOOOOOOOOO OO OO)O

그렇다면, 2003사업연도의 경우는 중소기업에 대한 특별세액감면 대신 중소기업투자세액공제를 적용하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및제65조 제1항 제2호, 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

참조조문