조심 2019지2219 (2019.11.12)

취득

취소

①청구법인이 모법인으로부터 물적 분할에 따라 쟁점토지를 자산으로 이전받으면서 감면이 확정된 모법인의 취득세 및 재산세의 채무까지 승계하였다고 보기 어려운 점 등에 비추어 모법인이 감면받은 취득세 및 재산세 등이 추징대상이 되었다 하더라도 그 세액을 모법인에게 과세할 수 있을 뿐 청구법인에게 추징하는 것은 타당하지 아니하므로 처분청이 청구법인에게 모법인이 감면받은 2014년도 취득세와 2014년도분 및 2015년도분 재산세 등을 추징한 처분은 잘못이 있다고 판단됨.②당초 모법인이 씨나인 정제사업을 추진하기 위하여 쟁점토지를 취득하였으나 글로벌 시장상황의 변화, 공급처의 공급 중단 등으로 사업추진이 어렵게 되자 물적 분할을 통하여 신재생에너지 발전사업에 사용하기 위하여 청구법인을 설립한 점, 청구법인은 2017.6.1. 건축허가를 완료하고 2018.12.1. 착공예정이었으나 외부 시장상황의 변화로 인한 자금조달 지연 등으로 2019.5.31.까지 착공연기를 신청하고 그 이후로도 진척 상황이 없는 점, 청구법인이 추진하고 있는 바이오에너지의 인증서 가격이 폭락하고 원재료 가격이 폭등하는 외부 시장상황, 이에 따른 자금조달의 어려움 등은 청구법인의 내부적인 경영상의 문제로 보이는 점 등에 비추어 이를 정당한 사유에 해당한다고 보기는 어려움.

지방세특례제한법 제78조 제4항

조심2016지0635 / 조심2016지0855

OOO이 2019.3.19. 청구법인에게 한 2014년도 취득세 등 OOO원, 2014년도분 재산세 등 OOO원, 2015년도분 재산세 등 OOO원의 부과처분은 이를 취소하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

1. 처분개요

가. OOO 주식회사(이하 “모법인”이라 한다)는 2014.4.29. OOO 34,568.9㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 OOO원에 분양받아 취득하고 「지방세특례제한법」 제78조 제4항에 따라 산업단지에서 산업용 건축물을 건축하려는 자가 취득하는 부동산으로 감면신청하여 취득세 등 OOO원을 감면받았다.

나. 청구법인은 2016.3.18. 모법인의 사업일부를 물적 분할하여 설립되면서 쟁점토지를 취득한 후 「지방세특례제한법」 제78조 제4항에 따라 취득세 등 OOO원을 감면받았고, 처분청은 모법인이 감면받은 쟁점토지의 취득세 등이 같은 법 제78조 제5항에 따라 추징대상이 되었다고 모법인에 안내하였으며, 모법인은 2016.4.18. 취득세 등 OOO원을 신고․납부하였다.

다. 모법인은 회사 분할에 따른 쟁점토지의 소유권 이전은 「지방세특례제한법」 제78조 제5항의 추징요건인 매각이나 증여에 해당되지 않는다며 2016.5.16. 취득세 등의 경정청구를 하였으나 처분청은 2016.5.25. 이를 거부하였으며, 모법인은 이에 불복하여 2016.7.4. 우리 원에 심판청구를 제기하였고, 우리 원은 처분청의 경정청구 거부처분에 대한 취소 결정(조심 2016지855, 2017.5.11.)을 하였다.

라. OOO는 2018.11.26. 청구법인에 대한 지방세 세무조사를 실시하여 모법인이 2014.4.29. 쟁점토지를 취득하여 취득세 등을 감면받았으나, 취득일부터 3년이 지난 세무조사일 현재까지 정당한 사유 없이 산업용 건축물을 건축하지 않았다는 세무조사 결과를 통지하였고, 이에 따라 처분청은 2019.3.19. 청구법인에게 2014년분 취득세 및 2014년도분터 2018년도분까지의 재산세 등 합계 OOO원을 아래 ＜표1＞과 같이 부과․고지하였다.

＜표1＞ 취득세 및 재산세 부과 내역

마. 청구법인은 이에 불복하여 2019.6.14. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인이 쟁점토지를 취득한 것은 2016.3.18.이며, 청구법인에게 「지방세특례제한법」 제78조 제5항 제1호의 추징사유가 발생하였는지 여부는 그 취득일인 2016.3.18.부터 3년이 경과할 때까지의 토지 사용의 양태를 살펴 결정되어야 함에도 처분청은 모법인이 쟁점토지를 취득한 2014.4.29.로부터 3년 간 사업에 직접 사용하지 않았다는 이유로 이 건 처분을 하였다.

청구법인은 모법인과는 별개로 2016년에 쟁점토지를 취득하면서 관련 지방세를 감면받았으므로 청구법인이 2016년 이후 직접 감면받은 지방세를 청구법인에게 추징하는 것은 별론으로 하더라도, 처분청이 모법인의 토지 미사용을 문제 삼고자 하는 것이라면 그 지방세 추징은 모법인에 대하여 이루어져야 할 것이다.

처분청은 과거 모법인이 물적 분할로 인하여 청구법인에게 쟁점토지를 소유권이전한 것에 대하여 「지방세특례제한법」 제78조 제5항 제2호의 추징사유에 해당한다고 보아 경정청구를 거부하였으나, 조세심판원은 법인분할에 따른 자산승계는 「지방세특례제한법」상 지방세 추징사유인 ‘매각’에 해당하지 않고, 모법인이 쟁점토지를 취득일부터 3년 이내에 사업에 사용하지 못하게 된 데에는 ‘정당한 사유’가 있다는 이유로 모법인의 청구를 인용(조심 2016지855, 2017.5.11.) 하여 모법인에 대한 지방세 추징 여부에 대하여는 판단이 종결된 것이므로 모법인이 감면받았던 지방세를 추징하는 것은 부당하다.

(2) 대법원(1996.1.26. 선고 95누13104 판결)은 지방세 추징의 예외가 되는 ‘정당한 사유’에 관하여, 법령에 의한 금지, 제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였으나 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당사유의 유무를 판단함에 있어서는 비영리사업자에 의하여 수행되는 사업의 공익성을 감안하여 취득세를 부과하지 않는 입법취지를 충분히 고려하면서 부동산의 취득목적에 비추어 그 목적사업에 직접 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 목적사업에 사용할 수 없는 법령상, 사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 부동산을 목적사업에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하는 것이 타당하다고 판시하였다.

청구법인은 쟁점토지를 사업에 사용하기 위하여 토지의 취득시점부터 현재에 이르기까지 일련의 과정을 성실하게 수행해 왔을 뿐만 아니라, 일반적으로 전기사업자가 발전사업을 수행함에 있어서는 장기의 시간이 소요되는 것이 보통이고 그것이 법령상으로도 양해되고 있다.

「전기사업법」 제9조 제2항에 따르면, 전기사업자가 사업에 필요한 전기설비를 설치하고 사업을 시작하는 데 필요한 준비기간은 최대 10년으로 규정되어 있고, 심지어 산업통상부장관이 정당한 사유가 있다고 인정하는 경우에는 위 준비기간을 연장할 수도 있다. 만약 위 기간 내에 전기설비의 설치 및 사업을 시작하지 아니하는 경우에는 전기사업의 허가가 취소될 수 있다( 「전기사업법」 제12조 제1항 제2호). 이처럼 「전기사업법」상 전기사업자에게 사업을 실제로 시작하기까지 긴 유예기간을 인정하고 있는 것은 일반적으로 발전소의 설치 및 운행에 많은 시간․비용이 소요되고, 중도에 사업의 내용이 변경될 때마다 산업통상자원부장관의 허가를 받아야 하는 등( 「전기사업법」 제7조 제1항) 사업을 정상적으로 수행하는 데 필요한 인․허가 절차가 다수 존재함을 고려한 결과이며, 이 사건의 경우도 산업통상자원부장관은 청구법인의 OOO 바이오매스 발전사업 준비기간을 당초 2018년 12월에서 2020년 12월까지로 연장하여 변경 승인 통보하였는바, 청구법인의 발전사업 준비 기간 소요에 정당한 사유가 있음을 인정한 것이다.

이러한 「전기사업법」상의 규정 및 쟁점토지상에서 영위하고자 하는 사업이 토지의 취득시점으로부터 현재에 이르기까지 진지하게 추진되어 온 사정을 고려할 때, 청구법인이 쟁점토지를 아직 사업에 사용하지 못한 데에는 정당한 사유가 있으므로 이 건 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 「상법」 제530조의10에서 ‘분할신설회사는 분할회사의 권리와 의무를 분할계획서에서 정하는 바에 따라 승계’한다고 규정하고 있고, 청구법인의 모법인이 작성한 분할계약서 제3조에는 분할신설회사는 분할되는 회사의 분할 전 채무 중에서 분할신설회사로 이전되는 채무에 대해 책임을 지고, 승계대상 자산목록에 쟁점토지가 포함되어 있으며, 모법인이 2014.4.29. 쟁점토지를 취득하여 2016.3.18. 물적 분할로 청구법인에게 승계한 이후 청구법인이 2018.11.26. 세무조사 시점까지 쟁점토지에 산업용 건축물을 건축하지 않고 있으므로 승계한 자산의 범위 내에서 채무의 책임이 있는 청구법인에게 쟁점토지에 대하여 2014.4.29. 최초 취득시점부터 기산하여 3년이 경과할 때까지 산업용 건축물을 건축하지 않은 것에 대해 당초 감면된 취득세 등을 추징한 것은 적법하다.

조세심판원의 결정(조심 2016지855, 2017.5.11.)은 “쟁점토지 지상에 착공신고를 한 후 2016.3.18. 법인분할에 의하여 분할신설법인이 쟁점토지를 포함한 해당 사업을 포괄승계한 것은 유예기간 내 매각에 따른 새로운 취득으로 볼 수 없어 쟁점토지에 대하여 처분청에서 취득세 추징요건에 해당하는 것으로 보아 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다”고 결정하였으나, 이는 당초 모법인이 쟁점토지를 취득한 2014.4.29.부터 물적 분할에 따라 신설된 청구법인으로 승계이전한 2016.3.18.까지 감면유예기간인 3년이 경과(1년 11개월) 되지 않은 상태였고, 법인의 물적 분할이 매각 등 새로운 취득으로 볼 수 없다는 결정으로 추징대상에 해당하지 아니하였지만, 그 이후 감면유예기간 3년이 훨씬 경과한 2019년 6월 현재까지도 나대지인 상태로 방치하고 있으므로 취득세 등을 과세한 것은 적법하다.

(2) 「지방세특례제한법」 제78조 제5항에서 규정한 정당한 사유 없이 부동산 취득일부터 3년이 경과할 때까지 산업용 건축물 등의 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우라 함은 행정관청의 금지, 제한 등 외부적 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당사유의 유무를 판단함에 있어서는 고유목적에 사용할 수 없는 법령상, 사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 토지를 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 참작하여 구체적 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것이며(대법원 2004.4.28. 선고 2002두11752 판결, 같은 뜻임), 건물의 착공행위는 토지를 건축물 등의 용도로 직접 사용하는 행위라기보다는 이를 위한 준비과정에 불과하고, 유예기간 내에 건물의 착공이 있었다는 사실만으로 이를 감면된 취득세의 추징을 유예할 만한 정당한 사유로 볼 수는 없으며 착공 후 일련의 건축과정이 중단 없이 진행되어 사용승인을 받을 수 있도록 정상적인 노력을 다한 경우 또는 행정관청의 사용금지‧제한 등 외부적인 사유로 인하여 공사가 중단되는 경우 등에 한하여 정당한 사유가 있다고 보는 것이 감면규정의 입법취지에 비추어 타당해 보이는 바(조심 2016지0635, 2016.10.31.)

청구법인의 경우 모법인이 2014.4.29. 쟁점토지를 취득하고 윤활유 제조공장 설립을 위해 2014.11.13. 착공신고를 한 후 2014.11.부터 2015.2.까지 진입로 및 부지정리공사를 하다가 유가하락 등에 따라 사업성을 재검토한 후 2016.3.18. 청구법인을 신설하여 바이오매스 발전사업으로 전환한 점, 2017.6.1. 건축허가, 2017.8.10. 공사계획 인가를 받았으나 2018.11.13. 자금조달 지연 등 내부사정을 이유로 착공연기 신고를 하여 2019년 6월 현재까지 산업용 건물을 신축하지 않고 있는 점 등 일련의 과정이 정상적인 노력을 다한 경우라고 볼 수 없으므로 청구법인이 쟁점토지의 취득일부터 3년 이내에 산업용 건축물 등의 용도로 직접 사용하지 못한 데 정당한 사유가 있다고 보기는 어려우므로 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 모법인이 쟁점토지를 취득한 날(2014.4.29.)부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 모법인이 감면받은 취득세 및 재산세 등을 청구법인에게 추징한 처분의 당부

② 청구법인이 쟁점토지를 취득일(2016.3.18.)부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는지 여부

나. 관련 법률 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다.

(가) 모법인은 2006.7.5. 해상운송업 등을 목적으로 설립되었고, 2007.9.19. 에너지사업 등을 추가하였으며, 2014.4.29. OOO 쟁점토지를 분양받아 취득하고 「지방세특례제한법」 제78조 제4항에서 규정하고 있는 산업단지에서 산업용 건축물을 건축하려는 자가 취득하는 부동산으로 하여 취득세 등 OOO원을 감면받았다.

(나) 청구법인은 2016.3.18. 모법인으로부터 물적 분할되면서 승계 취득한 쟁점토지를 본점 소재지로 하여 설립되었다.

(다) 처분청은 2016.3.18. 모법인의 사업일부가 물적 분할되어 청구법인이 설립되면서 쟁점토지의 소유권이 청구법인으로 이전되자, 이를 「지방세특례제한법」제78조 제5항 제2호의 추징규정인 매각 또는 증여로 보아 모법인에게 자진신고․납부를 안내하였고, 모법인은 2016.4.18. 기 감면받은 취득세 등 OOO원을 신고․납부를 하였다.

(라) 모법인은 물적 분할에 따른 쟁점토지의 소유권 이전은 「지방세특례제한법」 제78조 제5항 제2호의 추징요건인 매각이나 증여에 해당되지 않는다며 2016.5.16. 취득세 등 경정청구를 하였으나 처분청은 2016.5.25. 이를 거부하였다.

(마) 모법인은 이에 불복하여 2016.7.4. 조세심판원에 심판청구를 제기하였고, 조세심판원은 처분청의 경정청구 거부처분 취소 결정(조심 2016지855, 2017.5.11.)을 하였다.

(바) 청구법인은 처분청(산단지원과-6241, 2017.6.1.)으로부터 건축허가를 받았으나, 2018.11.13. 처분청(산단지원과-9514)에 자금조달 지연 등 건축주 사정을 이유로 2019.5.31.까지 착공을 연기를 한 것으로 나타난다.

(사) OOO는 2018.11.26. 청구법인에 대한 지방세 세무조사를 실시한 결과, 쟁점토지가 취득일(2014.4.29.)부터 3년이 지난 세무조사일 현재까지도 정당한 사유 없이 산업용 건축물등을 건축하지 않았음을 이유로 모법인을 분할 승계한 청구법인에게 기 감면 받은 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 재산세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원을 추징세액으로 하여 2018.12.13. 세무조사 결과를 통지하였다.

(아) 처분청은 2019.3.19. 청구법인에게 2014년분 취득세 등 OOO원, 2014년도분부터 2018년도분분까지의 재산세(토지분) 등 OOO원 합계 OOO원을 부과·고지하였다.

(자) 모법인은 2016.2.1. 법인 분할계획서를 작성하여 에너지사업부분을 분할하고 청구법인을 설립하여 청구법인의 주식을 100% 보유하는 방식으로 하며, 청구법인은 모법인의 채무 중에서 이전되는 승계자산에 대한 채무만을 부담한다고 되어 있고, 분할승계 자산에는 쟁점토지가 포함되어 있으며 승계자산 목록은 아래 ＜표2＞와 같다.

＜표2＞ 승계자산 목록

(차) 청구법인은 2014.7.부터 2018.12.28.까지 쟁점토지상에 에너지사업을 추진하게 된 배경, 에너지사업을 위한 각종 용역 진행, 환경영향평가, 투자협약 체결, 건축 및 각종 허가절차 진행, 개발사업 시행자 지정 등 필요한 절차를 성실히 수행하여 왔음에도 당초에 계획했던 사업을 강행하기 어려운 상황에 직면하게 되어 정당한 사유가 있다고 주장하면서 관련 증빙자료를 제출하였다.

(2) 청구법인은 처분청의 답변에 대하여 아래와 같이 항변하였다.

(가) 처분청은 모법인의 분할계획서상 “승계대상 자산”에 쟁점토지가 포함되어 있으므로, 쟁점토지와 관련하여 발생한 채무(이 건 처분) 역시 청구법인에게 승계되는 것이라는 의견이나, 처분청이 답변서에서 스스로 제시하고 있는 것과 같이, 분할계획서에는 승계대상 자산과 부채가 각각 열거되어 있고, 쟁점토지가 승계된다고 기재되어 있을 뿐 그와 관련하여 모법인이 감면받았던 지방세가 추징될 경우 이를 청구법인이 부담해야 한다는 내용은 전혀 없으며, 모법인이 감면받았던 지방세에 대하여 청구법인이 책임을 부담할 근거는 어디에도 존재하지 않는다.

분할신설법인인 청구법인은 물적 분할로 인한 쟁점토지 소유권 취득으로 인하여 독자적인 취득자의 지위를 갖게 되는 것이고 그 취득자의 지위에서 지방세 납부․감면 및 추징에 대한 책임을 부담하는 것이며, 조세심판원은 관련 결정을 통하여 모법인이 쟁점토지를 취득일(2014.4.29.)부터 3년 이내에 사업에 사용하지 못하게 된 데에도 정당한 사유가 있다는 것을 분명하게 밝힌 것이다.

(나) 처분청은 청구법인이 쟁점토지상에 아직까지 발전소를 건립하여 그 운전에 나아가지 못한 것은 모두 ‘법인의 내부적인 사정’으로 인한 것으로서 정당한 사유가 인정될 수 없다는 의견이나,

1) 먼저, 법원 판례상 「지방세특례제한법」 제78조 제5항에서 정한 ‘정당한 사유’가 인정되는 사례에 대하여 보면, 처분청이 스스로 인용하고 있는 대법원 2004.4.28. 선고 2002두11752 판결 역시 행정관청의 금지 등 외부적인 사유는 물론이고 고유업무에 사용하기 위한 정상적 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 정당한 사유를 구성한다고 하면서, 당해 법인이 토지를 고유 업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 참작하여 판단해야 한다고 판시하였다. 즉, 판례는 설령 지방세 관련 법령에서 정한 유예기간 내에 건축물의 건축에 돌입하지 못하였다 하더라도, 법인이 사업의 수행에 필요한 각종 절차를 진지하게 수행해 온 것이 사실이라면 정당한 사유가 인정된다는 것으로서, 반드시 행정관청의 금지, 제한 등 외부적인 사유가 있는 경우에만 정한 사유가 인정된다는 것이 아니다.

모법인이 씨나인 정제사업을 수행하기 위하여 필요한 모든 업무를 진지하게 수행하였으나 경제상황의 변화 또는 외부 협력업체의 사업중단 의사로 인하여 사업을 중도에 중단할 수밖에 없었던 경우에도 정당한 사유가 인정되어야 한다. 처분청의 주장은 시장경제의 변동으로 인하여 사업을 지속하더라도 도저히 이익을 낼 수 없고 오히려 회사의 존립을 위험하게 하는 상황이라 하더라도 기존의 사업을 계속 추진하여 유예기간을 맞춰야만 지방세 감면 혜택을 부여할 수 있다는 것으로서 그 자체로 불합리하다.

모법인은 위 씨나인 정제사업을 수행하기 위하여 ① 2014.10.6. 공장에 대한 건축허가 및 착공신고를 마치고, ② 2015.7. 공사장 진․출입로 확보를 위한 도로점용허가를 득하였으며, ③ 2015.8.부터 2015.11.까지 도로포장공사 및 부지 정리 작업을 실제로 수행하기까지 하였으나, 글로벌 시장상황의 변화 및 결정적으로는 엘지화학의 사업 중단 의사에 따라 해당 사업의 추진을 중단할 수밖에 없었다. 모법인이 계획하였던 씨나인 정제사업은 OOO 공장에서 부산물인 씨나인이라는 물질을 공급하여 주는 것을 전제로 검토되었던 것으로서, OOO 측에서 사업 중단 의사를 밝힌 이상 청구법인이 단독으로 위 사업을 계속하여 추진할 수는 없었으며, 이는 어느 모로 보나(외부적 사정만이 정당한 사유에 해당한다는 처분청의 주장에 따르더라도) 청구법인의 사업 중단에 관한 정당한 사유에 해당하는 것이다.

2) 신재생에너지 발전사업을 수행하기 위해서는 ① 산업통상부장관의 허가( 「전기사업법」 제7조 제1항)가 필요하고, ② 사전에 한국전력과의 사이에 전력을 얼마나 생산하여 어떠한 경로로 공급할 것인지에 대해서도 협의를 해야 하며(송․배전용 전기설비 이용규정 제9조 내지 제15조 참조), 또한 청구법인이 설립하고자 하는 발전소의 규모가 크기 때문에 ③ 환경영향평가( 「환경영향평가법」 제22조 제1항 제3호 이하 참조) 및 ④ 건축허가와는 별도로 공사계획인가도 거쳐야 하므로( 「전기사업법」 제61조 참조) 일반적으로 전기사업자가 발전사업을 수행함에 있어서는 장시간(통상적으로 발전소 건설에는 6～7년이 소요됨)이 소요되는 것이 보통이고 그것이 법령상으로도 양해되고 있다.

3) 청구법인의 주요 매출은 생산한 전기와 신재생에너지 공급인증서(Renewable Energy Certificate이며, 이하 “인증서”라 한다)의 매출에서 발생하고 있으나, 최근 몇 년간 위 사업과 관련하여 정부 정책의 불확실성이 존재하였으며(석탄과 우드팰릿 혼소의 경우 인증서를 부여할 것인지 여부 관련), 이로 인하여 발전원료인 우드팰릿의 가격이 계속하여 급격하게 상승하고 있을 뿐만 아니라, 신재생에너지 발전사업의 매출의 근간인 인증서 가격은 계속하여 하락하고 있고 현재는 2016년 가격 대비 반토막에 가까운 수준이다.

이에 반해 발전의 원료가 되는 우드팰릿의 가격이 지속적으로 상승하고 있어 혼소가 시작한 당시인 2014년 초, 원산지를 동남아로 하는 우드팰릿 가격은 톤당 OOO 선에서 형성되었으나, 이후 급격한 혼소 확대로 인하여 우드팰릿의 수입량이 연간 OOO에 이르렀고 2018년에는 가격이 OOO까지 급등하였다.

이처럼 국제적인 우드팰릿 가격(원가)의 지속적인 상승 및 인증서 가격(매출)의 하락으로 인하여, 발전소를 새로이 건립하여 신재생에너지 발전사업을 수행하고자 하였던 신규 발전사업자들은 수익성의 악화로 사업을 적극적으로 추진하기가 매우 어렵게 되었으며, 특히, 신재생에너지 발전시설의 건축에는 막대한 비용이 소요되므로, 금융기관으로부터의 대출이 필수적이나 신재생에너지 발전사업의 수익성 악화로 인하여, 최근 금융기관들은 대출채권을 회수하지 못할까 염려하여 신재생에너지 발전사업자들에 대한 대출을 지연하고 있으며, 실제로 2015년∼2016년 이후 신재생에너지 발전사업을 추진한 군산바이오 에너지 등 7곳 중 발전소 건립에 착공한 곳은 거의 없다.

4) 청구법인은 쟁점토지의 취득시부터 현재에 이르기까지 위 사업을 위해 필요한 각종 절차를 진지하게 추진하여 왔으며, 이미 건설업체와의 사이에 공사도급계약을 체결하고 상세 설계를 진행 중이고, 위 공사도급계약의 체결 이후 2018년 8월경 사업부지 내 기초 및 지질조사를 완료하였으며, 2018년 말에는 쟁점토지 내 사무실도 개소하였다. 다만 현재 OOO이 대출에 따르는 위험을 해소하기 위하여 청구법인으로 하여금 바이오매스 원료의 안정적인 공급처를 확보할 것을 요구하고 있어 현재 협의 진행 중이다. 신재생에너지 발전사업을 수행하기 위해서는 제3자로부터 발전원료(우드팰릿)를 공급받아야 하고, 특히 최근과 같이 인증서 가격이 전반적으로 하락하고 있는 상황에서 경쟁우위를 확보하기 위해서는 위 원료를 낮은 가격에 지속적으로 공급받을 수 있어야 하며, 이에 청구법인은 해외네트워크가 강한 OOO과 OOO와의 사이에 수 개월에 걸쳐 발전원료의 공급의사를 타진하고 공급조건을 협의해 왔고, 최근에는 OOO과도 논의 중에 있으며, 청구법인은 OOO의 요구 사항과 관련하여 협의 중이고, 10월 말경에는 쟁점토지상의 관리동 건축에 착수할 것을 목표로 하여 진행 중이다.

5) 청구법인은 산업통상자원부장관의 발전사업 준비기간변경승인 통보(산업통상자원부장관이 청구법인의 OOO 바이오매스 발전사업 준비기간을 2018년 12월까지에서 2020년 12월까지로 연장 승인), 환경영향평가 통보서, 인증서 가격 급락 관련 보도자료 및 OOO의 청구법인에 대한 자금조달 계획(총 투자금액 OOO원)의 추진일정 변경안 등을 증빙자료로 제출하였다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 유예기간 내에 쟁점토지를 해당 용도로 직접 사용하지 아니하였다고 보아 모법인이 감면받은 취득세 및 재산세 등을 추징하였으나,

청구법인과 모법인은 별개의 독립된 법인으로 특별한 사정이 없는 한 모법인이 감면받은 취득세 등이 추징대상이 된 경우 모법인에게 그 세액을 추징하는 것이 타당한 점, 모법인이 쟁점토지를 취득하여 취득세 및 재산세 등을 감면받은 후 물적 분할에 따른 소유권이전한 것에 대하여 우리 원은 추징사유에 해당하지 않는다고 결정한 점, 청구법인은 모법인과 별도로 쟁점토지를 취득하면서 산업용 건축물을 건축하기 위하여 취득하는 부동산으로 하여 취득세 등을 감면받은 점, 청구법인이 모법인으로부터 물적 분할에 따라 쟁점토지를 자산으로 이전받으면서 감면이 확정된 모법인의 취득세 및 재산세의 채무까지 승계하였다고 보기 어려운 점 등에 비추어 모법인이 감면받은 취득세 및 재산세 등이 추징대상이 되었다 하더라도 그 세액을 모법인에게 과세할 수 있을 뿐 청구법인에게 추징하는 것은 타당하지 아니하므로 처분청이 청구법인에게 모법인이 감면받은 2014년도 취득세와 2014년도분 및 2015년도분 재산세 등을 추징한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

(4) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점토지를 취득하여 유예기간(3년) 내에 산업용 건축물등의 용도로 직접 사용하기 위하여 일련의 과정을 성실하게 이행하는 등 진지한 노력을 다하였으나 정부정책의 불확실성, 원자재 가격의 급등 등 외부환경의 변화 등으로 이를 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 주장하나,

「지방세특례제한법」제78조 제4항 및 제5항에서 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지 등에서 산업용 건축물 등을 신축하거나 증축하려는 자가 취득하는 부동산에 대하여는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제하고, 동 부동산에 대한 해당 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 5년간 재산세를 감면하되 그 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 산업용 건축물 등의 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 해당 부분에 대하여는 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다고 규정하고 있고, 위 규정에서 ‘정당한 사유’란 그 취득 토지를 공장용 건축물 등의 용도에 직접 사용하지 못한 사유가 행정관청의 사용 금지·제한 등 외부적인 사유로 인한 것이거나 또는 내부적으로 토지를 공장용 건축물 등의 용도에 사용하기 위하여 정상적인 노력을 하였음에도 시간적인 여유가 없거나 기타 객관적인 사유로 인하여 부득이 위 용도에 사용할 수 없는 경우를 말하는 것이며, 나아가 ‘정당한 사유’의 유무는 그 감면의 입법취지를 충분히 고려하면서 부동산의 취득 목적에 비추어 그 용도에 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 법령상·사실상의 장애사유 및 그 장애정도, 토지를 그 용도에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것이다.

청구법인이 쟁점토지를 취득한 후 건축물 등을 착공하여 일련의 건축과정이 중단 없이 진행되어 사용승인을 받을 수 있도록 정상적인 노력을 다한 경우 또는 행정관청의 사용금지‧제한 등 외부적인 사유로 인하여 공사가 중단되는 경우 등에 한하여 정당한 사유가 있다고 보는 것이 감면규정의 입법취지에 비추어 타당하다 할 것인바, 당초 모법인이 씨나인 정제사업을 추진하기 위하여 쟁점토지를 취득하였으나 글로벌 시장상황의 변화, 공급처의 공급 중단 등으로 사업추진이 어렵게 되자 물적 분할을 통하여 신재생에너지 발전사업에 사용하기 위하여 청구법인을 설립한 점, 청구법인은 쟁점토지를 2016.3.18. 취득한 후 바이오에너지 사업을 추진하기 위한 목적으로 하여 일련의 절차를 거쳐 2017.6.1. 건축허가를 완료하고 2018.12.1. 착공예정이었으나 외부 시장상황의 변화로 인한 자금조달 지연 등으로 2019.5.31.까지 착공연기를 신청하고 그 이후로도 진척 상황이 없는 점, 청구법인이 추진하고 있는 바이오에너지의 인증서 가격이 폭락하고 원재료 가격이 폭등하는 외부 시장상황, 이에 따른 자금조달의 어려움 등은 청구법인의 내부적인 경영상의 문제로 보이는 점 등에 비추어 청구법인이 유예기간 내에 산업용 건축물등의 건축공사를 하지 못한 사유가 행정관청의 귀책사유 내지는 법령상의 장애 등에 의한 것이 아니라 청구법인의 내부적인 경영상의 사유에 그 원인이 있다 할 것이므로 이를 정당한 사유에 해당한다고 보기는 어렵다 하겠다.

따라서, 처분청이 청구법인에게 2016년도분부터 2018년도분까지의 재산세 등을 부과고지한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「지방세기본법」 제96조 제6항과 「국세기본법」 제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법률

(1) 지방세특례제한법

제78조(산업단지 등에 대한 감면) ④ 제1호 각 목의 지역(이하 "산업단지등"이라 한다)에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 감면한다.

1. 대상 지역

가. 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지

나. 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」에 따른 유치지역

다. 「산업기술단지 지원에 관한 특례법」에 따라 조성된 산업기술단지

2. 감면 내용

가. 산업용 건축물등을 건축하려는 자[공장용 건축물( 「건축법」 제2조제1항제2호에 따른 건축물을 말한다)을 건축하여 중소기업자에게 임대하려는 자를 포함한다]가 취득하는 부동산에 대해서는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제한다.

나. 산업단지등에서 산업용 건축물등을 대수선하여 취득하는 부동산에 대해서는 2014년 12월 31일까지 취득세의 100분의 50을 경감한다.

다. 가목의 부동산에 대한 해당 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 5년간 재산세의 100분의 50을 경감(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 면제)한다.

⑤ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 제4항에 따라 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각(해당 산업단지관리기관 또는 산업기술단지관리기관이 환매하는 경우는 제외한다)ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

⑥ 제2항 및 제4항에 따른 공장의 업종 및 그 규모, 감면 등의 적용기준은 행정자치부령으로 정한다.

(2) 상법

제434조(정관변경의 특별결의) 제433조 제1항의 결의는 출석한 주주의 의결권의 3분의 2 이상의 수와 발행주식총수의 3분의 1 이상의 수로써 하여야 한다.

제530조의3(분할계획서·분할합병계약서의 승인) ➀ 회사가 분할 또는 분할합병을 하는 때에는 분할계획서 또는 분할합병계약서를 작성하여 주주총회의 승인을 얻어야 한다.

② 제1항의 승인결의는 제434조의 규정에 의하여야 한다.

제530조의9(분할 및 분할합병 후의 회사의 책임) ➀ 분할회사, 단순분할신설 회사, 분할승계회사 또는 분할합병신설회사는 분할 또는 분할합병 전의 분할회사 채무에 관하여 연대하여 변제할 책임이 있다.

② 제1항에도 불구하고 분할회사가 제530조의3제2항에 따른 결의로 분할에 의하여 회사를 설립하는 경우에는 단순분할신설회사는 분할회사의 채무 중에서 분할계획서에 승계하기로 정한 채무에 대한 책임만을 부담하는 것으로 정할 수 있다. 이 경우 분할회사가 분할 후에 존속하는 경우에는 단순분할신설회사가 부담하지 아니하는 채무에 대한 책임만을 부담한다.

③ 분할합병의 경우에 분할회사는 제530조의3 제2항에 따른 결의로 분할합병에 따른 출자를 받는 분할승계회사 또는 분할합병신설회사가 분할회사의 채무 중에서 분할합병계약서에 승계하기로 정한 채무에 대한 책임만을 부담하는 것으로 정할 수 있다. 이 경우 제2항 후단을 준용한다.

④ 제2항의 경우에는 제439조 제3항 및 제527조의5를 준용한다.

제530조의10(분할 또는 분할합병의 효과) 단순분할신설회사, 분할승계회사 또는 분할합병신설회사는 분할회사의 권리와 의무를 분할계획서 또는 분할합병계약서에서 정하는 바에 따라 승계한다.