상고를 기각한다.

상고비용은 원고가 부담한다.

상고이유를 판단한다.

1. 가.

구 국세기본법(2010. 1. 1. 법률 제9911호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제45조의2 제1항은 ‘과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한 경과 후 3년 이내에 관할세무서장에게 청구할 수 있다’고 규정하고 있으나, 제3조 제2항은 “관세법 및 수출용원재료에 대한 관세 등 환급에 관한 특례법에서 세관장이 부과징수하는 국세에 관하여 이 법에 대한 특례규정을 두고 있는 경우에는 동법이 정하는 바에 의한다”고 규정하고 있다.

그리고 구 관세법(2010. 1. 1. 법률 제9924호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제4조 제1항은 수입물품에 대하여 세관장이 부과징수하는 주세 등의 부과징수환급결손처분 등에 관하여 국세기본법, 주세법 등의 규정과 구 관세법의 규정이 상충하는 때에는 구 관세법의 규정을 우선하여 적용하도록 하고 있다.

한편 구 주세법(2009. 12. 31. 법률 제9899호로 개정되기 전의 것) 제23조 제3항은 주류를 수입하는 자는 수입신고하는 때에 관세법에 의한 신고서를 관할세관장에게 제출하도록 규정하고 있는데, 구 관세법 제38조의3은 제2항에서 “납세의무자는 신고납부한 세액이 과다한 것을 안 때(보정기간이 경과한 후에 한한다)에는 최초로 납세신고를 한 날부터 2년 이내에 대통령령이 정하는 바에 따라 신고한 세액의 경정을 세관장에게 청구할 수 있다. 이 경우 경정의 청구를 받은 세관장은 그 청구를 받은 날부터 2월 이내에 세액을 경정하거나 경정하여야 할 이유가 없다는 뜻을 청구한 자에게 통지하여야 한다”고 규정하고, 제3항에서 "세관장은 납세의무자가...