상고를 기각한다.

상고비용은 원고가 부담한다.

상고이유를 판단한다.

1. 주세의 경정청구기간에 관한 상고이유 주장에 관하여 구 국세기본법(2014. 1. 1. 법률 제12162호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제3조 제2항은 관세법에서 세관장이 부과징수하는 국세에 관하여 이 법에 대한 특례규정을 두고 있는 경우에는 관세법이 정하는 바에 따른다고 규정하고 있다.

그리고 구 관세법(2011. 12. 31. 법률 제11121호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제4조 제1항은 ‘수입물품에 대하여 세관장이 부과징수하는 주세 등의 부과징수환급결손처분 등에 관하여 국세기본법, 주세법 등의 규정과 관세법의 규정이 상충하는 때에는 구 관세법의 규정을 우선하여 적용한다’고 정하고 있다.

한편 구 주세법(2011. 12. 31. 법률 제11134호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제23조 제3항은 주류를 수입하는 자는 수입신고하는 때에 관세법에 따른 신고서를 관할세관장에게 제출하도록 규정하고 있는데, 구 관세법 제38조의3 제2항 전단은 “납세의무자는 신고납부한 세액이 과다한 것을 알게 되었을 때(보정기간이 지난 후로 한정한다)에는 최초로 납세신고를 한 날부터 2년 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 신고한 세액의 경정을 세관장에게 청구할 수 있다.”라고 규정하고 있다.

이러한 규정 내용 및 체계와 더불어, 세관장이 부과징수하는 조세에 관하여 특례를 규정한 취지는 수입물품에 대한 조세를 관세와 마찬가지로 세관장으로 하여금 함께 부과징수하도록 함으로써 과세행정의 효율성과 납세의무자간의 형평을 도모하고자 함에 있으므로, 그에 관한 불복절차 또한 관세와 동일하게 이루어질 필요가 있는 점을 고려하여 보면, 수입한 주류의 주세에 대한 경정청구에 관하여는 구 국세기본법 제45조의2...