[사건번호]조심2014중1430 (2014.08.20)

[세목]양도[결정유형]경정

[결정요지](1)쟁점취득계약서 매매목적물에 쟁점건물이 포함되어 있지 아니하고, 쟁점건물 소유자가 양도인이 아닌 입회인으로 기재되어 있는 점 등에 비추어 쟁점취득계약서상 매매가액에 쟁점건물의 가액이 포함되어 있다는 청구주장을 받아들이기 어려움(2)청구인이 쟁점토지의 지목이 전에서 공장용지로 변경된 이후에 쟁점토지를 취득한 것인바, 「소득세법 시행령」 제164조 제1항 제3호에 해당하여 쟁점토지의 기준시가가 없는 것으로 보아 지목 변경 전의 기준시가를 적용하는 것은 불합리하므로, 쟁점토지의 기준시가를 같은 조 제1항에 따라 평가한 후, 기준시가 비율로 취득가액을 안분하는 것이 타당함

[관련법령] 소득세법 제99조 / 소득세법 시행령제164조

OOO세무서장이 2013.9.9. 청구인에게 한 2008년 귀속 양도소득세 OOO원 및 2010년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 OOO 공장용지 895㎡의 기준시가를 「소득세법 시행령」 제164조 제1항에 따라 평가하여 산정한 후, 기준시가로 안분한 금액을 취득가액으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 이를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구인은 OOO 공장용지 895㎡를 2008.12.24. OOO원에, 위 지상 공장 1층 494㎡, 공장 2층 116.85㎡ 및 사무실숙소 98.8㎡(이하 “쟁점건물”이라 한다)를 2008.7.14. OOO원에, 같은 리 258-2 전 1,452㎡를 2010.2.23. OOO원에 국토해양부에 수용되어 양도하였으나 양도소득세를 신고·납부하지 아니하였다.

나. 처분청은 청구인이 1992.3.25. OOO 1,835㎡, 같은 리 258-1(현재 258-2) 1,452㎡, 같은 리 258 895㎡(이하 “쟁점토지”라 한다), 합계 3필지(이하 “전체토지”라 한다)에 대한 취득가액 OOO만원으로 계약한 매매계약서(이하 “쟁점취득계약서”라 한다)에 근거하여, 전체토지 중 258-2와 쟁점토지의 취득가액은 실지거래가액을 안분하여 각각 OOO원으로 결정하고, 쟁점건물의 취득가액에 대해서는 쟁점취득계약서에 기재되지 아니하여 실지거래가액이 확인되지 아니하므로 환산한 가액 OOO원으로 결정하여 2013.9.9. 청구인에게 2008년 귀속 양도소득세 OOO원 및 2010년 귀속 양도소득세 OOO원을 결정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2013.10.16. 이의신청을 거쳐 2014.2.17. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 청구인 소유 쟁점건물이 2008.7.8. OOO원에 수용되었으므로 쟁점건물의 기준시가를 반영하여 취득가액의 안분계산에 포함시켜야 될 것이며, 쟁점취득계약서와 등기명의자가 다르다는 이유로 건물의 기준시가를 제외하여 취득가액을 안분하는 것은 부당하다.

(2) 쟁점토지상의 쟁점건물은 1990.12.20. 사용승인되고 1991.1.12. 등기접수된 건축물로 쟁점토지 공시지가의 변동요인으로 작용되나, 행정당국의 지가조사가 늦어져 1992.1.15. 토지지목을 전에서 공장용지로 지목변경 신청된 이후인 1993.1.1.에야 ㎡당 OOO원에서 OOO원으로 변경되었다.

넓은 땅의 지가조사를 턱없이 부족한 인력으로 감당하다 보니 늦어진 결과이고, 현재라면 1년에 2차례씩 조사가 행해지고 공시지가가 변경되고 있어 원활히 적용될 수 있어, 쟁점토지의 안분계산시 일반 농지로 적용된 것은 부당한 것이어서 현실에 맞게 하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구인은 쟁점취득계약서 작성 당시에는 관행상 쟁점건물 내역을 기재하지 아니한 경우가 많았으며 부동산중개인에 대한 비용절감으로 상호 묵인하였다고 주장하나, 원소유자인 박OOO이 쟁점취득계약서상의 입회인이라는 것과 중개수수료를 절감하기 위해 쟁점건물을 쟁점취득계약서에서 누락한 것이라는 내용만으로 쟁점건물을 포함한 거래였다는 것을 확인할 수 없다.

(2) 청구인은 쟁점토지가 현실적으로 공장용지로 지목이 변경된 후인 1993년도의 개별공시지가를 적용하여야 한다고 주장하나, 지방자치단체에서 고시하는 개별공시지가를 임의로 연도를 변경하여 취득가액 산정시 적용할 수 없으므로 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 쟁점취득계약서상 취득가액 OOO만원이 쟁점건물을 제외한 매매가액으로 보아 쟁점토지의 취득가액을 쟁점건물을 제외한 전체토지의 기준시가로 안분하여 과세한 처분의 당부

② 쟁점건물을 제외한 전체토지의 취득가액을 OOO만원으로 보아 쟁점토지의 취득가액을 기준시가로 안분하는 경우, 쟁점토지의 기준시가를 변경된 지목(공장용지)을 반영하여 안분할 수 있는지 여부

나. 관련 법령

(1) 소득세법

제97조 [양도소득의 필요경비계산 ] 제97조 (양도소득의 필요경비계산) ① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액

가. 제94조 제1항 각 호의 자산의 취득에 소요된 실지거래가액. 다만, 제96조 제2항 각 호 외의 본문에 해당하는 경우에는 당해 자산의 취득 당시의 기준시가

나. 가목 본문의 경우에 있어서 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

제99조 [기준시가의 산정 ] 제99조 (기준시가의 산정) ① 제96조 제2항, 제97조 제1항 제1호 가목 단서, 제100조 및 제114조 제7항의 규정에 따른 기준시가는 다음 각 호에서 정하는 바에 의한다.

1. 제94조 제1항 제1호의 규정에 의한 토지 또는 건물

가. 토지

「부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 의한 개별공시지가(이하 "개별공시지가"라 한다). 다만, 개별공시지가가 없는 토지의 가액은 납세지 관할세무서장이 인근 유사토지의 개별공시지가를 참작하여 대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한 금액으로 하고, 지가가 급등하는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역에 있어서는 배율방법에 의하여 평가한 가액으로 한다.

나. 건물

건물(다목 및 라목의 규정에 해당하는 건물을 제외한다)의 신축가격·구조·용도·위치·신축연도 등을 참작하여 매년 1회 이상 국세청장이 산정·고시하는 가액

다. 오피스텔 및 상업용 건물

건물에 부수되는 토지를 공유로 하고 건물을 구분소유하는 것으로서 건물의 용도·면적 및 구분소유하는 건물의 수(數) 등을 감안하여 대통령령이 정하는 오피스텔 및 상업용 건물(이들에 부수되는 토지를 포함한다)에 대하여는 건물의 종류·규모·거래상황·위치 등을 참작하여 매년 1회 이상 국세청장이 토지와 건물에 대하여 일괄하여 산정·고시하는 가액

라. 주택

「부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 의한 개별주택가격 및 공동주택가격. 다만, 공동주택가격의 경우에는 동법 제17조제1항 단서의 규정에 의하여 국세청장이 결정·고시한 공동주택가격이 있는 때에는 그 가격에 의하고, 개별주택가격 및 공동주택가격이 없는 주택의 가격은 납세지관할세무서장이 인근 유사주택의 개별주택가격 및 공동주택가격을 참작하여 대통령령이 정하는 방법에 따라 평가한 금액으로 한다.

제100조 [양도차익의 산정] ① 양도차익을 계산함에 있어서 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항의 규정에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액·감정가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액·감정가액 등을 포함한다)에 의하는 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항에 따른 가액 및 제114조 제7항의 규정에 따라 매매사례가액·감정가액·환산가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액·감정가액·환산가액 등을 포함한다)에 의하고, 양도가액을 기준시가에 의하는 때에는 취득가액도 기준시가에 의한다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가등을 감안하여 대통령령이 정하는 바에 따라 안분계산한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 당해 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.

③ 양도차익을 산정함에 있어서 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 소득세법 시행령

제164조 [토지·건물의 기준시가 산정] ① 법 제99조 제1항 제1호 가목 단서에서 "대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한 금액"이라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 개별공시지가가 없는 토지와 지목·이용상황등 지가형성요인이 유사한 인근토지를 표준지로 보고 「부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률」 제9조 제2항의 규정에 의한 비교표에 의하여 납세지 관할세무서장(납세지 관할세무서장과 당해 토지의 소재지를 관할하는 세무서장이 서로 다른 경우로서 납세지 관할세무서장의 요청이 있는 경우에는 당해 토지의 소재지를 관할하는 세무서장)이 평가한 가액을 말한다. 이 경우 납세지 관할세무서장은 「지방세법」제111조 제2항 제1호 단서의 규정에 따라 시장·군수가 산정한 가액을 평가한 가액으로 하거나 2 이상의 감정평가기관에 의뢰하여 당해 토지에 대한 감정평가기관의 감정가액을 참작하여 평가할 수 있다.

1. 「지적법」에 의한 신규등록토지

2. 「지적법」에 의하여 분할 또는 합병된 토지

3. 토지의 형질변경 또는 용도변경으로 인하여 「지적법」상의 지목이 변경된 토지

4. 개별공시지가의 결정·고시가 누락된 토지(국·공유지를 포함한다)

제166조 [양도차익의 산정 등] ⑥ 법 제100조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 「부가가치세법 시행령」 제48조의2 제4항 단서의 규정에 의하여 안분계산 한다.

(3) 부가가치세법 시행령(2010.2.18. 대통령령 제22043호로 개정되기 전의 것)

제48조의2 [과세표준의 안분계산] ④ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그 밖의 구축물 등(이하 이 조에서 "건물등"이라 한다)을 함께 공급하는 경우에 그 건물등의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액중 토지의 가액과 건물등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각호에 정하는 바에 의한다.

1. 토지와 건물 등에 대한 「소득세법」 제99조의 규정에 의한 기준시가(이하 이 조에서 "기준시가"라 한다)가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액[제21조에 규정된 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 「부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 따른 감정평가법인이 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 항에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다.

2. 토지와 건물 등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대하여는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분계산한다.

3. 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우에는 국세청장이 정하는 바에 따라 안분계산한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점①에 대하여 살펴본다.

(가) 처분청은 전체토지를 OOO만원에 1992.3.25. 일괄 취득하였다고 보아, 전체토지 중 OOO번지 및 쟁점토지의 취득가액은 총 취득가액 OOO만원을 안분하여 산정하였고, 쟁점토지상의 쟁점건물의 취득가액은 실지취득가액이 확인되지 않아 환산한 가액으로 결정한 것으로 아래와 같이 나타난다.

○○○

(나) 청구인은 쟁점취득계약서상의 취득가액에는 쟁점건물이 기재되어 있지 아니하나 실질적으로 쟁점건물의 취득가액도 포함되어 있으므로 취득가액 안분시 쟁점건물도 포함하여 안분하여야 한다고 주장하면서 취득계약서, 임대차계약서, 확인서 등 관련증빙을 제시하고 있다.

1) 쟁점취득계약서에는 쟁점토지를 포함한 전체토지가 기재되어 있으나 쟁점건물은 기재되지 아니하였고, 쟁점건물의 전소유자인 박OOO은 매도자가 아닌 입회인으로 기재되어 있으며 그 계약서의 주요 내용은 아래와 같이 나타난다.

○○○

2) 청구인은 ‘OOO 여관건물’의 매매계약서, 쟁점건물 임대차계약서 사본 2부, ㈜OOO 사업자등록증 사본 등을 증빙서류로 제시하고 있다.

3) 전체토지의 양도자인 박OOO는 2013.11.1. 확인서에서 매매대금 OOO만원에는 쟁점건물가액도 포함되어 있으며, 쟁점건물의 소유자가 박OOO로 되어 있는 것은 본인이 박OOO에게 채무가 있어 형식상 쟁점건물의 소유권을 박OOO로 등재한 것으로 쟁점건물을 별도의대가 없이 청구인에게 소유권을 이전하여 주었다고 확인하고 있다.

(다) 등기부등본에 의하면, 쟁점토지의 전소유자는 박OOO로 되어 있고, 쟁점건물의 전소유자는 박OOO로 되어 있으며, 전체토지 및 쟁점건물의 소유권변동사항의 일부는 아래와 같이 나타난다.

○○○

(라) 이상의 사실관계 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점취득계약서상의 매매대금이 쟁점건물을 포함한 금액이므로 취득가액 안분시 쟁점건물을 포함하여 안분하여야 한다고 주장하나, 쟁점취득계약서상에는 전체토지만 양도하는 것으로 기재되어 있는 점, 쟁점취득계약서상에 쟁점건물의 소유자는 양도인이 아닌 입회인으로 기재되어 있는 점, 등기부등본상 쟁점건물의 소유권자는 전체토지의 소유권자와 다르게 등재되어 있는 점, 쟁점토지와 쟁점건물의 소유자간에 채권·채무 관계에 대하여 확인서 외에는 객관적인 증빙이 없는 점 등에 비추어, 쟁점취득계약서상의 매매대금을 쟁점건물까지 포함한 매매대금으로 인정하기는 어렵다 하겠다.

따라서, 처분청이 쟁점취득계약서상 매매대금을 전체토지의 매매대금으로 보아 쟁점건물의 기준시가를 제외한 전체토지의 기준시가로 취득가액을 안분하여 양도소득세를 부과한 것은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(2) 쟁점②에 대하여 살펴본다.

(가) 청구인은 1991년 쟁점토지상에 공장이 완공되었고 1992.1.15. 지목이 공장용지로 변경되었으며, 1992.3.25. 취득당시에는 지목이 공장용지이므로 쟁점토지를 지목이 전(田)으로 평가된 개별공시지가 OOO으로 안분할 수 없다고 주장한다.

(나) 전체토지의 토지대장에 의하면, OOO은 1992.1.14. OOO에서 분할되었고, 다시 쟁점토지 중 OOO는 1992.9.30. OOO에서 분할되었으며, 쟁점토지의 지목은 1992.1.15. 전에서 공장용지로 변경되었고, 일반건축물대장에 쟁점토지상의 건축물은 1990.12.20. 사용승인되고 1991.1.12. 등기접수된 건축물로 나타난다.

(다) 전체토지의 연도별 지목 및 개별공시지가는 아래와 같으며, 쟁점토지는 1992.1.15. 공장용지로 지목이 변경되었으나, 개별공시지가는 1993.1.1.기준부터 공장용지로 1993.5.22. 평가된 것으로 나타난다.

○○○

(라) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 쟁점토지의 기준시가를 1993.1.1. 기준으로 평가한 개별공시지가로 하여 취득가액을 안분하였으나, 「소득세법」 제99조 제1항 제1호 가목 및 같은 법 시행령 제164조 제1항 제3호는 토지의 형질변경 또는 용도변경으로 인하여 「지적법」상의 지목이 변경된 토지는 개별공시지가가 없는 토지로서 그 기준시가의 산정은 납세지 관할세무서장이 개별공시지가가 없는 토지와 지목·이용상황 등 지가형성요인이 유사한 인근토지를 표준지로 보고 「부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률」 제9조 제2항의 규정에 의한 비교표에 의하여 평가한 가액으로 하되, 이 경우 납세지 관할세무서장은 「지방세법」 제111조 제2항 제1호 단서의 규정에 따라 시장·군수가 산정한 가액을 평가한 가액으로 하거나 2 이상의 감정평가기관에 의뢰하여 당해 토지에 대한 감정평가기관의 감정가액을 참작하여 평가할 수 있다고 규정하고 있는바,

이 건의 경우, 일반건축물대장에 쟁점건물은 지상 2층 공장 및 기숙사 건물로서 1990.12.20. 사용승인되었고, 쟁점토지의 지목은 토지대장에 1992.1.15. 전(田)에서 공장용지로 변경된 것으로 기재되어 있으며, 청구인이 쟁점토지를 1992.3.25. 취득한 것으로 볼 때, 청구인이 쟁점토지를 취득할 당시에 지목이 전(田)에서 공장용지로 변경된 이후이므로 쟁점토지는 변경된 지목에 대한 개별공시지가가 없는 토지로 보는 것이 타당하다 할 것이다.

따라서, 처분청은 쟁점토지의 기준시가를 「소득세법 시행령」 제164조 제1항에 따라 평가한 후, 기준시가 비율로 취득가액을 안분하여 그 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.