[사건번호]조심2012서5386 (2013.04.10)

[세목]양도[결정유형]기각

[결정요지]종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 이전까지의 양도소득은 조세특례제한법 제99조의3에서 규정한 감면대상에 해당한다고 보기 어려움

[관련법령] 조세특례제한법 제99조의3

[참조결정]조심2011서1349 / 조심2012서2913

심판청구를 기각한다.

1. 처분 개요

가. 청구인은 1993.10.21. 취득한 OOO 11동 204호(이하 “종전주택”이라 한다)가 재건축됨에 따라 2001.12.21.(사용승인일) OOO 113동 701호(이하 “신축주택”이라 한다)를 취득하여 보유하다 2006.12.29. 동 신축주택을 양도한 후, 이에 대한 양도소득세 OOO원을「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제99조의3 및 같은 법 시행령 제40조를 적용하여 100% 감면신고 하였다(감면관련 농어촌특별세 OOO원은 납부).

나. 처분청은 조특법 제99조의3을 적용함에 있어 종전주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액에 상당하는 양도소득세를 감면대상에서 제외하여 2012.4.24. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2012.7.20. 이의신청을 거쳐 2012.11.19. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 처분청은 2009.1.20. 새로운 해석이 나오기까지 조특법 제99조의3에 따라 감면소득을 계산할 때, 신축주택을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득을 전체소득으로 해석하고 적용하였으나, 새로운 예규에 의거 감면소득을 배제하는 것은 소급과세금지의 원칙 및 신의성실의 원칙에 위배되고, 종전 예규는 처분청의 공적인 견해표명에 해당되므로 이를 신뢰한 청구인의 당초 양도소득세 신고는 정당한 것이므로 당초 신고대로 결정되어야 하고, 조특법 시행령 제40조 제1항의 산식을 적용함에 있어서 취득당시 기준시가는 일관된 기준으로 엄격하게 해석하여야 함에도 처분청이 분모의 취득당시 기준시가를 종전주택의 취득당시 기준시가로 해석한 것은 임의로 확장 해석한 것이므로 엄격해석의 원칙에 위배되는 것이고, 분자와 분모의 취득당시 기준시가를 달리 적용하는 것은 일관성이 결여된 처분이므로 동일하게 적용하여 감면세액을 결정하여야 한다.

(2) 청산금을 납부한 신축주택과 종전주택의 경우 「소득세법 시행령」제166조 제5항 각호의 규정에 따라 각각 장기보유특별공제를 적용하는 등 별개의 주택처럼 볼 수 있는바, 실지거래가액에 의한 양도차익은 동 시행령 제1항 및 제2항의 해당산식에 따라 구분하여 산정하여야 하고, 신축주택 감면규정을 적용함에 있어 감면대상 양도차익은 신축주택 취득일부터의 양도차익이므로 신축주택과 종전주택의 양도차익을 관리처분계획인가일을 기준으로 구분하여 감면소득을 계산하여야 한다.

(3) 청구인은 종전주택 양도차익이 감면대상에 해당한다는 기존해석 및 관행에 따라 적법하게 신고 및 납부을 완료한 것으로서 이는 청구인이 감면이 안 되는 것을 몰랐다고 할 만한 의무해태 사유가 없으므로 설령 처분청의 과세처분이 맞다고 하더라도 가산세 부과는 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 종전의 유권해석을 보면 종전주택의 보유로 인한 양도소득금액을 감면소득으로 본다고 명확하게 규정하고 있지 아니하고, 법령의 내용을 엄격히 해석하면 신축주택의 취득으로 인해서 발생되는 소득에 대해서만 감면을 한다는 것이지 종전주택의 보유로 인하여 발생된 소득까지 감한다는 것은 아니므로 신의성실의 원칙 또는 소급과세금지의 원칙을 위배하였다고 볼 수 없고, 조특법 시행령 제40조 제1항의 산식을 적용함에 있어 분모의 취득당시 기준시가는 종전주택 취득당시 기준시가를 적용하는 것으로 해석함이 타당하므로(부동산거래관리과-127, 2011.2.10) 임의로 확장해석 하였다고 보기는 어렵다.

(2) 조특법 제99조의3 규정에 따라 양도소득세 감면을 적용받는 신축주택의 경우 신축주택 취득일로부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 양도소득만 감면대상이고 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득은 감면대상에 해당하지 아니하는바, 신축주택 취득일은 사용검사승인일이고 관리처분계획인가일 이후 양도소득금액을 감면대상으로 한다면 신축주택 취득일보다 훨씬 앞선 시점 이후부터 신축주택 취득일 전까지 발생한 양도소득금액도 감면하는 결과를 초래하여, 신축주택으로 전환되기 전의 구주택을 소유한 적이 없는 일반분양자와의 세부담에 있어 불형평을 초래하므로 청구주장은 타당하지 아니하다.

(3) 세법에 따른 납부기한까지 국세를 납부하여야 할 세액보다 적게 납부한 경우에 과소납부분에 대하여 이자성격의 가산세를 부과함은 정당하고, 가산세를 면제할 만한 정당한 사유도 청구인에게 존재하지 아니한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

①신축주택 감면규정 적용에 있어 새로운 해석에 따라 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액에 대해 감면배제하였고, 감면소득 계산 산식상분모의 취득당시 기준시가를 종전주택의 취득당시 기준시가로 해석한것이 신의칙 및 엄격해석원칙에 위배된다는 청구주장의 당부

②신축주택 감면 규정을 적용함에 있어 감면대상 신축주택분 양도차익을 청산금 납부분 양도차익(소득세법시행령 §166 ①·②)으로 하여야 한다는 청구주장의 당부

③납부불성실가산세부과처분 당부

나. 관련 법령 : <별지>에 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 국세청 국세통합시스템, 등기부등본 및 건축물대장 등에 나타난 종전주택 취득부터 신축주택 양도까지의 진행사항 및 이 건 양도소득세 부과처분 경위 등은 <표1>과 같고, 청구인의 양도소득세 신고내역 및 처분청의 경정·결의 세부내역은 <표2>와 같다.

OOOOOOOOOO

OOOOOOOOOO (OO : O)

(2) 처분청 조사담당 공무원이 2012.4.20. 작성한 신축주택 감면세액 계산의 적정여부에 대한 검토보고서를 보면, 감면소득금액의 적정여부와 관련하여 청구인의 신고 감면소득은 OOO원(양도소득 기본공제 전 양도소득금액), 처분청이 조특법 시행령 제99조의3 제2항 및 제40조 제1항 규정에 따라 계산한 적정감면소득은 OOO원으로 OOO원이 과다 감면신고된 것으로 보았고, 감면세액의 적정여부와 관련하여 청구인의 신고 감면세액은 OOO, 처분청이 계산한 적정 감면세액은 OOO원( 「소득세법」제90조 제1항)으로 OOO원이 과다 감면신고된 것으로 검토하였으며, 감면세액의 재계산에 따라 농어촌특별세액도 당초 신고한 OOO원에서 OOO원으로 감액되어 OOO원이 감소된 것으로 검토하는 등 신축주택 보유기간 5년 이내의 양도소득만 감면결정하고, 종전주택의 양도소득에 대하는 감면배제하는 것으로 조사하였다.

(3) 청구인이 처분청의 이 건 양도소득세 부과처분이 신의칙에 위배되었다고 주장하며 그 근거 제시한 국세청 유권해석(종전 및 최근)의 내용은 다음과 같다.

(가) 종전의 유권해석이라고 주장하는 국세청 서면인터넷방문상담4팀-2109호(2005.11.8.)의 내용을 보면, 조특법 제99조 제1항 및 동법 시행령 제99조 제1항의 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 규정을 적용함에 있어 당해 신축주택(이에 부수되는 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다. 이하 같다)을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액이라 함은 동법 시행령 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말하는 것이며, 당해 산식에서 취득당시 또는 취득일 이란 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)에 있어서는 소득세법 시행령 제162조 제1항 제4호의 규정에 의하여 사용검사필증교부일이 되는 것이나, 사용검사전에 사실상 사용하거나 임시사용승인을 얻은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 임시사용승인일 중 빠른 날로 하는 것이라고 하고 있다.

(나) 새로운 유권해석이라고 주장하는 국세청 재산세과-227호(2009.1.20.)의 내용을 보면, 단독주택(그 부수토지 포함)을 취득하여 보유하다 당해 주택의 주택재개발사업에 따라 신축주택을 취득(사용승인일 : 2003.4.30.)한 경우로서 종전 단독주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 조특법 제99조의3 규정에 따른 감면소득에 해당하지 아니하는 것이며, 신축주택의 취득일(2003.4.30.)로부터 5년이 되는 날은 2008.4.30.까지라고 하고 있다.

(4) 국세청 국세통합전산망의 공동주택 기준시가 조회자료에 의하면, 종전주택의 취득당시 기준시가는 OOO원(1990.9.1. 고시)이고, 신축주택의 최초 기준시가는 OOO원(2002.4.4. 고시)이며, 신축주택의 양도당시 기준시가는 OOO원(2006.4.28. 고시)인 것으로 나타난다.

(5) 청구인의 종전주택은 31평형으로 청구인은 49평형인 신축주택을 분양받으면서 1999.5.17. 아파트재건축조합과 청구인간(시공사인 삼성물산 주식회사는 “병”)에 작성한 조합원 분담금 납부계약서에 따라 OOO원의 분담금을 추가하기로 한 것으로 나타난다.

(6) 조특법 시행령 제99조의3 제2항 및 제40조 제1항에서 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례을 적용함에 있어 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 「소득세법」제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는 「법인세법」제99조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액 중 취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가에서 취득당시의 기준시가를 뺀 금액이 양도당시의 기준시가에서 취득당시의 기준시가를 뺀 금액에서 차지하는 비율로 계산한 금액을 말한다고 하고 있고, 2007.2.28. 대통령령 제19890호로 개정(신설)된 「소득세법 시행령」제166조 제2항에서는 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 해당 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획에 따라 취득한 신축주택 및 그 부수토지를 양도하는 경우에 있어 실지거래가액에 의한 양도차익 계산방법을 규정하였는데, 청산금을 납부한 경우 관리처분계획인가전후의 양도차익을 기준으로 청산금납부분 양도차익과 기존건물분 양도차익으로 구분계산하도록 하고 있다.

(7) 위 사실관계 및 법령 등을 종합하여 먼저, 쟁점①에 대하여 보면, 종전주택을 취득하여 보유하다가 주택재건축사업에 따라 신축주택을 취득하여 이를 양도한 경우, 조특법 제99조의3에 따른 양도소득세를 감면함에 있어서 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 그 감면대상 양도소득금액은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려운 점, 청구인이제시하는 종전 국세청 유권해석(서면인터넷방문상담4팀-2109,2005.11.8.)이 종전주택 보유기간에 해당하는 양도소득금액을 감면소득으로 본다고 명확하게 해석하지 아니하는 점, 기타 과세관청이 청구인에게 신뢰대상이 되는 공적인 견해 표명을 하였다고 인정하기 어려운 점 등을 고려하면 이 건 양도소득세 부과처분이 신의칙에 위배되는 위법한 처분이라 보기 어렵고,

또한, 조특법 시행령 제40조에서 규정하고 있는 산식에 있어 취득당시의 기준시가 중 분자에 적용되는 기준시가는 ‘신축주택의 취득당시 기준시가’이고, 분모에 적용되는 기준시가는 ‘종전주택의 취득당시 기준시가’를 말하는 것이므로(조심 2011서1349, 2011.6.30. 외 다수 같은 뜻임) 처분청의 신축주택 감면소득금액 계산이 엄격해석의 원칙에 위배되었다고 보기 어렵다.

다음으로 쟁점②에 대하여 보면, 조특법 제99조의3의 감면대상은 신축주택 취득일부터 양도일까지 발생한 양도소득금액에 대한 것이고, 여기에서 신축주택 취득일은 사용승인일을 의미하는 것으로 청구주장대로 감면대상 신축주택분 양도차익을 청산금 납부분 양도차익으로 하게 되면 신축주택 취득일을 관리처분계획인가일로 보게 되어 신축주택 감면대상이 확장되어 결과적으로 조합원이 아닌 일반분양자와 불형평성을 초래하게 되는 점, 2007.2.28. 신설된 「소득세법」제166조 제2항에서 규정하고 있는 실지거래가액에 의한 신축주택(재건축아파트) 양도차익 계산산식과 조특법 시행령 제40조 제1항에서 규정하고 있는 안분비례방식의 감면소득 계산산식은 각각 양도차익 계산방법과 감면소득 계산방법에 대한 것으로 그 의미 및 규율대상이 다른 점 등을 고려하면 신축주택 감면 규정을 적용함에 있어 감면대상 신축주택분 양도차익을 청산금 납부분 양도차익으로 하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

마지막으로 쟁점③에 대하여 보면, 납세자의 고의‧과실이나 법령의 무지 또는 오인은 가산세 감면의 정당한 사유에 해당하지 아니하는바(조심 2012서2913, 2012.9.28. 외 다수 같은 뜻임), 이 건 양도소득세 부과처분이 신의칙에 위배되는 처분이라 보기 어렵고, 관련 법령의 해석상 전체 양도소득금액이 아니라 신축주택 취득일부터 5년 이내에 발생한 양도소득금액만이 감면소득금액에 해당함에도 청구인은 전체 양도소득금액이 감면대상인 것으로 법령을 착오한 것으로 보아 당초 감면신청을 한 점을 고려하면 처분청의 납부불성실가산세 부과처분에는 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로「국세기 본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.