조심 2019지1511 (2019.12.13)

재산

기각

「지방세법」제106조 제1항 제1호 가목, 나목 및 제2호 단서 규정의 의미를 종합 또는 별도합산과세대상이 아니면 분리과세대상이라는 의미로 해석을 한다면 이 건 토지는 위 법령에서 구체적으로 분리과세대상으로 열거되어 있지 아니하여 분리과세대상으로 볼 수 없고 종합합산 또는 별도합산과세대상에도 해당하지 아니하여 과세대상 구분체계 어디에도 속할 수 없는 논리적 모순이 발생하는 점, 2019.12.3. 「지방세법」이 개정되면서 재산세가 경감되는 토지는 분리과세대상으로 전환하는 취지가 아님을 명확히 한다고 입법이유서 등에 나타나는 점, 각 지방자치단체에서는 종합토지세가 신설된 1989년부터 현재까지 약 30년간 재산세 경감비율을 먼저 과세표준 합산에서 제외하고 나머지 부분에 대해 종합합산․별도합산․분리과세대상 중 어느 하나를 적용하여 재산세를 부과하는 것으로 운영하였던 점 등에 비추어, 2018년 재산세 과세기준일(6.1.) 현재 시행 중인 지방세법령에 이 건 토지를 분리과세대상으로 구분하라는 별도의 규정이 없고, 이 건 토지는 건축물의 부속토지로서 별도합산과세대상으로 보는 것이 타당하므로 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단됨.

지방세법제106조

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. 처분청은 2018년 재산세 과세기준일(6.1.) 현재 청구법인이 소유하고 있는 OOO 외 41건의 의료용 건축물의 부속토지 24,819㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)가 「지방세특례제한법」제41조 제7항 제2호 나목에 따른 의과대학이 의료업에 직접 사용하는 부동산으로 재산세의 50% 감면대상임에 따라 이 건 토지 중 50%인 10,939.4㎡(근린생활시설 등의 면적은 제외)에 대하여는 재산세 과세표준에서 차감하였고, 나머지 50%에 해당하는 13,696.4㎡에 대하여는 「지방세법」제106조 제1항 제1호 및 제2호에 따른 종합합산(20㎡) 및 별도합산과세대상으로 구분한 후, 위 토지의 개별공시지가 총액에 공정시장가액비율(70%)을 곱하여 산정한 금액인 OOO원을 과세표준으로 하고, 「지방세법」제111조 제1항 제1호 가목 및 나목의 세율을 적용하여 산출한 재산세 OOO원, 재산세 도시지역분 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원(이하 “이 건 재산세 등”이라 한다)을 2018.9.12. 청구법인에게 부과․고지하였다.

나. 청구법인은 이에 불복하여 2018.12.10. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 「지방세법」(2019.12.3. 법률 제16663호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제106조 제1항에서 재산세 과세대상 토지를 종합합산·별도합산·분리과세대상으로 각각 분류하도록 규정하고 있으므로 재산세 과세대상 토지 중 재산세가 경감되는 부분의 토지 역시 위 규정에 따른 종합합산·별도합산·분리과세대상 중 어느 하나에 반드시 포섭되어야 하고, 「지방세법」제106조 제1항에서 「지방세법」또는 다른 법령에 따라 재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지에 대하여는 종합합산과세대상( 「지방세법」제106조 제1항 제1호 단서 나목)이나, 별도합산과세대상( 「지방세법」제106조 제1항 제2호 단서)으로도 보지 않는다고 각각 규정하고 있으므로 재산세가 경감되는 부분이 「지방세법」제106조 제1항 제3호 등에서 명시적으로 분리과세대상으로 규정되어 있지 않더라도 정책적인 고려에 따라 마련된 「지방세법」제106조 제1항 제1호 단서 나목 및 제2호 단서의 규정으로 인하여 별도합산과세대상이나 종합합산과세대상이 아닌 분리과세대상으로 간주되어야 할 것(대법원 2018.11.29. 선고 2018두45725 판결, 같은 뜻임)이다.

(2) 「지방세법」제106조 제1항 제1호 나목 및 제2호 단서(이하 “쟁점규정”이라 한다)에서 재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지의 경우 종합합산과세대상이나 별도합산과세대상이 아니라고 명백히 규정하고 있는 이상, 「지방세특례제한법」에 따라 재산세가 경감되는 비율만큼의 토지는 분리과세대상에 포섭되는 것으로 해석될 수 밖에 없다. 따라서, 청구법인이 소유하고 있는 이 건 토지에 대한 재산세 부과처분은 다음과 같이 순차적인 산정방식을 적용하여 산정된 재산세 등으로 경정되어야 한다.

(가) 이 건 토지 중 「지방세특례제한법」제41조 제7항 제2호 나목에 따라 재산세가 경감되는 비율인 50%에 해당하는 10,939.4㎡에 대하여는 분리과세대상으로 구분하여야 한다.

(나) 이 건 토지 중 「지방세특례제한법」제41조 제7항 제2호 나목에 따라 재산세가 경감되는 비율인 50%에 해당되지 아니하는 토지 13,696.4㎡에 대하여는 별도합산과세대상으로 구분하여야 한다.

(다) 위 (가)에 해당하는 토지 10,939.4㎡ 중 50%인 5,469.7㎡에 대하여는 「지방세특례제한법」제41조 제7항 제2호 나목에서 재산세 감면대상으로 규정하고 있으므로 위 부분에 대한 재산세는 면제하여야 한다.

(라) 위 (나)에 해당하는 토지 13,696.4㎡ 중 50%인 6,848.2㎡에 대하여는 위 지방세특례제한법령에 따라 재산세를 면제하여야 한다.

(마) 위 (가)에 해당하는 토지 중 위 (다)를 적용하고 남은 나머지 5,469.7㎡에 대하여는 「지방세법」제113조 제1항 제3호에서 규정하는 분리과세대상이 되는 해당 토지의 가액을 과세표준을 하여 같은 법 제111조 제1항 제3호의 세율을 적용하여 재산세를 산정하여야 한다.

(바) 위 (나)에 해당하는 토지 13,696.4㎡ 중 위(라)를 적용하고 남은 나머지 6,848.2㎡(종합합산과세대상 20㎡ 포함)에 대하여는 「지방세법」제113조 제1항 제2호(제1호)에서 규정하는 별도합산(종합합산)과세대상이 되는 해당 토지의 가액을 과세표준을 하여 같은 법 제111조 제1항 제1호 나목(가목)의 세율을 적용하여 재산세를 산정하여야 한다.

(사) 위 (마)와 (바)를 적용하여 각각 산정한 재산세를 합한 금액(이하 “쟁점재산세산정방식”이라 한다)으로 하여 이 건 재산세 등을 경정하여야 한다.

나. 처분청 의견

지방세법령에서 분리과세대상 토지를 한정적·열거적으로 규정한 입법취지 등을 고려할 때, 쟁점규정은 그 경감비율에 해당하는 토지를 분리과세대상으로 보겠다는 것이 아니라, 재산세를 경감하고 남은 과세표준액에 대해서만 종합 또는 별도로 분류하여 합산하고 경감한 금액은 합산하여 과세하지 않는다는 취지로 해석(대법원 2013.7.26. 선고 2011두19963 판결, 같은 뜻임)하는 것이 타당하므로 이 건 토지 중 (1) 경감비율인 50%에 해당하는 10,939.4㎡ 토지에 대하여는 재산세 과세대상에서 제외하고, (2) 나머지 50%에 해당하는 13,696.4㎡의 토지에 대하여는 「지방세법」제113조 제1항 제2호에서 규정하는 별도합산과세대상이 되는 해당 토지의 가액인 OOO원을 과세표준을 하여 같은 법 제111조 제1항 제1호 나목의 세율을 적용하여 이 건 재산세 등을 부과한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

이 건 재산세 등은 쟁점재산세산정방식을 적용하여 산정된 재산세 등으로 경정되어야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 쟁점규정과 관련한 「지방세법」의 입법연혁을 살펴보면, 쟁점규정은 1989.6.1. 처음으로 「지방세법」에 신설되었고, 이후 재산세제 개편에 따라 2005년부터 종합토지세가 재산세(지방세)와 종합부동산세(국세)로 이원화되면서 「지방세법」에 규정되었으며, 2005.1.5. 전까지는 쟁점규정이 “종합합산 또는 별도합산 과세표준에 합산하지 않는다”고 규정되어 있었으나, 2005.1.5. 부터는 이를 “종합 또는 별도합산과세대상 토지로 보지 않는다”고 규정되었고, 쟁점규정과 관련한 세부 조문 내용은 ＜별지＞ 관련 법령의 기재와 같다.

(나) 2018년 재산세 과세기준일(6.1.) 현재 지방세법령에 따른 재산세과세대상 구분은 「지방세법」제106조 제1항 제2호 및 같은 법 시행령 제101조에서 별도합산과세대상 토지를, 같은 법 제106조 제1항 제3호 및 같은 법 시행령 제102조에서 분리과세대상 토지를 열거하고 있고, 위 별도합산과세대상과 분리과세대상 토지를 제외한 모든 토지를 종합합산과세대상으로 구분하고 있다. 한편, 청구법인이 소유하고 있는 의료사업용 건축물의 부속토지인 이 건 토지는 건축물부속토지로서 별도합산과세대상이고 지방세법령상 분리과세대상 토지로 열거되어 있지 않다.

(다) 처분청은 2018년 재산세 과세기준일(6.1.) 현재 청구법인이 소유하고 있는 OOO 외 41건의 의료용 건축물의 부속토지 24,819㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)가 「지방세특례제한법」제41조 제7항 제2호 나목에 따른 의과대학이 의료업에 직접 사용하는 부동산으로 재산세의 50% 감면대상임에 따라 이 건 토지 중 50%인 10,939.4㎡(근린생활시설 등의 면적은 제외)에 대하여는 재산세 과세표준에서 차감하였고, 나머지 50%에 해당하는 13,696.4㎡에 대하여는 「지방세법」제106조 제1항 제1호 및 제2호에 따른 종합합산(20㎡) 및 별도합산과세대상으로 구분한 후, 위 토지의 개별공시지가 총액에 공정시장가액비율(70%)을 곱하여 산정한 금액인 OOO원을 과세표준으로 하고, 「지방세법」제111조 제1항 제1호 가목 및 나목의 세율을 적용하여 산출한 재산세 OOO원, 지방교육세 도시지역분 재산세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원(이하 “이 건 재산세 등”이라 한다)을 2018.9.12. 청구법인에게 부과․고지하였다.

(라) 최근 개정된 「지방세법」(2019.12.3., 법률 제16663호로 개정된 것)의 입법이유, 국회 회의록(행정안전위원회 검토보고서 등) 등을 보면, 토지분 재산세를 경감할 때 그 비율에 해당하는 부분의 토지가 종합합산과세대상 및 별도합산과세대상에서 분리과세대상으로 전환하는 취지가 아님을 명확히 한다고 기재되어 있다. 국회 행정안전위원회 검토보고서, 회의록, 입법이유서 등의 주요 내용은 다음과 같다.