조심2014중4437 (2015.02.02)

종합소득

기각

「조세특례제한법」 제128조 제1항은 추계를 하는 경우 세액공제를 배제하는 규정으로 중소기업특별세액감면과 관련된 규정이 아닌 점, 같은 조 제3항에서 규정하는 경정은 추계경정을 포함하는 것으로 해석되는 점, 청구인이 실제 재해로 인하여 장부 등을 분실하였는지 확인되지 아니하고, 분실되었다는 증빙도 추후 재발급 등이 가능하다고 할 것이어서 쟁점금액은 부당과소신고금액에 해당하는 것으로 보이는 점 등에 비추어 처분청의 이 건 처분은 잘못이 없음

조세특례제한법 제128조

조심2016전4308 / 조심2017구0088

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구인은 OOO에서 OOO(이하 “쟁점사업장”이라 한다)이라는 상호로 소방용 기계·기구를 제조하는 사업자로, 2010년 귀속 종합소득세 신고시 복식부기의무자로서 수입금액 OOO원, 필요경비 OOO원으로 기장신고하였다.

나. 처분청은 2011년 12월 청구인의 2010년 귀속 종합소득세에 대하여 세무조사를 실시한 결과, 필요경비로 계상한 적격증빙수취대상금액 OOO원 중 OOO원이 관련 장부 및 증빙없이 가공계상되어 허위기장률이 OOO에 달한다고 하여, 「소득세법」제80조에 따라 소득금액을 추계경정하면서 청구인으로부터 “쟁점사업장과 관련한 장부 및 증빙 등을 집중호우로 인해 사무실 책상·집기 등의 수거물과 함께 폐기처분하였다”는 내용의 “확인서”(이하 “쟁점확인서”라 한다)를 제출받아 부득이한 사유로 장부 등이 소실된 것으로 보아 추계경정으로 인하여 증가된 소득금액(OOO원, 이하 “쟁점금액”이라 한다)에 대하여 부당과소신고가산세를 적용하지 아니하고 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제7조에 의한 중소기업에 대한 특별세액감면을 적용하였다.

다. OOO지방국세청장은 2013년 8월 처분청에 대한 종합감사를 실시하여, 쟁점금액은 부당과소신고 과세표준 증가분으로서 중소기업에 대한 특별세액감면 배제대상이라고 지적하였고, 처분청은 이에 따라 중소기업에 대한 특별세액감면 OOO원을 배제하여 2014.1.9. 청구인에게 2010년 귀속 종합소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2014.3.31. 이의신청을 거쳐 2014.9.1. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1)청구인은 처분청의 종합소득세 실지조사 당시 부득이한 사유(수해로 장부 등 소실)에 해당되어 중소기업 특별세액감면을 적용받았던 것으로, 처분청 조사공무원이 출장당시 부득이한 사유가 기재된 쟁점확인서를청구인으로부터 받아 사실대로 확인·판단하여 결정하였던 것이다.

그러나, OOO지방국세청 감사공무원은 이를 단순한 추계결정에 의한 감면배제로 보아 중소기업 특별세액감면을 부인하여 종합소득세 및 납부불성실가산세를 추징하게 하였으나, 이는 아무런 새로운 사실 관계없이 감사공무원의 추정만으로 당초와 다른 내용으로 변경하여 과세한 것이므로 이 건 처분은 위법·부당하다.

(2) 당초 청구인은 허위기장 혐의가 높게 추정되어 종합소득세 실지조사대상으로 선정된 후, 「소득세법」 제80조 제1항·2항이 아닌 제3항에 의하여 장부 등에 근거하여 실지조사하려 하였으나, 부득이한 사유(자연재해로 인한 장부 등의 소실)로 제3항 단서에 따라 추계경정하였던 것이다.

(3) 조특법 제128조를 보면 “추계과세시 등의 감면배제”의 각 항을 적용함에 있어 ‘제1항에서는 「소득세법」 제80조 제3항 단서에 따라, 제2항에서는 같은 법 제80조 제1항에 따라, 제3항에서는 같은 법 제80조 제2항에 따라’라고 규정하고 있으므로 청구인에게는 제1항이 적용되어야 하는 것이다.

따라서, 이 건이 적용되는 조특법 제128조 제1항에는 조특법 제7조 중소기업특별세액감면이 포함되어 있지 아니하므로 청구인에게 중소기업에 대한 특별세액감면을 당연히 적용해야 하는 것이다.

또한, 제4항에서는 사업자가 각 호 의무규정 위반시 별도로 감면배제규정을 별도로 두고 있지만 이 건과 관련이 없다.

(4) 조특법 시행령 제122조 제1항 및 「국세기본법」 제47조의3 제2항 제1호에 따른 ‘부정과소신고 과세표준’의 규정을 보면, 제1호는 부정행위과소신고 과세표준을 단순히 수치계산 방식만을 규정한 것으로, 이를 구체적으로 적용하려면 별도의 부정행위에 해당하는 구체적인 내용여부를 확인한 후 금액·내용별로 적용되는 것이나,

OOO지방국세청장의 감사지적에 이러한 구체적 내용이 전혀 포함하지 아니하였던바, 부정과소신고 과세표준산출 및 가산세 OOO에 대한지적을 할 수 없었고 단순히 추계과세에 대하여 감면을 배제하였으므로 법적용에 중대하고 명백한 오류가 있는 위법·부당한 처분이다.

나. 처분청 의견

(1) 청구인은 처분청의 추계경정 사유가 ‘자연재해로 장부 등 소실’ 이라고 주장하면서 중소기업에 대한 특별세액을 감면하여야 한다고 주장하나,

당초 세무조사시 필요경비에 대하여 확인한 바, 세금계산서, 신용카드매출전표, 지급명세서 등 법정 증빙서류를 갖추지 못하고 이에 대한 증빙이 없음을 확인하고 필요경비를 부인한 것으로 청구주장과 같이 청구인이 집중호우로 피해를 입은 증빙(지방자치단체 등 신고내용, 재해손실세액공제 신청 등)이 전혀 존재하지 않는다.

(2) 처분청이 필요경비 부인한 내용 중 원가명세서상의 재료비 OOO원, 차량유지비 OOO원, 소모품비 OOO원 등이 대부분으로 세금계산서 등의 증빙없이 가공계상되었으며, 재료비 등 가공계상 금액에 대해 필요경비를 부인하면 세부담OOO이 많아지고 증빙을 제시할 수 있는 복리후생비, 여비교통비 등의 증빙도 제시하지 않아 추계로 경정하였다.

(3) OOO지방국세청장은 처분청의 추계결정에 대하여 청구인이 필요경비를 허위로 기장(장부의 허위작성)하였음을 확인하여 조특법 제128조를 적용하도록 한 것이다.

(4) 따라서, 처분청의 조사과정에서 청구인이 증빙서류를 제시할 수 있음에도 세부담의 감소를 위해 이에 대한 증빙서류를 제시하지 않았고, 자연재해로 장부 등이 멸실되었다고 하나 이를 입증할 수 있는 자료 또한 제시하지 않고 있으므로 허위장부의 작성으로 보아 중소기업특별세액감면을 부인하여 이 건 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

소득금액을 추계로 경정하면서 중소기업특별세액감면을 배제한 처분의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 2011년 12월 청구인에 대한 부분조사 종결보고서를 보면, 다음과 같은 내역이 나타난다.

(가) 청구인의 2010년 귀속 종합소득세 신고 시 제출한 제조원가 및 손익계산서상 필요경비 계상한 금액이 OOO원이고, 세금계산서나 신용카드로 수취하여야 할 금액이 OOO원으로서 필요경비 총액 중 적격증빙수취 대상금액으로 추정되는 OOO원에 대하여 OOO원의 가공계상혐의를 발견할 수 있었으며, 청구인은 쟁점사업장으로 인하여 지출하였다는 경비와 관련한 장부 및 객관적인 증빙을 제시하거나 전혀 비치·보관하고 있지 않은 실태이고, 청구인은 보관하던 2010년 종합소득세 신고서 관련 장부 및 증빙을 집중호우로 망가진 사무실의 책상·집기 등의 수거물과 함께 폐기처분된 사실이 있다는 쟁점확인서를 제출하였다.

(나) 소득금액의 경정은 「소득세법」제80조 제3항의 규정에 의하여 장부 및 증빙서류를 근거로 실지조사에 의하는 것이 원칙이나, 소규모 제조업종에 해당하는 쟁점사업장 업종의 경정소득률이 OOO로 경비율에 의한 추계소득률OOO에 비하여 현저히 높을 뿐만 아니라, 혐의금액으로 판단한 쟁점사업장의 매출원가(필요경비)에 대한 허위기장율이 OOO에 달하여 청구인이 비치·기장한 장부는 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우에 해당하는 것으로 판단되므로 추계경정의 방법을 배제할 수 없다.

(2) 청구인이 2011.12.20. 처분청에 제출한 확인서를 보면, “청구인이 보관하던 2010년 종합소득세 신고서 관련 장부 및 증빙을 집중호우로 망가진 사무실의 책상, 집기 등의 수거물과 함께 2010년도 소득세 관련 증빙을 분리하지 못한채 폐기처분된 사실이 있었음을 확인한다”라고 기재되어 있다.

(3) OOO지방국세청장이 처분청에 한 시정사항을 보면, “귀서에는 2011년 중 실시한 청구인의 부분조사와 관련하여 2010년 귀속 종합소득세를 경정결정하면서 부정과소신고 과세표준 증가분에 대해 중소기업특별세액감면을 추가로 감면하였으나, 경정을 하는 경우 부정과소신고 과세표준 증가분에 대한 증소기업특별세액 추가감면은 감면이 배제가 되어야 한다”라고 기재되어 있다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대,

청구인은 쟁점금액을 포함하여 2010년 귀속 종합소득세 소득금액을 산정함에 있어 추계경정이 되었으므로 조특법 제128조 제1항에 따라 중소기업특별세액감면을 적용하여야 한다고 주장하나,

「소득세법」제80조 제2항 또는 「법인세법」제66조 제2항에 따라 경정하는 경우와 「국세기본법」제81조의7에 따른 세무조사 사전통지를 받은 후 수정신고를 하는 경우에는 부당과소신고금액에 대하여 중소기업특별세액감면을 적용하지 아니하도록 조특법 제128조 제3항 및 같은 법 시행령 제122조 제1항에서 규정하고 있는바,

조특법 제128조 제1항은 추계를 하는 경우 세액공제를 배제하는 규정으로 중소기업특별세액감면과 관련된 규정이 아닌 점, 같은 조 제3항에서 규정하는 경정은 추계경정을 포함하는 것으로 해석되는 점, 청구인이 실제 재해로 인하여 2010년 귀속 장부 등을 분실하였는지가 확인되지 아니하고, 분실되었다는 관련 증빙도 세금계산서나 신용카드매출전표 등으로 이는 추후 재발급 또는 사본의 제시 등이 가능하다고 보임에도 이를 제시하지 못하고 있는 점 등에 비추어 쟁점금액은 부당과소신고금액에 해당한다고 할 것이어서 쟁점금액에 대하여 중소기업특별세액감면을 배제한 이 건 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 소득세법 제80조(결정과 경정) ① 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제70조·제71조 및 제74조에 따른 과세표준확정신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한 경우에는 해당 거주자의 해당 과세기간 과세표준과 세액을 결정한다.

② 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제70조·제71조 및 제74조에 따른 과세표준확정신고를 한 자(제2호 및 제3호의 경우에는 제73조에 따라 과세표준확정신고를 하지 아니한 자를 포함한다)가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 과세기간의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우

2. 제137조·제138조·제143조의4·제144조의2 또는 제146조에 따른 연말정산 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우로서 원천징수의무자의 폐업·행방불명 등으로 원천징수의무자로부터 징수하기 어렵거나 근로소득자의 퇴사로 원천징수의무자의 원천징수 이행이 어렵다고 인정되는 경우

3. 제140조에 따른 근로소득자 소득공제신고서를 제출한 자가 사실과 다르게 기재된 영수증을 받는 등 대통령령으로 정하는 부당한 방법으로 종합소득공제를 받은 경우로서 원천징수의무자가 부당공제 여부를 확인하기 어렵다고 인정되는 경우

4. 제163조 제5항에 따른 매출·매입처별 계산서합계표 또는 제164조·제164조의2에 따른 지급명세서의 전부 또는 일부를 제출하지 아니한 경우

5. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우로서 시설 규모나 영업 상황으로 보아 신고 내용이 불성실하다고 판단되는 경우

가. 제160조의5 제1항에 따라 사업용계좌를 이용하여야 할 사업자가 이를 이행하지 아니한 경우

나. 제160조의5 제3항에 따라 사업용계좌를 개설·신고하여야 할 사업자가 이를 이행하지 아니한 경우

다. 제162조의2 제1항에 따른 신용카드가맹점 가입 요건에 해당하는 사업자가 정당한 사유 없이 「여신전문금융업법」에 따른 신용카드가맹점으로 가입하지 아니한 경우

라. 제162조의2 제2항에 따른 신용카드가맹점 가입요건에 해당하여 가맹한 신용카드가맹점이 정당한 사유 없이 같은 조 제2항을 위반하여 신용카드에 의한 거래를 거부하거나 신용카드매출전표를 사실과 다르게 발급한 경우

마. 제162조의3 제1항에 따른 요건에 해당하는 사업자가 정당한 사유 없이 현금영수증가맹점으로 가입하지 아니한 경우

바. 제162조의3 제1항에 따라 현금영수증가맹점으로 가입한 사업자가 정당한 사유 없이 같은 조 제3항 또는 제4항을 위반하여 현금영수증을 발급하지 아니하거나 사실과 다르게 발급한 경우

③ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제1항과 제2항에 따라 해당 과세기간의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 소득금액을 추계조사결정할 수 있다.

④ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 탈루 또는 오류가 있는 것이 발견된 경우에는 즉시 그 과세표준과 세액을 다시 경정한다.

(2) 소득세법 시행령 제143조(추계결정 및 경정) ① 법 제80조 제3항 단서에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 과세표준을 계산함에 있어서 필요한 장부와 증빙서류가 없거나 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우

2. 기장의 내용이 시설규모·종업원수·원자재·상품 또는 제품의 시가·각종 요금 등에 비추어 허위임이 명백한 경우

3. 기장의 내용이 원자재사용량·전력사용량 기타 조업상황에 비추어 허위임이 명백한 경우

(3) 조세특례제한법

제7조(중소기업에 대한 특별세액감면) ① 중소기업 중 다음 제1호의 감면 업종을 경영하는 기업에 대해서는 2011년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 해당 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 제2호의 감면 비율을 적용하여 산출한 세액상당액을 감면한다. 다만, 내국법인의 본점 또는 주사무소가 수도권에 있는 경우에는 모든 사업장이 수도권에 있는 것으로 보고 제2호에서 규정하는 감면 비율을 적용한다.

1. 감면 업종

마. 제조업(이하 생략)

제128조(추계과세 시 등의 감면배제) ① 「소득세법」 제80조 제3항 단서 또는 「법인세법」 제66조 제3항 단서에 따라 추계(推計)를 하는 경우에는 제5조, 제7조의2, 제10조, 제11조, 제12조 제2항, 제24조, 제25조, 제25조의2부터 제25조의4까지, 제26조, 제30조의2, 제94조, 제104조의14, 제104조의15 및 제104조의18 제2항을 적용하지 아니한다. 다만, 추계를 하는 경우에도 제5조 및 제26조(투자에 관한 증거서류를 제출하는 경우만 해당한다)는 거주자에 대해서만 적용한다.

② 「소득세법」 제80조 제1항 또는 「법인세법」 제66조 제1항에 따라 결정을 하는 경우와 「국세기본법」 제45조의3에 따라 기한 후 신고를 하는 경우에는 제6조, 제7조, 제12조의2, 제31조 제4항·제5항, 제33조의2, 제63조, 제63조의2 제2항, 제64조, 제66조부터 제68조까지, 제102조, 제121조의8, 제121조의9 제2항, 제121조의17 제2항을 적용하지 아니한다.

③ 「소득세법」 제80조 제2항 또는 「법인세법」 제66조 제2항에 따라 경정(제4항 각 호의 어느 하나에 해당되어 경정하는 경우는 제외한다)을 하는 경우와 「국세기본법」 제81조의7에 따른 세무조사 사전통지를 받은 후 수정신고를 하는 경우에는 대통령령으로 정하는 과소신고금액(過少申告金額)에 대하여 제6조, 제7조, 제12조의2, 제31조제4항·제5항, 제33조의2, 제63조, 제63조의2 제2항, 제64조, 제66조부터 제68조까지, 제102조, 제121조의8, 제121조의9 제2항, 제121조의17 제2항을 적용하지 아니한다.

④ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 과세기간에 대하여 제6조, 제7조, 제12조의2, 제31조 제4항·제5항, 제33조의2, 제63조, 제63조의2 제2항, 제64조, 제66조부터 제68조까지, 제102조, 제121조의8, 제121조의9 제2항, 제121조의17 제2항을 적용하지 아니한다. 다만, 사업자가 제1호 또는 제2호의 의무 불이행에 대하여 정당한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 「소득세법」 제160조의5 제3항에 따라 사업용계좌를 개설하여야 할 사업자가 이를 이행하지 아니한 경우

2. 「소득세법」 제162조의3 제1항 또는 「법인세법」 제117조의2 제1항에 따라 현금영수증가맹점으로 가입하여야 할 사업자가 이를 이행하지 아니한 경우

3. 「소득세법」 제162조의2 제2항 및 「법인세법」 제117조에 따른 신용카드가맹점으로 가입한 사업자 또는 「소득세법」 제162조의3 제1항 또는 「법인세법」 제117조의2에 따라 현금영수증가맹점으로 가입한 사업자가 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우로서 그 횟수·금액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 때에 해당하는 경우

가. 신용카드에 의한 거래를 거부하거나 신용카드매출전표를 사실과 다르게 발급한 경우

나. 현금영수증의 발급요청을 거부하거나 사실과 다르게 발급한 경우

(4) 조세특례제한법 시행령 제122조(과소신고소득금액의 범위) ① 법 제128조 제3항에서 "대통령령으로 정하는 과소신고금액"이란 법인의 경우에는 「국세기본법」 제47조의3 제2항 제1호에 따른 부당과소신고과세표준을 말하며, 개인의 경우에는 이를 준용하여 계산한 금액을 말한다.

(5) 국세기본법

제47조의2(무신고가산세) ② 제1항에도 불구하고 부당한 방법(납세자가 국세의 과세표준 또는 세액 계산의 기초가 되는 사실의 전부 또는 일부를 은폐하거나 가장한 것에 기초하여 국세의 과세표준 또는 세액 신고의무를 위반하는 것으로서 대통령령으로 정하는 방법을 말한다. 이하 이 절에서 같다)으로 무신고한 과세표준(부가가치세의 경우에는 「부가가치세법」 제17조 및 제26조 제2항에 따른 납부세액을 말한다. 이하 이 절에서 "과세표준"이라 한다)이 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다.

제47조의3(과소신고가산세) ① 납세자( 「부가가치세법」 제29조에 따라 납부의무가 면제된 자는 제외한다)가 법정신고기한까지 세법에 따른 과세표준신고서를 제출한 경우로서 신고한 과세표준이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준에 미치지 못하는 경우에는 과소신고한 과세표준 상당액이 과세표준에서 차지하는 비율을 산출세액에 곱하여 계산한 금액의 100분의 10에 상당하는 금액을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다. 다만, 같은 법 제17조의2 제3항 단서에 따라 관할 세무서장이 경정하는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

② 제1항에도 불구하고 부당한 방법으로 과소신고한 과세표준이 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다.

1. 부당한 방법으로 과소신고한 과세표준에 대한 가산세액 : 과세표준 중 부당한 방법으로 과소신고한 과세표준에 상당하는 금액(이하 이 항에서 "부당과소신고과세표준"이라 한다)이 과세표준에서 차지하는 비율을 산출세액에 곱하여 계산한 금액의 100분의 40에 상당하는 금액(이하 이 항에서 "부당과소신고가산세액"이라 한다). 다만, 복식부기의무자 또는 법인이 신고한 소득세 과세표준 또는 법인세 과세표준이 세법에 따라 신고하여야 할 소득세 과세표준 또는 법인세 과세표준에 미치지 못하는 경우에는 부당과소신고가산세액과 부당한 방법으로 과소신고한 과세표준과 관련된 수입금액(이하 이 조에서 "부당과소신고수입금액"이라 한다)에 1만분의 14를 곱하여 계산한 금액 중 큰 금액으로 한다.

2. 제1호 외의 부분에 대한 가산세액 : 과소신고한 과세표준 상당액 중 부당과소신고과세표준을 뺀 과세표준이 과세표준에서 차지하는 비율을 산출세액에 곱하여 계산한 금액의 100분의 10에 상당하는 금액

③ 과소신고가산세의 부과에 관하여는 제47조의2 제3항 및 제5항부터 제8항까지의 규정을 준용한다.

(6) 국세기본법 시행령

제27조(무신고가산세) ② 법 제47조의2 제2항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 방법"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법을 말한다.

1. 이중장부의 작성 등 장부의 거짓 기록

2. 거짓 증명 또는 거짓 문서(이하 이 조에서 "거짓증명등"이라 한다)의 작성

3. 거짓증명등의 수취(거짓임을 알고 수취한 경우만 해당한다)

4. 장부와 기록의 파기

5. 재산의 은닉이나 소득·수익·행위·거래의 조작 또는 은폐

6. 그 밖에 국세를 포탈하거나 환급·공제받기 위한 사기, 그 밖의 부정한 행위