사업양수도, 거래사실확인, 매입자발행세금계산서

가. 청구법인은 2012.6.25. 관광숙박업, 종합휴양업, 부동산 개발․공급․임대업 등을 영위하기 위해 설립된 법인으로서, 2012.6.28. 김OOO가 부동산 임대업에 사용하고 있던 OOO동 1260(이하 “OOO동 1260”이라 한다) 소재 토지(면적 3,428.8㎡) 및 건물(지하 2층, 지상 2층으로 면적은 7,149.75㎡이며, 동 토지와 건물을 합하여 이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 OOO원에 매입한 후, 김OOO로부터 이에 대한 세금계산서를 발급받지 못하자 「조세특례제한법」제126조의4에 따라 매입자발행세금계산서(공급가액 OOO원) 발행을 위해 2012.9.9. 처분청에 거래사실 확인신청을 하였다.

나. 처분청은 청구법인이 쟁점부동산을 매입한 거래가 「부가가치세법」제6조(재화의 공급) 제6항 제2호에서 규정하고 있는 재화의 공급으로 보지 않는 사업의 포괄적 양수도에 해당한다 하여 2012.10.18. 거래사실의 확인을 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2012.11.6. 이의신청을 거쳐 2012.12.13. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

쟁점부동산 매매거래는 다음과 같은 사유로 「부가가치세법」제6조(재화의 공급) 제2항에 따른 사업의 포괄적 양도로 볼 수 없으며, 「조세특례제한법 시행령」제121조의4(매입자발행세금계산서의 발행대상 사업자 및 매입세액공제 절차 등)에 의해 거래사실이 확인되는 거래이다.

(1) 쟁점부동산 매매거래가 사업의 동질성이 유지되는「부가가치세법」상 사업의 포괄적 양도에 해당한다는 처분청 의견 관련,

(가) 청구법인은 정관 및 법인등기부등본상 관광숙박업, 관광편의시설업 등을 주된 사업으로 영위하기 위하여 설립되었고, 쟁점부동산의 매도인(김OOO)은 부동산임대업을 영위하고 있었으며, 청구법인은 주된 사업인 관광숙박업 및 그 부대사업을 영위하기 위하여 쟁점부동산을 취득할 당시 지상 2층 규모의 쟁점부동산을 지상 11층 규모의 관광숙박시설로 증․개축하기 위한 설계작업을 진행중에 있었다.

또한, 청구법인은 쟁점부동산의 증․개축을 위해 쟁점부동산의 매매계약일로부터 6일후인 2012.7.4. 기존 임차인 3인인 허OOO, 전OOO, 홍OOO에게 동 부동산을 청구법인이 직접사용할 예정이므로 2012년 7월말까지 기존에 임차하고 있는 부분을 명도해 줄 것을 요청하는 통고서를 발송한 후, 이들과 명도합의서(2012.8.30., 2012.10.31., 2013.1.29.)를 작성하였으며, 쟁점부동산의 매매계약일 당시 공실상태인 지하 2개층에 대하여 매매계약일 이후 신규로 임대하기 위한 어떠한 절차도 취하지 아니하였다.

(나)「부가가치세법」상 사업의 포괄적 양수도는 양도자가 양수자에게 사업에 관한 모든 권리 및 의무를 포괄적으로 승계시켜 사업의 동질성이 유지되면서 경영주체만 교체시키는 것이다.

따라서, 쟁점부동산 매매거래가「부가가치세법」상 사업의 포괄적 양수도에 해당되기 위해서는 매도인이 영위하던 부동산임대업에 관한 모든 권리 및 의무가 그 동질성을 유지하면서 청구법인에 포괄적으로 양도되어야 하나, 쟁점부동산의 경우 매매계약 체결 직후 기존 임차인 모두에게 명도이전을 요구하는 통고서를 발송하였고, 단기간 내에 실제 임대차계약 대부분에 대해 명도이전을 합의한 점, 기존 건물의 관광숙박시설로 증․개축을 위한 설계작업을 진행하고 있는 점, 기존 공실 및 명도합의 임대시설의 신규임대를 어떠한 조치도 진행하지 않은 점 등을 고려할 때, 청구법인은 관광숙박업 및 그 부대사업을 영위할 목적으로 쟁점부동산을 취득한 것이 명백하다.

또한, 청구법인이 쟁점부동산 매매계약 체결 직후 기존 임차인 모두에게 발송한 명도이전 요청사유가 청구법인이 이를 직접사용할 예정이라는 사실을 명시하였는바, 이는 청구법인이 부동산임대업을 영위할 목적으로 쟁점부동산을 취득한 것이 아니라는 사실을 명백하게 입증하고 있다.

처분청이 관련 예규로 제시한 선결정례(조심 2011서414, 2012.3.16., 조심 2010서3366, 2010.12.31., 조심 2010중2406, 2010.10.8.)는 매도인이 부동산임대업에 사용하던 쟁점부동산을 매수인이 상당기간 계속하여 임대사업에 사용하였던 것인바, 이 건 심판청구사건과는 사실관계가 상이하다.

(2) 기존 임차보증금의 승계 및 보증금의 잔금 대체, 청구법인 책임하의 명도절차 진행이「부가가치세법」상 포괄적 사업양수도의 증거라는 처분청 의견 관련,

매도인은 2012.6.21. 주식회사 OOO레져(이하 “OOO레져”라 한다)와 쟁점부동산 매매계약을 체결한 바 있으나 2012.6.28. 청구법인과 쟁점부동산 매매계약을 체결함에 따라 OOO레져에게 매매계약 해제를 통보한 바 있다.

청구법인과 매도인 간 체결된 매매계약서상 특약사항 제1조는 건물 전체 임대차계약은 매수인이 승계하며 임대계약서를 첨부하여 계약서 내용대로 승계하기로 한다고 규정하고 있으며, 동 특약사항 제8조 제4항은 2012.6.28. 기준으로 정산할 시, 보증금 OOO원과 기납입된 임대료 중 OOO원을 매매대금에서 차감하기로 한다고 규정하고 있다.

부동산 매매과정에서 매수인의 기존 임차보증금 승계 및 보증금의 잔금 대체는 일상적으로 발생하는 것으로 이는 임대차계약기간이 임박한 다수의 임차인을 강제퇴거하는 것이 거래관행에 맞지 않을 뿐만 아니라 과정이 복잡하고 시간과 노력이 필요한 명도업무를 매수인이 담당함으로써 해당 거래 및 차후 사업진행에 조속함을 마련하기 위한 불가피한 관행적 선택이었으며, 쟁점부동산의 매도인(김OOO)은 청구법인과 매매계약을 체결하기 직전 제3자와 쟁점부동산에 대한 매매계약을 기체결한 상황이었는바, 기존 임차보증금의 승계 및 잔금 대체, 청구법인으로의 명도업무 귀속은 신속한 매매계약의 종결과 청구법인으로의 소유권 이전을 위해 불가피한 선택이었다.

따라서, 기존 임차보증금의 승계 및 보증금의 잔금 대체, 청구법인 책임하의 명도절차 진행은 부동산 매매과정에서 일상적으로 발생하는 거래관행에 따르고 기체결된 계약의 해지에 따른 신속한 매매거래의 종결과 청구법인으로의 소유권 이전을 위한 불가피한 선택이었을 뿐이며「부가가치세법」상 포괄적 사업양수도의 증거가 될 수 없다.

(3) 쟁점부동산의 매매계약서상 부가가치세에 대한 별도의 언급이 없다는 사실이「부가가치세법」상 포괄적 사업양수도의 증거라는 처분청 의견 관련,

쟁점부동산 매매계약서 제2조에서 규정하고 있는 매매대금에는 부가가치세가 별도로 구분기재되어 있지 않으나 동 계약서 특약사항 제4조는 ‘기타사항은 통상관례에 따른다’고 규정하고 있고,「부가가치세법」기본통칙 13-48-1은 사업자가 재화 또는 용역을 공급하고 그 대가로 받은 금액에 공급가액과 세액이 별도 표시되어 있지 아니한 경우와 부가가치세가 포함되어 있는지 불분명한 경우에는 거래금액 또는 영수할 금액의 110분의 100에 해당하는 금액이 과세표준이 된다고 규정하고 있는바, 쟁점부동산 매매계약서상 부가가치세에 대한 별도의 언급이 없다는 사실이「부가가치세법」상 사업양수의 증거가 될 수 없다.

오히려, 부가가치세 과세대상임에도 부가가치세가 별도 표시되어 있지 않는 경우에는 위의 기본통칙에 따라 거래금액은 부가가치세 상당액이 포함된 것으로 간주하는 것이 타당하다.

따라서, 쟁점부동산의 양도와 관련된 거래행위는 매도인이 영위하던 부동산임대업에 관한 권리․의무가 그 동일성을 유지하면서 포괄적으로 양도된 것이 아니라 그 사업에 제공되던 토지 및 건물만을 특정하여 양도의 대상으로 삼은 거래이다.

(4) 매도인이 쟁점부동산에 대한 임대업의 폐업사유가 사업의 양도라는 점이「부가가치세법」상 포괄적 사업양수도의 증거라는 처분청 의견 관련,

매도인의 부동산임대업 폐업여부 및 폐업사유를 청구법인이 확인할 수는 없으나 이는 매도인의 주관적 판단에 따른 사적 행위일 뿐인바, 매도인이 주관적으로 기재한 폐업사유가 사업의 양도라는 사실이 쟁점부동산 매매거래의 성격을 결정할 수는 없다.

또한, 매도인이 임대사업용 건물을 양도함으로써 부동산임대업을 폐지하게 된 것이라면 이는 사업자가 사업폐지의 목적으로 재화를 공급한 경우에 해당하는 것이며 이는「부가가치세법」상의 과세대상이 되는 것으로 판단된다.

(5) 쟁점부동산 매매계약은 대고객관계, 사업상의 비밀, 경영조직 등의 이전에 따른 사업 양수도와 관련된 협의나 고려 없이 체결된 단순한 부동산 매매계약이다.

사업양수도의 경우 토지, 건물 등 단순한 물적 시설의 이전 이외에도 양수도 대상 사업이 가지고 있는 고유의 대고객관계, 사업상의 비밀, 경영조직 등이 이전됨으로써 물적 시설 외 영업권 이전대가가 별도로 고려되는 것이 일반적이다.

그러나, 청구법인은 부동산임대업의 양수 및 동질성 유지의사가 전혀 없었으므로 쟁점부동산 매매과정에서 부동산의 시가 이외에 어떠한 평가요소도 고려되지 아니하였으며, 매도인도 영업권 이전과 관련한 협의나 고려사실에 대한 어떠한 증빙자료도 제출하고 있지 아니한바, 쟁점부동산 매매거래는 단순한 부동산 매매거래에 불과하다.

더구나, 양도대상이 단순한 물적 시설이 아니라 이러한 유기적 결합체라는 사실은 부가가치세에 있어서 과세 장해 사유로서 그에 대한 입증책임은 납세의무자가 지는 것인바, 매도인은 쟁점부동산의 매매과정에서 대고객관계, 사업상의 비밀, 경영조직 등의 이전이 있었다는 사실을 입증할 수 있는 어떠한 객관적 증빙도 제시하고 있지 않다.

따라서, 쟁점부동산의 매매계약은 쟁점부동산의 대가 및 매매조건을 약정하였을 뿐 사업의 이전 및 그에 따른 대가의 지급과는 전혀 연관성이 없는바, 쟁점부동산 매매거래는 사업의 양도에 해당되지 않는다.

나. 처분청 의견

청구법인은 쟁점부동산을 매수하면서 매매계약서상 부가가치세에 대하여 별도의 언급이 없었으며, 특약사항으로 쟁점부동산의 임대차계약을 당초 계약 내용대로 승계하기로 하여 해당 부동산의 임차보증금 및 임차인의 잔여계약기간에 대한 임대료를 정산하여 매매대금에서 대체하는 등 양도시점에 임차인 전부를 그대로 승계하였다.

청구법인은 임대용으로 사용하던 쟁점부동산을 관광숙박업을 영위하기 위하여 매수하였고, 이를 위해 기존 임차인들과 명도이전 합의를 진행하고 있는 등 사업의 동질성이 유지되지 않았으므로 사업의 포괄적 양도가 아니라고 주장하고 있으나,

사업의 양도란 사업장별로 그 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 것을 말하며, 양수자가 승계받은 사업 외에 새로운 사업을 추가하거나 사업의 종류를 변경한 경우를 포함하는 것( 「부가가치세법 시행령」제17조 제2항)이므로, 양도당시 임차인 전부를 그대로 승계받은 후 청구법인 책임하에 임차인들에게 명도이전에 대한 합의금을 지급하고 명도이전 합의를 한 점, 매도인(김OOO)의 사업자폐업신고서에 폐업사유를 사업포괄양도로 명시되어 있는 점 등으로 볼 때, 사실상 사업과 관련한 모든 권리와 의무를 승계한 것인바, 쟁점부동산 매매거래는 사업의 동질성을 유지하면서 경영주체만 교체된 사업의 양도에 해당하므로, 매입자발행세금계산서 발행을 위한 거래사실 확인을 거부한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인이 쟁점부동산을 매매한 거래는 사업의 포괄적 양수도에 해당하지 아니하므로, 매입자발행세금계산서 발행을 위한 거래사실 확인을 거부한 처분은 부당하다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

＜별지＞에 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 제출한 자료에 대하여 본다.

(가) 청구법인의 등기사항전부증명서 및 정관에 따르면, 청구법인은 2012.6.25. OOO시에서 관광숙박업, 관광객 이용시설업, 종합휴양업, 여행사업, 부동산 개발․공급․임대․전대업, 부동산 개발사업 등을 목적으로 설립된 것으로 나타난다.

(나) OOO(대표 건축사 김OOO)가 2012.8.1. 청구법인에게 송부한 견적서에 따르면, ‘용역명’은 ‘OOO동 1260 관광숙박시설 설계/감리 용역’, 설계용역비는 OOO원(7,200평 × OOO원, 부가가치세 별도), 감리용역비는 OOO원(7,200평 × OOO원, 부가가치세 별도)로 나타나고, 첨부된 ‘OOO동 1260 관광숙박시설 계획안’에 따르면, OOO동 1260에 건축예정인 지하 2층, 지상 11층의 관광숙박시설(연면적 24,035.52㎡, 대지면적 3,428.8㎡)에 대한 설계내용이 기재되어 있다.

(다) 청구법인의 대리인인 변호사 한OOO이 2012.7.4. 허OOO, 홍OOO, 전OOO에게 각 송부한 통고서(3건)에 따르면, 청구법인은 2012.6.28. 김OOO로부터 김OOO 소유의 OOO동 1260 소재의 토지 및 건물(쟁점부동산)을 매수하여 소유권이전등기를 마쳤고, 직접사용할 예정인바, 수신인(허OOO, 홍OOO, 전OOO)이 2012년 7월말까지 임차하고 있는 부분을 청구법인에게 명도할 것을 요청하며, 위 기일까지 명도하지 않을 경우에는 건물 명도 및 기타 손해배상 소송을 제기할 것이라고 기재되어 있다.

(라) 청구법인(갑)과 허OOO(을)이 작성한 합의서[2012.8.30., 허OOO의 운전면허증, 인감증명서 및 사업자등록증(허OOO 부동산) 사본이 첨부됨]에 따르면, 을은 임차하고 있는 OOO동 1260 OOO 1층을 2012.8.31.(유예기한 2012.9.24.)까지 명도하기로 하며, 이에 대한 합의금으로 갑은 을에게 OOO원을 지급하고, 이와 동시에 보증금 OOO원을 지정계좌(허OOO 명의의 주식회사 OOO은행 계좌 110-238-79****)에 입금하며(제세공과금을 정산한 금액을 지급함), 을이 2012.9.24.까지 위 부동산을 명도하지 않을 경우에는 갑이 을에게 지급한 합의금의 배액을 배상하기로 한 것으로 나타난다.

(마) 청구법인(갑)과 전OOO(을)이 작성한 합의서[2012.12.31., 전OOO의 인감증명서, 사업자등록증(OOO웨딩홀) 및 주식회사 OOO은행 통장(계좌번호 301-8853-****-01) 사본이 첨부됨]에 따르면, 을은 임차하고 있는 OOO동 1260 OOO 2층을 2012.12.1.(유예기한 2013.1.20.)까지 명도하기로 하며, 갑은 을에게 이에 대한 합의금 OOO원, 위 부동산을 명도하는 시점에 보증금 OOO원에서 미지급 임차료 및 제세공과금을 공제한 금액을 각 지급하기로 하고, 을이 2012.9.24.까지 위 부동산을 명도하지 않을 경우에는 갑이 을에게 지급한 합의금의 배액을 배상하기로 한 것으로 나타나며, 주식회사 OOO은행 이체확인증에서 청구법인은 전OOO 명의의 주식회사 OOO은행 계좌(301-8853-****-01)에 2012.11.7. OOO원을 입금한 것으로 나타난다.

(바) 청구법인(갑)과 홍OOO(OOO낚시, 을)이 작성한 합의서[2013.1.29., 홍OOO의 주민등록증, 인감증명서 및 주식회사 OOO은행 통장(계좌번호 302-0193-****-11) 사본이 첨부됨]에 따르면, 을은 임차하고 있는 OOO동 1260 OOO 1층을 2013.2.4.까지 명도하기로 하며, 갑은 을에게 이에 대한 합의금 OOO원에서 세금을 공제한 금액, 위 부동산을 명도하는 시점에 보증금 OOO원에서 제세공과금 및 기타 폐기물 처분비를 공제한 금액을 각 지급하기로 하고, 을이 2013.2.4.까지 위 부동산을 명도하지 않을 경우에는 갑이 을에게 지급한 합의금의 배액을 배상하기로 한 것으로 나타나며, 홍OOO의 확인서(2013.2.4.)에 따르면, 홍OOO은 보증금 OOO원, 합의금 OOO원에서 세금 및 공과금을 차감한 OOO원을 수령하는 것에 대해 이의없음을 확인하고 있고, 청구법인 명의의 주식회사 OOO은행 계좌(1005-602-0****) 거래내역에서 2013.2.4. 홍OOO에게 OOO원이 입금된 것으로 나타난다.

(사) 김OOO(임대인)와 전OOO(임차인)이 체결한 상가임대차계약서(2010.6.22.) 사본에 따르면, 전OOO은 OOO동 1260 2층을 2010.7.1.～2013.7.1.의 기간 동안 보증금 OOO원, 연임차료 OOO원(부가가치세 포함)에 임차한 것으로 나타나고, 김OOO(임대인)와 허OOO(임차인)이 체결한 부동산임대차계약서(2011.8.26.) 사본에 따르면, 허OOO은 OOO동 1260 OOO 1층을 2011.8.26.부터 24개월간 보증금 OOO원, 연임차료 OOO원(부가가치세 별도)에 임차한 것으로 나타나며, 김OOO(임대인)와 홍OOO(임차인)이 체결한 부동산임대차계약서(2010.3.2.) 사본에 따르면, 홍OOO은 OOO동 1260(층, 호가 기재되지 아니함)을 2010.3.2.부터 12개월간 보증금 OOO원, 연 임차료 OOO원에 임차한 것으로 나타난다.

(아) 김OOO가 2012년 6월 OOO레져에게 송부한 해제통보서에 따르면, 김OOO는 2012.6.21. OOO레져와 자신 소유의 쟁점부동산에 대한 매매계약을 체결하였고, 그 계약금으로 OOO억원을 수령하였으나, 착오가 있어 동 통보서의 송달로 계약해제를 통보하는바, 계약금 OOO억원을 언제든지 반환하겠다고 기재되어 있다.

(자) 청구법인(매수인)과 김OOO(매도인)가 체결한 부동산매매계약서(2012.6.28.) 사본에 따르면, 청구법인은 김OOO로부터 쟁점부동산을 OOO원(특약사항으로 본문에 토지 매매대금은 OOO원, 건물 매매대금은 OOO원으로 한다고 기재되어 있고, 부가가치세 및 사업의 양도에 대한 별도의 언급은 없음)에 매입하기로 한 것으로 나타나며, 첨부된 특약사항에 따르면, 매수인은 쟁점부동산의 임대차계약을 기존 임대차계약서대로 승계하기로 하고(제1조), 기존 융자는 잔금 지급과 동시에 해지하기로 하며(제2조), 불법건축물에 따른 이행강제금은 매도인이 부담하고(제3조), 잔금지급시까지 모든 공과금은 별도 정산하며(제4조), 위 부동산과 관련하여 발생한 수익의 귀속과 제세공과금 등의 부담은 쟁점부동산의 인도일을 기준으로 하고(제5조), 해약금 OOO억원 및 이와 관련하여 추가로 발생하는 양도소득세는 매수인이 부담하며(제6조, 제7조), 매도인은 허OOO, 홍OOO, 전OOO 임대건과 관련하여 각각 2012.8.30., 2013.3.4., 2012.6.30.까지의 임대료를 수령하였으며, 2012.6.28. 기준으로 정산할 경우 보증금 OOO원, 기납입된 임대료 중 OOO원을 매매대금에서 차감하기로 한 것(제8조)으로 나타난다.

(차) 청구법인(건축주, 갑)과 주식회사 OOO건축종합건축사사무소(건축사, 을, 이하 “OOO건축사무소”라 한다)가 체결한 설계용역계약서(2013.1.8.)의 주요내용은 다음 ＜표＞와 같다.

OOO

(카) OOO도지사의 ‘건축계획심의결과통지서’(2013.4.4.) 및 ‘관광숙박업OOO 사업계획 승인’(2013.6.3.) 공문, OOO시장의 ‘건축․대수선․용도변경 허가서’(2013.7.1.) 공문 등에 따르면, 청구법인은 OOO동 1260의 관광숙박업(관광숙박시설 건축) 사업계획과 관련하여 2013년 4월～2013년 7월의 기간 중 OOO도지사로부터 사업계획을 승인받았으며, OOO시장으로부터 건축․대수선․용도변경 허가서를 교부받은 것으로 나타난다.

(타) OOO건축사무소가 청구법인에게 발행한 전자세금계산서, 청구법인에게 송부한 신축설계용역 금액 청구서, 청구법인의 이체확인증 등에 따르면, OOO건축사무소는 청구법인에게 2013.1.15. 공급가액 OOO원, 2013.4.2. 공급가액 OOO원, 2013.4.4. 공급가액 OOO원, 2013.4.25. 공급가액 OOO원, 2013.6.3. 공급가액 OOO원, 2013.6.7. 공급가액 OOO원의 전자세금계산서를 발행하였고, 청구법인은 OOO건축사무소 명의의 OOO은행 계좌(995701-01-01****)로 2013.1.15. OOO원, 2013.4.25 OOO원, 2013.6.25. OOO원을 송금한 것으로 나타난다.

(파) 그밖에 청구법인은 주식회사 OOO와 체결한 인테리어 디자인 설계 계약서(2012.12.3.), 청구법인이 주식회사 OOO의 계좌로 송금한 이체증, 쟁점부동산 매매거래 청구법인측 실무담당자라고 주장하는 조OOO의 확인서(2013.11.13., 김OOO가 건물분에 대한 부가가치세의 부담이 있으니 매매가액을 OOO원으로 낮추자고 하여 매매계약서에 그와 같이 기재하였고, 부가가치세는 매도자인 김OOO가 부담하는 것이 당연하다고 보아 매매계약서에 별도기재하지 않았으며, 김OOO의 배우자인 이OOO에게 지속적으로 세금계산서 발행을 요청하였으나 이OOO이 이를 회피하였음) 등을 제출하였다.

(2) 처분청이 제출한 자료에 대하여 본다.

(가) 청구법인의 거래사실 확인신청서(매입자발행세금계산서 발급용)에 따르면, 청구법인은 2012.9.21. 쟁점부동산의 매매와 관련하여 공급대가 OOO원(부가가치세 OOO원)에 대한 거래사실의 확인을 신청한 것으로 나타나며, 처분청의 거래사실 확인불가 통지서에 따르면, 처분청은 2012.10.18. 청구법인에게 위의 매입자발행세금계산서 발행을 위한 거래사실 확인신청(신청일 2012.9.9.)에 대해 쟁점부동산의 매매가 사업양도에 해당한다는 사유로 확인불가를 통지한 것으로 나타난다.

(나) 처분청 소속 세무공무원의 청구법인의 매입자발행세금계산서 거래사실 확인신청서에 대한 검토복명서(2012.10.16.)에 따르면, 청구법인은 2012.6.28. 쟁점부동산을 매수하면서 임차보증금 및 임차인의 잔여계약기간에 대한 임대료를 정산하여 매매대금에서 대체하는 등 임차인 전부를 그대로 승계하였고, 확인일 현재도 임차인들이 임대차계약 변경 없이 동일 장소에서 계속 사업을 영위하는 것으로 확인되며, 쟁점부동산 매매계약서 특약사항에 건물 전체의 임차인에 대하여 당초 임대차계약 내용대로 매수인이 승계하기로 한 점, 쟁점부동산 매매계약서에 부가가치세가 별도로 기재되어 있지 않은 점, 매도인(김OOO)이 사업자폐업신고서에 폐업사유를 사업포괄양도로 명시한 점 등으로 보아 쟁점부동산 매매거래는 자산, 부채 및 임대차권리 등을 포괄적으로 승계하여 사업의 동일성을 유지하면서 경영주체만 교체된 사업의 양도에 해당하는바, 이는 「부가가치세법」제6조 제6항 제2호에 따라 재화의 공급에 해당하지 아니하므로, 청구법인의 매입자발행세금계산서 신청을 거부함이 타당하다고 기재되어 있다.

(다) 쟁점부동산의 매도인 김OOO가 처분청에 제출한 확인서(2012년)에 따르면, 김OOO는 임차인 전부를 승계하는 조건으로 2012.6.28. 청구법인에게 쟁점부동산을 양도하면서 계약당사자 간 부가가치세에 대해 언급하지 않았고, 매매계약서상에도 부가가치세에 대해 별도로 기재하지 않았으며, 쟁점부동산을 총 매매대금 OOO원으로 일괄양도한 것이지 토지와 건물의 가액을 구분하여 매매하지 않았고, 부동산소유권이전등기가 끝난 후인 2012년 7월 청구법인이 쟁점부동산 건물가액 OOO원에 대해 세금계산서를 발행하여 주거나 부가가치세액 OOO원을 지급하여 줄 것을 요청하여 이에 대해 세무대리인에게 문의한바, 쟁점부동산 매매거래는 사업의 포괄양수도에 해당하고, 사업의 포괄양수도를 사유로 사업자폐업신고를 하였으므로, 세금계산서 발행대상이 아니라는 답변을 받아 세금계산서를 발행하지 않은 사실이 있다고 진술하고 있다.

(3) 살피건대, 청구법인은 쟁점부동산의 매도인(김OOO)이 부동산임대업을 영위한 반면, 정관 및 법인등기부등본상 관광숙박업, 관광편의시설업 등을 주된 사업으로 영위하기 위하여 설립되었고, 이를 위해 쟁점부동산을 취득할 당시 동 부동산을 관광숙박시설로 증․개축하기 위한 설계작업을 진행중에 있었다는 등의 이유로 쟁점부동산 매매거래가「부가가치세법」상 사업의 포괄적 양도에 해당하지 않는다고 주장하고 있으나,

부가가치세는 사업자가 독립적으로 생산재 또는 생산용역을 투입하여 만들어낸 부가가치 또는 부가가치소비행위를 과세대상으로 하는 세금으로서,「부가가치세법」(2013.6.7. 법률 제11873호로 개정되기 전의 것) 제6조 제2호가 사업의 양도를 재화의 공급으로 보지 아니하여 이를 비과세대상으로 정하고 있는 취지는 부가가치세의 과세대상이 되는 재화나 용역의 공급행위라고 하더라도 공급의 대상인 재화나 용역이 부가가치세의 성질상 재화나 용역으로 볼 수 없거나 그 공급의 내용이 부적당한 경우에는 이를 비과세대상으로 하는 것이며, 사업의 양도는 특정재화의 개별적 공급을 과세요건으로 하는 부가가치세의 공급의 본질적 성격에 맞지 아니할 뿐만 아니라, 일반적으로 그 거래금액과 나아가 그에 관한 부가가치세액이 커서 그 양수자는 거의 예외 없이 매입세액을 공제받을 것이 예상되어 이와 같은 거래에 대하여도 매출세액을 징수하도록 하는 것은 사업양수자에게 불필요한 자금압박을 주게 되므로 조세 내지 경제정책상의 배려하고자 하는 데 있는 것이고, 같은 법 제6조 제6항 제2호 소정의 재화의 공급으로 보지 아니하는 ‘사업의 양도’란 사업용 재산을 비롯한 물적․인적시설 및 권리의무 등을 포괄적으로 양도하여 사업의 동일성을 유지하면서 경영주체만을 교체시키는 것을 말하는 것인바(대법원 1983.6.28. 선고 82누86 판결, 조심 2012부2525, 2012.10.30),

청구법인은 쟁점부동산의 매수 후 관광숙박업을 영위하기 위해 동 부동산의 증․개축을 위한 설계작업을 진행하였으나, 부동산의 거래 이후 사업의 동일성 유지는 사업의 양수도 여부를 판단하는 요건에 해당하지 않는 점[「부가가치세법 시행령」(2013.6.28. 대통령령 제24638호로 개정되기 전의 것) 제17조(담보제공․사업양도 및 조세의 물납) 제2항], 청구법인과 김OOO 간 체결된 쟁점부동산 매매계약서에 부가가치세가 별도로 기재되어 있지 않은 점, 쟁점부동산 매매계약서에 첨부된 특약사항에 따르면, 매수인(청구법인)은 쟁점부동산의 임대차계약을 기존 임대차계약서대로 승계하기로 하고, 동 부동산의 임차보증금 및 임차인의 잔여계약기간에 대한 임대료를 정산하여 매매대금에서 대체하기로 한 점, 청구법인은 쟁점부동산 양도당시 임차인 전부를 그대로 승계받은 후 청구법인 책임하에 임차인들에게 명도이전에 대한 합의금을 지급하고 명도이전을 합의한 점, 쟁점부동산의 매도인인 김OOO가 동 부동산의 양도 후 제출한 사업자폐업신고서에 폐업사유를 사업포괄양도로 명시한 점 등을 감안할 때, 쟁점부동산 매매거래는 포괄적 사업양수도에 해당한다고 봄이 타당하므로, 쟁점부동산 매매거래를 사업의 포괄양수도로 보아 청구법인의 매입자발행세금계산서 발행을 위한 거래사실 확인을 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

제126조의4(매입자발행세금계산서에 의한 매입세액 공제 특례) ① 「부가가치세법」제16조에도 불구하고 납세의무자로 등록한 사업자로서 대통령령으로 정하는 사업자가 재화 또는 용역을 공급하고 「부가가치세법」 제16조에 따른 세금계산서 교부시기에 세금계산서를 발급하지 아니한 경우 그 재화 또는 용역을 공급받은 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 관할 세무서장의 확인을 받아 세금계산서(이하 "매입자발행세금계산서"라 한다)를 발행할 수 있다.

② 제1항에 따라 발행한 매입자발행세금계산서에 기재된 그 부가가치세액은 대통령령으로 정하는 바에 따라 「부가가치세법」제17조 제1항 및 제26조 제3항에 따라 공제할 수 있는 매입세액으로 본다.

③ 제1항 및 제2항 외에 매입자발행세금계산서의 발급대상, 발급방법, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 조세특례제한법 시행령(2013.6.28. 대통령령 제24638호로 개정되기 전의 것)

제121조의4(매입자발행세금계산서의 발행대상 사업자 및 매입세액공제 절차 등) ① 법 제126조의4 제1항에서 "대통령령으로 정하는 사업자"란 「부가가치세법」제16조에 따른 세금계산서 교부의무가 있는 사업자( 「부가가치세법」제25조 제1항에 따른 간이과세자를 제외하며, 「부가가치세법 시행령」제79조의2 제3항 및 제4항에 따라 세금계산서 교부의무가 있는 사업자를 포함한다)를 말한다.

② 법 제126조의4 제1항에 따른 매입자발행세금계산서를 발행하려는 자(이하 이 조에서 "신청인"이라 한다)는 「부가가치세법」제16조에 따른 세금계산서 교부시기부터 3개월 이내에 기획재정부령이 정하는 거래사실확인신청서에 거래사실을 객관적으로 입증할 수 있는 서류를 첨부하여 신청인의 관할세무서장에게 거래사실의 확인을 신청하여야 한다.

⑤ 신청인이 제4항의 기간 이내에 보정요구에 응하지 아니하거나 다음 각 호에 해당하는 경우에는 신청인의 관할세무서장은 거래사실의 확인을 거부하는 결정을 하여야 한다.

1. 제2항의 신청기간을 넘긴 것이 명백한 경우

2. 신청서의 내용으로 보아 거래당시 미등록사업자 및 휴·폐업자와 거래한 것이 명백한 경우

⑥ 신청인 관할세무서장은 제5항에 따른 확인을 거부하는 결정을 하지 아니한 신청에 대하여는 거래사실확인신청서가 제출된 날(보정을 요구한 때에는 보정이 된 날)부터 7일 이내에 신청서와 제출된 증빙서류를 공급자의 관할세무서장에게 송부하여야 한다.

⑦ 제6항에 따라 신청서를 송부받은 공급자 관할세무서장은 신청인의 신청내용, 제출된 증빙자료를 검토하여 거래사실여부를 확인하여야 한다. 이 경우 거래사실의 존재 및 그 내용에 대한 입증책임은 신청인에게 있다.

⑧ 공급자 관할세무서장은 신청일의 다음달 말일까지 거래사실여부를 확인하여 다음 각 호의 구분에 따른 통지를 공급자와 신청인 관할세무서장에게 하여야 한다. 다만, 공급자의 부도, 일시 부재 등 기획재정부령이 정하는 불가피한 사유가 있는 경우에는 거래사실 확인기간을 20일 이내의 범위에서 연장할 수 있다.

1. 거래사실이 확인되는 경우 : 공급자 및 공급받는 자의 사업자등록번호, 작성연월일, 공급가액 및 부가가치세액 등을 포함한 거래사실 확인 통지

2. 거래사실이 확인되지 아니하는 경우 : 거래사실 확인불가 통지

⑨ 신청인 관할세무서장은 공급자 관할세무서장으로부터 제8항의 통지를 받은 후 즉시 신청인에게 그 확인결과를 통지하여야 한다.

(3) 부가가치세법(2013.6.7. 법률 제11873호로 개정되기 전의 것)

제6조(재화의 공급) ⑥ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것은 재화의 공급으로 보지 아니한다.

2. 사업을 양도하는 것으로서 대통령령으로 정하는 것

(4) 부가가치세법 시행령(2013.6.28. 대통령령 제24638호로 개정되기 전의 것)

제17조(담보제공·사업양도 및 조세의 물납) ② 법 제6조 제6항 제2호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 사업장별(「상법」에 따라 분할 또는 분할합병하는 경우에는 같은 사업장 안에서 사업부문별로 양도하는 경우를 포함한다)로 그 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 것( 「법인세법」제46조 제2항의 요건을 갖춘 분할의 경우, 「조세특례제한법」제37조 제1항 각 호의 요건을 갖춘 자산의 포괄적 양도의 경우 및 양수자가 승계받은 사업 외에 새로운 사업의 종류를 추가하거나 사업의 종류를 변경한 경우를 포함한다)을 말한다. 이 경우 그 사업에 관한 권리와 의무 중 다음 각 호의 것을 포함하지 아니하고 승계시킨 경우에도 해당 사업을 포괄적으로 승계시킨 것으로 본다.

1. 미수금에 관한 것

2. 미지급금에 관한 것

3. 당해 사업과 직접 관련이 없는 토지·건물 등에 관한 것으로서 기획재정부령이 정하는 것