1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 2005. 10. 14. 평택시 B 임야 1,246㎡(이하 ‘이 사건 제1 토지’라 한다)에 관하여, 2007. 1. 17. C 답 45㎡(이하 ‘이 사건 제2 토지’라 하되, 이하 이 사건 제1, 2 토지를 합하여 ‘이 사건 각 토지’라 한다)에 관하여 각 소유권이전등기를 마쳤고, 2010. 11. 26. D에게 이 사건 각 토지를 양도한 다음 피고에게 조세특례제한법 제70조에 의해 농지대토에 대한 양도소득세 감면신청을 하였다.

나. 피고는 2011. 6. 24. 실시한 양도소득세 실지조사(이하 ‘제1차 세무조사’라 한다) 결과 원고가 이 사건 각 토지를 직접 경작하지 아니한 것으로 보아 이 사건 각 토지에 관하여 농지대토에 대한 양도소득세 감면적용을 부인하여 2011. 8. 4. 원고에게 2010년 귀속 양도소득세 107,752,640원을 결정고지(이하 ‘이 사건 종전처분’이라 한다)하였다.

다. 이에 원고가 불복하여 2011. 9. 23. 이의신청을 제기하자 국세심사위원회는 2011. 10. 18. ‘마을 이장의 진술 내용, 농지원부 등에 원고가 이 사건 각 토지를 자경한 것으로 기재되어 있을뿐더러 이 사건 각 토지 외에도 과수원을 경작하고 있는 점 등을 감안할 때 원고가 적어도 3년 이상 이 사건 각 토지 소재지에서 거주하면서 자경한 것으로 보이므로 피고가 이 사건 각 토지에 대한 농지대토 감면적용을 부인하여 과세한 처분은 잘못이다’라는 결정을 하였고, 이에 따라 피고는 2011. 10. 18. 이 사건 종전처분을 취소하였다. 라.

그 이후 원고가 이 사건 각 토지를 실제 경작하지 아니하였다는 자료가 접수되자 피고는 2012. 5. 8.부터 2012. 5. 28.까지 원고에 대한 양도소득세 실지조사(제2차 세무조사)를 다시 실시하였고, 그 결과 원고가 이 사건 각 토지를 직접 경작하지 아니하였다고 보아 2012. 8. 1....