2007-0447 (2007.07.10)

취득

기각

청구인이 비록 관할관청의 불법건축물 철거에 따른 시정지시에 의해 철거를 하게 되어 건축물 중 법인당 제외한 미등기 무허가 부속건물을 철거함으로써 청구인의 사업에 직접사용하지 않은 이상 건축물을 청구인의 사업에 직접사용하지 못한 정당한 사유에 해당되는 것으로 보기 어려움

지방세법 제107조【용도구분에 의한 비과세】 / 지방세법시행령 제94조【비영리사업자의 범위 등】

청구인의 심사청구를 기각한다.

1. 원처분의 요지

처분청은 청구인이 전라북도 전주시 완산구○○동○가 산○번지 임야 15,570㎡(이하 “이 사건 토지”라 한다)에 대하여 2002.7.29. 공유자 지분 3분의 2를 취득하고, 2003.6.21. 이 사건 토지상의 건축물 991.74㎡(○○당 66.12㎡, 미등기 무허가 부속건물 925.62㎡, 이하 “이 사건 건축물” 이라 한다)를 취득하고, 2003.8.13. 이 사건 토지의 공유자 지분 3분의 1을 취득한데 대하여 청구인의 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 보아 취득세 등을 비과세하였으나, 2006.12.11. 이 사건 토지 및 이 사건 건축물을 취득한 후 유예기간 내에 청구인의 사업에 직접 사용하지 아니하므로 그 취득가액 1,285,000,000원을 과세표준으로 하여 구 지방세법(2003.12.30. 법률 제7013호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제112조제2항 및 제131조제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 32,352,660원, 농어촌특별세 2,827,000원, 등록세 48,528,990원, 지방교육세 8,934,790원, 합계 92,643,440원(가산세 포함)을 부과고지하였으며, 이에 대하여 청구인이 2007.1.5. 이의신청을 제기함에 따라 전라북도지사는 2007.4.6. 이 사건 토지 중 66.12㎡ 및 이 사건 건축물 중 66.12㎡를 비영리사업자가 그 사업에 사용하기위한 부동산의 취득으로 보고, 이 사건 건축물 중 미등기 건축물 925.62㎡는 등록세 과세대상이 아닌 것으로 보아 처분청이 2006.12.11. 부과한 취득세 등 92,643,440원을 취득세 30,528,450원, 농어촌특별세 2,667,390원, 등록세 13,409,670원, 지방교육세 2,478,870원, 합계 49,084,380원으로 경정결정하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은이 사건 토지상에 있던○○암(절)은 거의 매일 확성기를 통하여 불경과 목탁소리를 틀어놓고 불공을 드리고 있어 학생들의 수업방해로 많은 민원이 제기되어 학생들의 정서적 안정과 수업방해요소를 제거하고자 불가피하게 13여억 원의 과도한 학교비로 위○○암을 구입하였으며,이 사건 토지는 학교시설고시지역과 자연적인 경계선을 이루는 토지로서 자연적인 수목들이 있어현재는○○대학교 학생들의 휴식 및 정서함양에 직접 제공하고 있을 뿐만 아니라, 채플(야외기도)장소 및 기자재창고 등으로 이용하고 있어 학교용지와 더불어 대학설립·운영규정 제5조제2항 소정의 학교구내용지이며, 학생들의 전인격적인 교육을 위한 장소로 제공되고 있으므로 사립학교법시행령 제12조제1항 소정의 교지라 할 것이며,서울남부지방법원 판결문(2005.12.29.○○○○카합○○○○)에서도 이 사건 토지를 교육용기본재산으로써 학교교육에 직접 사용되는 재산에 해당된다고 판결하고 있는 것은 여러 상황을 고려하여 이 사건 토지를 학교교육에 직접 사용되는 재산에 해당되는 것으로 보고 있고, 이 사건 건축물 중 부속건물 925.62㎡는 전라북도 전주시 완산구청장의 불법건축물 철거에따른 시정지시에 의거 철거를 하게 되어 고유목적에 사용하지 못하였고,이처럼 행정관청의 행정에 적극적으로 협조하는 사항에 대하여 과세하는 것은 부당하고, 이는 취득시점부터 미등기·무허가 건물로서 관리가 허술하고 노후화된 상태로 더 이상 효용가치가 없고 폐기하는 것이 합리적이라 판단되고 행정관청의 행정에 모범이 되는 것으로 판단되어 폐기한 상태로 구입을 결정한 것이므로부속건축물은 실질적인 취득가액에 포함되지 않는다 할 것이고, 이 사건 토지 등을 교육인적자원부에 보고하여 계속적으로 교육용 기본재산으로 관리하고 있고, 교육목적에 맞게 사용하고 있으므로 비과세대상에 해당된다고 주장하며 이 사건 취득세 등의 취소를 구하였다.

3. 우리부의 판단

이 사건 심사청구의 다툼은 청구인이 이 사건 토지 등을 취득·등기한 후, 그 취득일로부터 3년 이내에 정당한 사유없이 그 사업에 직접 사용하지 아니한 경우에 해당되는지 여부에 관한 것이라 하겠다.

먼저 관계법령을 보면, 지방세법 제107조 및 제127조제1항에서 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상 제외)의 취득·등기에 대하여는 취득세와 등록세를 비과세하지만, 수익사업에 사용하는 경우와 취득일로부터 3년 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일로부터 3년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세와 등록세를 부과하도록 규정하고 있고, 구 지방세법시행령 제79조제1항제2호(2006.12.30. 대통령령 제19817호로 개정되기 전의 것) 및 지방세법시행령 제94조제1항에서는 초·중등교육법 및 고등교육법에 의한 학교를 경영하는 자를 비영리사업자로 규정하고 있으며, 사립학교법 제28조제2항에서 학교교육에 직접 사용되는 학교법인의 재산 중 대통령령이 정하는 것은 이를 매도하거나 담보로 제공할 수 없는 것으로 규정하고, 사립학교법시행령 제12조제1항에서는 대통령령이 정하는 것을 교지, 교사(강당 포함), 체육장(실내체육관 포함), 실습 또는 연구시설, 기타 교육에 직접 사용되는 시설·설비·교재·교구로 규정하고 있다.

다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 이 사건 토지를 2002.7.29. 및 2003.8.13. 2차에 걸쳐 취득하고, 2003.6.21. 이 사건 건축물을 취득한 후, 2003.5.26. 및 2004.5.24. 이사회의에서 이 사건 토지 및 건축물에 대한 고정자산 증감 및 고정자산폐기(매각) 보고를 하고 교육인적자원부에 보고하여 청구인의 기본재산으로 관리하고 있고, 이에 대하여 처분청은 이 사건 토지를 자연상태의 임야로 방치하고 있고, 건물은 취득 후 유예기간 내에 학교교육에 직접 사용하지 않은 것으로 보아 취득세 등 92,643,440원(가산세 포함)을 부과고지 하였으며, 이에 대하여 청구인이 2007.1.5 이의신청을 제기함에 따라 전라북도지사는 2007.4.6. 이 사건 건축물 중○○당 66.12㎡와 그 부속토지 66.12㎡는 학교교육에 직접 사용하는 것으로 보고, 이 사건 건축물 중 미등기 건축물 925.62㎡는 등록세 과세대상이 아닌 것으로 보아 취득세 및 등록세 등이 비과세대상에 해당되는 것으로 판단하고, 미등기 무허가 부속건물 925.62㎡는 등록세 과세대상에 해당하지 아니하는 것으로 판단하여 2006.12.11. 청구인에게 과세한 취득세 등 92,643,440원을 49,084,380원(가산세 포함)으로 경정결정한 사실은 제출된 관계 증빙자료에 의하여 알 수 있다.

이에 대하여 청구인은 이 사건 토지와 건물에 대해 지방세법 비과세 감면 취지에 맞게 합목적적으로 구입한 것이라 주장하면서, 이 사건 토지를 청구인의 기본 교육용 재산으로 관리하고 있고 수목들이 식재되어 학생들의 휴식 및 정서함양에 직접 제공하고 있을 뿐만 아니라 야외 채플장으로 활용하고 있으므로 사립학교법시행령에 부합된 토지라 할 수 있고, 청구외○○생명보험(주)와 가압류이의 소(서울지방법원○○○○카합○○○○가압류이의, 2005.12.29) 판결문에서 학교교육에 직접 사용되는 재산으로 판결된 바가 있으므로 이 사건 토지 등 에 대한 취득세 등의 부과처분은 부당하다고 주장하고 있다.

그런데, 위○○당이 청구인의 사업에 직접사용하는 것으로 볼 수 있는지 여부는 전라북도지사가 2007.4.6. 이 사건 취득세 등의 부과처분에 대한 이의신청결정에서 이 사건 건축물 중○○당 66.12㎡ 및 그 부속토지 66.12㎡에 대하여는 청구인의 사업에 직접 사용되고 있는 것으로 보아 취득세 등의 비과세대상으로 결정하였으므로 심의대상에서 제외하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

그렇다면, 위○○당 부분을 제외한 이 사건 토지를 청구인의 사업에 직접사용하는 것으로 볼 수 있는지 여부에 대하여 보면, 지방세법 제107조·제127조제1항제3호·구 지방세법시행령 제79조제1항제2호 및 지방세법시행령 제94조제1항에서는 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하기 위하여 취득·등기하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 부과하지 아니하나, 다만 취득일로부터 3년 이내에 정당한 사유없이 취득·등기하는 부동산의 전부 또는 일부를 그 사업에 직접 사용하지 아니한 경우 그 부분에 대하여는 취득세와 등록세를 부과하는 것으로 규정하고 있고, 사립학교법 제28조제2항 및 사립학교법시행령 제12조제1항에서는 학교법인이 매도하거나 담보에 제공할 수 없는 재산을 규정하면서 사립학교의 교육에 직접 사용되는 재산을 교지·교사(강당을 포함한다)·체육장(실내체육장을 포함한다)·실습 또는 연구시설·기타 교육에 직접 사용되는 시설·설비 및 교재·교구로 열거하고 있으므로, 지방세법 제107조, 제127조제1항, 구 지방세법시행령 제79조제1항제2호 및 지방세법시행령 제94조제1항의 규정을 사립학교법 제28조, 같은법시행령 제12조 등 관계규정의 취지에 비추어 보면, 학교법인이 교육용 기본재산에 편입된 토지를 그 사업에 직접 사용한다고 함은 학교법인이 설치·경영하는 사립학교의 교지, 체육장 등과 같이 당해 토지의 사용용도가 학교법인의 교육사업 자체에 직접 사용되는 것을 뜻한다고 보아야 할 것이다.(같은 취지의 대법원 1994.10.28. 선고 94누224 판결 참조)

그런데, 이 사건 토지는 대부분(15,570㎡중 15,226㎡)이 학교시설고시지역 밖에 위치하고 있으며 도시관리계획상 용도지역은 자연녹지지역에 속하고, 도시계획시설로서 도시자연공원으로 지정되어 있으며, 그 현황은 자연상태의 임야인 사실을 토지이용계획확인서 등 관련 증빙자료에 의하여 알 수 있고, 그 나머지 토지는 학교시설고시지역 내에 속하나 그 현황은 자연상태의 임야인 사실을 알 수 있으므로 청구인이 비록 이 사건 토지를 청구인의 기본 교육용 재산으로 관리하고 학생들의 휴식 및 정서함양에 직접 제공하고 야외 채플장으로 활용하고 있다하더라도 이를 교지, 체육장 등과 같이 당해 토지를 학교법인의 교육사업 자체에 직접 사용하는 것으로 보기는 어렵다고 판단되고, 또한, 청구인은 청구외○○생명보험(주)와 가압류이의 소(서울지방법원○○○○카합○○○○가압류이의, 2005.12.29) 판결문에서 학교교육에 직접 사용되는 재산으로 판결된 바가 있다고 주장하나, 위 판결문에서는 학교용지, 실습실 등 학교교육에 직접 사용되는 재산은 가압류신청이 부적법하고, 학교법인의 기본재산으로 등록되어 있다하더라도 학교교육에 직접 사용되는 재산에 해당된다고 보기 어려운 경우에는 관할 관청의 허가가 있으면 강제집행이 가능하다는 판결로서 이 사건 토지는 대부분이 학교시설 밖의 토지로서 도시자연공원으로 지정된 토지에 해당되고 그 현황은 자연상태의 임야에 해당하므로 그 사용이 제한되는 이상 이 사건 토지를 청구인의 사업에 직접 사용하는 토지로 보아야 한다는 청구인의 주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

다음은 위○○당 부분을 제외한 이 사건 건축물이 청구인의 사업에 직접 사용되고 있는지 여부에 대하여 보면, 청구인이 비록 관할관청의 불법건축물 철거에 따른 시정지시에 의해 철거를 하게 되어 고유목적에 사용하지 못하였고 이는 취득시점부터 미등기·무허가 건물로서 관리가 허술하고 노후화된 상태로 더 이상 효용가치가 없었다라고 주장하나, 이는 청구인이 이 사건 건축물 중 무허가 부속건물 3동 925.62㎡는 고유목적에 사용할 수 없음을 예정한 상태에서 매입한 것으로 보아야하고, 청구외 (유)○○건설 대표○○○이 2003.11.1. 및 2003.11.6. 전주시 완산구청장에게 제출한 ‘사업장폐기물배출자신고서’ 및 ‘폐기물배출처리실적보고서’에 의하면 이 사건 건축물 중 법인당 66.12㎡를 제외한 미등기 무허가 부속건물을 철거함으로써 청구인의 사업에 직접사용하지 않은 이상 이 사건 건축물을 청구인의 사업에 직접사용하지 못한 정당한 사유에 해당되는 것으로 보기 어렵다고 판단된다.

따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.

2007. 8. 27.

행 정 자 치 부 장 관