[사건번호]조심2012서2549 (2012.10.17)

[세목]양도[결정유형]기각

[결정요지]관련법령은 과세특례대상 양도소득금액을 “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있고, 기준시가를 기준으로 감면세액을 계산하도록 되어 있으므로, 청구주장을 받아들이기 어려움

[관련법령] 조세특례제한법 제99조 제3항

[참조결정]조심2011서4975 / 조심2011서1349 / 조심2010부0415

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구인은 1994.11.12. OOO(이하 “쟁점종전주택”이라 한다)를 취득하여 보유하다가 OOO 재건축사업(관리처분계획인가일 : 1999.3.17.)으로 2002.6.26 같은 동 376 소재 OOO(전용면적 108.15㎡, 이하 “쟁점신축주택”이라 한다)를 취득(사용승인일 : 2002.6.26.)하였으며, 2006.5.23. 쟁점신축주택을 양도한 다음 2006.6.7. 양도소득세 신고 시 쟁점신축주택과 쟁점종전주택의 실지거래가액으로 양도차익을 계산한 후 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제99조의3 제1항의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례에 해당된다고 보아 산출세액OOO 전부를 감면세액으로 신고하였다(농어촌특별세 OOO).

나. 처분청은 조특법 제99조의3 소정의 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례를 적용함에 있어 쟁점종전주택의 취득일로부터 쟁점신축주택의 취득일 전일까지 발생한 소득은 감면소득에 해당하지 아니하고 쟁점신축주택의 취득일로부터 양도일까지 발생한 소득만 감면된다고 보고, 그 감면되는 양도소득금액을 조특법 제99조의3 제2항에 의하여 준용되는 조특법 시행령 제40조 제1항의 기준시가에 의한 계산식에 의하여 산정한 후 과세대상소득금액에서 차감하여, 2012.5.7. 청구인에게 2009년 귀속 양도소득세 OOO을 경정·고지하였다(농어촌특별세 환급액 OOO은 충당).

다. 청구인은 이에 불복하여 2012.5.17. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 청구인은 쟁점종전주택을 재건축조합에 신탁하고 추가부담금을 납부하여 쟁점신축주택을 취득한 것이므로 쟁점신축주택을 취득할 당시 유상 양도한 사실도 없고 양도차익을 얻은 바도 없다. 「소득세법」 제88조 제1항에 의하면 양도라 함은 자산의 등기 또는 등록에 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 자산이 사실상 유상으로 이전되는 것을 말하며 자산의 무상이전은 양도소득세의 과세대상이 아니라고 명문화되어 있고, 조특법 제정취지를 보아서도 청구인과 같이 자기가 건설한 신축주택을 소유권보존한 경우 이를 양도로 보아 양도소득세를 부과하는 것은 부당하다. 따라서 재건축으로 취득한 쟁점신축주택 양도 시 발생하는 양도차익은 실질적으로는 쟁점신축주택의 사용승인후부터 양도시점까지이고 청구인은 쟁점신축주택 취득 후 5년 이내 양도하였으므로 양도소득세 산출세액 전부를 감면하여야 한다.

(2) 청구인이 보유했던 쟁점종전주택은 건축한 지 30여년이 경과된 노후주택으로서 기준시가가 시세에 비해 현저하게 낮아 쟁점신축주택과 비교할 때 상대적으로 저평가되어 있었고, 쟁점종전주택과 쟁점신축주택은 각각 다른 건물면적과 다른 부수토지를 가지고 있기 때문에 동일한 구조조정대상건물로 볼 수 없는 것이다. 그럼에도 처분청은 감면대상 양도소득금액 산정 시 구조조정대상부동산의 양도소득금액 계산방법인 기준시가에 의한 안분계산법을 사용하였는바, 「소득세법」 등 관련규정에 의하면 양도차익 산정 시 실지거래가액이 입증되는 경우 기준시가보다 우선하여 적용하여야 한다는 규정이 있으므로, 감면대상 양도소득금액 산정 시에도 「소득세법」 제95조 및 「소득세법 시행령」 제166조 제2항을 적용하여 실지거래가액을 기준으로 한 아래 산식을 적용하는 것이 것이 합리적이고 형평성에 부합하는 것이다.

나. 처분청 의견

(1) 종전주택을 취득하여 보유하다가 주택재건축사업에 따라 신축주택을 취득하여 이를 양도하는 경우 조특법 제99조의3에 따른 양도소득세를 감면함에 있어서 신축주택의 취득일로부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 그 감면대상 양도소득금액은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액으로 규정하고 있으므로 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면을 배제함이 타당하다.

(2) 조특법 제99조 제1항 및 조특법 시행령 제99조 제1항의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 감면규정에서 “당해 신축주택을 취득한 날로부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은 조특법 시행령 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말하는 것이며, 조특법 시행령 제40조 제1항에 의하면 당해 구조조정대상 부동산을 취득한 날로부터 5년간 발생한 양도소득금액이라 함은 「소득세법」제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는 「법인세법」제99조 제1항의 규정에 의한 양도차익(양도소득금액) 중 아래 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다라고 명문상 규정하고 있으므로, 실지거래가액에 의한 방법으로 감면대상 양도소득금액을 계산하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 종전주택이 재건축되어 신축주택을 취득하였고신축주택 취득일로부터 5년 이내에 양도한 경우, 조특법 제99조의3에 의하여 양도소득세 전부가 감면된다고 볼 수 있는지 여부

② 조특법 제99조의3의 신축주택취득자에 대한 양도소득세 과세특례를 적용함에 있어 감면되는 양도소득금액 계산시 기준시가에 의한 계산식이 아닌 실지거래가액에 의한 계산식을 적용할 수 있는지 여부

나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법 제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 해당 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는양도소득세의 100분의 80(2009년 12월 31일까지의 양도분에 대하여는 100분의 100)에 상당하는 세액을 감면하고, 해당 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 해당 신축주택이 「소득세법」 제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

2. 자기가 건설한 신축주택(「주택법」에 따른 주택조합 또는 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 정비사업조합을 통하여 대통령령으로 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우: 신축주택취득기간에 사용승인 또는 사용검사(임시 사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

(2) 조세특례제한법 시행령 제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】② 법 제99조의3 제1항 각 호 외의 부분을 적용함에 있어서당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다.

(3) 조세특례제한법 시행령 제40조【구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등】① 법 제43조 제1항에서 “당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은 「소득세법」제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는 「법인세법」제99조 제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 “양도소득금액”이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다.

(4) 소득세법 제100조【양도차익의 산정】① 양도차익을 계산함에 있어서 양도가액을 실지거래가액(제96조제3항의 규정에 의한 가액 및 제114조제5항의 규정에 의하여 매매사례가액·감정가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액·감정가액 등을 포함한다)에 의하는 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조제7항의 규정에 의한 가액 및 제114조제5항의 규정에 의하여 매매사례가액·감정가액·환산가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액·감정가액·환산가액 등을 포함한다)에 의하고, 양도가액을 기준시가에 의하는 때에는 취득가액도 기준시가에 의한다.

(5) 소득세법 시행령 제166조【양도차익의 산정 등】② 법 제100조에 따라 양도차익을 산정하는 경우 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 해당 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획에 따라 취득한 신축주택 및그 부수토지를 양도하는 경우 실지거래가액에 의한 양도차익은 다음각 호의 산식에 따라 계산한다.

1. 청산금을 납부한 경우

[관리처분계획인가후양도차익 × 납부한 청산금 ÷ (기존건물과 그 부수토지의 평가액 + 납부한 청산금)](이하 이 조에서 “청산금납부분양도차익”이라 한다) + {[관리처분계획인가후양도차익 × 기존건물과 그 부수토지의 평가액 ÷ (기존건물과 그 부수토지의 평가액 + 납부한 청산금)] + 관리처분계획인가전양도차익}(이하 이 조에서 “기존건물분양도차익”이라 한다)

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 1994.11.12. 쟁점종전주택을 OOO에 취득하여 보유하다가 쟁점종전주택에 대한 재건축사업(관리처분계획인가일:1999.3.17.)으로 2002.6.26. 쟁점신축주택을 취득(사용승인일 : 2002.6.26.)하였으며, 2006.5.23. 쟁점신축주택을 OOO에 양도한 다음 쟁점신축주택의 양도가액과 쟁점종전주택의 취득가액을 실지거래가액으로 하여 양도차익을 계산한 후 조특법 제99조의3 제1항의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례에 해당된다고 보고 산출세액 전부를 감면세액으로 신고한 사실이 청구인의 양도소득금액계산명세서 등 심리자료에 의하여 확인된다.

(2) 조특법 제99조의3 제1항 제2호, 조특법 시행령 제99조의3 제2항은 “자기가 건설한 신축주택(「주택법」에 따른 주택조합 또는 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 정비사업조합을 통하여 관리처분계획인가일 또는 사업계획승인일 현재의 조합원이 취득하는 주택을 포함)으로, 신축주택취득기간에 사용승인 또는 사용검사(임시 사용승인을 포함)를 받은 신축주택을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 80(2009년 12월 31일까지의 양도분에 대하여는 100분의 100)에 상당하는 세액을 감면하고, 해당 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다.”는 취지로 규정하였고, 조특법 시행령 제99조의3 제2항은 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 조특법 시행령 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다고 규정하였으며, 조특법 시행령 제40조 제1항은 아래와 같은 산식에 의하여 감면되는 양도소득금액을 산정하도록 규정하였다.

(3) 재개발사업 등으로 인하여 종전에 소유하던 주택을 조합에 양도하고 조합원 주택을 취득한 뒤 양도한 경우 감면되는 양도소득의 범위에 대하여 살피건대, 앞서 언급한 조특법 제99조의3 제1항 제2호에서 재개발사업 등으로 조합원이 취득하는 신축주택의 경우도 그 신축주택 취득일부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액을 감면대상 소득금액으로 한다고 규정하고 있으므로, 종전주택의 취득일부터 재개발사업 등으로 신축된 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면대상 양도소득에 해당하지 아니한다 할 것(OO OOOOOOOO,OOOOOOOOOO, OO OOOOOOOOO, OOOOOOOO O OO OO OO)이어서, 쟁점종전주택 취득일로부터 쟁점신축주택 취득일 전일까지의 양도소득에 대하여도 세액을 감면해야 한다거나 아에 양도소득이 발생하지도 아니하였다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

또한, 조특법 시행령 제99조의3 제2항은 조특법 제99조의3에서 규정하고 있는 양도소득세 감면대상소득인 ‘당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’은 조특법 시행령 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다고 명시하고 있으므로, 이러한 법령의 규정과 다른 계산식을 이용하여 감면대상소득을 산출하여야 한다는 청구주장은 법적 근거가 없다고 할 것이어서 받아들이기 어렵다(OO OOOOOOOOO, OOOOOOOOOO,OO OOOOOOOOO, OOOOOOOOO O OO OO OOO).

(4) 따라서, 쟁점신축주택을 양도함에 따른 감면대상 양도소득금액은 쟁점신축주택의 취득일로부터 양도일까지 발생한 양도소득금액만을 대상으로 하여야 하고, 그 양도소득금액은 조특법 시행령 제40조 제1항에 따라 산정함이 타당하다 할 것인바, 이러한 법리에 따라 이루어진 이 건 과세처분은 정당하다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.