청구교회의 부동산 양도에 대하여 동 교회를 1거주자로 보고 그 양도차익에 대하여 양도세를 부과한 처분의 당부

가. 대한예수교장로회 OOO는 2003.4.4. 김OOO로부터 증여로 취득한 OOO 대지 287㎡, 건물 72.56㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 2009.1.30. 한국토지공사에 협의양도하고 양도소득세 신고·납부는 하지 않았으며, 2009.3.6. OOO 임야 2,518㎡를 취득하고 건물 338.79㎡를 신축하여 교회로 사용하였으며 2012.2.15. 처분청으로부터 비영리법인으로 고유번호(126-82-*****)를 부여받았다.

나. 처분청은 등기부등본에 대한예수교장로회OOO로 등기된 쟁점부동산의 양도를 1거주자가 양도한 것으로 보아 2013.1.16. 2009년 귀속 양도소득세 OOO원을 결정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2013.3.18. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

쟁점부동산은 교회명의의 종교고유목적용 기본재산으로 종교의 보급과 교화를 목적으로 세워진 비영리단체인 OOO가 주무관청 의 허가를 받아 설립된 단체가 아니며, 법인격 없는 사단·재단·기타단체로 법인으로 세무서장의 승인을 받지 않아 개인으로 양도소득세를 부과하는 것은 부당하다. 「국세기본법」 제13조 및 같은 법 시행령 제8조, 구 「법인세법 기본통칙」 7-3-18에서 공익목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단은 등기되지 아니하더라도 「국세기본법 시행령」 제8조 제2호에 해당되어 법인으로 보는 단체이며, 처분청은 2003.4.14. OOO세무서장이 발급한 OOO의 쟁점부동산 양도당시 고유번호(129-89-*****, 개업: 2002.10.6.)이 개인사업자에 발급하는 고유번호라서 법인이 아니라고 주장하지만, OOO는 세무서장이 발급하는데로 고유번호를 받았으며, 현재 세무서 민원실에서는 별도의 승인절차없이 비영리법인에게 부여하는 ‘82’ 고유번호를 임의로 관례적으로 발급하고 있으며, ‘82’, ‘80’, ‘89’는 대부분 별도의 승인신청 없이 법인 또는 개인으로 발급하고 있는바, 고유번호로 종교단체의 인격이 법인 또는 개인으로 간주되어 양도소득세를 비과세하거나 부과하는 것은 부당하다. 실질적으로 종교단체가 고유목적에 사용했다면 고유번호증에 부여하는 번호에 따라 개인과 법인의 인격이 달라져 양도소득세의 과세 또는 비과세가 된다는 것은 부당하다.

쟁점부동산은 종교목적으로 출현된 부동산을 기본재산으로 보유하는 재단으로 「국세기본법」 제13조 제1항 제2호에 규정하는 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단에 해당되며 「법인세법」 상 수익사업을 영위하지 아니하는 비영리법인에 해당하므로, 교회가 고유목적사업에 직접 사용하던 고정자산을 양도한데 대하여 OOO에게 양도소득세를 부과하는 것은 부당하다.

나. 처분청 의견

「국세기본법 시행령」 제8조 제2호에 의하여, 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 ‘재단’으로서 등기되지 아니한 것은 법인으로 보는 단체로 보는 것이나, OOO는 사단법인인 대한예수교장로회총회(중앙)에의 가맹교단으로 회계 등 모든 운영이 독립적으로 운영되는 사단법인인 교회로써 별도의 허가를 받아 세법 적용 상 재단이 설립된 경우를 제외하고는 개인으로 보기에 양도소득세 부과는 정당하고, OOO도 사실상 비영리법인과 유사하나 비영리법인은 청산시 잔여재산을 다른 비영리법인이나 국가단체에 기부하여야 하는 특징이 있는데, 개인교회는 이런 엄격한 의무 규정이 없어 잔여재산을 임의로 처분하여 소유할 수 있어 비영리 법인의 비과세취지에 맞지 않아 과세함이 타당하다. 비영리 법인은 부동산을 취득하거나 양도함에 있어 상급단체인 유지재단 본부의 승낙 또는 승인이 반드시 필요하고, 당해 취득대금 또는 양도대금이 유지재단에 속하여야 하는데, OOO는 유지재단의 승인과는 무관하게 취득대금 및 양도대금을 임의로 처분하거나 취득할 수 있어 1거주자로 보는 단체로 간주함이 정당하다.

따라서, OOO는 법인격 없는 사단에 해당하여 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있어도 법인으로 볼수 없으며, 주무관청의 허가받아 설립된 것도 아니며, OOO가 종교법인 산하의 종파에 소속돼 있으나, 그 소유재산이 종교 법인의 명의가 아닌 개별교회명의로 등기돼 있고 별도로 독립운영되며, 청산 시 고유목적에 사용하다 남은 잔여재산을 임의로 처분할 수 있어 ‘법인으로 보는 단체’에 해당하지 않아 ‘개인’으로서 양도소득세를 고지한 것은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점부동산의 양도는 공익목적 비영리법인의 자산으로 양도소득세 비과세대상 이라는 청구주장의 당부

나. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점부동산의 등기부등본 및 건축물관리대장을 살펴본다.

(가) 등기부등본 토지(갑구)에서 김OOO가 2002.8.23.(원인:2002.8.1.) 취득하여 2003.3.31.(2003.3.27. 서울지방법원의 가압류결정: 2003카단84423) 채권자 삼성카드주식회사OOO가 가압류(청구금액 금OOO원)하여 2003.4.4.(등기원인:2003.4.1.증여) 소유자 대한예수교장로회OOO(대표자 신OOO)로 소유권이전 등기 되었다.

(나)등기부등본 토지(을구)에서 김OOO를 채무자로 2002.8.29.(2002.8.23. 설정계약) 채권최고액 금OOO원, 근저당권자 OOO새마을금고의 근저당권이 설정되었고, 2003.8.22.(2003.8.22.계약인수) 채무자가 대한예수교장로회OOO로 근저당권이 변경되었다가 2009.1.30.(등기원인: 20 09.1.30.) 근저당권설정등기가 말소되었다.

(다) 건축물관리대장(갑)에 의하면, 쟁점부동산의 주구조는 시멘트브럭스레트, 목조초가, 주용도 주택, 축사이며, 당초 2002.8.23. 김OOO로 소유권이전 되었다가, 2003.4.4. 대한예수교장로회OOO로 소유권이 이전 되었다.

(2) 청구인이 제출한 심리자료를 살펴본다.

(가) 법인설립허가서(1991.12.12. 문화부장관)에는 허가번호 제90호, 법인명칭은 사단법인 한국기독교총연합회, 소재지는 OOO로 나타난다.

(나) 사단법인 한국기독교총연합회의 회원교단증명서 제2012-096호(2012.4.13.)에는 교단명 대한예수교장로회총회(중앙), 총회장 백OOO, 주소 OOO으로 나타난다.

(다) 대한예수교장로회 중앙총회 총회장 백OOO(목사)의 소속증명서OOO, 2013.3.4.)에는 OOO(OOO) 대표자 이OOO(목사)은 총회 산하 소속 교회임을 증명한다고 기재되었다.

(라) 대한예수교장로회 중앙총회(총회장 백OOO목사)가 발행한 재직증명서OOO, 2013.3.4.)에는 이OOO목사(540331-*******)의 주소는 OOO, 재직기간은 2012.3.31.부터 2013.3.4.까지로 기재되었다.

(마) 대한예수교장로회 OOO 대표자 이OOO의 OOO세무서장 고유번호증(126-82-*****)에는 소재지 및 대표자 주소는 OOO, 교부사유는 신규, 발행일은 2012.2.15.로 나타난다.

(바) OOO세무서장의 2004.8.16.자 대한예수교장로회OOO의 사업자등록증명에는 사업자등록번호 129-89-*****, 성명(대표자) 신OOO, 사업장소재지 OOO, 개업년월일 2002.10.6., 사업자등록년월일 2003.4.14.로 나타난다.

(사) OOO시장의 2010.10.22.자 대한예수교장로회OOO의 부동산등기용등록번호 등록증명서(등록번호:31054-*****)에는 주소 OOO으로 「부동산등기법」 제41조의2 및 「법인 아닌 사단·재단 및 외국인의 부동산등기용 등록번호 부여절차에 관한 규정」 제8조의 규정에 의하여 증명한다고 나타난다.

(3) 위 사실관계 및 제시증빙과 관련법령 등을 종합하여 살펴본다.

(가) 「국세기본법」제13조 제1항은 법인격 없는 사단·재단 기타 단체 중 주무관청의 허가를 받아 설립한 사단·재단 또는 기타 단체로서 등기되지 아니한 것, 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것의 경우로서 수익을 구성원에게 분배하지 아니하는 것은 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다고 규정하고 있고, 제2항에서 법인으로 보는 사단·재단 또는 기타 단체외의 법인격이 없는 단체 중 사단·재단 또는 기타 단체의 조직과 운영에 관한 규정을 가지고 대표자 또는 관리인을 선임하고 있을 것, 사단·재단 또는 기타 단체 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유·관리할 것, 사단·재단 또는 기타 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것인 경우로서 대표자 또는 관리인이 관할세무서장에게 신청하여 승인을 얻은 것에 대하여도 이를 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다고 규정하고 있다. 따라서 법인격 없는 사단은 법인격 없는 재단과는 달리 주무관청의 허가를 받아 설립된 것이 아니라면 세법의 적용에 있어서 법인으로 볼 수 없고, 이 건의 경우와 같이 법인격 없는 사단인 종교단체에 대하여도 달리 해석되지 않는다고 할 것이며, 이 규정은 조세법의 특성상 과세되는 조세의 종류 및 과세대상을 특정하기 위하여 법인격 없는 사단·재단 기타 단체 중 일정한 요건을 갖춘 단체에 대하여만 세법의 적용에 있어 법인으로 보아야 할 것이다(대법원 2002.2.8. 선고 2000두1652 판결 같은 뜻임).

(나) 살피건대, OOO는 「민법」 제32조 및 「국세기본법」 제13조 규정에 의한 법인 및 법인격을 부여받지 않은 점, 쟁점부동산의 취득·양도에 있어 상급단체의 승낙·승인 절차가 없고, 취득·양도대금의 귀속이 상급단체에 속하지 아니하여 법인으로 볼 수 없는 점, 비영리법인은 청산 시 잔여재산을 다른 비영리법인이나 국가단체에 기부하여야 하는 특징이 있는바, OOO는 비영리법인의 의무규정이 없어 양도소득세를 과세함이 타당한 것으로 보이는 점, 단체가 「부동산등기법」에 의한 시장·군수로부터 부동산등기용 등록번호를 부여받는 경우는 “주무관청에 등록”에 포함되지 않는 점, 재단법인인 종교단체와 달리 회계 등 모든 운영이 독립된 산하지역의 교회는 별도의 허가를 받지 아니하여 1거주자로 보이는 점, 단체의 조직·운영 규정을 가지고 대표자가 선임되고, 수익과 재산을 단체 자신의 계산·명의로 독립적으로 소유·관리되고, 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 않아야 법인으로서 관할 서장에게 법인으로 신청하여 승인을 받을 수 있는 점 등으로 보아 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

참조조문