조심 2018지2273 (2019.06.19)

취득

경정

이 건 부동산에 설치된 기업부설연구소는 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법령에 따라 연구인력 및 시설 등 요건을 갖추어 인정된 기업부설연구소로서, 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」제14조의4 제1호, 같은 법 제14조의3 제1항 제7호에서 기업부설연구소등에 근무하는 자는 연구개발 활동과 관련된 업무 외에 생산ㆍ판매ㆍ영업 등의 기업활동과 관련된 다른 업무를 겸하지 않도록 규정하고 이를 위반하는 경우 기업부설연구소등의 인정을 취소할 수 있도록 하고 있어 기업부설연구소는 연구개발 활동만을 담당할 뿐 생산ㆍ판매ㆍ영업 등의 기업활동과 관련된 다른 업무를 겸하지 않는 것으로 보이는 점 등을 종합하면, 처분청이 이 건 부동산 중 기업부설연구소용 부동산을 본점 사업용 부동산으로 보아 취득세 등 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단됨.

지방세법 제13조 제1항

조심2014지0379 / 조심2015지1059 / 조심2011지0917 / 조심2014지2070 / 조심2018지0175

서울특별시 강서구청장이 2018.8.6. 청구법인에게 한 취득세 등에 대한 경정청구거부처분은 서울특별시 강서구 OOO산업단지내 D19-1 외 1필지 소재 건축물 9,925.38㎡와 그 부속토지 1,525㎡ 중 기업부설연구소용 부동산에 대하여 일반세율을 적용하여 산출한 세액으로 이를 경정한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 주식회사 OOO생명과학 및 주식회사 OOO글로텍과 컨소시엄을 구성하여 2014.12.31., 2015.6.26. 서울특별시 강서구 OOO산업단지 내 D19-1 토지 6,773㎡, DP1 토지 11,729㎡을 각각 취득한 후, 위 토지 중 청구법인의 지분 13%에 해당하는 토지 1,525㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)에 대한 취득세 등을 신고하면서 「지방세특례제한법」 제78조 제4항에 따른 산업단지에 산업용 건축물을 신축하려는 자가 취득하는 부동산으로 하여 취득세의 일부를 감면받고 나머지 취득세 등을 신고․납부하였다.

나. 청구법인은 주식회사 OOO인더스터리 및 주식회사 OOO글로텍과 공동으로 2018.1.23. 이 건 토지 등에 건축물 76,349.12㎡를 신축하여 취득한 후, 위 건축물 중 청구법인의 지분 13%에 해당하는 건축물 9,925.38㎡(이하 “이 건 건축물”이라 하고, 이 건 토지와 합하여 “이 건 부동산”이라 한다)에 대한 취득세 등을 신고하면서 이 건 건축물 중 기업부설연구소로 사용하는 건축물에 대하여는 산업단지 내의 산업용 건축물로 신고하여 취득세의 75%를 감면받고 나머지 세액을 신고․납부하였다.

다. 청구법인은 본점과 기업부설연구소를 이 건 부동산으로 이전한 후, 이 건 부동산을 신축하고 본점 또는 주사무소의 사업용 부동산으로 사용하여 취득세 중과세율 적용대상이 된 것으로 보아, 2018.5.11. 처분청에 이 건 부동산의 취득가액에 「지방세법」 제13조 제1항에 따른 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 기 납부한 세액을 차감하여 산출한 취득세 등을 아래 ＜표1＞과 같이 신고․납부하였다.

＜표1＞ 청구법인 취득세 등 납부 현황

(단위 : 원)

라. 청구법인은 2018.6.15. 이 건 부동산 중 기업부설연구소, 복지시설, 사회공헌시설로 사용하는 부분에 대하여는 일반세율을 적용하여야 한다는 취지로 경정청구를 하였으나, 처분청은 2018.8.6. 복지시설 및 사회공헌시설에 대하여는 일반세율을 적용하여 아래 ＜표2＞와 같이 감액하고, 기업부설연구소로 사용하는 부분에 대하여는 이를 거부하였다.

＜표2＞ 취득세 등 감액내역

(단위 : 원)

마. 청구법인은 이에 불복하여 2018.9.27. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

이 건 건축물 중 기업부설연구소용 부동산은 취득세 중과대상인 본점의 사업용 부동산에 해당하지 않습니다.

본점은 영리법인의 주된 사무소를 의미하며, 주된 사무소인지는 주된 기능을 실질적으로 수행하는지 여부에 따라 판단하여야 하고, 법인의 주된 기능을 수행하는 장소로서 취득세 중과대상 본점에 해당하기 위해서는 ① 대표이사 등 임직원이 상주할 것, ② 기획, 재무, 총무 등 법인의 전반적인 사업을 수행할 것, ③ 법인의 중추적인 의사결정 등 주된 기능을 수행하여야 하며, 법인등기나 명칭 등의 형식이 아닌 실질을 기준으로 판단하여야 할 것(조심2014지0379, 2015.1.2. ; 조심2015지1059, 2017.3.16. ; 조심2011지0917, 2012.6.15. ; 지방세운영과-167, 2016.1.15. ; 세정-2480, 2004.8.11. 등 참조)인데, 기업부설연구소는 연구를 위한 시설로서 법인의 중추적인 의사결정과는 무관하며, 연구인력만이 근무하는 연구소로서 종전에는 본점과 연구소가 분리되어 있다가 이 건 건축물을 신축하면서 물리적으로 같은 건축물에 입주한 것에 불과한데도, 기업부설연구소용 부동산을 본점의 일부로 보아 취득세를 중과세한 부분은 잘못이라 할 것이다.

나. 처분청 의견

(1) 법인의 중추적인 의사결정 기능이나 대표이사 등 소위 핵심인력의 상주 등은 사업용 부동산이 아닌 본점 자체의 성립요건으로서, 중추적 의사결정을 수행한다는 등의 사실이 충족되어야만 사업용 부동산에 해당한다는 논리는 성립할 수 없으며, 본점에 해당하기 위한 요건과 그 본점의 사무소로서 사업용 부동산에 해당되는지 여부는 구분되어야 한다.

(가) 청구법인은 「지방세법」제13조 제1항 소정의 취득세 중과대상에 해당하기 위한 요건이라며 “대표이사 등 임직원이 상주할 것, 기획, 재무, 총무 등 법인의 전반적인 가업을 수행할 것, 법인의 중추적인 의사결정 등 주된 기능을 수행할 것”을 주장하나, 이러한 사항들은 ‘본점’에 해당하는지 여부를 판단하기 위한 기준일 뿐으로서. 이러한 본점의 판단기준과 사업용 부동산의 판단기준은 별개의 것이라 할 것인바, 본점과 본점의 사업용 부동산은 일치하는 개념으로 볼 수 없고, 본점은 수개의 사무소를 통하여 본점 본연의 성립요건을 구비하고 있으면 되는 것이고 각 사무소 하나하나가 본점 특성 모두를 보유해야 하는 것은 아니라고 할 것으로서, 대표이사 임직원의 상주 등 본점의 요건이 개별 사무소에도 각각 요구된다고 할 수는 없다 할 것이다.

「지방세법 시행령」제25조가 취득세 중과대상인 사업용 부동산에 대하여 『법 제13조 제1항에서 ‘대통령령으로 정하는 본점이나 주사무소의 사업용 부동산’이란 법인의 본점 또는 주사무소의 사무소로 사용하는 부동산과 그 부대시설용 부동산(기숙사, 합숙소, 사택, 연수시설, 체육시설 등 복지후생시설과 향토예비군 병기고 및 탄약고는 제외한다)을 말한다』라고 규정하고 있으므로, 본점의 사업용 부동산이란 법인의 본점이 사무소로 사용하는 부동산으로서, 본점이 사무소로 사용하는 부동산은 원칙적으로 모두 본점의 사업용 부동산이라 할 것이고, ‘기숙사, 합숙소, 사택, 연수시설, 체육시설 등 복지후생시설과 향토예비군 병기고 및 탄약고’를 예외적으로 본점의 사업용 부동산에서 제외하는 것일 뿐이라 할 것이며, 이러한 예외대상에 해당되지 아니하는 본점 사업용 부동산은 모두 본점의 사업용 부동산으로 보아야 하는 것으로서, 조세심판원 사례(조심 2014지2070, 2018.2.13.)에서도 “법인등기부에 본점으로 기재된 부동산의 경우에는 「지방세법 시행령」제25조는 괄호에서 열거한 복리후생시설 등과 임대용으로 사용하고 있는 부분을 제외하고는 모두 본점 사업용으로 보아야 한다”라고 해석하고 있다.

(2) 이 건 건축물에 설치된 연구소의 경우 제품의 공정개발을 위한 실험개발 등을 내용으로 한 연구개발업을 수행하기 위한 시설로 본점의 제품매출에 불가결한 사무를 영위하고 있는 것이고, 시설운영에 있어서 본점으로부터 독립된 관리 및 운용권한을 보유하고 있지 못한바 본점의 사무소로 보지 아니할 아무런 법적인 근거가 없으며, 연구개발업이란 회사의 제품개발을 위한 필수적 단계라 할 수 있는 실험개발을 분명하게 업무영역으로 두고 있는 것이고, 제품개발 없이는 제품판매가 이루어질 수 없다는 당연사실도 상기한다면 연구개발업을 영위하는 기업부설연구소가 본점의 매출에 큰 영향을 미치는 본점 사무를 수행하는 곳으로 본점의 사무소에 해당한다는 보아야 할 것이다.

청구법인은 기업부설연구소가「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」에 따른 기업부설연구소로 인정받은 사실과 기업부설연구소를 사업용 부동산으로 보지 아니한 하나의 조세심판원 결정 사례를 제시하며 취득세 중과대상이 아니라는 주장의 근거로 삼고 있으나,

위 조세심판원의 사례(조심2018지175, 2018.6.1.)는 단지 기업부설연구소라는 점만으로 사업용부동산이 아니라고 한 것이 아니라, 해당 연구소가 연구 외에 기업활동과 관련한 다른 활동을 겸하지 아니하였고 본점의 매출에 기여한바가 없다는 사실관계에 기반하여 판단한 것으로 이 건 기업부설연구소처럼 「산업입지 및 개발에 관한 법률」상 연구개발업에 종사하면서 제품의 공정개발을 위한 실험개발을 영위하는 경우와는 사실관계를 달리하여 직접 적용하기에는 적합하지 아니하다 할 것이고,

지방세법 기본통칙 13-5도 “본점이외의 장소에서 경리, 인사, 연구, 연수, 재산관리 업무 등 대외적인 거래와 직접적인 관련이 없는 내부적 업무만을 처리하고 있는 경우는 지점이 아닌 본점에 해당한다”고 해석하고 있는 점에 비추어, 처분청이 쟁점연구소에 대하여 경정청구를 거부한 처분은 적법하다 하겠다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

대도시내 신축 건축물에 본점과 기업부설연구소가 함께 입주하여 사용하고 있는 경우 당해 기업부설연구소가 대도시내 본점 사업용 부동산을 취득한 경우로서 취득세 중과세대상에 해당하는지 여부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인의 등기부상 본점 및 기업부설연구소 소재지 변동내역은 아래 ＜표3＞과 같다.

＜표3＞ 본점 및 소재지 변동 내역

(2) 청구법인은 2014.12.31.과 2015.6.26. ㈜OOO클로텍 및 ㈜OOO인터스트리와 공동으로 이 건 토지를 취득하였으며, 청구법인의 지분은 100분의 13인 것으로 확인된다.

(4) 청구법인은 2018.1.23. 이 건 건축물에 대하여 사용승인을 받아 취득하였으며, 공동건축주별 소유비율은 아래 ＜표4＞와 같다.

＜표4＞ 건축주별 소유비율

(5) 이 건 건축물의 이용현황은 아래 그림과 같다.

[단면도]

(2) 이상의 관련 법령과 사실관계를 종합하여 살펴본다.

(가) 「지방세법」제13조 제1항에서는 「수도권정비계획법」제6조에 따른 과밀억제권역에서 본점이나 주사무소의 사업용 부동산을 중과대상으로 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제25조에서는 사업용 부동산의 범위를 본점이나 주사무소의 사무소로 사용하는 부동산과 그 부대시설용 부동산으로 규정하고 있다.

(나) 이 건 부동산에 설치된 기업부설연구소는 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법령에 따라 연구인력 및 시설 등 요건을 갖추어 인정된 기업부설연구소로서, 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」제14조의4 제1호, 같은 법 제14조의3 제1항 제7호에서 기업부설연구소등에 근무하는 자는 연구개발 활동과 관련된 업무 외에 생산ㆍ판매ㆍ영업 등의 기업활동과 관련된 다른 업무를 겸하지 않도록 규정하고 이를 위반하는 경우 기업부설연구소등의 인정을 취소할 수 있도록 하고 있어 기업부설연구소는 연구개발 활동만을 담당할 뿐 생산ㆍ판매ㆍ영업 등의 기업활동과 관련된 다른 업무를 겸하지 않는 것으로 보이는 점, 독립된 연구소, 연구단지, 연구개발부서 등 다양한 규모와 형태의 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서를 본점 사무소의 부대시설로 보기는 어려운 점, 청구법인들이 본점사무실과 별도로 연구동에 기업부설연구소를 설치하여 본점 사무실과 구분하여 관리하고 있는 점 등을 종합하면, 처분청이 이 건 부동산 중 기업부설연구소용 부동산을 본점 사업용 부동산으로 보아 취득세 등 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.(조심2018지175, 2018.6.1., 같은 뜻임)

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」 제96조 제6항과 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세법

제13조(과밀억제권역 안 취득 등 중과) ① 「수도권정비계획법」 제6조에 따른 과밀억제권역에서 대통령령으로 정하는 본점이나 주사무소의 사업용 부동산(본점이나 주사무소용으로 신축하거나 증축하는 건축물과 그 부속토지만 해당하며, 「신탁법」에 따른 수탁자가 취득한 신탁재산 중 위탁자가 신탁기간 중 또는 신탁종료 후 위탁자의 본점이나 주사무소의 사업용으로 사용하는 부동산을 포함한다)을 취득하는 경우와 같은 조에 따른 과밀억제권역(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」을 적용받는 산업단지·유치지역 및 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」을 적용받는 공업지역은 제외한다)에서 공장을 신설하거나 증설하기 위하여 사업용 과세물건을 취득하는 경우의 취득세율은 제11조 및 제12조의 세율에 중과기준세율의 100분의 200을 합한 세율을 적용한다.

(2) 지방세법 시행령

제25조(본점 또는 주사무소의 사업용 부동산) 법 제13조제1항에서 “대통령령으로 정하는 본점이나 주사무소의 사업용 부동산”이란 법인의 본점 또는 주사무소의 사무소로 사용하는 부동산과 그 부대시설용 부동산(기숙사, 합숙소, 사택, 연수시설, 체육시설 등 복지후생시설과 예비군 병기고 및 탄약고는 제외한다)을 말한다.