[사건번호]조심2013광1537 (2014.01.20)

[세목]법인[결정유형]취소

[결정요지]약 20년 동안 외국인교육단체로 적법하게 등록?운영되었으나, 1998년 국가정책적으로 외국인단체의 토지취득이 제한되면서 교육단체등록이 연장되지 아니한 점이나 청구법인의 건축물이 「도시 및 주거환경정비법」상 정비구역에 소재하였음에도 2011.11월경 건축허가신청 반려처분이 취소되어 건축허가가 된 것을 보면 청구법인의 귀책사유가 아닌 다른 이유로 교육단체등록 연장이나 건축허가가 이루어지지 아니한 것으로 보이는 점,청구법인이 약 65년 동안이나 사실상 학교와 다름없이 교육서비스업을 제공하여 오면서, 교육당국에서도 상급학교 진학에 문제가 없는 점과 화교학교의 특수성을 고려하여 학교 폐지보다 정상화를 위해 노력할 예정이라는 의견을 제시한 사실이 있는 점, 법원도 이러한 점을 참작하여 초?중등교육법 위반사건에 대하여 형의 선고를 유예한 점, 처분청도 청구법인이 교육서비스업을 제공한 것으로 보아 부가가치세를 면세한 점, 청구법인과 같은 화교학교들에 대한 과세사례도 제시되지 아니한 점 등을 종합하면 청구법인이 65년 동안 제공한 교육서비스업에 대하여는 이미 비과세관행이 성립되었다고 봄이 타당함

[관련법령] 법인세법 제3조 / 법인세법 시행령제2조

OOO세무서장이 청구법인에게 한 법인세 2006사업연도 OOO원,2007사업연도 OOO원, 2008사업연도 OOO원, 2009사업연도 OOO원, 2010사업연도 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 1948년 3월경 광주광역시 및 전라남도에 거주하는 화교들의 초·중등과정 교육을 위하여 설립되었고, 1978년 12월경 문교부에 외국인단체등록을 하였으나, 1998년 「외국인의 토지취득 및 관리에 관한 법률」(이하 “외국인토지법”이라 한다)의 개정으로 외국인단체의 토지소유면적이 제한되면서 학교 허가등록을 연장받지 못한 상태에서 현재까지 소학교를 운영하고 있고, 2012.4.30. 「국세기본법」 제13조 제2항에 의하여 법인으로 보는 단체 신청을 하여 처분청으로부터 고유번호증을 교부받았다.

나. 처분청은 청구법인이「초·중등교육법」에 따라 설립된 학교에 해당되지 아니하고, 법인세 과세대상인 수업료 및 식당수입금액을 신고하지 아니하였다고 보아 2013.1.4. 청구법인에게 법인세 2006사업연도 OOO원, 2007사업연도 OOO원, 2008사업연도 OOO원, 2009사업연도 OOO원, 2010사업연도 OOO원을 결정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2013.3.29. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 비록 「초·중등교육법」에 따라 설립된 학교는 아니지만, 1948년 3월경부터 ‘학교’라는 명칭을 사용하면서 교육서비스를 제공하고 있고, 교육당국으로부터 폐교조치를 받은 사실도 없으므로 청구법인의 수익사업은 「법인세법 시행령」 제2조 제1항 제3호에 따라 법인세가 과세되는 수익사업에서 제외하여야 한다.

(가) 청구법인은 1998년 외국인토지법이 개정되어 부득이하게 주무관청의 허가나 인가를 받지 못하게 되었으나, 비영리단체로서 유치원생과 초등학생들에게 교육서비스를 제공한 것은 사실이고, 교육당국도 화교학교의 특성을 반영하여 학교폐쇄조치를 취하지 아니하고 양성화를 위한 조치를 실시하면서 최소한의 관리감독기능을 유지해오고 있다. 결국청구법인은 실질적으로 교육서비스업을 영위하고 있으나형식적으로 주무관청의 인가를 받지 못한 것이고,「법인세법」,「부가가치세법」등 각종 세법에서 교육서비스업을 영위하는자에해당하는 경우에는 세금을 부과하지 아니하는 면제대상에해당된다고 볼 것이므로 청구법인에게 부과한 법인세는 위법·부당하다.

(나) 현재 국내에 존재하는 화교학교는 약 25곳에 이르고 그 중 청구법인과 마찬가지로 미인가 상태로 교육시설을 운영하는 곳은 대전, 평택, 천안 등 총 7곳에 이르나 위 미인가 상태의 화교학교들 중 법인세 등 부과처분을 받은 곳은 없다. 그렇다면 처분청의 이 건 법인세 부과처분은 조건이나 환경이 비슷한 다른 화교학교와의 과세의 형평성이 결여된 처분이라 할 것이므로 취소하여야 한다.

(다) 교육서비스업 중 「초·중등교육법」에 따른 학교를 법인세 부과대상에서 제외하고 있는 취지는 학교가 비영리단체이고 그 수익을 따로 배분하지 않는 등 사회기반시설로서 법인세를 부과하는 경우 국민전체에 대한 세금부과효과가 나타나게 됨으로써 국민생활에 크나큰 영향을 미칠 뿐만아니라 교육서비스가 사업화되는 것을 방지하기 위한 것이다. 이러한 입법취지를 망각하고 1948년부터 현재까지 수십년간 교육서비스를 제공한 청구법인에 대하여 단지 「초·중등교육법」상 정당한 학교로서 인가를 받지 않았다는 점만을 강조하여 엄격한 문리해석을 하여 법인세를 과세하는 것은 비과세의 목적을 망각한 정당하지 못한 과세처분이다.

(라) 학생수 감소와 인건비 상승 등 재정여건이 열악하고 어려운 여건에 처한 화교학교에 대하여 국가적인 지원을 못하더라도 조세법리에도 반하는 부당한 과세처분으로 화교 및 화교자녀들의 교육받을 권리까지 박탈하는 처분은 취소하여야 한다.

(2) 「국세기본법」제18조 제3항은 ‘세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다’고 규정하고 있는바, 청구법인은 1998년경부터 교육당국의 정식 인가나 허가를 득하지 못하고 교육사업을 영위하였으나 약 15년동안 과세대상에서 제외되었기 때문에 이는 납세자 뿐만아니라 과세관청도 관행적으로 과세대상에서 제외시킨 결과 법인세 비과세가 관행되었다고 보아야 한다. 따라서 아무런 설명도 없이 기존의 관행을 변경한 과세처분은 「국세기본법」제18조의 규정에 위반된 것이므로 취소하여야 한다.

(3) 청구법인은 약 65년 동안 우리나라에 거주하는 화교들을 위한 학교로 운영되었고, 외국인토지취득관련 제한으로 부득이하게 외국인교육기관등록이 연장되지 못하였으나, 교육당국의 배려 등으로 정상적인 학교와 다름없이 운영하여 학교운영에 특별한 장애가 없었음에도 불구하고 이제 와서 소급하여 5년간의 법인세를 부과하면서 과중한 신고 및 납부불성실가산세, 지급조서미제출가산세까지 부과하는 것은 부당하다.

(가) 청구법인은 정식 학교로 등록하기 위하여 건축허가를 신청하고, OOO로 등록하고자 하였으나, 2009년경부터 민원을 제기당하여 정식 학교로의 등록절차를 이행하지 못하였다.

(나) 청구법인은 광주광역시 동구청장에게 건축허가신청을 하였으나 청구법인이 정식 화교학교로 인가를 받게 되면 당시 청구법인 일대의 재개발사업 추진이 어려워진다면서, 동구청장은 청구법인의 건축허가신청을 불허하였다. 다행히 광주광역시 행정심판위원회에서 건축허가불허처분을 취소하여 청구법인은 겨우 적법하게 건축물신고를 하였고, 청구법인은 이 건 심판청구 결과를 확인한 후 외국인학교 설립절차를 진행하여 2014년 12월까지 완료할 예정이다.

(다) 청구법인은 외국인학교 등으로 정식 학교 등록을 하여야 마땅하지만, 그 동안 각종 악성민원과 재개발추진위원회와의 갈등 등으로 인하여 원만하게 절차를 진행하지 못하고 현재에 이르고 있으나 향후 적극적으로 각종 법률을 준수하면서 화교들의 교육을 위하여 최선의 노력을 경주할 예정이다.

나. 처분청 의견

(1) 처분청은청구법인의 수업료수입 및 식당수입액을 「법인세법」 제3조 제3항 1호 및 「법인세법 시행령」 제2조 제1항에 열거된 비영리법인의 수익사업으로 보고 과세하였고, 청구법인은 「법인세법 시행령」 제2조 1항 3호의 “교육서비스업중 「유아교육법」에 따른 유치원, 「초·중등교육법」및「고등교육법」에 따른 학교”에 해당하므로 수익사업의 범위에제외하여야 한다고 주장하고 있으나,청구법인은 「초·중등교육법」에 따라 설립·운영되지 아니한 사실이 확인된다. 조세법률주의 하부원칙인 세법 해석상 원칙 및 「국세기본법」 제18조 세법해석 기준에 의거 비영리법인의 수익사업 범위및 과세제외 요건은 열거된 세법 문언에 따라 엄격해석하여 적용하여야 하므로, 처분청은엄격해석원칙에 따라 비영리법인의 수익사업 범위를 확정하였고, 청구법인은「초·중등교육법」에 의한 학교에 해당하지 아니하므로 이 건처분은 정당하다.

(2) 가산세 감면은 「국세기본법」상 기한연장사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한데 대한 정당한 사유가 있는 경우에 가능하나, 민원 해결 때문에 정식학교로 등록절차를 이행하지 못했다는 등의 청구주장은 「국세기본법」상 기한연장사유나 납세자가 의무를 이행하지 아니한데 대한 정당한 사유가 있는 경우에 해당하지 아니하므로 가산세 적용대상이라고 판단된다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 청구법인을 「초·중등교육법」상 학교에 해당하지 아니한다고 보아 법인세를 부과한 처분의 당부

② 가산세 부과처분의 당부

나. 관련법령 : [별첨] 참조

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 주장 및 제출증빙 등은 아래와 같다.

(가) 청구법인은 대만 국적과 대한민국 영주권을 가지고 광주·전남지역에 거주하는 화교들의 초·중등 교육과정 교육을 위하여1948년 3월경 OOO에 설립되었고, 1978년 12월 OOO’라는 명칭으로 문교부에 외국인단체등록을 하여 사실상의 학교로 등록되어 운영되었으나, 1998년 외국인토지법에서 외국인의 토지취득을 물권 및 임차권으로 제한하면서 학교허가등록을 연장받지 못한 상태에서 현재까지 운영되고 있으며, 학교시설은 5필지 토지 4,737㎡ 및 4개동 건물 1,540㎡, 2011년 현재 학생은 유치원 25명과 초등학교 1～6학년 총 116명이고 교직원은 10명이다.

(나) 청구법인이 국내법상 정식 학교로는 인정받지 못하였지만, 청구법인 졸업생들은 중국이나 대만에서 졸업학력을 인정받고 있으며, 국내 초등학교 동일학년에 편입학이 가능하므로 사실상 학력인정이 되고 있다.

(다) 청구법인은 1948년 3월 개교이래 교육당국으로부터 「초· 중등교육법」 제65조의 규정에 따른 폐쇄조치를 받은 사실이 없으므로 학교로 인정받아 온 것을 반증하는 것이며, 2010년 광주광역시 동부교육지원청 교육장은 ‘OOO에 대한 교육지원청 의견서’를 통하여, 청구법인은 60여년간 유치원 및 초등교육과정에 맞는 교육을 실시하고 있고, 학생들이 상급학교에 진학하는 것이 문제가 없었으며, 현재까지도 많은 사람들이 화교의 존치를 희망하고 있음을 확신한다고 하고, 화교 자녀들의 기본적 교육 등 사회적 파장을 우려하여 정상화를 조건으로 무인가·무허가 학교에 대한 특별조치를 유예한다고 함으로써 청구법인에 대하여 사실상 학교로 인정하여 지휘·감독하고 있다는 객관적인 증거를 보여주고 있다.

(라) 2011년 12월 광주광역시가 주관하는 ‘한·중 청소년 축제’에 관하여 광주광역시는 청구법인에 보낸 공문을 통하여 위 행사에 적극 참여해 줄 것을 요청하는 등 광주광역시에서도 청구법인을 사실상 학교로 인정하고 있다고 볼 것이고, 2011.12.30. 건축허가 통지서를 보더라도 주요 용도가 교육연구시설을 허가한 것으로서 오랜 기간 동안 무허가 건축물로 있던 것을 학교 건물로 인정한 것으로 볼 수 있다.

(마) 광주지방법원의 초·중등교육법위반 사건(2011고정1514호, 2011.9.23. 선고) 판결문에 의하면, ‘사립학교의 설립은 광역시 교육감의 인가를 받아야 함에도 불구하고 설치인가를 받지 아니하고 학교의 명칭을 사용하여 학생을 모집하여 사실상 학교의 형태로 운영하였으나, 청구법인이 60년이 넘도록 교육시설로 존속하였던 점, 학교인가를 받기 위하여 노력하고 있는 점 등을 참작하여 선고를 유예한다’고 함으로써 청구법인이 여러 가지 사정상 정식 학교로 인정받지 못하고 있으나, 사실상의 운영형태가 학교이고 과거 60여년간 학교로서 운영되어 온 점 등을 이유로 비록 현행법상의 학교로 인정받지는 못하고 있는 것은 사실이나 처벌받을 만큼의 죄는 없다고 판단하였다.

(바) 국내 화교학교는 약 25곳에 이르며, 그 중 청구법인과 마찬가지로 미인가 상태로 교육시설을 운영하고 있는 곳은 대전, 평택, 천안, 아산, 논산, 충남 등 총 7곳에 이르나 위 화교학교 중 행정관청으로부터 폐교조치를 받은 곳은 없고, 법인세 등 과세처분을 받은 곳도 없다. 처분청의 과세는 형평성에 반하고, 청구법인에 가한 재정상 타격으로 실질적으로 폐교조치와 다름없으며, 교육당국의 지원정책과도 배치되고, 한중 양국간의 유대관계에도 나쁜 영향을 미치고 있다.

(사) 청구법인이 제출한 광주광역시 행정심판위원회 결정(2011.11.7.)에 의하면, 청구법인의 건축물은 무허가 상태로 있다가 최근 위반사실이 적발되어 이행강제금이 부과되었고, 청구법인은 동 이행강제금을 납부한후 건축허가를 신청하였으며, 광주광역시 동구청장은 재개발조합이 건축허가시 사업추진이 불가능하다는 의견을 받고 건축허가 불허처분을 하였으나, 위 위원회는 단순히 조합의 의견을 근거로 건축허가를 불허한 처분은 부당하다고 하여 건축허가 불허처분을 취소한 사실이 나타난다.

(2) 처분청 과세근거 등은 아래와 같다.

(가) 처분청이 2012년 12월경 작성한 과세자료처리 복명서에 의하면 아래와 같은 내용이 나타난다.

1) 당초 학교법인 OOO(OOO, 이사장 : 손OOO)에 대해 2011.10.4.～2011.11.4.까지 처분청에서 실시한 법인통합조사(조사대상기간 : 2004.1.1.～2011.6.30.) 결과 주무관청에 인가·허가를 받거나 등록된 사실이 없고 그 운영에 관하여 주무관청의 일반적인 지도·감독을 받은 사실이 없어(광주광역시 동부교육지원청 평생사회협력과-8433, 2011.8.9.) 「부가가치세법」 제12조(면세) 제1항 6호 및 「부가가치세법 시행령」 제30조(교육용역의 범위)에 해당하지 아니하여 부가가치세 과세대상이며, 「법인세법 시행령」 제2조(수익사업의 범위)의 수익사업 제외규정 중 제1항 3호의「초·중등교육법」및「고등교육법」에 따른 학교에 해당하지 아니하므로 수익사업의 범위에 해당하여 법인세 납세의무가 있으므로, 조사 시 확보한 장부 등에 의해 무신고한 학교수입(수업료 등) 및 식당수입, 교사급여에 대해 부당무신고가산세를 적용한 2006년 1기～2011년 1기 부가가치세 OOO원, 2006사업연도～2010사업연도 법인세 OOO원, 원천세 OOO원 총합계 OOO원을 결정하여 2011.11.21. 세무조사결과 통지하였다.

2) 처분청의 세무조사결과 통지에 대해, 청구법인은 2011.12.20. 과세전적부심사를 청구하여 학교법인 OOO는 1978년 12월에 문교부의 인가를 받았으나 외국인토지취득법령에 의해 외국인단체의 토지소유 면적이 제한되면서 학교허가등록을 연장받지 못하였을 뿐 60여년간 국내 초등학교 동일학년 편입학을 허락받아 왔고, 주무관청에서 사실상 학교로 인정하여 지휘·감독하여 왔으므로 부가가치세법상 면세대상에 해당되어 과세처분을 취소하여야 한다고 주장하였고, 과세관청은 학교법인 OOO와 OOO와의 구체적 관련성 규명 및 주무관청의 실제 지휘·감독을 사실상 인정하고 있는 부분이 추가로 더 있는지에 대해 재조사 결정(2012.1.16.)하였다.

3) 처분청은 학교법인 OOO에 대한 재조사를 실시(2012.1.30.～2012.2.17.)하여, 학교법인 OOO는 1978년 11월에 법무부에 외국인단체로 등록을 하였으며, OOO는 1978년 12월에 문교부에 외국인단체로 등록하였고, 학교법인 OOO와 OOO의 정관, 이사회명단, 당기순이익 적립금 내역, 광주지방법원 판결문(2011고정1514 초·중등교육법위반, 판결선고 2011.9.23) 등 제반서류 검토한바, 학교법인 OOO와 OOO는 각각 별개의 단체이며 실제 교육용역의 공급주체는 OOO로 확인하였고, 학교법인 OOO가 2011.12.20. 과세전적부심사청구 시 증빙자료로 제출한 ‘OOO에 대한 교육지원청 의견서’(광주광역시 동부교육지원청), ‘한·중 청소년 문화교류행사 참여요청’(광주광역시) 외에 주무관청의 실제 지휘·감독에 대한 추가 증빙자료는 없다고 확인하였다.

4) 당초 학교법인 OOO에 대한 조사 시 학교법인 OOO와 OOO가 동일한 소재지에 있었으나 법인등기부등본 등에 의해 개별단체로 판단할 공부상 기록이 없었으며, 조사 당시 학교법인 OOO와 OOO로부터 이의제기가 없어 동일 단체가 상황에 따라 명칭만 달리한 것으로 판단하였고 과세전적부심사청구 시에도 별개의 단체임을 주장하고 있지 않으나, 추후 이의신청 등 불복청구 과정에서 학교법인 OOO와 OOO의 이사회가 각각 존재하는 별개의 단체로 주장하는 등 조세쟁송이 예상되어 과세주체에 대한 명확한 규명이 필요하므로, 재조사 내용과 같이 학교법인 OOO의 세무조사결과 통지를 취소하고 실제 교육용역의 공급주체로 확인된 OOO를 조사대상자로 선정하여 조사관리팀에 인계하였으며, 실제 교육용역의 공급주체인 OOO에 대해 조사하고자 OOO지방국세청에 조사대상 선정 승인 요청(조사과-666, 2012.4.25.)을 하였으나, 학교법인 OOO에 대한 조사 시 과세에 필요한 객관적인 증빙자료가 기 확보되어 과세자료로 처리 가능하므로 과세자료처리지침에 따라 제세 결정하라는 내용으로 조사대상 선정 불승인 통보(OOO지방국세청 조사관리과-844, 2012.4.30) 되었고 이에 과세자료로 자료파생되었다.

5) 처분청의 과세자료 처리 내용을 보면, OOO는 과세자료 처리 대상기간인 2006년～~2011년까지 부가가치세 등 제세 무신고함이 확인되므로 「국세기본법」 제26조의2(국세부과의 제척기간) 제2호의 규정에 따라 7년의 부과제척기간을 적용하였고, OOO가 외국인토지취득법령에 의해 외국인단체의 토지소유 면적이 제한되면서 학교허가등록을 연장받지 못하였고 학교 소재 부지가 개발제한구역으로 묶여 정규건축물로 등재할 수 없어 교육시설물로 인가받지 못했던 점, 학교법인 OOO 조사 시 수입금액 등에 대한 장부 등을 작성하여 기록하고 있었던 점으로 미루어 미등록 상태의 교육용역 제공행위가 「조세범처벌법」 제3조 제6항의 “조세의 부과나 징수를 불가능하게 하거나 현저하게 곤란하게 하는 적극적인 행위인 사기나 그 밖의 부정한 행위”로 보기 어려워 제47조의2(무신고가산세) 제1항에 따라 무신고가산세 20%의 세율을 적용함이 타당하다고 판단하였으며, OOO는 2012.4.3. 법인으로 보는 단체 승인을 받았으나 2006년 1기～2011년 1기까지는 미등록 상태였으므로 「부가가치세법」제22조(가산세) 제1항에 의거 공급가액의 1%를 적용하였고, OOO에서 2006년～2010년까지 교사급여로 OOO원을 지급하였으나 「소득세법」 제164조(지급명세서의 제출)규정에 의한 지급명세서 미제출하였음이 확인되므로 「법인세법」 제76조(가산세) 제7항에 의거 지급조서미제출 가산세 2%를 적용하고자 하며, 광주화교소학교의 2006년 1기～2011년 1기 매출액 OOO원 및 2006사업연도～2010업연도 수입금액 OOO원, 2006년～2010년 교사급여 지급액 OOO원에 대해 가산세 포함하여 제세 경정하고자 한다는 내용이 나타난다.

6) 처분청 심리자료에 의하면, 상기 검토내용과 같이 OOO는 과세자료 처리 대상기간인 2006년～2011년까지 주무관청에 인가·허가를 받거나 등록된 사실이 없고 그 운영에 관하여도 주무관청의 일반적인 지도·감독을 받은 사실이 없으므로 「부가가치세법」 제12조 제1항 6호의 교육인적용역에 해당하지 아니하여 부가가치세 과세대상이며, 또한, 「초·중등교육법」 및 「고등교육법」에 따른 학교에 해당하지 아니하므로 「법인세법 시행령」 제2조의 수익사업의 범위에 해당하여 법인세 납세의무가 있으므로 무신고한 학교 수입(수업료 등) 및 식당 수입, 교사 급여에 대해 「국세기본법」 제26조의2(국세 부과의 제척기간) 제2호, 「부가가치세법」 제21조(결정 및 경정) 및 제22조(가산세), 「법인세법」 제26조(결정 및 경정) 및 제76조(가산세), 「소득세법」 제127조(원천징수의무) 및 「국세기본법」 제47조의5(원천징수납부 등 불성실가산세)의 규정에 의거 2006년 1기～2011년 1기 부가가치세 OOO원, 2006사업연도～2010사업연도 법인세 OOO원, 원천세 OOO원 총합계 OOO원을 결정하여 고지하고자 한다는 내용이 나타난다.

(나) 처분청의 과세전적부심사결정서에 의하면, 처분청은 2012.10.26. 청구법인에 대하여 2006년 제1기부터 2011년 제1기까지 부가가치세 OOO원 및 법인세 OOO원 등을 부과하겠다고 과세예고하였고, 처분청은 청구인의 과세전적부심사청구에 대하여, 감독기관의 실질적 지휘·감독이 있었고 교육서비스를 제공한 것은 사실이라고 보아 부가가치세 과세예고는 취소하였으나, 「초·중등학교법」에 의한 학교에는 해당되지 아니한다고 보아 법인세는 과세예고가 타당하다는 결정을 하였다.

(다) 처분청 심리자료에 나타나는 광주광역시 동부교육지원청이 처분청에 회신(교육지원국 학생복지건강과-9736, 2012.11.30.)한 ‘학교정화구역지정 이력 조회서’에 의하면, 청구법인 소재지는 1982.2.26. 학교정화구역으로 지정되었다가 2000.5.8. 학교정화구역에서 폐지된 것으로 나타나며, 폐지 사유는 「학교보건법」 제2조에 규정한 ‘학교’에 해당하지 않기 때문이라는 내용이 나타난다.

(3) 살피건대, 청구법인 주장 및 처분청이 확인한 바에 의하면, 청구법인은 1948년 3월경 국내 거주하는 화교들의 초·중등과정 교육을 위하여 설립되었고, 1978년 12월경 문교부에 외국인교육단체로 등록되어 사실상 학교와 다름없이 교육과정을 운영하고 교육서비스를 제공하였으나 1998년경 외국인토지취득관련 법령이 개정되어 문교부의 외국인교육단체등록이 연장되지 못한 것으로 나타나고 이후 「초·중등교육법」 등 관련법령에 따라 인가를 받은 사실은 없는 것으로 나타나므로 청구법인은 「법인세법 시행령」 제2조(수익사업의 범위) 제1항 3호에서 규정한 ‘「유아교육법」에 따른 유치원·「초·중등교육법」에 의한 학교’에는 해당하지 아니한다고 판단된다.

그러나, 청구법인이 1948년 설립되어 현재까지 이미 약 65년 동안이나 사실상 학교와 다름없이 교육과정을 운영하면서 교육서비스를 제공하여 온 점, 1978년부터 약 20년 동안은 외국인교육단체로 등록되어 적법하게 학교로 운영된 점, 1998년경 부터는 관련법령의 개정으로 외국인교육단체등록이 이루어지지 못한 것으로 보이는 점, 청구법인의 건축물이「도시 및 주거환경정비법」상의 정비구역에 소재하게 되었음에도 2011년 11월경 건축허가신청 반려처분이 취소되어 건축허가가 난 것을 보면 그 이전부터 청구법인의 귀책사유가 아닌 다른 이유로 건축허가가 나지 아니하여 청구법인이 미인가학교로 존치하게 된 것으로 보이는 측면, 교육당국에서도 청구법인이 약 60년간 유치원 및 초등교육과정에 맞는 교육을 실시하고 있었고, 상급학교에 진학하는데 문제가 없었으며 많은 사람들이 화교학교의 존치를 희망하고 있음을 확인하고 화교학교의 특수성을 고려하여 학교 폐지보다는 정상화를 위한 최선의 법적조치를 위할 예정이라는 의견을 제시한 사실이 있는 점, 광주광역시에서도 청구법인을 한·중 청소년 문화교류행사에 참여시킨 사실이 있는 점, 법원도 청구법인 대표의「초·중등교육법」위반사건에 대하여 청구법인이 60년이 넘도록 교육시설로 존치해왔고 학교인가를 받기 위하여 노력하고 있는 점 등을 참작하여 유죄로 인정은 하였지만 형의 선고는 유예한 점, 처분청도 청구법인이 교육서비스를 제공하고 있다고 보아 부가가치세를 면제한 점, 청구법인은 약 65년 동안 교육서비스를 제공하면서 법인세를 신고한 사실이 없고 과세관청도 약 65년 동안 청구법인이 현재와 같은 형태의 교육서비스를 공공연히 제공하고 있는 사실을 충분히 인지하고 있다고 보임에도 화교학교인 점 등 특수한 사정을 고려하여 암묵적으로 과세를 하지 아니한 것으로 보이는 점, 청구법인과 같은 상황에 처해 있는 화교학교에 대한 과세사례도 제시되지 아니한 점 등을 종합해보면 청구법인이 약 65년 동안 화교들에게 제공한 교육서비스업에 대하여는 「국세기본법」제18조 제3항의 비과세관행이 성립되었다고 보는 것이 타당하다고 판단된다. 따라서 처분청이 이러한 비과세관행이 성립한 청구법인의 교육서비스업에 대하여 소급하여 이 건 법인세를 과세한 것은 잘못이 있다고 판단된다.

(4) 쟁점①이 인용되어 쟁점②는 심리실익이 없으므로 심리를 생략한다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

[별첨] 관련법령

(1) 쟁점① 관련

(가) 법인세법 제3조【과세소득의 범위】① 법인세는 다음 각 호의 소득에 대하여 이를 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호 및 제3호의 소득에 대하여만 이를 부과한다.

1. 각 사업연도의 소득

2. 청산소득

3. 제55조의2 및 제95조의2에 따른 토지 등 양도소득

③비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

1. 제조업, 건설업, 도·소매 및 소비자용품수리업, 부동산·임대 및 사업서비스업 등 수익이 발생하는 사업으로서대통령령이 정하는 것

7. 제1호부터 제6호까지의 규정 외에 대가를 얻는 계속적 행위로 인하여 생기는 수입으로서 대통령령으로 정하는 것

(나) 법인세법 시행령 제2조【수익사업의 범위】 ① 「법인세법」(이하 "법"이라 한다) 제3조 제3항 제1호에서 "대통령령이 정하는 것"이란 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류(이하 "한국표준산업분류"라 한다)에 의한 각 사업 중 수익이 발생하는 것을 말한다. 다만, 다음 각 호의 사업을 제외한다.

3.교육서비스업 중 「유아교육법」에 따른 유치원·「초·중등교육법」 및 「고등교육법」에 의한 학교와 「평생교육법」에 의한 원격대학 형태의 평생교육시설을 경영하는 사업

(다) 초· 중등교육법 제2조【학교의 종류】초·중등교육을 실시하기 위하여 다음 각 호의 학교를 둔다.

1. 초등학교·공민학교

2. 중학교·고등공민학교

3. 고등학교·고등기술학교

4. 특수학교

5. 각종학교

제3조【국립·공립·사립 학교의 구분】제2조 각 호의 학교(이하 "학교"라 한다)는 설립주체에 따라 다음 각 호와 같이 구분한다.

1. 국립학교: 국가가 설립·경영하는 학교

2. 공립학교: 지방자치단체가 설립·경영하는 학교(설립주체에 따라 시립학교·도립학교로 구분할 수 있다)

3. 사립학교: 법인이나 개인이 설립·경영하는 학교

제4조【학교의 설립 등】 ① 학교를 설립하려는 자는 시설·설비 등 대통령령으로 정하는 설립 기준을 갖추어야 한다.

② 사립학교를 설립하려는 자는 특별시·광역시·특별자치시·도·특별자치도 교육감(이하 "교육감"이라 한다)의 인가를 받아야 한다.

③ 사립학교를 설립·경영하는 자가 학교를 폐교하거나 대통령령으로 정하는 중요 사항을 변경하려면 교육감의 인가를 받아야 한다.

제60조【각종학교】 ① "각종학교"란 제2조 제1호부터 제4호까지의 학교와 유사한 교육기관을 말한다.

② 각종학교는 그 학교의 이름에 제2조 제1호부터 제4호까지의 학교와 유사한 이름을 사용할 수 없다.

③ 각종학교의 수업연한, 입학자격, 학력인정, 그 밖에 운영에 필요한 사항은 교육과학기술부령으로 정한다.

제60조의2【외국인학교】① 국내에 체류 중인 외국인의 자녀와 외국에서 일정 기간 거주하고 귀국한 내국인 중 대통령령으로 정하는 사람을 교육하기 위하여 설립된 학교로서 각종학교에 해당하는 학교(이하 "외국인학교"라 한다)에 대하여는 제7조, 제9조, 제11조부터 제16조까지, 제21조, 제23조부터 제26조까지, 제28조, 제29조, 제30조의2, 제30조의3, 제31조, 제31조의2, 제32조부터 제34조까지 및 제34조의2를 적용하지 아니한다.

② 외국인학교는 유치원·초등학교·중학교·고등학교의 과정을 통합하여 운영할 수 있다.

③ 외국인학교의 설립기준, 교육과정, 수업연한, 학력인정, 그 밖에 설립·운영에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(라) 국세기본법 제15조【신의·성실】납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다.

제18조【세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지】① 세법을 해석·적용할 때에는 과세의 형평과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대해서는 그 성립 후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다.

③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.

(2) 쟁점② 관련

(가) 법인세법 제76조【가산세】 ⑦ 납세지 관할세무서장은 제120조ㆍ제120조의2 또는 「소득세법」 제164조ㆍ제164조의2에 따른 지급명세서를 제출하여야 할 내국법인이 같은 법 제164조 제1항ㆍ제164조의2 제1항에 따른 기한내에 이를 제출하지 아니하였거나 동조의 규정에 의하여 제출된 지급명세서가 대통령령으로 정하는 불분명한 경우에 해당하는 경우에는 그 제출하지 아니한 분의 지급금액 또는 불분명한 분의 지급금액의 100분의 2에 상당하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다. 이 경우 산출세액이 없는 때에도 가산세는 징수한다.

(나) 소득세법 제164조【지급조서의 제출】① 제1조의 규정에 의하여 소득세 납세의무가 있는 개인에게 다음 각호의 1의 소득에 해당하는 소득금액 또는 수입금액을 국내에서 지급하는 자(법인을 포함하며, 제127조 제6항의 규정에 의하여 소득금액의 지급을 대리하거나 그 지급을 위임 또는 위탁받은 자 및 제150조의 규정에 의한 납세조합을 포함한다)는 대통령령이 정하는 바에 의하여 지급조서를 그 지급일(제73조 제1항 제5호의 소득으로서 대통령령이 정하는 소득과 제135조 제2항ㆍ제3항, 제147조 제2항 내지 제4항의 규정을 적용받는 소득에 대하여는 당해 소득금액 또는 수입금액에 대한 과세연도 종료일을 말한다)이 속하는 연도의 다음 연도 2월 말일(휴업 또는 폐업한 경우에는 휴업일 또는 폐업일이 속하는 달의 다음 다음달 말일)까지 원천징수 관할세무서장ㆍ지방국세청장 또는 국세청장에게 제출하여야 한다. 다만, 제4호의 근로소득 중 대통령령이 정하는 일용근로자의 근로소득으로서 근로계약이 과세기간 중에 종료되는 경우에는 근로계약이 종료되는 날이 속하는 분기의 마지막 달의 다음달 말일까지 제출하여야 한다. (2005. 12. 31. 단서신설)

4. 근로소득 또는 퇴직소득 (1994. 12. 22. 개정)

② 제1항 각호의 소득 중 대통령령이 정하는 소득에 대하여는 제1항의 규정을 적용하지 아니할 수 있다. (1994. 12. 22. 개정)

(다) 국세기본법 제47조의2【무신고가산세】① 납세자( 「부가가치세법」 제29조에 따라 납부의무가 면제된 자는 제외한다)가 법정신고기한까지 세법에 따른 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 세법에 따른 산출세액(법인세의 경우에는 「법인세법」제55조의2에 따른 토지등 양도소득에 대한 법인세를 포함하고, 상속세와 증여세의 경우에는 「상속세 및 증여세법」 제27조 또는 제57조에 따라 가산하는 금액을 포함하며, 부가가치세의 경우에는 「부가가치세법」 제17조 및 제26조 제2항에 따른 납부세액을 말한다. 이하 이 절에서 "산출세액"이라 한다)의 100분의 20에 상당하는 금액을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다. 다만, 대통령령으로 정하는 복식부기의무자(이하 이 절에서 "복식부기의무자"라 한다) 또는 법인이 소득세 과세표준신고서 또는 법인세 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 산출세액의 100분의 20에 상당하는 금액과 수입금액에 1만분의 7을 곱하여 계산한 금액 중 큰 금액을 납부할 소득세액 또는 법인세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다.

제47조의5【납부·환급불성실가산세】① 납세자가 세법에 따른 납부기한까지 국세를 납부하지 아니하거나 납부한 세액이 납부하여야 할 세액에 미치지 못하는 경우에는 다음 계산식을 적용하여 계산한 금액을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다. 다만, 「인지세법」 제8조 제1항에 따라 인지세를 납부하지 아니하였거나 납부한 세액이 납부하여야 할 세액에 미치지 못하는 경우에는 그 납부하지 아니한 세액 또는 부족한 세액의 100분의 300을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다.

납부하지 아니한 세액 또는 부족한 세액 × 납부기한의 다음날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간 ×금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율

제48조【가산세 감면 등】① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

③ 제1항이나 제2항에 따른 가산세 감면 등을 받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면 등을 신청할 수 있다.