제2001-582호 (2001.11.26)

기타

취소

조례 개정이 있은 이후 그 개정에 대하여 종전의 예와는 달리 기득권 내지 신뢰보호를 위한 경과규정을 따로 두고 있지 아니하더라도 이미 기득권 등 신뢰보호의 요건이 갖추어져 있는 이상 예외적 조치로서 납세의무자에게 유리한 종전 규정을 그대로 적용할 수 있는 것임

지방세법 제9조【과세면제 등을 위한 조례 】

처분청이 2001.6.5. 청구인으로부터 수납하여 징수 결정한 등록세 82,198,390원, 지방교육세 16,439,670원, 합계 98,638,060원을 취소한다.

1. 원처분의 요지

청구인은 청구 외 ○○관광 주식회사 및 주식회사 ○○과 함께 ○○구역 제3지구 재개발사업을 시행한 자로서 2000.8.12. ○○시 ○구 ○○동 ○○번지 외 29필지에 지하 8층, 지상 30층 건축물연면적 119,693.71㎡(이하 이 사건 건축물 이라 한다)을 2000.8.12. 신축 취득한 후 구 ○○시재개발구역토지및건축물에대한시세과세면제조례(1984.2.23. 제1858호로 제정된 것, 이하 종전조례 라 한다)에 근거하여 이 사건 건축물에 대한 등록세 면제를 협의하였으나, 처분청은 납세의무가 성립한 당시에 시행되는 조례를 적용하여야 한다는 이유로 이 사건 건축물을 과세대상으로 판단함에 따라 청구인은 건축공사금액(226,577,143,370원) 중 소유지분에 해당하는 금액(10,274,799,934원)을 과세표준으로 지방세법 제131조 제1항 제4호의 세율을 적용하여 산출한 등록세 82,198,390원, 지방교육세 16,439,670원, 합계 98,638,060원을 신고납부 하였고, 처분청에서는 2001.6.5. 이를 수납하여 징수 결정하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 처분청이 종합토지세 및 특별부가세에 관한 대법원 판례(1999.9.3. 98두15788, 2001.5.29. 98두13713)를 인용하여 종전조례가 1991.12.31. 제2843호(이하 개정조례 라 한다)로 개정되면서 그 부칙 제2항에서 1994.12.31.까지 효력을 가진다고 규정하고 있고, 재개발구역내에서 취득하는 토지 및 건축물에 대하여 면제한다거나 과세를 유예한다는 내용을 명시적으로 규정하고 있지 아니할 뿐만 아니라, 개정조례에서 종전규정을 계속 적용한다는 경과규정을 두고 있지 아니하므로 법률불소급의 원칙상 개정 전후의 조례 중에서 납세의무가 성립한 당시에 시행되는 조례를 적용하여야 한다는 이유로 이 사건 건축물을 등록세 과세대상으로 보았으나, 재개발사업에 있어서 종합토지세는 납세의무가 과세기준일(매년 6.1.)에 매년 발생하는 조세라 할 것이고, 특별부가세는 취득할 당시에 감면규정이 있더라도 장래에 변경될 것을 예정하고 있는 반면 등록세는 등기·등록시 1회에 한하여 부과되는 조세로서 등록세 감면규정이 있는 경우에 납세의무자는 이를 신뢰하고 취득하는 것이므로, 이 사건 건축물은 종전조례가 시행되고 있던 1984.7.23. 사업시행인가를 받았으므로, 종전 조례가 폐지되었다 할지라도 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 종전 조례를 적용하여야 한다는 대법원 판례 등(대법원 판례 1997.4.11. 97다1716 및 2001.8.21. 2000두8745, 서울지방법원판례 1997.2.14. 96가합59126, 행정자치부 심사결정 2001.5.28. 제2001-262호)에 의하여 면제대상이라고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단

이 사건 심사청구의 다툼은 재개발사업시행으로 청구인이 취득한 이 사건 건축물이 종전조례에 의하여 등록세 등이 면제되는 지 여부에 있다.

먼저 관계법령을 보면, 종전조례 제2조에서 다음 각호에 해당하는 자가 도시재개발법 규정에 의하여 지정된 재개발구역 내에서 재개발사업시행과 개량건축물의 최초분양을 위하여 취득하는 토지 및 건축물에 대하여 취득세, 등록세 및 면허세를 면제하며, 재개발사업시행인가일로부터 재개발사업이 완료되는 연도까지의 재산세 및 도시계획세를 면제한다 고 규정하고, 그 제1호에서 도시재개발법의 규정에 의한 사업시행자 라고 규정한 다음, 그 부칙 제2항에서 이 조례는 따로 정하는 경우를 제외하고는 1984년 12월 31일까지 시행한다 라고 규정하고 있으며, 위 면제규정은 1984.12.31. 조례 제1963호로 그 면제범위를 재개발사업시행을 위하여 취득하는 토지 및 건축물로 축소하여 그 시행기간을 연장하여 존속되다가, 1989.12.30. 조례 제2552호 부칙 제2항(경과조치)에 이 조례 시행 이전에 재개발사업시행 인가를 받은 자가 재개발사업의 시행을 위하여 취득하는 토지 및 건축물과 그 재개발사업시행으로 제2조 제1항 제2호에 해당하는 자가 취득하는 토지 건축물에 대하여는 종전의 조례를 적용한다 는 경과조치를 규정하였고, 1991.12.31. 조례 제2843호로 주택개량재개발사업에 한하여 취득세 등의 면제혜택을 부여하고 도심지재개발사업은 면제대상에서 제외하도록 개정하면서, 그 부칙 제2항(적용례)에 이 조례 시행당시 종전의 규정에 의하여 과세면제 하였거나 과세면제 하여야 할 시세에 대하여는 종전의 예에 의한다 는 경과규정을 두었으나, 1993.7.3. 조례 제3007호에서는 경과규정을 두지 아니하였고, 1994.4.14. 조례 제3091호에서는 면제대상을 주택개량재개발사업과 도심지재개발사업으로 확대 면제하도록 개정하면서 그 부칙 제2항에서 1994.12.31.까지 효력을 갖도록 규정하였다. 한편 1994.12.22. 지방세법이 법 제4794호로 개정되어 그 부칙 제6조에서 일반적 경과조치로 이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 예에 의한다 라고 규정함에 따라 ○○시에서는 같은 달 31일 지방세법 제9조에 근거한 ○○시세감면조례 제3145호를 제정하여 1995.1.1.부터 시행하면서 그 제19조에서 주택개량재개발사업에 대하여 취득세 등을 면제하도록 규정하면서 도심지재개발사업에 의한 토지 및 건축물의 취득은 면제대상에 포함하지 아니하였고, 그 부칙에서도 위 조례 제2552호 및 위 조례 제2843호 부칙 제2항과 같은 경과규정을 두지 아니한 채 시행되었으며, 그 후 위 조례는 그 적용기한을 3년 단위로 수 차례 개정되어 시행되고 있다.

다음으로 이 사건의 경우를 보면, 이 사건 토지 소재지역이 1973.9.6. 재개발구역으로 지정(건설부고시 제367호)되었고, 1988.1.16. 청구인과 주식회사 ○○ 및 ○○관광 주식회사가 ○○구역제3지구의 재개발사업시행자로 지정되어 1988.11.28. 건축허가를 받고 2000.8.12. 이 사건 건축물을 신축 취득한 다음, 종전조례에 근거하여 이 사건 건축물에 대한 등록세 면제를 협의하였으나, 처분청은 개정조례 부칙에서 1994.12.31.까지 효력을 가진다고 규정하고 있을 뿐, 특별히 면제한다거나 과세를 유예한다는 내용을 명시적으로 규정하고 있지 아니 하므로 납세의무가 성립한 당시에 시행되는 조례를 적용하여야 한다는 이유로 이 사건 건축물을 과세대상으로 판단함에 따라 청구인은 소유지분에 해당하는 금액을 과세표준으로 등록세 등을 신고납부 하였고, 처분청에서는 이를 수납하여 징수 결정한 사실을 제출된 관계자료에서 확인할 수 있다.

이에 대한 청구인의 주장 중 먼저 처분청이 인용한 대법원판례는 종합토지세 및 특별부가세에 관한 것으로서 조세의 성격상 등록세와는 상이한 것이므로 이 사건에 적용할 수 없다는 주장에 대하여 살펴보면, 종합토지세는 재산의 보유사실에 대하여 부과하는 수익세적 재산과세의 성격을 가지고 있는 조세로서 납세의무가 매년 과세기준일(매년 6.1.)에 성립하고 있으므로 종합토지세에 대한 면제규정은 납세의무자 입장에서 기득권에 대한 신뢰의 예측이 가능하다 할 것이고, 특별부가세는 법인이 부동산을 양도하는 경우 양도차익에 대하여 과세하는 조세로서 특별부가세 과세대상 물건을 취득할 당시에 유효한 면제규정이 있다 할 지라도 취득자가 양도할 장래에도 변경되지 않을 것이라는 신뢰를 기대할 수는 없는 반면에, 등록세는 등기·등록시 1회에 한하여 부과되는 조세로서 등록세 면제규정이 있는 경우 납세의무자는 장래에 면제규정의 요건을 충족하게 되면 등록세가 면제된다는 신뢰를 갖게되는 것이므로, 조세의 성격상 등록세는 종합토지세 및 특별부가세보다 신뢰의 강도가 강한 조세라 할 것이므로, 처분청에서 인용한 종합토지세 및 특별부가세에 관한 대법원판례(1999.9.3. 98두15788, 2001.5.29. 98두13713)는 조세의 성격이 다른 이 사건 부과처분에 인용하기에는 적절한 것이라 할 수 없는 것이고, 또한 이 사건의 경우와 같이 종전조례 제2조에서 도시재개발법에 의한 시행자(시행자로 지정받은 자 포함)가 도시재개발법 규정에 의하여 지정된 재개발구역 내에서 재개발사업시행과 개량건축물의 최초분양을 위하여 취득하는 토지 및 건축물에 대하여 등록세를 면제하도록 규정하고 있음을 볼 때, 재개발사업의 시행자가 취득하는 토지 및 건축물이라 함은 그 성질상 재개발사업의 시행기간 내의 취득을 의미한다 할 것이므로, 종전조례는 장래 일정한 기간 내에 과세요건을충족하는 경우에 면제한다는 내용으로 볼 수 있는 것으로, 청구인의 종전조례에 의한 등록세 면제규정의 기득권 및 신뢰는 보호되어야 할 것이다.

다음으로 청구인은 종전조례가 시행되고 있던 1984.7.23. 사업시행인가를 받았으므로, 종전 조례가 폐지되었다 할지라도 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 종전 조례를 적용하여 이 사건 건축물에 대하여 등록세 등이 면제되어야 한다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 살펴보면, 청구인이 재개발사업의 시행으로 이 사건 건축물을 취득한 2000.8.12. 현재는 재개발사업에 대한 면제근거가 없으므로 등록세 등을 과세하여야 할 것으로 보이지만, 청구인이 사업인가를 받은 당시 시행되고 있던 종전조례에서 등록세 등을 면제하는 규정이 있었고, 지방세에 관한 시세의 과세 또는 면제에 관한 조례가 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 특별히 경과규정을 두고 납세의무자에게 유리한 종전조례를 적용하도록 하고 있는 경우에 그 납세의무는 각 세법에서 정한 과세요건이 완성된 당시의 법령을 적용한다는 일반원칙에도 불구하고 기득권 내지 신뢰보호라는 특별한 이유에 근거하여 그에 대한 예외적 조치로서 납세의무자에게 유리한 종전 규정을 그대로 적용한다는 것으로서, 위 법리의 적용은 조례가 개정된 후에 비로소 과세요건이 완성되는 경우를 당연한 전제로 하고 있는 것이므로 위와 같은 유형의 조례 개정이 있은 이후 다시 당해 조례가 개정되고 그 개정에 대하여 종전의 예와는 달리 기득권 내지 신뢰보호를 위한 경과규정을 따로 두고 있지 아니하더라도, 이미 기득권 등 신뢰보호의 요건이 갖추어져 있는 이상 그러한 사정이 위 법리에 어떠한 영향을 미치는 것이라 볼 수 없는 것(같은 취지의 대법원 판례 1996.8.23. 95다44917호 및 1997.4.11. 97다1716호, 같은 취지의 행정자치부 심사결정 2000.7.25. 제2000-507호, 2000.8.29. 제2000-635호 및 제2000-637호)으로 보아 이 사건 건축물에 대한 취득세 부과처분에 대한 청구인의 심사청구에 대하여 같은 취지로 2001.5.28. 취소 결정(행정자치부 심사결정 제2001-261호)한 사례가 있음을 볼 때, 청구인이 취득한 이 사건 건축물은 사업시행인가 당시 시행되고 있던 종전조례 제2조 규정에 의하여 등록세 등이 면제된다 할 것이다.

따라서 청구인의 주장은 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조 제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2001. 11. 26.

행 정 자 치 부 장 관