재조사 결정에 따른 재조사 결과에 대한 심판청구시 당초 주장하지 않았던 새로운 주장을 하는 경우 본안심리 대상에 해당하는지 여부(쟁점1관련)

OOO세무서장이 2011.7.7. 청구인에게 한 2006년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 경기도 김포시 OOO답 1,870㎡와 같은 리 160-19 답 936㎡, 합계 2,806㎡의 「상속세 및 증여세법」상 시가를 OOO원으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

가.청구인은 2003.3.27. OOO원에 취득한 경기도 OOO OOO OOO OOO-OO 답 1,870㎡와 같은 리 160-19 답 936㎡, 합계 2,806㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 청구인이 동 토지를 담보로 OOO로부터 차입한 OOO원을 의료법인 OOO재단(이하 “OOO재단”이라 한다)이 부담하는 것을 조건으로 2006.1.26. OOO재단에 출연하였으나, 이에 대하여 양도소득세 신고를 하지 아니하였다.

나. 처분청은 쟁점토지가 지정지역내의 토지로서 실지거래가액 과세대상임을 확인하고, 청구인이 쟁점토지를 OOO재단에 출연하면서 주식회사 OOO평가법인으로부터 감정평가를 받은 1개의 감정가액 OOO원(이하 “당초감정가액”이라 한다)을 쟁점토지의 「상속세 및 증여세법」상 시가로 보고, 부담부증여 부분에 대하여 채무액이 증여가액에서 차지하는 비율에 따라 양도가액은 OOO원(채무액), 취득가액은 실지거래가액 OOO원에 채무부담비율을 곱하여 계산한OOO,OOO,OOO원으로 하여 2010.2.10. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 OOO원을 결정‧고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2010.4.19. 심판청구를 제기하였고, 우리원은 쟁점토지의 「상속세 및 증여세법」상 시가를 재조사하여그시가를 기준으로 양도소득세 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 청구는 기각한다고 결정하였다(조심 2010중1460, 2011.3.31. 참고).

라.처분청은 심판결정에 따라 재조사를 실시하여 2006.1.1.을 가격시점으로 하여 2011.6.9.과 2011.6.10. 작성된 주식회사 OOO평가법인과 OOO의 감정가액의 평균액인 OOO원을 쟁점토지의 시가로 결정하고, 2011.7.7. 양도소득세 OOO원을 감액경정하였다(감액경정 후 잔존세액 OOO원).

마. 청구인은 이에 불복하여 2011.9.30. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 「소득세법」 제88조 제1항 단서의 취지 및 문리해석상 동 규정은 부담부증여에서 증여자의 채무를 수증자가 인수하는 경우에는 증여가액 중 그 채무액을 대가로 하는 유상양도가 이루어진 것으로 보아서 양도소득세를 과세한다는 것, 즉 채무액을 양도가액으로, 전체취득가액을 취득가액으로 보아서 양도소득세를 과세한다는 것이지,증여재산 중 채무액에 상당하는 부분만 유상양도가 이루어진 것으로 본다는 취지가 아님에도 같은 법 시행령 제159조는 모법의 위임취지에 반하여 증여재산 중 채무액에 상당하는 부분을 쪼개어 그부분만양도된 것으로 보도록 한 후 그에 대한 양도가액과 취득가액을 계산하도록 하여 명백히 위법‧위헌인 규정에 해당하므로 쟁점토지의 취득가액을 OOO원으로 하여 양도소득세 과세표준 및 세액을 경정하여야 한다.

(2) 쟁점토지가 지정지역내에 소재하여 실지거래가액 과세대상에해당하나, 증여한 것이어서 쟁점토지의 출연당시 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에 해당하므로 「소득세법」 제114조 제5항 및 같은 법 시행령 제176조의2의 규정에 따라 양도가액과 취득가액을 추계하여야 하는바, 매매사례가액 및 양도일 전후 각 3월 이내에 2 이상의 감정평가법인이 평가한 것으로서 신빙성이 인정되는 감정가액이 없으므로 기준시가에 의해 쟁점토지의 양도가액과 취득가액을 재산정하여야 한다.

(3) 「소득세법 시행령」 제176조의 제3항 제2호에서는 양도일 전후 각 3월 이내에 2 이상의 감정평가법인이 평가한 것으로서 신빙성이인정되는 감정가액의 평균액을 양도가액으로 추계하도록 규정하고 있으므로 처분청에서 2개 소급감정가액의 평균액을 쟁점토지의 양도가액으로 보아 과세한 것은 위법한 처분에 해당한다.

나. 처분청 의견

(1)법령의 위법‧위헌 여부는 과세관청이 판단할 사항이 아니고, 전체 취득가액을 취득가액으로 인정하여야 한다는 청구주장은 당초 심판청구시와는 별개의 주장으로서 당초 처분일을 기준으로 할 경우 심판청구기간을 경과하였으므로 심판청구 대상에 해당하지 않는다.

(2) 당초 심판결정시 쟁점토지의 출연당시 기준시가를 「상속세 및 증여세법」상 시가로 보아야 한다는 청구인의 주장에 대하여는 기각하였음에도 청구인은 당초 심판청구시와 동일한 내용의 주장을 하고 있으므로 「국세기본법」 제55조 제5항 제1호에 따라 심판청구 대상에 해당하지 않는다.

(3) 공신력 있는 감정기관의 감정가액은 「상속세 및 증여세법」상 시가에 포함되고, 다수 판례에서 그 가액이 소급감정에 의한 것이라 하더라도 달라지지 않는다고 판시하고 있으므로 2개 감정평가법인의소급감정가액의 평균액을 쟁점토지의 시가로 보아 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

①재조사결정에 따른 재조사 결과에 대한 심판청구시 당초 주장하지 않았던 새로운 주장을 하는 경우 본안심리 대상에 해당하는지 여부

② 부담부증여에 대한 양도차익 계산방법을 규정한 「소득세법 시행령」 제159조가 위법‧위헌인 규정에 해당하는지 여부

③ 기준시가에 의하여 쟁점토지의 양도소득금액을 계산하여야 한다는 청구주장의 당부

④ 2개 소급감정가액의 평균액을 쟁점토지의 「상속세 및 증여세법」상 시가로 보아 과세한 처분의 당부

나. 관련법령

(1) 소득세법 제88조 [양도의 정의] ① 제4조 제1항 제3호 및 이 장에서 “양도”란 자산에 대한 등기 또는 등록과 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다. 이 경우부담부증여( 「상속세 및 증여세법」제47조 제3항 본문에 해당하는 경우는 제외한다)에 있어서 증여자의 채무를 수증자가 인수하는 경우에는 증여가액 중 그 채무액에 상당하는 부분은 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것으로 본다.

제96조 [양도가액] ① 제94조 제1항 각 호에 따른 자산의 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실제로 거래한 가액(이하 “실지거래가액”이라 한다)에 의한다.

② 제94조 제1항 제1호 및 제2호에 따른 자산을 2006년 12월 31일까지 양도하는 경우에 그 자산의 양도가액은 제1항에도 불구하고 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 경우 외에는 그 자산의 양도 당시의 기준시가에 따른다.

7. 제104조의2 제2항에 따른 지정지역에 있는 부동산인 경우

제97조 [양도소득의 필요경비 계산] ① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액

가. 제94조 제1항 각 호의 자산의 취득에 소요된 실지거래가액. 다만, 제96조 제2항 각 호 외의 본문에 해당하는 경우에는 당해 자산의 취득당시의 기준시가

나. 가목 본문의 경우에 있어서 취득당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

제100조 [양도차익의 산정] ① 양도차익을 계산함에 있어서 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항의 규정에 의한 가액 및 제114조 제5항의 규정에 의하여 매매사례가액‧감정가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액‧감정가액 등을 포함한다)에 의하는 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항의 규정에 의한 가액 및 제114조 제5항의 규정에 의하여 매매사례가액‧감정가액‧환산가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액‧감정가액‧환산가액 등을 포함한다)에 의하고, 양도가액을 기준시가에 의하는 때에는 취득가액도 기준시가에 의한다.

제114조 [양도소득과세표준과 세액의 결정‧경정 및 통지] ① 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제105조의 규정에 의하여 예정신고를 하여야 할 자 또는 제110조의 규정에 의하여 확정신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한 때에는 당해 거주자의 양도소득과세표준과 세액을 결정한다.

④ 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제1항 내지 제3항의 규정에 의하여 양도소득과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 제96조 및 제97조의 규정에 의한 가액에 의하여야 한다. (단서 생략)

⑤ 제4항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우로서 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 당해 자산의 양도 당시 또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액‧매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령이 정하는 방법에 의하여 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 의하여 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다.

(2) 소득세법 시행령 제159조 [부담부증여에 대한 양도차익의 계산] 법 제88조 제1항 후단의 규정에 의한 부담부증여에 있어서 양도로 보는 부분에 대한 양도차익을 계산함에 있어서의 그 취득가액 및 양도가액은 법 제96조 및 법 제97조 제1항 제1호의 규정에 의한 당해 자산의 가액에 증여가액 중 채무액에 상당하는 부분이 차지하는 비율을 곱하여 계산한 가액으로 한다.

제159조(2008.2.22. 대통령령 제20618호로 개정된 것) [부담부증여에 대한 양도차익의 계산] 법 제88조 제1항 후단의 규정에 의한 부담부증여에 있어서 양도로 보는 부분에 대한 양도차익을 계산함에 있어서의 그 취득가액 및 양도가액은 다음 각 호에 따른다.

1. 취득가액

법 제97조 제1항 제1호에 따른 가액(양도가액을 기준시가에 의하여산정한 경우에는 취득가액도 기준시가에 의하여 산정한다)에 증여가액 중 채무액에 상당하는 부분이 차지하는 비율을 곱하여 계산한 가액

2. 양도가액

「상속세 및 증여세법」제60조부터 제66조까지의 규정에 따라 평가한 가액에 증여가액 중 채무액에 상당하는 부분이 차지하는 비율을 곱하여 계산한 가액

제163조 [양도자산의 필요경비] ① 법 제97조 제1항 제1호 가목 본문에서 “취득에 소요된 실지거래가액”이라 함은 다음 각호의 금액을 합한 것을 말한다.

1. 제89조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 취득원가에 상당하는 가액(제89조 제2항 제1호의 규정에 의한 현재가치할인차금을 포함하되 부당행위계산에 의한 시가초과액을 제외한다)

⑫ 법 제97조 제1항 제1호 나목에서 “대통령령이 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액”이라 함은 제176조의2 제2항 내지 제4항의 규정에 의한 가액을 말한다.

제176조의2 [추계결정 및 경정] ① 법 제114조 제5항에서 “대통령령이 정하는 사유”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 양도 또는 취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부‧매매계약서‧영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우

2. 장부‧매매계약서‧영수증 기타 증빙서류의 내용이 매매사례가액, 「부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 의한 감정평가법인(이하 이 조에서 “감정평가법인”이라 한다)이 평가한 감정가액 등에 비추어 허위임이 명백한 경우

③ 법 제114조 제5항의 규정에 의하여 양도가액 또는 취득가액을 추계결정 또는 경정하는 경우에는 다음 각호의 방법을 순차로 적용하여 산정한 가액에 의한다. 다만, 제1호의 규정에 의한 매매사례가액 또는 제2호의 규정에 의한 감정가액이 제98조 제1항의 규정에 의한 특수관계 있는 자와의 거래에 따른 가액 등으로서 객관적으로 부당하다고 인정되는 경우에는 이를 적용하지 아니한다.

1. 양도일 또는 취득일 전후 각 3월 이내에 당해 자산(주권상장법인 또는 코스닥상장법인의 주식 등을 제외한다)과 동일성 또는 유사성이 있는 자산의 매매사례가 있는 경우 그 가액

2. 양도일 또는 취득일 전후 각 3월 이내에 당해 자산(주식 등을 제외한다)에 대하여 2 이상의 감정평가법인이 평가한 것으로서 신빙성이 있는 것으로 인정되는 감정가액(감정평가기준일이 양도일 또는 취득일 전후 각 3월 이내인 것에 한한다)이 있는 경우에는 그 감정가액의 평균액

3. 제2항의 규정에 의하여 환산한 취득가액

4. 기준시가

(3) 상속세 및 증여세법 제60조 [평가의 원칙 등] ① 이 법에 의하여상속세 또는 증여세가 부과되는 재산의 가액은 상속개시일 또는 증여일(이하 “평가기준일”이라 한다) 현재의 시가에 의한다. 이 경우 제63조 제1항 제1호 가목 및 나목에 규정된 평가방법에 의하여 평가한 가액(제63조 제2항의 규정에 해당하는 경우를 제외한다)은 이를 시가로 본다.

② 제1항의 규정에 의한 시가는 불특정다수인사이에 자유로이 거래가 이루어지는 경우에 통상 성립된다고 인정되는 가액으로 하고 수용‧공매가격 및 감정가격 등 대통령령이 정하는 바에 의하여 시가로 인정되는 것을 포함한다.

③ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 시가를 산정하기 어려운 경우에는 당해 재산의 종류‧규모‧거래상황 등을 감안하여 제61조 내지 제65조에 규정된 방법에 의하여 평가한 가액에 의한다.

제61조 [부동산 등의 평가] ① 부동산에 대한 평가는 다음 각호의 1에서 정하는 방법에 의한다.

1. 토 지

「부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 의한 개별공시지가(이하 “개별공시지가”라 한다).

제66조 [저당권 등이 설정된 재산의 평가의 특례] 다음 각호의 1에 해당하는 재산은 제60조의 규정에 불구하고 당해 재산이 담보하는 채권액 등을 기준으로 대통령령이 정하는 바에 의하여 평가한 가액과 제60조의 규정에 의하여 평가한 가액 중 큰 금액을 그 재산의 가액으로 한다.

1. 저당권 또는 질권이 설정된 재산

2. 양도담보재산

3.전세권이 등기된 재산(임대보증금을 받고 임대한 재산을 포함한다)

(4) 상속세 및 증여세법 시행령 제49조 [평가의 원칙 등] ① 법 제60조 제2항에서 “수용‧공매가격 및 감정가격 등 대통령령이 정하는 바에 의하여 시가로 인정되는 것”이라 함은 평가기준일 전후 6월(증여재산의 경우에는 3월로 한다. 이하 이 항에서 “평가기간”이라 한다) 이내의 기간 중 매매‧감정‧수용‧경매(「민사집행법」에 의한 경매를 말한다. 이하 이 항에서 같다) 또는 공매(이하 이 항에서 “매매 등”이라 한다)가 있는 경우에 다음 각호의 1의 규정에 의하여 확인되는 가액을 말한다.(단서 생략)

2. 당해 재산(법 제63조 제1항 제1호에 규정된 재산을 제외한다)에 대하여 2이상의 재정경제부령이 정하는 공신력 있는 감정기관(이하 “감정기관”이라 한다)이 평가한 감정가액이 있는 경우에는 그 감정가액의 평균액. (단서 및 각호 생략)

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 제1항 각호의 1에 규정하는 가액이 평가기준일 전후 6월(증여재산의 경우 3월로 한다)이내에 해당하는지 여부는 다음 각호에 규정된 날을 기준으로 하여 판단하며, 제1항의 규정에 의한 시가로 보는 가액이 2 이상인 경우에는 평가기준일을 전후하여 가장 가까운 날에 해당하는 가액에 의한다.

2. 제1항 제2호의 경우에는 감정가액평가서를 작성한 날

제63조 [저당권등이 설정된 재산의 평가] ① 법 제66조에서 "대통령령이 정하는 바에 의하여 평가한 가액"이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 금액을 말한다.

2. 공동저당권이 설정된 재산의 가액은 당해 재산이 담보하는 채권액을 공동저당된 재산의 평가기준일 현재의 가액으로 안분하여 계산한 가액

3. 근저당권이 설정된 재산의 가액은 평가기준일 현재 당해 재산이 담보하는 채권액

② 제1항 각호의 규정에 의하여 법 제66조제1호의 재산을 평가함에 있어서 당해 재산에 설정된 근저당의 채권최고액이 담보하는 채권액보다 적은 경우에는 채권최고액으로 하고, 당해 재산에 설정된 물적담보외에 재정경제부령이 정하는 신용보증기관의 보증이 있는 경우에는 담보하는 채권액에서 당해 신용보증기관이 보증한 금액을 차감한 가액으로 하며, 동일한 재산이 다수의 채권(전세금채권과 임차보증금채권을 포함한다)의 담보로 되어 있는 경우에는 그 재산이 담보하는 채권액의 합계액으로 한다.

(5) 제55조 [불복] ① 이 법 또는 세법에 따른 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로 인하여 권리나 이익을 침해당한 자는 이 장의 규정에 따라 그 처분의 취소 또는 변경을 청구하거나 필요한 처분을 청구할 수 있다.

⑤ 다음 각 호의 처분은 제1항의 처분에 포함되지 아니한다.

1. 이 장의 규정에 따른 이의신청‧심사청구 또는 심판청구에 대한 처분. 다만, 이의신청에 대한 처분에 대하여 심사청구 또는 심판청구를 하는 경우는 제외한다.

다. 사실관계 및 판단

(1)쟁점ⓛ에 대하여 살펴본다.

(가) 당초 심판결정(조심 2010중1460, 2011.3.31.)과 관련한 청구인의 주장 및 결정내용은 아래와 같다.

1) 청구인 주장 : 대법원에서는 양도차익 산정의 기준이 되는 실지거래가액은 객관적인 교환가치를 반영하는 일반적인 시가가 아니라 실지의 거래대금 그 자체 또는 거래 당시 급부의 대가로 실지 약정된 금액을 의미한다고 판시하고 있는 바, 부담부증여를 포함한 증여거래는 대가의 수수가 없는 거래로서 실지거래가액이 존재하지 아니하는 무상거래에 해당하며, 실지거래가액이 없는 부담부증여 거래에 대하여 기획재정부는 양도가액 산정을 위한 ‘당해 자산의 가액’은 증여일 현재 「상속세 및 증여세법」(이하 “상증법”이라 한다) 제60조 내지 제66조의 규정에 의하여 평가한 가액이며, 이렇게「상증법」에 의하여 평가된 ‘당해 자산의 가액’에 증여가액 중 채무액에 상당하는 부분이 차지하는 비율을 곱하여 양도가액을 산정하는 것이라고 해석(재정경제부 재재산-8, 2005.1.4.)하였고, 동 예규와 대법원 판례(2006두7171, 2007.4.26.)의 취지에 따라 「소득세법 시행령」 제159조가 2008.2.22. 개정된 바도 있다.

「상증법」에 따르면 불특정다수인 사이에 자유로이 거래가 이루어지는 경우에 통상 성립된다고 인정되는 가액을 시가로 규정하고 있으며, 평가기간 중에 매매‧감정‧수용‧경매 또는 공매가 있는 경우에는 매매가액, 2 이상의 감정가액, 보상가액, 경매가액 또는 공매가액을 시가로 인정되는 것이라고 규정하고 있으나, 쟁점토지에 대하여는「상증법」에 따라 시가로 인정할 만한 가액은 존재하지 아니하며 처분청이 시가로 본 쟁점감정가액 또한 인정할 수 없으므로 이 건 부담부증여에서 양도로 보는 부분의 양도차익을 계산함에 있어 ‘당해 자산의 가액’은「소득세법」과「상증법」에 따라 쟁점토지의 개별공시지가(기준시가)나 담보채권의 가액 등 새로운 시가로 하는 것이 타당하므로 이 건 처분은 경정되어야 한다.

2) 결정내용 : 2 이상의 감정기관이 평가한 것으로서 신빙성이 있는 것으로 인정되는 감정가액이 있는 경우에 그 감정가액의 평균액으로 양도가액을 산정하는 것이므로 처분청이 시가로 본 쟁점토지의쟁점감정가액(OOO원)은 1개의 감정가액이고, 위에서 살펴본 바와 같이 쟁점감정가액 자체가 합리성이 없는 것으로 보여 적정한 시가로 인정하기는 어렵다고 판단된다.

또한, 출연 당시 쟁점토지의 기준시가는 OOO원으로 부담부채무액인 양도가액 OOO원에도 미치지 못하여 동 기준시가를 시가로 인정하기도 어렵다.

따라서, 청구인이 주장하는 기준시가 등은 물론 처분청이 시가로 본 1개의 쟁점감정가액은 쟁점토지의 시가로 보기는 어려우므로 처분청이 쟁점토지의 적정한 시가를 조사한 후 동 시가를 기준으로 양도가액 및 취득가액을 다시 계산하여 그 결과에 이 건 양도소득세의 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

(나) 처분청의 양도소득세 조사종결보고서(재조사)에 의하면, 우리 원의 재조사결정(조심 2010중1460, 2011.3.31.)에 따라 쟁점토지의 시가를 확인하기 위해 재조사를 실시하는 것으로 되어 있고, 공신력 있는 감정기관인 OOO과 주식회사 OOO평가법인에 소급감정을 의뢰하여 회신받은 가액이 객관적이고 합리적으로 평가되었고 출연당시 쟁점토지의 가치를 적정하게 반영하고 있다고 판단된다 하여 동 감정가액의 평균액인 OOO원을 쟁점토지의 시가로 보아 양도소득세를 경정하는 것으로 되어 있으며, 2011.7.7. 양도소득세 OOO원을 감액경정한 후 양도소득세 본세OOO,OOO,OOO원, 가산금‧중가산금 OOO원, 총납부금액 OOO원으로 기재된 납세고지서를 재발급해 준 것으로 나타난다.

(다) 위 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 보면, 재조사결정에 따른 재조사 결과에 대한 심판청구시 청구대상은 심판결정에서 확정한 부분은 제외한 나머지인 재조사 경정으로 결정되어 납세자에게 기대이익이 남아 있는 부분에 한정되는 것인바(조심 2008서688, 2008.6.19.,국심 2001서1137, 2002.7.15. 합동회의 참고), 재조사결정으로 인한 기대이익은 재조사결정에 따른 재조사 결과 감액될 수 있는 세액을 의미하므로 재조사 결과 감액된 후 남아 있는 기대이익이라고 함은 경정후의 잔여세액을 의미한다고 볼 수 있고, 총액주의의 입장에서 볼 때 당초 심판결정시 확정된 부분에 대한 청구가 아닌 한 새로운 주장도 가능한 것이므로 청구인이 재조사결정에 따른 재조사 결과에 대한 심판청구시 당초 주장하지 않았던 새로운 주장을 하였다고 하더라도 본안심리 대상에 해당한다고 봄이 타당하다.

(2)쟁점②에 대하여 살펴본다.

청구인은 「소득세법 시행령」 제159조는 모법의 위임취지에 반하는 명백히 위법‧위헌인 규정에 해당한다는 주장이나, 「국세기본법」 제55조에서 세법에 의한 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받아 권리 또는 이익의 침해를 당한 자를 불복청구의 당사자로 규정하고 있어 심판청구의 대상은 구체적인 처분이 세법에 위반되는지 여부에대한 것일 뿐 관련 법령이 위법‧위헌인지 여부는 청구대상에 해당하지 아니하므로(조심 2009중1665, 2010.3.31. 참고) 심판청구의 범위를 벗어나는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

(3) 쟁점③에 대하여 살펴본다.

청구인은 「소득세법」 제114조 제5항 및 같은 법 시행령 제176조의2의 규정에 따라 기준시가에 의해 쟁점토지의 양도가액과 취득가액을 재산정하여야 한다는 주장이나, 「소득세법 시행령」 제159조에서 부담부증여에 대한 양도차익의 계산방법을 별도로 규정하고 있으므로 일반 규정인 「소득세법 시행령」제176조의2 보다 제159조를 우선하여 적용하여야 하는 점, 부담부증여에 있어서 양도로 보는 부분에 대한 양도차익을 산정함에 있어서의 그 취득가액 및 양도가액은 「소득세법」 제96조 및 제97조 제1항 제1호의 규정에 의한 ‘당해 자산의 가액’에 증여가액 중 채무액에 상당하는 부분이 차지하는 비율을 곱하여 산정하고, 이 경우 양도가액 산정을 위한 ‘당해 자산의 가액’은 증여일 현재 「상속세 및 증여 세법」 제60조 내지 제66조의 규정에 의하여 평가한 가액으로 하는 것인 바(국심 2007서191, 2007.10.26. 합동회의, 대법원 2006두7171, 2007.4.26. 등 참고), 양도가액의 산정시에는 「상속세 및 증여 세법」 제60조 내지 제66조의 규정이 적용되고, 취득가액이 분명한 경우에 해당하므로 취득가액의 산정시에도 추계방법을규정한 「소득세법 시행령」 제176조의2의 규정이 적용될 여지가 없는 점 등으로 볼 때 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

(4) 쟁점④에 대하여 살펴본다.

(가) 당초 심판결정시 우리 원에서는 처분청이 시가로 본 당초감정가액은 1개 감정가액일 뿐만 아니라 쟁점토지는 도시 외곽에 위치하나 비교 표준지(같은 리 93-1 대 393㎡)는 시내 간선도로변에 위치하고 있음에도 위치에 따른 감산요인을 반영하지 아니하였고, 쟁점토지의 개별공시지가(OOO)와 비교 표준지의 개별공시지가(OOO) 간에 차이가 크며, 당초감정가액은 쟁점토지에 대한 2005.3.4. 기준 감정가액(OOO원)과 OOO가 2005.3.8. 쟁점토지에 설정한 근저당권의 채권최고액(OOO원) 및 쟁점토지보다 위치 등이 좋은 인근 토지(같은 리 152-2, 같은 리 152-4, 같은 리 152-15)의 거래단가(OOO원/㎡) 보다도 높은 점 등으로 볼 때, 감정가액 자체도 합리성이 없는 것으로 보인다고 판단한 것으로 나타난다.

(나) 주식회사 OOO평가법인의 당초감정가액과 처분청이 재조사시 OOO과 주식회사 OOO평가법인에 의뢰하여 받은 감정가액을 비교해 보면 아래 <표1>과 같고, 소급감정가액의 경우 당초감정가액보다 개별요인 조정후의 개별공시지가가 낮게 산정된 것으로 나타난다.

<표1> 감정가액 비교표(출연일 : 2006.1.26.)

OO)OO)OOOO OOOO OOOO OOO OO OOOO OOOO, OOOO, OOOO, OOOO, OOOOO, OOOOO OOOO OOO OO

OO)OO)O O OO OOOO OOOO OOO OO OOOO OOOOO OOOOO OOOOOOO OOOOOOO OOOOOOO OOOO OOO OO

(다)쟁점토지 및 다른 토지(대로변에 위치)에 대한 감정가액은 아래 <표2>와 같다.

<표2> 다른 토지에 대한 감정가액

(라) 쟁점토지 외의 다른 토지(대로변에 위치)에 대한 2006년의 매매사례가액은 아래 <표3>과 같다.

<표3> 다른 토지의 매매사례가액

(마) 쟁점토지의 등기부등본에 의하면, OOO는 2005.3.8. 채무자를 청구인, 채권최고액을 OOO원(실제 채무액은 OOO원)으로 하여 근저당권설정등기를 하였고, 동 등기는 2006.4.27. 해지를 원인으로 2006.5.4. 말소등기된 것으로 나타난다.

(바) OOO재단은 2006.4.29. 쟁점토지 및 위 지상 건물[2006.4.28. 소유권보존등기, 지하 1층(1413.13㎡) 지상 4층(각층 552.57㎡, 합계 2,210.28㎡), 철근콘크리트구조, 의료시설 및 제1종 근린생활시설]을 담보로 제공하고 OOO로부터 OOO원을 대출받은 것으로 나타나나, 청구인은 당초 심판청구시 위 대출과 관련하여 별도로 감정평가를 한 사실은 없다고 주장한 것으로 나타난다.

(사) 위 사실관계 및 관련법령을 종합하여 보면, 「상속세 및 증여 세법」 제60조 제2항 및 같은 법 시행령 제49조 제1항 제2호에서 평가기간 내에 당해 재산에 대하여 2이상의 공신력 있는 감정기관이 평가한 감정가액이 있는 경우 그 감정가액의 평균액을 증여일 현재 시가로 보도록 규정하고 있고, 「상속세 및 증여세법 시행령」 제49조 제2항에서 평가기간 내에 해당하는지 여부는 감정가액평가서를 작성한 날을기준으로 하도록 규정하고 있는바, 처분청에서 쟁점토지의 시가로 본 2개 감정가액의 평균액은 평가기간을 벗어난 기간 중에 작성된 감정가액평가서를 근거로 한 것임이 명백히 확인되는 점, 재조사결정시 쟁점토지의 시가를 재조사하여 그 시가를 기준으로 양도소득세 과세표준과 세액을 경정하도록 하였을 뿐 2개 이상 감정평가법인으로부터 소급감정을 받아 그 평균액을 시가로 보도록 결정한 것은 아닌 점 등으로 볼 때, 처분청에서 소급감정가액의 평균액을 쟁점토지의 시가로 보아 이 건 과세한 처분은 위법한 처분에 해당한다고 판단된다.

또한, 쟁점토지에 대한 다른 감정가액과 다른 토지에 대한 감정가액 및 매매사례가액의 경우에도 평가기간을 벗어난 가액이거나 쟁점토지와 면적‧위치 등에서 유사하다고 볼 수 없는 토지에 대한 것이어서 쟁점토지의 시가로 인정할 수 없으므로 결국 기준시가를 쟁점토지의 시가로 보아야 하나, 재조사결정시 기준시가는 쟁점토지의 시가로 볼 수 없다고 이미 확정하였으므로 이를 시가로 적용할 수도 없다.

다만, 직권으로 살피건대 「상속세 및 증여세법」 제66조에서는 저당권 등이 설정된 재산의 경우 당해 재산이 담보하는 채권액과 제60조의 규정에 의하여 평가한 가액 중 큰 금액을 그 재산의 시가로 하도록 규정하고 있는바, 청구인은 2005.3.8. 쟁점토지를 담보로 하여 OOO지점으로부터 OOO원을 대출받으면서 채권최고액을 OOO원으로 하여 근저당권설정등기를 한 것으로 나타나므로 쟁점토지가 담보하는 채권액 OOO원과 기준시가 OOO원 중 큰 금액인 OOO원을 쟁점토지의 「상속세 및 증여세법」상 시가로 보아 이 건 양도소득세의 과세표준 및 세액을 경정함이 타당하다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.