조심2014서2023 (2015.02.06)

양도

경정

청구인은 이 건 목적물의 양도가액을 ○○,○○○백만원으로 보아 양도소득세를 신고ㆍ납부하였으나, 처분청이 양도가액에 대한 근거자료를 요구함에 따라 감정평가법인에 의뢰하여 감정평가한 가액을 근거로 청구인이 경정청구를 하고 사실상 청구인의 1인 지배회사인 ○○○○㈜는 가산세를 포함한 추가 세부담을 하면서 원천분 법인세를 수정신고하였으며, 처분청도 동 감정평가액을 인정하여 경정청구 및 수정신고를 인정하고 달리 과세처분을 아니하였다가 그 후 ○년이 경과하여 이 건 부과처분이 이루어진 점 등에 비추어 이 건 목적물의 양도에 관한 양도소득세 신고납부와 관련하여 청구인의 납부의무 해태를 탓하기 어려운 정당한 사유가 있다고 보이므로 이 건 부과처분 중 납부불성실가산세를 부과한 처분은 잘못이라고 판단됨

소득세법 제96조 / 소득세법 제98조 / 국세기본법 제47조의5 / 국세기본법 제48조

조심2011서1923

조심2015서0508

OOO세무서장이 2014.2.13. 청구인에게 한 2009년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 납부불성실가산세 OOO원을 제외하는 것으로 하여 그 세액을 경정하고, 나머지 심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구인은 1963.5.29. 개업하여 부동산임대업 등을 영위하고 있는 OOO 주식회사(이하 “OOO”이라 한다)의 대표이사이자 지분 94.98%를 소유한 대주주로서, 2009.12.9. OOO에 OOO 임야 107,306㎡(이하 “이 건 임야”라 한다) 중 1/2지분을 OOO원에 매도하기로 하는 매매계약(이하 “이 건 매매계약”이라 한다)을 체결하고, 그 매매대금을 수령한 후 2009.12.23. 이 건 임야 중 1/2지분(이하 “이 건 목적물”이라 하고, 이 건 매매계약서의 계약서상 그 위치가 특정되어 있지 않으나, 2011.7.27. 공유물분할로 이 건 임야 중 하단의 OOO 소유 부분은 OOO 임야 53,653㎡로, 상단의 청구인 소유 부분은 OOO 임야 52,703㎡로 각 분할등기됨)에 대한 소유권이전등기를 마쳤으며, 2010.2.28. 이 건 목적물의 양도가액을 OOO원으로 하여 2009년 귀속 양도소득세 OOO원을 처분청에 신고·납부하였다.

나. 위 양도소득세 신고에 대하여 처분청이 ‘특수관계자 사이의 거래에 있어서 거래금액과 시가 사이의 차액은 부당행위계산대상이다’는 취지의 안내를 청구인에게 하자, 2010년 5월경 평가의뢰자를 OOO으로 하여OOO에 이 건 목적물에 대한 감정을 의뢰하였고, 위 각 감정평가법인은 OOO 지분에 대하여 평가하면서 그 지분 위치가 불특정한 것으로 보아 이 건 임야 전체 토지가격의 평균단가를 적용하여 이 건 목적물을 각OOO원의 감정가액으로 평가하였다.

다. 이에 청구인은 2010년 5월경 OOO과의 사이에 이 건 매매계약의 매매대금을 위 감정평가액 중 하나인 OOO원으로 고치는 내용의 변경계약(이하 “이 건 변경계약”이라 한다)을 체결한 후 위 감정평가액평균액 OOO원을 이 건 목적물의 양도대금으로 보아 처분청에 양도소득세 경정청구를 하여 2010.7.7. 처분청으로부터 양도소득세 OOO원을 환급받았고, 대신 OOO은 2010.5.24. 고가매입에 따른 부당행위계산의 부인규정을 적용하여 고가평가된 자산가액(OOO원)을 감액하기 위한 손금산입 및 동 금액을 익금산입하여 청구인의 상여로 소득처분하는 법인세 수정신고를 하는 한편, 동 상여소득처분금액에 대하여 2010.6.9. 2009년 귀속 원천분 근로소득세 OOO원을 신고·납부하였다.

라. 이후 OOO의 지분 5.02%를 보유하고 있던 OOO의 이사장 김OOO은 ‘OOO의 대표자이자 대주주인 청구인이 이 건 목적물을 OOO에 고가양도하여 손해를 끼쳤다’고 하면서 청구인을 수사기관에 고소함에 따라 청구인은 이 건 계약상 매매대금과 이 건 변경계약상 매매대금의 차액 OOO원(이하 “이 건 차액”이라 하다)을 OOO에 반환하였고, 검찰수사결과 청구인은 「특정경제범죄가중처벌 등에 관한 법률」 위반(배임)으로 공소되었으나, 형사소송결과 2013.1.18. OOO법원에서 청구인이 무죄로 판결(2012노3997)되어 확정됨에 따라 청구인은 OOO을 상대로 2013.2.7. 이 건 차액을 다시 지급하라는 부당이득반환청구소송을 제기하여 2013.5.2. OOO법원에서 원고승소판결(2013가합10166)을 받았다.

마. 처분청은 위 법원 판결들을 근거로 이 건 변경계약의 중요 부분 착오로 인하여 이 건 매매계약의 매매대금으로 원상회복되었다 하여 이 건 목적물의 양도가액을 OOO원으로 보고, 납부불성실가산세 기산일을 2010.7.15.로 하여 산정한 납부불성실가산세 OOO원을 포함한 2009년 귀속 양도소득세 OOO원을 2014.2.13. 청구인에게 경정·고지하였다[한편, 처분청은 고가양수로 인한 대표자 인정상여신고 또한 착오에 의한 것으로 보아 청구법인이 이미 납부한 2009년 귀속 원천분 근로소득세 OOO원과 동 근로소득세의 납부일 다음 날(2010.7.10.)부터 기산한 환급가산금 OOO원을 양도소득세 상당액에 충당하였음을 2014.2.25. 청구인에게 통지하였다].

바. 청구인은 이에 불복하여 2014.3.24. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 아래와 같은 사유로 인하여 이 건 목적물의 양도가액은 OOO원이다.

(가) 당초 청구인은 이 건 목적물에 대하여 그 매매대금을 OOO원으로 신고하였다가 처분청의 감정평가액 등 근거자료 요구에 따라 2개 감정평가법인의 감정평가액 평균액을 기초로 양도소득세 경정청구 및 법인세 등 수정신고를 하였으며, 처분청도 이를 인정하였음에도 이제 와서 동 감정평가액을 시가로 인정할 수 없고 당초 신고가액인 OOO원을 그 양도가액으로 보아야 한다는 의견은 처분청 스스로 행한 과세처분의 위법·부당성을 인정하는 것이다.

(나) 처분청은 2009.12.9.을 기준으로 하여 이 건 목적물의 시가가 OOO원이고, 이 건 변경계약이 아무런 근거가 없는 무효라는 취지로 주장하나, 「법인세법 시행령」 제89조 제2항 제1호는 시가가 불분명한 경우 감정평가법인의 감정가액을 기준으로 할 것을 규정하고 있어, 감정평가법인의 감정가액을 이 건 목적물의 양도가액으로 본 데 잘못이 없고, 달리 이 건 목적물의 양도가액을 OOO원으로 보아야 할 법적 근거가 없다.

(다) 2010년 5월 2개 감정평가법인에 의뢰하여 이 건 목적물의 가치를 평가할 당시 이 건 목적물은 특정되어 있지 아니한 1/2지분임이 명백하므로 당시까지도 분할·특정되지 아니한 이 건 목적물의 시가는 OOO원 정도라 할 것인데, 처분청의 과세논리에 따르면 이 건 매매계약 당시 매매목적물이 이 건 임야 중 1/2지분이 아니라 나중에 분할·특정된 이 건 목적물이라고 인정하는 것 밖에 되지 않아 이 건 매매계약 당시는 물론이고 이 건 변경계약 당시에도 특정되지 않은 물건을 매매대상으로 정한 것 밖에 되지 않고, 이 건 매매계약서나 부동산등기부상에 이전대상이 이 건 임야 중 1/2지분으로 표시되어 있음에도 불구하고 확인되지 않는 청구인의 의사를 임의로 추단하여 과세한 것이므로 이 건 부과처분은 위법하다.

(라) 청구인이 부당이득반환청구소송을 제기하면서 이 건 매매계약을 취소한다는 통고를 하였다 하더라도 이는 이 건 차액을 반환받기 위한 법적 이론구성으로 취소이론을 원용한 것에 불과하고, 실질적으로는 청구인의 소유인 상여금을 지급받은 것에 불과하다.

(2) 설령, 이 건 목적물의 양도가액을 OOO원으로 보더라도, 이러한 매매가액이 시가 적정성을 갖는 것은 이 건 임야가 분할되어 그 하단 부분인 OOO53,653㎡가 OOO에 귀속된 2011.7.27.또는 대금정산일(부당이득반환청구소송의 결과 판결원리금을 받은 날)인 2013.6.12.이고, 「소득세법 시행령」제162조 제2항에서도 ‘완성 또는 확정되지 아니한 자산을 양도 또는 취득한 경우로서 당해 자산의 대금을 청산한 날까지 그 목적물이 완성 또는 확정되지 아니한 경우에는 그 목적물이 완성 또는 확정된 날을 양도일 또는 취득일로 본다’고 규정하고 있는바, 이 건 임야가 분할된 날이나 잔금청산일을 양도일로 보아야 하므로 2009.12.23.을 양도일로 보고 2010.7.15.을 납부불성실가산세 기산일로 하여 납부불성실가산세를 부과한 처분은 잘못이다.

나. 처분청 의견

(1) 아래와 같은 사유로 이 건 목적물의 양도가액을 OOO원으로 보아야 한다.

(가) 청구인은 2009.12.23. 매매대금을 수령하고 이 건 목적물에 대한 소유권이전등기를 경료해준 후 2010.5.10. 감정평가를 받은 2개 감정평가법인의 감정가액 중 1개 법인의 감정가액 OOO원으로 이 건 변경계약을 체결하고, 양도소득세 경정청구를 하면서 양도가액은 2개 감정평가법인의 감정가액 평균액인 OOO원을 적용하였는데, 이는 「법인세법」제52조에 따른 부당행위계산 부인규정을 적용함에 있어 시가를 같은 법 시행령 제89조 제2항 제1호에 따라 2개 감정평가법인의 감정가액 평균액으로 적용하였기 때문이지, 이 건 매매계약을 무효로 하고 이 건 변경계약을 유효한 계약으로 한 것은 아니다. 이러한 사실은 이 건 변경계약 체결 후에도 청구인이 OOO에 이 건 차액을 반환하지 않다가 김OOO로부터 배임혐의로 고소된 다음에서야 반환한 사실로도 알 수 있다.

(나)OOO법원은 위 배임소송에 대한 판결 중 이 건 목적물 매매가격의 적정성에 관한 판단과 관련하여 이 건 목적물은 이 건 임야 중 하단 부분이었을 것으로 판단하면서 ‘이 건 임야를 대상으로 한 감정평가서들만으로는 이 건 임야 중 하단 부분에 대한 이 건 매매대금이 청구인에게 유리하게 현저하게 고가로 책정되었다는 임무위배행위를 증명하기에 부족하다’고 판시하였는데, 이는 해당 감정가액의 시가성을 부인한 것이다.

(2) 청구인은 이 건 차액을 돌려받은 2013.6.12. 등이 대금청산일로서 이 건 목적물의 양도시기가 되어 2010.7.15.을 기산일로 한 납부불성실가산세 부과처분은 부당하다고 주장하나, 청구인은 OOO으로부터 당초 매매대금 전액을 수령하였다가 김OOO로부터 배임혐의로 고소되자 소송을 유리하게 진행하기 위해 OOO에 잠시 반환한 것이어서 당초 매매대금 전액을 수령한 2009.12.23.을 대금청산일로 보아야 하고, 가사 2009.12.23.을 대금청산일로 보지 않더라도 「소득세법」제98조 및 같은 법 시행령 제162조 제1항 제2호에 따라 소유권이전등기접수일인 2009.12.23.이 양도시기가 될 것이어서, 청구인의 주장은 타당하지 않다.

또한, 청구인은 이 건 목적물을 양도하고 양도소득세 예정신고를 하였다가, 2010.5.10. 이 건 목적물을 소급감정하여 양도소득세 경정청구를 하여 환급받았던 것인바, 이는 잘못 감정된 감정가액을 시가로 판단하여 잘못된 경정청구를 한 것으로서 법령의 오해로 인한 것이므로 단순한 법령의 부지나 오해 등은 가산세 감면사유가 아니다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 이 건 목적물의 양도가액을 OOO원으로 하여 양도소득세를 과세한 처분의 당부

② 납부불성실가산세 부과처분의 당부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 과세자료 처리 복명서(2014년 1월)에서 ① 이 건 매매계약에 따른 청구인의 양도소득세 신고에 대하여 2010년 5월경 처분청은 청구인에게 이 건 목적물의 시가를 입증할 자료를 제출할 것을 요구한 사실, ② 이에 따라 청구인은 이 건 목적물에 대한 감정평가를 받아 그 감정평가액(OOO원)에 근거하여 이 건 변경계약서를 재작성하여 양도소득세를 경정청구한 사실, ③ OOO은 법인세를 수정신고하고, 이 건 차액을 청구인에 대한 상여로 소득처분하여 원천분 근로소득세를 신고납부한 사실, ④ 처분청은 청구인의 동 경정청구를 인정하여 양도소득세를 환급해준 사실, ⑤ 청구인이 OOO을 상대로 제기한 부당이득반환청구소송의 판결서에 대하여 ‘최초 이 건 목적물의 양도가액 OOO원에 대하여 재감정한 감정가액 OOO원은 이 건 목적물 감정시 중요 부분의 착오(감정가액 산정)가 있었기에 이 건 변경계약이 취소되어야 하며 이 건 변경계약 취소로 인한 원상회복으로 예탁한 OOO원을 반환하고 2010년 5월경 경정청구로 환급받은 양도소득세 OOO원에 대하여 원상회복하여야 한다’고 판결한 것으로 보아 양도계약(이 건 매매계약) 원상회복판결에 따라 당초 경정청구에 의하여 환급한 환급세액 OOO원에 대하여 고지한 사실 등이 나타난다.

(2) 청구인의 「특정경제범죄 가중처벌 등에 관한 법률」 위반(배임)에 대한 판결서(OOO법원 2012.11.16. 선고 2011고합1502 판결)에서 OOO법원은 ‘매매가격의 적정성 관련 임무위배행위 내지 범의의 존부’에 관하여 판단하면서, 이 건 공소사실은 이 건 매매계약의 대상 내지 목적물이 이 건 임야 중 1/2지분임을 전제로 하여 청구인이 위 지분을 OOO에 현저히 고가로 매도하였음을 임무위배행위로 적시하고 있으나, ① 이 건 매매계약은 이 건 임야에 대한 택지개발사업의 일환으로 진행된 것으로 보이는 점, ② OOO은 이 건 매매계약 체결 후인 2010.5.19.경 이 건 임야에 대한 개발허가신청을 하면서 이 건 임야 중 하단 부분만을 사업부지로 예정하였고, 이후 2011.5.16.경 제출한 신청서에서도 마찬가지였던 점, ③ 이 건 임야 중 하단 부분이 당시 형상이나 도로와의 인접성 등으로 인하여 나머지 부분과 비교하여 사업부지로 보다 적절하였던 것으로 보이는 점, ④ 강OOO(법무사사무실 실장)과 최OOO(세무사 사무실 실장)도 이 법정에서 ‘이 건 매매계약 당시 개발부지는 하단 부분으로 특정되어 있었고, 해당 부분을 OOO에 매각한 것이다’라고 일관되게 진술한 점 등을 고려하면, 이 건 매매계약의 계약서상에 그 목적물을 ‘이 건 임야 중 1/2지분’으로 표시하였으나 실제 당사자 사이에는 진정한 의사로서 이 건 매매계약의 목적물로 삼았던 부분은 택지개발사업에서 우선적으로 개발하기로 예정된 ‘이 건 임야 중 하단 부분’이었을 개연성이 충분하다(당시 분할절차 등이 지연되어 목적물의 표시를 지분으로 하였던 것으로 보인다)고 하면서, 나아가 이 건 임야 중 하단 부분이 나머지 부분과 비교하여 이 건 택지개발사업의 부지로서 가치가 더욱 우월하거나 적지임이 분명하고, 비록 이 건 매매계약 체결 이후이기는 하지만 이 건 임야 중 하단 부분에 관하여 OOO이 OOO원으로, OOO이 OOO원으로 각 감정하여 이 건 매매가격을 상회하고 있음이 확인되는 점 등에 비추어 이 건 매매계약의 대상이 ‘이 건 임야 중 1/2지분임’이 법관으로 하여금 합리적 의심을 배제할 정도의 증명이 이루어졌다고 볼 수 없고(‘이 건 임야의 1/2지분’을 대상으로 한 감정평가서들만으로는 이 건 임야 중 하단 부분에 대한 이 건 매매대금이 청구인에게 유리하게 현저하게 고가로 책정되었다는 임무위배행위로 증명하기에 부족하다), 나머지 공소사실에 부합하는 증거 내지 정황들 역시 진술인의 추측에 기한 진술이거나 이 부분 임무위배행위의 존재를 증명하기에 부족하다고 판시하고 있는데, 위 판결은 항소심에서 원심유지로 판결(OOO법원 2013.1.8. 선고 2012노3997 판결)된 후 확정되었다.

(3) 청구인이 OOO을 상대로 제기하여 확정된 부당이득금반환청구소송의 판결서(OOO법원 2013.5.2. 선고 2013가합10166 판결)의 판결이유 중 판단부분에서 ‘이 건 매매계약 및 이 건 변경계약의 목적물은 공통적으로 이 건 임야 중 1/2지분이 아니라 이 건 임야 중 개발이 용이한 하단 부분으로 특정되어 있었던 사실, 2개 감정평가법인은 특정된 이 건 목적물이 아닌 이 건 임야 중 1/2지분의 시가를 약 OOO원 정도로 평가하였던 사실, 청구인과 OOO은 이 건 목적물의 시가가 약 OOO원인 것으로 착각하고 매매대금을 약 OOO원으로 감액하는 내용의 이 건 변경계약을 체결하였던 사실, 이 건에 대한 수사 및 소송 과정에서 2011.7.22. 주식회사 OOO이 이 건 목적물을 분리하여 그 시가를 산정(기준시점 2011.1.1.)해 본 결과 그 가치는 약 OOO원에 달하는 것으로 평가되었던 사실에 의할 때, 청구인과 OOO이 2개 감정평가법인의 감정결과를 이 건 목적물의 시가가 약 OOO원에 불과하다는 취지로 착각하고, 이 건 목적물의 매매대금을 OOO원에서 OOO원으로 감액하는 내용의 이 건 변경계약을 체결한 것은 동기의 착오에 해당하지만, 청구인이 OOO에 위 동기를 표시하여 이를 전제로 이 건 매매계약을 체결한 이상 위 동기는 매매계약의 내용으로 되었다 볼 것이고, 또한 보통 일반인이 청구인의 입장이었다 하더라도 이 건 목적물의 가치가 약 OOO원이 아닌 약 OOO원에 달한다는 점 등을 알았더라면 이 건 변경계약을 체결하지 않았으리라고 보이므로, 결국 청구인이 이 건 변경계약을 체결함에 있어 그 내용의 중요 부분에 관한 착오가 있었다고 봄이 상당하고, 청구인이 이러한 착오를 이유로 이 건 변경계약을 취소한다는 내용의 의사표시가 담긴 이 건 소장 부본이 OOO에 송달된 날임이 기록상 명백한 2013.2.22. 이 건 변경계약은 적법하게 취소되었다 할 것이므로, 이에 따라 OOO은 청구인에게 이 건 변경계약 취소로 인한 원상회복으로 이 건 변경계약의 내용에 따라 청구인으로부터 지급받은 이 건 차액 및 관련 이자 또는 지연손해금을 지급할 의무가 있다’고 판시되어 있다.

(4) 국세청 전산자료에서 이 건 목적물의 2009년 개별공시지가는 OOO원으로 조회된다.

(5) 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다.

(가) 청구인은 이 건 매매계약 당시 매매목적물이 특정되어 있지 아니하였으므로 감정가액을 근거로 산정한 이 건 변경계약상 매매대금 OOO원을 이 건 목적물의 양도가액으로 보아야 한다고 주장한다.

(나) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인의 「특정경제범죄 가중처벌 등에 관한 법률」 위반(배임)에 관한 형사판결서에서 이 건 매매계약의 대상이 ‘이 건 임야 중 1/2지분임’이 법관으로 하여금 합리적 의심을 배제할 정도의 증명이 이루어졌다고 볼 수 없고, 이 건 변경계약의 매매가액 약 OOO원은 이 건 임야 중 1/2지분에 대한 감정가액으로 적정하지만, 분할등기된 이 건 목적물에 대한 감정가액으로는 부적정하다는 취지로 판시되어 있고, 청구인이 OOO을 상대로 제기한 부당이득금반환청구소송에 대한 민사판결서에서 이 건 매매계약의 목적물은 이 건 임야 중 1/2지분이 아니라 특정된 이 건 목적물로 보면서 그 매매가액인 OOO원이 청구인에게 유리하게 현저히 고가로 책정된 것으로 볼만한 사정이 없다는 취지로 판시하고 있는 점, 이 건 매매계약 체결 이후인 2011년도에 평가된 것이기는 하지만 수사 및 형사소송과정에서 평가한 분할된 이 건 목적물의 감정가액이OOO원이 아니라 약 OOO원에 상당하여 이 건 매매계약상 양도가액 OOO원을 상회하고, 이 건 임야의 개별공시지가가 이 건 매매계약 체결 당시인 2009년과 재차 감정평가를 실시한 2011년 사이에 10% 이내로 상승한 것으로 조회되는 점 등에 비추어 이 건 계약 당시 매매목적물은 이 건 임야 중 1/2지분이라기 보다는 특정된 이 건 목적물이라 할 것이고, 그 양도가액도 이 건 매매계약상 OOO원이라 할 것이므로 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

(6) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다.

(가) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유없이 법에 규정된 신고ㆍ납부 등 각종 의무를 위반한 경우에 부과되는 행정상의 제재이고, 그와 같은 제재는 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시 할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 가할 수 없다 할 것(조심 2011서1923, 2012.6.8., 같은 뜻임)이다.

(나) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 이 건 목적물의 양도가액을 OOO원으로 보아 양도소득세를 신고·납부하였으나, 처분청이 양도가액에 대한 근거자료를 요구함에 따라 감정평가법인에 의뢰하여 감정평가한 가액(OOO원)을 근거로 2010년 5월경 청구인이 경정청구를 하고 사실상 청구인의 1인 지배회사인 OOO은 가산세를 포함한 추가 세부담을 하면서 원천분 법인세를 수정신고하였으며, 처분청도 동 감정평가액을 인정하여 경정청구 및 수정신고를 인정하고 달리 과세처분을 아니하였다가 그 후 4년이 경과한 2014년 7월경에 이 건 부과처분이 이루어진 점 등에 비추어 이 건 목적물의 양도에 관한 양도소득세 신고납부와 관련하여 청구인의 납부의무 해태를 탓하기 어려운 정당한 사유가 있다고 보이므로 이 건 부과처분 중 납부불성실가산세를 부과한 처분은 잘못이라고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 일부 이유 있으므로 「국세기본법」제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.