국심2007서2031 (2009.03.20)

법인

경정

연구원들이 연구전담이 아닌 매출활동에 관련하였던 자체기술개발 부문의 연구원 인건비는 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제대상으로 볼 수 없으나, 위탁 및 공동기술개발비용은 인정한 부분과 인정하지 않은 부분의 이유가 명확하지 아니하므로 사실관계를 재조사함이 타당함

조세특례제한법 제10조【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】 / 조세특례제한법시행령 제8조【연구 및 인력개발준비금의 범위 등】

조심2014서0960

서초세무서장이 2007.2.20. 청구인에게 한 법인세2001사업연도분 239,842,990원, 2002사업연도분 351,904,890원, 2003사업연도분 939,521,970원, 2004사업연도분 1,251,024,820원, 2005사업연도분 968,937,300원의 부과처분은, 위탁 및 공동기술개발비 합계액1,675,124,905원(2001사업연도 182,841,149원, 2002사업연도 187,407,000원,2003사업연도 468,101,091원, 2004사업연도 291,112,798원, 2005사업연도 545,662,867원)에 대하여 「조세특례제한법」제10조의 규정에 의한 세액공제대상인지를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 이를 기각한다.

1. 처분개요

가.청구인은 서울특별시 서초구 양재동 319-6에서 건축엔지니어링 및 관련기술서비스업을 영위하고 있는 법인으로 청구인 소속 건설교통연구원(이하 “쟁점연구소”라 한다)이 「기술개발촉진법시행규칙」제7조의 규정에 의한 과학기술부장관의 권한위임에 따라 1993.10.27. 한국산업기술진흥협회장으로부터 기업부설연구소로 인정을 받아 2001～2005사업연도분 법인세 신고시 쟁점연구소의 연구요원에 대한 인건비 80억888만원(2001년 8억7,287만원, 2002년 11억9,535만원, 2003년 16억8,122만원, 2004년 20억3,533만원, 2005년 23억411만원)에 대하여 1,692,405,523원(2001년 130,930,091원, 2002년 248,537,485원, 2003년 332,560,943원, 2004년 551,422,895원, 2005년 428,954,209원,이하 “공제신청세액”이라 한다)을 「조세특례제한법」제10조의 규정에 의한「연구 및 인력개발비에 대한 세액공제액」으로 신고하였다.

나. 서울지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 청구인에 대하여 법인세 조사를 실시하여 쟁점연구소가 별도의 독립된 연구공간을 갖추지 아니하고, 연구요원이 일반사원과 혼재되어 연구 활동에 전념하지 아니하고 일반매출활동에도 참여하고 있어 청구인이 신고한 연구개발비 중 77억6,576만원(2001년 8억4,623만원, 2002년 11억8,535만원, 2003년 16억5,122만원, 2004년 19억1,769만원, 2005년 21억6,527만원)에 대하여 「조세특례제한법」제10조의 규정에 의한「연구 및 인력개발비에 대한 세액공제」의 요건을 충족하지 못한 것으로 보고 청구인이 2001～2005사업연도에 신고한 공제신청세액 중 1,618,386,003원(2001년 126,934,636원, 2002년 247,037,485원, 2003년 328,060,943원, 2004년 533,777,165원, 2005년 382,575,774원, 이하 “쟁점공제신청세액”이라 한다)에 대한 세액공제 적용을 배제하라는 조사결과 자료를 처분청에 통보하였고, 이에 처분청은 2007.2.20. 청구인에게 법인세 2001사업연도분 239,842,990원, 2002사업연도분 351,904,890원, 2003사업연도분 939,521,970원, 2004사업연도분 1,251,024,820원, 2005사업연도분 968,937,300원을 각각 경정·결정고지하였다.

다.청구인은 이에 불복하여 2007.5.21. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인의 쟁점연구소가 독립된 연구공간을 갖추고 쟁점연구소의 연구원이 연구활동에 전념하였으므로 처분청이 부인한 연구개발비 중 (자체기술부문)연구원 인건비 5,645,170,040원과 (공동기술개발부문)위탁연구용역비 1,630,122,824원 합계 7,275,292,864원에 대하여는 세액공제대상 연구개발비로 인정하여 각 사업연도 법인세 산출세액에서 공제하여야 한다.

쟁점연구소는 1993.10.27. 「과학기술부고시」제2003-10호 제6조의 규정에 의해 적법하게 독립된 연구공간으로 하여 전담부서를 설치하고, 쟁점연구소의 연구원으로 하여금 연구개발활동만을 위한 장소로 활용되고 있으며, 처분청은 쟁점연구소의 연구원들이 현업부서의 업무를 겸임하고 있다고 보았으나, 엔지니어링 사업에서 연구·개발업무의 특성은 제조업 등에 있어서의 연구실과 달라서 토목설계 등에 있어 신기술개발이나 혁신 설계프로그램의 개발 등의 연구활동을 하기 위해서는 설계·감리현장에 참여하는 경우도 있으며, 그 공사유형에 따라 연구결과물을 생산하여 제공하였을 뿐만 아니라 다른 공사 또는 다른 유형의 공사에도 응용하여 적용할 수 있는 정형화할 수 있는 연구결과물인 특허, 실용신안, 프로그램 등록 등의 방법으로 자산화하고 그 연구결과를 적용하기 위하여도 현장에 참여해야 하는 것이므로 처분청이 단순히 전담부서 연구원이 일부 수주공사 수행을 위한 설계 등의 업무에 참여하였다는 사실만으로 쟁점연구소의 모든 연구 활동비용을 연구개발비에서 제외하는 것은 부당하며,

또한, 위탁 및 공동기술개발의 경우, 청구인과 같이 자체적으로 각 사업부에 통상적인 설계 등의 업무를 수행하는 기술자들이 있고, 따로 연구전담부서까지 있는 엔지니어링 전문사업체가 대학 등의 외부 전문연구기관에 기술용역을 위탁하여 생산하였다면 그 연구생산물이 설사 각 사업부 수주공사 수행에 일부 직접 활용되었다 하더라도 그 비용은 이를 신기술 등의 연구개발에 소요된 것으로 볼 것이지 단순한 공사원가라고만 할 수 없는 것이므로 처분청이 위탁생산한 연구성과가 수주공사 등의 수행을 위하여 일부 직접 활용되었다는 사실을 이유로 그 위탁용역비를 연구개발비에서 제외한 것은 부당하다.

나. 처분청 의견

과학기술부고시에 따르면, 다른 부서와 구분할 수 있도록 벽면전체를 독립된 공간으로 구분하여 별도의 출입문을 갖추고 연구개발목적으로만 사용할 것을 제시하고 있음에도, 청구인의 개인별 직통전화번호표·자리배치도·인사기록부 및 경기조 편성내역 등을 보면, 쟁점연구소는 조사일(2006.11.6.) 현재 사옥 3층에 고정된 칸막이를 설치하여 쟁점연구소로 사무실을 확보하였으나, 본 시설은 한국산업기술진흥협회의 인정요건을 갖추기 위해 형식상으로 존재하였을 뿐, 실제 쟁점연구소의 연구원으로 신고된 자들은 5명에 불과하고, 청구인의 연도별 부서비(교통비)정산철, 출장신청서(정산서)에 의하면 출장지, 출장목적, 출장횟수 등을 확인한 바, 직접적인 연구활동과 관련 없는 기본계획수립, 측량, 토질조사 및 실험, 실시설계, 문화재지표조사, 성과표 작성, 환경영향평가 등의 수익사업을 영위하는 각 부서에 소속되어 매출활동을 하고 있음이 용역계약서 등에 의해 확인되므로 청구인의 주장은 인정할 수 없으며,

청구인이 연구개발을 통하여 새로운 설계방법 및 신기술을 개발하여 실무에 적용하였다면 외주가공비가 줄어드는 것이 타당하나, 청구인의 외주가공비 계정을 살펴보면, 매년 고액으로 수입금액 대비 외주가공비가 높게 발생되고 있는 점으로 볼 때 쟁점연구소의 연구원이 순수 연구활동을 하였다고 주장하는 청구인의 주장에 대한 반증으로 사실상 실무부서에 소속되어 연구전담이 아닌 매출활동의 일환으로 한 것으로 위탁용역비 또한 연구개발비에서 제외한 것은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점연구소가 독립된 연구공간을 갖추지 아니하고 연구원이 연구활동이 아닌 일반 매출활동에도 참여한 것으로 보아 「연구 및 인력개발비에 대한 세액공제」를 배제하고, 위탁 및 공동기술개발비의 경우 그 연구생산물이 각 사업부 수주공사 수행에 직접 활용된 것으로 보아「연구 및 인력개발비에 대한 세액공제」적용을 배제한 처분의 당부

나. 관련법령

(1)조세특례제한법(2005.12.29. 법률 제7775호로 개정되기 전의 것) 제10조【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】① 내국인(제136조 제1항의 규정에 의한 소비성서비스업을 영위하는 내국인을 제외한다)이 2006년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령이 정하는 비용(이하 "연구 및 인력개발비"라 한다)이 있는 경우에는 다음 각호의 방법 중 하나를 선택하여 세액공제를 적용받을 수 있다. 다만, 중소기업이 아닌 자에 대하여는 제1호의 규정만 적용한다.

1. 당해 과세연도에 발생한 연구 및 인력개발비가 당해 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 당해 초과하는 금액의 100분의 40(중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액을 당해 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제하는 방법

2. 당해 과세연도에 발생한 연구 및 인력개발비에 100분의 15를 곱하여 계산한 금액을 당해 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제하는 방법

(2) 조세특례제한법시행령(2005.12.30. 대통령령 제19213호로 개정되기 전의 것) 제8조【연구 및 인력개발준비금의 범위 등】③ 법 제9조 제2항 제1호에서 "대통령령이 정하는 비용"이라 함은 재료·제품·기계장치 또는 공정을 개선하거나 새로운 생산방법을 탐구하기 위한 연구 및 인력개발비·기술정보비 등의 비용으로서 별표 5의 비용을 말한다.

제9조【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】 ② 법 제10조 제1항 본문에서 "대통령령이 정하는 비용"이라 함은 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중〔별표〕6의 비용을 말한다.

⑥ 법 제10조 제1항의 규정을 적용받고자 하는 내국인은 과세표준신고와 함께 재정경제부령이 정하는 세액공제신청서 및 연구 및 인력개발비명세서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

[별표 5] 연구및인력개발준비금의 사용기준(제8조 제3항 관련)

[별표 6〕연구·인력개발비세액공제를 적용받는 비용(제9조 제2항 관련)

(3) 조세특례제한법시행규칙(2005.12.31. 재정경제부령 제478호로 개정되기 전의 것) 제6조【연구 및 인력개발준비금의 사용기준】 ① 영 제8조 제3항의 규정에 의한 영〔별표〕5의 1. 기술개발 및 도입기술의 소화개량비란 가목 본문 중 "재정경제부령이 정하는 기업의 연구개발전담부서"라 함은 「기술개발촉진법시행규칙」제7조의 규정에 의하여 인정받은 기업부설연구소와 동 규칙 제8조의 규정에 의하여 과학기술부장관에게 신고한 기업 내의 연구개발전담부서(이하 "전담부서"라 한다)를 말한다.

② 영 제8조 제3항의 규정에 의한 영〔별표〕 5의 1. 기술개발 및 도입기술의 소화개량비란 가목①에서 "전담부서에서 근무하는 직원으로서 재정경제부령이 정하는 자"라 함은 과학기술분야의 연구업무에 종사하는 연구요원 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자(주주인 임원으로서 영 제13조 제8항 각호의 1에 해당하는 자를 제외한다)를 말한다.

제7조【연구 및 인력개발비의 범위】 ① 영 제9조 제2항의 규정에 의한 영 별표 6의 1. 기술개발이란 가목 ①에서 "재정경제부령이 정하는 자"라 함은 제6조 제2항의 규정에 의한 연구요원 등을 말한다.

(4)기술개발촉진법(2005.12.30. 법률 제7809호로 개정되기 전의 것)

제2조【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

1. “기술개발”이라 함은 산업기술의 연구 및 그 성과를 이용하여 재료·제품·장치시스템 및 공정 등에 적용할 수 있는 새로운 방법을 찾아내는 활동을 말하며, 시범제작 및 공업화 중간시험의 과정까지를 포함한다.

제7조【특정연구개발사업의 추진 등】 ① 과학기술부장관은 핵심산업기술을 중점적으로 개발하기 위한 연구개발사업(이하 "특정연구개발사업"이라 한다)에 관한 계획을 수립하고, 연도별로 연구과제를 선정하여 이를 다음 각호의 기관 또는 단체와 협약을 맺어 연구하게 할 수 있다. 이 경우 제2호의 기관 중 대표권이 없는 기관에 대하여는 그 기관이 속한 법인의 대표자와 협약할 수 있다.

2. 연구인력·시설 등 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 기업부설연구소(이하 "기업연구소"라 한다)

(5) 기술개발촉진법시행령(2006.2.8. 대통령령 제19321호로 개정되기 전의 것) 제15조【특정연구개발사업 참여기관 등의 기준】 ① 법 제7조 제1항 제2호에서 “대통령령이 정하는 기준에 해당하는 기업부설연구소”라 함은 다음 각호의 구분에 따른 연구전담요원을 늘 확보하고 독립된 연구시설을 갖춘 기업부설연구기관으로서, 과학기술부령이 정하는 사항을 신고하여 과학기술부장관의 인정을 받은 기관을 말한다. 이 경우 과학기술부장관이 연구과제의 특수성 또는 기업의 규모를 고려하여 필요하다고 인정하는 때에는 연구전담요원의 수를 조정할 수 있다.

1. 중소기업기본법 제2조의 규정에 의한 중소기업자가 설립한 기업부설연구소 : 5인 이상

2. 국외에 있는 기업부설연구소 : 5인 이상

3. 과학기술부령이 정하는 과학기술분야연구기관의 연구원이 창업한 연구개발형 중소기업 또는 「벤처기업육성에관한특별조치법」 제2조의 규정에 의한 벤처기업이 설립하는 기업부설연구소 : 2인 이상(창업일부터 5년간에 한한다)

4. 제1호 내지 제3호 외의 기업부설연구소 : 10인 이상

(6) 기술개발촉진법시행규칙(2001.7.20. 과학기술부령 제27호로 개정된 것) 제7조【기업부설연구소의 신고 등】②영 제15조 제1항의 규정에 의하여 기업부설연구소로 인정을 받고자 하는 자는 별지 제7호 서식에 의한 신고서에 다음 각호의 서류를 첨부하여 협회장에게 제출하여야 한다.

1. 연구사업개요서 1부

2. 연구소의 조직 및 직원 현황 1부

3. 연구시설명세서 1부

③ 협회장은 제2항의 규정에 의한 신고를 받고 기업부설연구소로 인정하는 때에는 별지 제8호 서식에 의한 기업부설연구소인정서를 교부하여야 한다.

④ 영 제15조 제1항의 규정에 의한 기업부설연구소의 신고에 관하여 그 밖의 필요한 사항은과학기술부장관이 따로 정하여 고시한다.

(7) 과학기술부고시 제2003-10호(2003.8.23.) ② “연구소·전담부서 및 영리연구법인의 직원”(이하 “연구소직원”이라 한다)이라 함은 다음 각 호의 자를 말한다.

1. 연구전담요원

연구소·전담부서 및 영리연구법인의연구개발활동과 관련된 분야를 전공하고 연구개발과제를 직접 수행하며 연구업무 이외의 다른 업무를 겸하지 않는 자를 말한다.

제3조(연구소 등의 일반기준) ① 연구소 또는 전담부서를 설립하고자 하는 기업은 독립된 연구공간 내에 연구기자재를 구비하고 연구소 직원이 연구업무에만 수행할 수 있도록 매출·영업 등 연구활동 이외의 기업활동과 관련된 별도의 상시 종업원을 확보하여야 한다.

제6조(연구시설 등에 대한 세부기준) ① 제2조 제3항에 규정된“독립된 일정한 연구공간”(이하 “독립공간”이라 한다)은 다른 부서와 구분할 수 있도록 벽면전체를 독립된 공간으로 구분하여 별도의 출입문을 갖추고 연구개발 이외의 용도로 활용할 수 없다.

나. 사실관계 및 판단

(1) 「조세특례제한법」제10조의 규정을 보면, 연구개발비는 재료·제품·기계장치 또는 공정을 개선하거나 새로운 생산방법을 탐구하기 위한 연구 및 인력개발비·기술정보비 등의 비용으로서 연구개발 전담부서에 소속된 연구원들의 인건비만이 세액공제대상이 되며,

또한, 「조세특례제한법시행령」제8조 제3항 관련 별표5의1. 가목의 규정을 보면, 재정경제부령이 정하는 기업의 연구개발 전담부서를 규정하고 있고, 이에 따른 「조세특례제한법시행규칙」제6조 제1항의 규정에 의하면, 영 별표5의1. 기술개발 및 도입기술의 소화개량비란 가목 본문 중 “재정경제부령이 정하는 전담부서”라 함은 「기술개발촉진법시행규칙」제8조의 규정에 의하여 과학기술부장관에게 신고한 기업 내의 전담부서를 말한다고 규정하고 있어 기술개발에 필요한 지원을 할 수 있는 “기업 내의 연구전담부서”라 함은 과학기술분야의 연구개발업무를 담당하는 부서임을 알 수 있는 명칭으로, 과학기술분야의 연구개발업무를 주요업무로 하여 관련 규정이 정한 일정한 자격요건을 갖춘 연구전담요원을 확보 및 설립하여 이를 「기술개발촉진법시행규칙」제8조의 규정에 따라 과학기술부장관에게 신고(연구원 등의 변경이 있는 경우에는 변경신고)하여야 필요한 기술개발세액공제를 받을 수 있도록 규정하고 있어,

연구개발전담부서에 소속되지 아니하는 연구원들은 실제로 연구개발업무에 종사한다 하더라도 세액공제 대상이 아니며, 또한 과학기술부장관에게 신고하여 과학기술부장관의 권한위임에 따라 1992.3.23. 한국산업기술진흥협회장으로부터 기업부설연구소로 인정을 받은 부분에 한하여 지출된 인건비 등이 세액공제대상이 되도록 규정하고 있다.

(2) 청구인이 2001～2005사업연도 중에 발생된 것으로 신고한 연구개발비의 내역은 아래 <표 1>과 같고, 연구원 인건비는 쟁점연구소 소속 연구원에게 지급한 급여 및 상여액이며, 위탁연구비는 대학 등 외부전문기관에 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용 및 이들 기관과의 공동기술개발을 수행함에 따른 비용으로 기재되어 있다.

<표 1> 연구개발비 발생 내역

(단위 : 백만원, %)

(3) 조사청의 연구개발비 인정 및 부인 내역을 살펴보면, 조사청은 연구전담부서인 쟁점연구소의 연구원의 출장복명서, 직원에 대한 직접질문 등을 통하여 전담부서 연구원이 수주공사 수행을 위한 일상적인 설계 등의 업무에 일부 참여한 것을 확인하여 이를 근거로 청구인이 신고한 연구개발비에 대하여 순수한 연구목적이 아닌 수주공사 수행을 위한 설계 등의 매출과 관련된 비용과

자기사업과 관련된 용역제공을 하기 위하여 외부기관에 위탁한 용역비용 및청구인 소속 쟁점연구소 소속 연구원들의 사원명부, 출장복명서와 연구원에 대한 질문 등을 통하여 연구원의 수행업무에 순수한 연구활동 이외의 비용을 부인한 것으로 나타나고, 일부에 대하여는 인정한 것으로 나타나고 있다.

<표 2> 연구개발비 신청 및 인정내역

(단위 : 천원)

* 부인액 내역 7,765,763천원(연구원인건비 6,090,639천원 + 위탁·공동개발연구비 1,675,124천원)

<2001년 인정내역>

o5/15 한양대학교 deck plate 사용성 검토 연구용역 19,000천원

o 6/23 테이프코트롤(좌회전시스템개발) 1,626천원

o 9/13 도로콘크리드상판의 잔존수명예측을 위한 연구비 6,000천원

<2002년 인정내역>

o 7/18 경기대학교 연구용역(도시계획변경수리수문) 10,000천원

<2003년 인정내역>

o 1/23 고속도로우회도로 ITS구축연구용역 30,000천원

<2004년 인정내역>

o 김유진연구원 인건비 36,422천원

o 수자원국책사업(연구개발과제수행) 81,216천원

<2005년 인정내역>

o 강병수 15,912천원

o 김유진 35,431천원

o 오석현 40,651천원

o 이민권 22,919천원

o 임명훈 13.412천원

o 2/17 강하하수종말처리장증설공사 모형실험분석 및 연구용역 10,500천원

(4) 청구인의 기업부설연구소의 연구시설요건 충족여부 등을 살펴보면, 「과학기술부고시」제2003-10호(2003.8.23.) 제6조에 규정된 기업부설연구시설에 대한 세부기준에서 “독립된 일정한 연구공간은 다른 부서와 구분할 수 있도록 벽면전체를 독립된 공간으로 구분하여 별도의 출입문을 갖추고 연구개발 이외의 용도로 활용할 수 없는 것”으로 규정하고 있다.

청구인은 1993.10.27. 과학기술부장관으로부터 기업부설연구소 등의 설치·운영 및 관리업무를 위임받은 한국산업기술진흥협회장이 기업부설연구소로 인정한 연구소라고 주장하고 있으나,

조사청의 조사내역을 보면, 조사일 현재 사옥 3층에 고정된 칸막이를 설치하여 형식적으로 별도의 연구소 사무실을 확보하고 있을 뿐이고, 인력배치도, 개인별 직통전화번호표, 인사기록부(건설교통연구원), 경기조 편성을 보면, 쟁점연구소의 연구원은 5명으로 「과학기술부고시」제6조에 규정된 다른 부서와 구분할 수 있도록 벽면전체를 독립된 공간으로 구분하여 별도의 출입문을 갖춘 공간을 확보한 것으로 볼 수 있는 객관적인 증빙을 제시하지 못하고 있다고 기재되어 있다.

또한, 청구인은 2007.1.15. 현재 연구원은 연구원장 강호익을 포함하여 34명(전체 직원 370명 중 9.18%)이라고 주장하고 있으나, 조사청이 증빙자료로 제시한 인사기록카드, 업무별배치표, 개인별 직통전화번호표 등을 보면, 연구원이 5명(부사장 강호익, 과장 김유진, 대리 임태규, 이민권, 사원(여) 박명남, 직통전화번호표에는 차장 오석현 추가됨)으로 기재되어 있고, 각 현업부서와 유사한 명칭과 업무분장으로 이루어져 연구요원과 현업부서의 직원간 구분이 불가능한 것으로 조사서 등에 나타나고 있고,

청구인도 이 점에 대하여는 현업부서와 연구원간의 인사교류가 빈번하고 각 부서별 수행업무가 밀접하게 관련되어 있어 인사담당 이외의 직원들은 어떤 연구요원이 현재 연구원 소속 특정 업무부서 소속인지 현업 특정부서 소속인지를 구별하지 않고 보는 경우가 있으며, 이로 인하여 수주한 계약목적물을 시공하는데 직접 필요한 기술개발 및 연구를 현업부서와 유사한 명칭과 업무분장으로 이루어졌음을 인정하고 있다.

아울러, 「과학기술부고시」제2003-10호(2003.8.23.) 제2조의 규정을 보면, 연구전담요원은 연구개발활동과 관련된 분야를 전공하고 연구개발과제를 직접 수행하며 연구업무 이외에 다른 업무를 겸하지 않는 자를 말한다고 규정하고 있는 바, 조사청이 제시한2006.11.27. 대표이사 이희성이 확인한 용역별배부기준 확인서 및 답변서를 보면, 용역별 급여배부기준에 대하여 2001～2005사업연도 연구개발과 관련하여 연구원의 급여배분 기준은 용역규모 및 계약기간 등을 고려하여 관리부장 최인범이 수기로 배분하고, 이것을 결산에 반영하는 것으로 확인한 바 있고,

청구인의 연도별 부서비 정산철에 의한 출장지, 출장목적, 출장횟수 등을 확인한 바, 연구요원이라고 주장하는 사람들의 활동을 보면, 직접적인 연구활동과 관련 없는 활동들이 대다수로 각 연구활동 외의 부서에 소속되어 매출활동을 하고 있음이 차량보조금지급대장 등(연구전담부서로 지급된 사실이 없이 각 사업부의 실행부서에서 지급)에 의하여 나타나고,

용역계약서에 의해 설계용역(매출활동)과 관련한 용역내용을 보면, 기본계획 수립·측량·토질조사 및 시험, 실시설계·문화재지표조사, 성과품 작성, 환경영향평가 등의 일련의 과정을 수행하는 것으로 하여 계약을 체결하고, 이에 따라 각 해당부서에서 의뢰받은 용역과 관련하여주로 매출활동을 하는 것으로 조사된 바, 연구원으로 신고된 자들이 실제로는 연구전담이 아닌 매출활동을 한 것으로 나타나고 있다.

(5) 청구인은 연구결과가 타당한지를 점검하는 과정에서 진행되는 설계 및 현장참여도 연구개발에 포함되는 것으로 이에 대한 연구원의 인건비도 연구·인력개발비세액공제 대상이 되는 연구활동비용이라고 주장하는 바, “연구”라 함은 「기술개발촉진법」제2조 제1호에 규정하는 기술개발을 의미하고, “기술개발이라 함은 신기술의 연구 및 그 성과를 이용하여 재료·제품·장치 시스템 및 공정 등에 적용할 수 있는 새로운 방법을 찾아내는 활동을 말하며, 시범제작 및 공업화 중간시험과정까지 포함한다”라 할 것(「조세특례제한법기본통칙」9-8-1 참고)이고, 연구결과에 따르는 시범적인 수준의 설계로서 연구가 주된 업무이고 설계는 부수적인 업무를 의미한다고 보여진다.

조사청이 제시한 용역계약서, 참여기술자명단 등을 살펴보면, 청구인이주장하는 연구원들이 타 사업부서 직원과 일관되게 혼재되어 아래의 예와 같이 사용되어 왔으며, 기업의 매출활동과 직접적으로 관련이 있는 설계활동을 한 것으로, 성과품 납품, 업무협의, 설계(기본 및 실시설계, 턴키)를 위한 야근, 홍보활동(주민설명회), 수주협의 등의 활동을 한 사실로 볼 때 연구전담으로 볼 수 없는 매출활동을 실제로 수행한 것으로 나타나고 있다.

<예> 2003.5.～2003.12.(210일) 이동·미조 하수종말처리장 기본 및 실시설계용역(계약금액 10억원, 발주처 남해군청)을 보면,상하수도분야에서 염병대외 17명 중 연구원이라는 한제호가 다른 부서원과 혼재되어 설계업무를 수행하고, 수자원개발분야에서 이광주 외 6명 중 연구원이라는 김찬호가 다른 부서원과 혼재되어 설계업무를 수행하고,토목구조분야에서 김기부 외 6명 중 연구원이라는 김기부·최창익이 다른 부서원과 혼재되어 설계업무를 수행하고,토지 및 기초분야 오해진외 4명 중 연구원이라는 정무진이 다른 부서원과 혼재되어 설계업무를 수행하고,도시계획분야 윤중경 외 4명 중 연구원이라는 노혜진·김동영이 다른 부서원과 혼재되어 설계업무를수행하며, 환경분야 김충직 외 3명 중 연구원이라는 김충직이 다른 부서원과 혼재되어 설계업무를 수행한 것으로 일관되게 나타나고 있다.

(6) 청구인의 2003년～2005사업연도의 외주가공비 증감내역을 보면, 아래 <표 3>와 같이 나타나고 있고, 처분청은 청구인이 연구개발을 통하여 새로운 설계방법 및 신기술을 개발하여 실무에 적용하였다면 외주가공비가 줄어드는 것이 타당하나, 오히려 증가한 것은 당해 용역이 매출활동을 위한 일련의 과정으로서 사업부서의 수주공사 수행에 외주가공비가 직접 활용되는 용역이기 때문이라는 의견이다.

<표 3> 외주가공비 연도별 증가 추이

(단위 : 백만원, %)

(7) 청구인은 처분청이 위탁 및 공동기술개발비용(1,833,477,051원)중 7건 158,352,146원에 대하여는 적법한 것으로 인정하였는 바, 인정된 비용이 인정되지 못한 비용(1,675,124,905원)과 그 성격이 다르다고 볼 수 없다고 하면서 아래의 사례를 제시하고 있으나, 처분청은 인정되지 못한 비용에 대한 명확한 의견 제시가 없다.

가) 2001.6.23. 테이프코트롤(좌회전시스템개발) 총지출액 75,171,093원 중 1,636,384원에 대하여는 인정하고, 나머지 73,534,709원 인정하지 아니하였다.

나) 2003.1.23.「고속도로 우회도로 ITS구축연구」중 2003.1.23. 30,000,000원에 대하여는 인정하고, 2002.5.31. 31,500,000원, 2003.2.28. 31,500,000원 및 2003.4.1. 120,000,000원은 인정하지 아니하였다.

다) 2005.2.17.「강하하수종말처리장증설공사 모형실험분석」중 2005.2.17. 10,500,000원에 대하여는 인정하고, 2005.3.28. 10,500,000원과 2005.9.26. 14,000,000원은 인정하지 아니하였다.

(8) 위 사실관계를 종합하여 보면, 쟁점연구소는 「과학기술부고시」제2003-10호(2003.8.23.)에서 규정하고 있는 「기술개발촉진법시행규칙」제7조에 규정에 의한 기업부설연구소 또는 동 규칙 제8조에 규정된 기업 내의 연구개발전담부서 요건에 의한 벽면전체를 독립된 공간으로 구분하여 별도의 출입문을 갖추도록 하는 전담연구시설의 물적 요건을 갖추지 못한 것으로 나타나고,

연구원들의 연구개발활동 등을 보면,실지로 쟁점연구소에 근무하면서 매년 연구실적을 내는 등과학기술분야의 축적된 지식을 이용 또는 새로운 응용방법을 찾아내는 체계적이고 창조적 성격의 활동이라기보다는타 사업부서 직원과 일관되게 혼재되어시공할 건물에 대한 설계 등 매출과 관련된 영업활동을 한 것으로 나타나고 있는 반면에, 청구인이 이를 반증할 수 있는 객관적인 증빙을 제시하지 못하고 있으며,

조세감면요건규정 중 명백히 특례규정이라고 볼 수 있는 규정에 대하여는 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다는 점에 비추어 청구인의 연구개발비 중 자체기술개발 부문의 연구원 인건비 6,090,638,974원(<표 2>의 부인액 중 연구원 인건비)에 대하여는 「조세특례제한법」제10조에 규정된 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제대상으로 볼 수 없다고 판단된다.(대법원2001두731, 2002.4.12. 같은 뜻임)

다만, 청구인의 위탁 및 공동기술개발비용 1,833,477,051원 중에서 처분청은 7건 158,352,146원에 대하여는 「연구 및 인력개발비에 대한 세액공제」대상으로 인정하고, 나머지 합계 1,675,124,905원(<표 2>의 부인액 중 위탁 및 공동기술개발비 : 2001사업연도 182,841,149원, 2002사업연도 187,407,000원, 2003사업연도 468,101,091원, 2004사업연도 291,112,798원, 2005사업연도 545,662,867원)에 대하여는 인정하지 아니하였으나, 인정한 부분과 인정하지 아니한 부분의 이유가 명확하지 아니하므로 이 부분에 대하여는 처분청이 사실관계를 재조사하여「조세특례제한법시행령」(2005.12.30. 대통령령 제19213호로 개정되기 전의 것) 제9조 제2항 관련 〔별표〕6의 1. 기술개발이란 나목(위탁 및 공동기술개발)에 해당하는 경우에는 이를 연구·인력개발세액공제를 적용하여야 할 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2009. 3. 20.

주심조세심판관 이 영 우

배심조세심판관 이 광 호

이 전 오

박 요 찬