1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 1972. 10. 6. 설립자로부터 화성시 송산면 고정리 315-19 유지 19,666㎡, 같은 리 315-20 염전 62,093㎡, 같은 리 315-21 구거 6,979㎡, 같은 리 315-22 염전 50,499㎡, 같은 리 315-24 잡종지 2,460㎡(이하 ‘종전 자산’이라 한다) 등을 수익용 기본재산으로 출연받아 소유하고 있었는데, 위 토지가 송산그린시티 개발사업(국토해양부고시 제2008-4호)에 편입됨에 따라 2009. 4. 23. 사업시행자인 한국수자원공사와의 손실보상협의를 거쳐 2009. 5. 7. 15,273,410,870원에 매도하였다.

나. 이에 앞서 원고는 사립학교법 제28조, 같은 법 시행령 제11조 제5항 제2호에 따라 2009. 4. 30. 경기도교육청에 수익용 기본재산인 종전 자산을 처분하고 그 손실보상금을 정기예금에 예치한다는 취지의 신고를 하였고, 위 신고가 2009. 5. 7. 수리되었다.

다. 원고는 위 매매대금을 수령한 직후 정기예금(비영리사업회계의 자산)에 예치하였다가 2009. 7. 2. 경기도교육청으로부터 정기예금 중 7,056,734,000원을 서울 광진구 구의동 251-157 소재 대지 취득 및 그 지상 오피스텔 건축을 위하여 사용하는 것에 대하여 허가를 얻은 다음 2009. 7. 6. 위 대지 구입비로 29억 원을, 2010. 11. 30.까지 오피스텔 공사비 등으로 4,156,734,000원을 사용하였다

(이하 위 토지와 오피스텔 건물을 일괄하여 ‘대체자산’이라 한다). 라.

원고는 2009. 3. 1.부터 2010. 2. 28.까지의 사업연도 이하 '2009 사업연도'라 한다

) 법인회계 중 수익사업회계에 속하는 13,853,980,870원(= 종전 자산 매매대금 15,273,410,870원 - 취득원가 1,419,430,000원 을 비영리사업회계에 전출하고, 이를 고유목적사업준비금으로 손금 계상하여 그 사업연도 법인세를 신고하였다.

마. 이후 중부지방국세청은 학교법인에 대한 고유목적사업준비금...