국심2002서0449 (2002.06.07)

법인

취소

연구개발비는 이연자산으로 계상하여 그 대가를 지급할 의무가 확정된 지출연도에 균등액 이상을 상각하여 손금에 산입을 인정한 사례임

법인세법 제9조【각사업년도의 소득】 / 법인세법 제40조【손익의 귀속사업연도】

OOO 세무서장이 2001.11. 8. 청구법인에게 부과한 1997사업연도 귀속 법인세 28,039,050원 및 1998사업연도 귀속 법인세 30,987,090원의 부과처분은 이를 취소합니다.

1. 처분개요

청구법인은 서울특별시 OOO구 OO동 OO OOOO에서 압력계기 제조 ·도매업 및 부동산임대업을 영위하는 업체로서 공업발전법 및 동법시행령과 공업기반기술개발사업운영요령에 의한 기술개발을 위하여 한국계측기연구조합으로부터 1997년도 113,208,000원과 1998년도 123,210,000원을 지원 받고 중소기업청으로부터 1997년도 28,199,000원과 1998년도 19,801,000원을 지원받고 이를 지원받은 사업연도에 장기차입금으로 계상하였으며, 동 출연금으로 지출한 연구개발비 1997년도 141,407,000원과 1998년도 143,011,000원을 지출한 사업연도에 각각 이연자산으로 계상한 후 손금산입하였다. 이에 대하여 처분청은 청구법인이 1997·1998사업연도에 정부출연금으로 지출한 연구개발비는 기술개발이 종료된 사업연도의 익금과 손금으로 계상하여야 함에도 청구법인이 지출한 사업연도에 손금산입하였다고 하여 동 연구개발비를 손금불산입처분하여 1997년 법인세 28,039,050원과 1998년 법인세 30,987,090원을 2001.11.8. 결정고지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 2002.2.4. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 공업발전법 등에 의한 기술개발사업을 위한 정부출연금에 대한국세청예규 법인46012-2806(1996.10.9.)은 정부출연금의 수익실현시기와 동 개발사업에 사용한 연구개발비에 대한 회계처리방법을 달리하고 있는 바, 이는 정부출연금을 교부받은 것은 일종의 차입금의 형태로 지원되는 것으로 향후 기술개발사업의 성패에 따라 차입금의 상환금액 및 상환방법이 달라지므로 동 출연금(차입금)에 대한 상환금액의 차이 및 운용수익(이자수익 등)은 기술개발이 종료하는 날이 속하는 사업연도에 확정된 것을 익금 및 손금으로 하는 것이며, 동 법인이 당해 기술개발에 사용한 금액은 기술개발협약에 의한 정부출연금과 자체법인부담금을 포함하여 경상적 연구개발비로 지출되었다면 동 연구개발비는 구 법인세법시행령(1998.12.31. 개정전의 것) 제38조제2항제4호의 규정에 따라 「연구개발비로 계상한 사업연도부터 5년 이내의 사업연도에 균등액 이상을 상각하여야 한다」는 것으로 해석된다.

(2) 처분청의 의견에 의하면 동일한 연구개발사업에 투입된 연구개발비일지라도 청구법인이 부담한 연구개발비는 지출연도에 이연자산으로 계상하고, 정부출연금으로 지출한 연구개발비는 지출한 사업연도가 아닌 정부출연금의 상환액이 확정된 사업연도부터 이연자산으로 계상하여야 하는 모순이 발생하는 것으로서, 이는 구 법인세법시행령(1998.12.31. 개정전의 것) 제38조제2항제4호의 규정에 의한 “연구개발비로 계상한 사업연도부터 5년 이내의 매 사업연도에 균등액 이상을 상각하여야 한다”라는 규정에 정면으로 배치되는 것이라고 판단된다.

(3) 따라서, 처분청이 청구법인에 대하여 연구개발비의 손금산입시기가 잘못되었다하여 연구개발비를 손금불산입하여 법인세를 결정한 처분은 공업발전법에 의한 정부출연금의 성격을 오해한 것이며, 정부출연금으로 지출한 연구개발비의 회계처리에 대하여 차입금성격의 정부출연금에 대한 차입금 및 상환차손익에 대한 회계처리와 연구개발비에 대한 회계처리를 달리하도록 해석한 국세청예규(법인46012-2806, 1996.10.9.)를 잘못 이해하여 처분한 것으로서 청구법인에 대한 법인세 부과처분은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

청구법인이 정부출연금에서 지출한 연구개발비 1997년도 141,406,201원 및 1998년도 143,011,799원을 당해연도에 일시상각하여 비용처리한 것은 국세청예규(법인46012-2806, 1996.10.9.)의 내용을 달리 해석한 것이며, 국세청 심사결정례(법인98-376, 1999.2.5.)에 의하면 정부출연금으로 사용한 연구개발비와 청구법인이 사용한 연구개발비를 구분하여 정부출연금으로 사용한 부분에 해당하는 비용은 기술개발이 종료한 사업연도의 비용으로 처리하고 청구법인의 자금으로 사용한 비용은 이연자산으로 계상하여 상각하여야 한다고 되어 있으므로 당초처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

이 건의 다툼은 공업발전법 및 동 시행령 등에 의한 정부출연금을 지원받아 지출한 연구개발비를 지출한 사업연도에 손금산입하여야 하는지 정부출연금의 상환여부가 확정되는 사업연도에 손금산입하여야 하는지를 가리는 데 있다.

나. 관련법령

<법인세법, 1998.12.28. 법률 제5581호로 개정되기 이전의 것 >

제9조【각사업년도의 소득】① 내국법인의 각사업년도의 소득은 그 사업년도에 속하거나 속하게 될 익금의 총액에서 그 사업년도에 속하거나 속하게 될 손금의 총액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 "익금"이라 함은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 그 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액을 말한다.

③ 제1항에서 "손금"이라 함은 자본 또는 지분의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 그 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액을 말한다.

제17조【손익의 귀속시기 및 취득가액의 계산】① 내국법인의 각 사업년도의 익금과 손금의 귀속사업년도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업년도로 한다.

③ 내국법인이 익금과 손금의 귀속사업년도와 자산·부채의 취득 및 평가에 관하여 일반적으로 공정·타당하다고 인정되는 기업회계기준을 적용하거나 관행을 계속적으로 적용하여 온 경우에는 제1항과 제2항의 규정에 불구하고 당해 기업회계기준 또는 관행에 의한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우는 그러하지 아니하다.

<법인세법시행령, 1998.12.31. 대통령령 제15967호로 개정되기 이전의 것 >

제12조【수익과 손비의 정의】① 법 제9조제2항에서 "수익"이라 함은 법 및 이 영에 규정하는 것을 제외하고 다음 각호에 게기하는 것으로 한다.

11. 제1호 내지 제10호 외의 수익으로서 그 법인에 귀속되었거나 귀속될 금액.

② 법 제9조제3항에서 "손비"라 함은 법 및 이 영에 규정한 것을 제외하고 다음 각호에 게기하는 것으로 한다.

16. 제1호 내지 제15호 이외의 손비로서 그 법인에 귀속되었거나 귀속될 금액

제38조【이연자산의 평가】② 제1항의 이연자산은 다음 각호의 방법에 의하여 상각한다.

4. 연구개발비

연구개발비로 계상한 사업연도부터 5년 이내의 매사업연도에 균등액이상을 상각하여야 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제시하는 국세청 예규 및 심사결정례, 기업회계기준해석사례, 법인세법 관련규정 등에 의하면 다음의 사실이 확인된다.

(가) 청구법인은 공업발전법 및 동법시행령과 공업기반기술개발사업운영요령에 의하여 한국계측기연구조합과 1996.11월 1차로 정부출연금 113,208,000원(기술개발자금) 및 청구법인부담금 113,208,000원을 재원으로 하여 “정밀유·공압분동식 압력측정기술개발에 관한 공업기술개발사업협약(기술개발기간 1996.11.1. ～ 1997.10.31.)”을 체결하였고 1997.11월 2차로 정부출연금 123,210,000원(기술개발자금) 및 청구법인부담금 124,545,000원을 재원으로 하여 기술개발협약(기술개발기간 1997.11.1. ～ 1998.9.30.)을 체결하였으며, 1997.5월 중소기업청과 정부출연금 48,000,000원(기술혁신개발자금) 및 청구법인 부담금 16,000,000원을 재원으로 하여 “고정밀급 디지털압력변환기 개발에 관한 중소기업기술혁신개발사업”에 관한 협약을 체결하였다.

(나) 청구법인은 동 정부출연금을 출연받은 1997년도에 공업기반기술개발자금 113,208,000원 및 기술혁신개발자금 28,199,000원 합계 141,407,000원과 1998사업연도에 출연받은 기술개발자금 123,210,000원 과 기술혁신개발자금 19,801,000원 합계 143,011,000원을 출연받은 사업연도에 각각 장기차입금으로 계상하였고 그 후 기술개발사업을 완료하여 위 협약규정에 따라서 관련기관에 최종보고한 후 관련기관의 개발기술에 대한 심의평가결과에 따라 상환금액이 확정되기 때문에 1999년도에 확정된 상환금액을 차감한 118,229,000원을 특별이익(개발지원금)으로 계상하였으며, 청구법인이 자체부담금을 포함하여 위 기술개발사업에 사용한 금액 1997년도 262,527,415원과 1998년도 231,554,239원을 구 법인세법시행령(1998.12.31. 개정전의 것) 제38조제1항제4호의 규정에 따라 이연자산으로 계상후 1997사업년도에 고정자산(공구와 기구)구입비 58,300,000원을 제외한 204,227,415원을, 1998사업년도에 231,554,239원을 일시상각하여 전액 손금산입하였다.

(다) 처분청은 2001.7.9. ～ 7.31.기간중 청구법인에 대한 법인세조사결과 청구법인의 1997·1998사업년도 정부출연금에 대한 위와 같은 회계처리에 대하여 기술개발이 종료된 사업연도에 익금과 손금으로 처리하여야 함에도 청구법인이 수익은 계상하지 않고 연구개발비로 지출한 1997년도 141,407,000원 및 1998년도 143,011,000원을 각각 이연자산으로 계상하여 손금산입한 것을 손금불산입처분하여 2001.11.8. 1997년과 1998년의 법인세 59,026,140원을 결정고지하였다.

(라) “사내연구소를 설치하고 있는 법인이 공업발전법 제13조의 규정에 의거 공업기반기술개발사업을 위한 정부출연금을 교부받아 개발사업에 사용한 경우 동 출연금의 운영에 따른 총익금과 총손금은 기술개발 종료후 같은법 제11조의 규정에 의한 관리가 종료하는 날이 속하는 사업연도에 확정된 금액으로 하는 것이며, 동 법인이 기술개발에 사용한 금액은 연구개발비로 보아 법인세법시행령 제38조제2항제4호의 규정에 따라 처리하는 것”이라는 국세청 예규(법인46012-2806, 1996.10.9.)와 “제품개발과 관련하여 계상한 연구개발비는 정부출연금으로 사용한 금액과 청구법인의 자금으로 사용한 부분을 구분하여 정부출연금으로 사용한 부분에 해당하는 비용은 기술개발이 종료한 사업연도의 비용으로 처리하고 청구법인의 자금으로 사용한 비용은 이연자산으로 계상하여 상각하여야 할 것”이라는 국세청 심사결정례(법인98-376, 1999.2.5.)를 근거로 하여 처분청은 정부출연금으로 사용한 연구개발비와 청구법인이 사용한 부분을 구분하여 정부출연금으로 사용한 부분에 해당하는 비용은 기술개발이 종료한 사업연도의 비용으로 처리하고 청구법인의 자금으로 사용한 비용은 이연자산으로 계상하여 상각하여야 하므로 당초처분이 정당하다는 의견이다. 이에 대하여 청구법인은 처분청이 청구법인에 대하여 연구개발비의 손금산입시기가 잘못되었다고 하여 손금불산입하고 법인세를 경정한 처분은 공업발전법에 의한 정부출연금의 성격을 오해한 것이고 정부출연금으로 지출한 연구개발비의 회계처리 및 손금산입시기를 차입금성격의 정부출연금 상환차손익에 대한 익금산입시기와 달리하도록 해석한 국세청예규(법인46012-2806, 1996.10.9.)를 잘못 이해한 처분이라고 주장하고 있다.

(마) 사내연구소를 설치하고 있는 법인이 공업발전법 제13조 규정에 의하여 교부받은 공업기반기술개발사업의 정부출연금은 미래의 특정사건의 발생을 조건으로 하는 조건부융자에 해당되는 것으로서 금융감독원의 기업회계기준해석3-35(1999.6.29.)에 의하면 조건부융자금의 차주측(청구법인)은 동 출연금 수령시에는 이를 부채로 계상하고 기술료지급시 비용으로 계상하며 정부출연금의 상환여부가 확정된 사업연도에 채무면제이익으로 계상하는 것으로 하고 있다.

(2) 위의 관련사실을 토대로 청구법인이 정부출연금을 지원받아 지출한 연구개발비의 손금산입시기에 대하여 본다.

(가) 청구법인은 정부출연금을 지원받은 1997 및 1998사업연도에 기업회계기준해석사례에 따라 동 지원금액을 장기차입금으로 계상하고 1997 및 1998사업연도에 동 지원금액과 자체부담금으로 조성하여 지출한 연구개발비를 1997 및 1998사업연도에 이연자산으로 계상한 다음 구법인세법시행령제38조제1항제4호에 따라 일시상각하여 손금산입하였으며, 연구개발의 성패가 확정되어 정부출연금의 상환여부가 확정된 1999 사업연도에 상환할 필요가 없는 정부출연금을 특별이익(개발지원금)으로 계상하고 익금산입하였는 바, 구 법인세법 제17조 제1항은 “내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다”고 규정하고 있고 제3항에서 기업회계우선적용의 원칙을 규정하였을 뿐만 아니라 연구개발에 투입하여 발생한 비용을 조건부차입금의 익금산입시기에 결부시켜 손금산입하여야 한다는 법인세법상의 명문규정이 없으므로 청구법인이 기업회계기준에 따라 회계처리하고 법인세법 관련규정에 따라 손금과 익금을 산입하였다면 정부출연금을 지원받아 지출한 연구개발비도 지급할 의무가 확정된 지출연도에 손금으로 산입하는 것이 구법인세법상의 권리·의무 확정주의에 충실하다고 할 것이다.

(나) 처분청의 의견에 의할 경우 청구법인이 연구개발에 성공할 경우에는 기술개발이 종료되어 정부출연금의 상환여부가 확정되는 사업연도에 발생하는 특별이익(익금)과 그 동안 지출한 연구개발비(손금)가 같은 사업연도에 대응된다고 할 수 있으나, 청구법인이 연구개발에 실패하여 정부출연금을 전액 상환하는 경우에는 기술개발이 종료하여 정부출연금의 상환이 확정되는 사업연도에 특별이익(익금)은 발생하지 않고 그 동안 지출한 연구개발비(손금)만 발생하게 되므로 오히려 법령의 근거없이 손금산입시기를 이연시키는 불합리한 결과를 초래하게 되므로 이미 지출한 연구개발비를 정부출연금으로부터 발생하는 익금의 산입시기와 반드시 결부시켜 손금에 산입해야만 하는 합리적인 근거가 부족하다 할 것이다.

(3) 따라서, 청구법인이 정부출연금을 수령한 사업연도에는 동 정부출연금을 장기차입금으로 계상하고 상환금액이 확정된 사업연도에 상환할 필요가 없는 정부출연금을 특별이익으로 계상하여 익금산입하고(기업회계기준해석사례3-35, 1999.6.29. 같은 뜻), 연구개발비는 이연자산으로 계상하여 그 대가를 지급할 의무가 확정된 지출연도에 구 법인세법시행령 제38조제2항제4호의 규정에 의하여 당해 사업연도에 균등액 이상을 상각하여 손금에 산입한 것은 달리 잘못이 없다고 할 것이다.

라. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있다고 판단되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.