[사건번호]조심2014서2388 (2014.12.31)

[세목]양도[결정유형]기각

[결정요지]쟁점금액이 쟁점토지의 양도를 위해 직접 투입되었거나 양도가액에 직접 대응되는 비용으로 보기 어려운 점, 쟁점건축물을 실제 완공하여 본래의 사업목적으로 사용하지 아니하였으므로 부득이한 사유로 일정 기간을 비사업용 토지 산정기간에서 제외하는 규정의 적용대상으로 보기 어려운 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려움

[관련법령] 소득세법 제95조 / 소득세법 제97조 / 소득세법 제104조의3 / 소득세법 시행령제163조

심판청구를 기각한다.

1.처분개요

가.청구인은 2007.4.19. 서울특별시 OOO 답 2,049㎡ 외 4필지 6,338㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 증여를 원인으로 취득하여 보유하다가 2011.1.27. 양도한 후, 2011.3.31. 토지 등 매매차익 예정신고를 하고 OOO원을 납부하였으며, 2012.6.30. 종합소득세를 확정신고하였다.

나.청구인은 2012.7.16. 쟁점토지의 매매소득을 사업소득에서 양도소득으로 변경하는 수정신고를 하고, 추가로 OOO원을 납부하였으며, 처분청은 2014.1.1. 위 수정신고에 대하여 양도소득세(과소신고가산세) OOO원을 경정·고지하였다.

다.청구인은 2013.12.6. 누락한 쟁점토지의 필요경비 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 반영하고 장기보유특별공제를 적용하여2011년 귀속 양도소득세 OOO원을 환급하여야 한다는 취지의경정청구를 하였으나, 처분청은 2014.1.17. 이를 거부하였다.

라.청구인은 이에 불복하여 2014.1.29. 이의신청을 거쳐 2014.4.17. 심판청구를 제기하였다.

2.청구인 주장 및 처분청 의견

가.청구인 주장

(1)청구인이 쟁점토지 위에 신축하고 있던 건축물(이하 “쟁점건축물”이라 한다) 공사 등과 관련하여 지출한 쟁점금액은 쟁점토지의 필요경비로 인정되어야 한다.

(가)먼저 이 건 사실관계에 대하여 보면, 다음과 같다.

청구인은 2007.4.19. 쟁점토지를 증여로 취득하여 2007.8.9. 동 토지 위에 근린상가 건축허가를 받아 쟁점건축물의 신축공사를 시작하였는바, 동 건설공사를 OOO에게 도급하여 정지작업과 토목공사를 거쳐 2008.1.11. 창호 프레임공사, 2008.1.22. 유리부착공사를 마친 후 가스인입공사를 완료하는 등 쟁점건축물 공사비로 쟁점금액(토목공사비 OOO원 포함)을 지출하였다.

쟁점건축물 공사가 준공단계에 이르러 쟁점토지의 시가가 급상승하자 OOO가 청구인에게 쟁점토지에 아파트를 건설하자고 제안하여 청구인은 쟁점건축물의 준공을 미루고 2009.3.17. OOO와 공동사업약정을 체결하였는바, 2009.6.1. 미등기상태로 있던 쟁점건축물에 대한 건축허가취소원을 제출하여 2009.6.9. 취소원이 수리되었으며, 아파트 건축을 위하여 철거작업까지 마쳤으나 OOO와의 의견불일치로 인해 2009.7.29. 공동사업의 해지를 통보하였다가 2011.1.27. 쟁점토지를 OOO원에 매각하였다.

한편, 청구인은 2010년 3월 쟁점건축물 건축허가와 관련하여 서울특별시 OOO이 부과한 토지개발부담금 OOO원을 납부한 바 있다.

(나)청구인은 2007.4.19. 쟁점토지를 취득한 후 쟁점건축물을 신축하던 중 OOO가 아파트공동사업을 제안하여 쟁점건축물의 준공을 연기하고 오랜 기간 협의한 결과, 쟁점토지를 출자(OOO원으로 산정)하고, OOO는 사업비를 부담하며, 이익은 공동분배하는 조건으로 아파트공동사업을 약정하였고, 아파트건설용지로 활용하기 위하여 건물을 철거하였다(이 때 쟁점토지의 용도를 아파트건설용지로 변경함). 이후 쟁점토지 시가는 취득당시(2007.4.19.) OOO으로 상승하였고, 쟁점건축물 철거 후 2011.1.27. OOO에게 매각하면서 OOO으로 평가되었는바, 이는 같은 기간 동안 쟁점토지의 개별공시지가가 하락하였음에도 쟁점건축물을 감안하여 동 토지의 가액을 OOO원으로 결정한 것이므로, 동 건축물 개발비용도 모두 쟁점토지의 필요경비로 인정되어야 한다.

또한,「소득세법」(2012.1.1. 법률 제11146호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제95조에서 필요경비는 취득가액, 자본적 지출액 등, 양도비용 등으로 구분되며, 자본적 지출액 등은 세법이나 예규 등으로 일일이 열거하지 않았고, 열거내용도 예시규정에 불과한바, 청구인이 쟁점건축물 공사비를 투입함에 따라 쟁점토지의 개별공시지가가 급격히 상승하였고, 아파트건설용지로 활용하기 위해 희생시킨 쟁점건축물 공사비는 법적으로도 ‘용도변경·개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용 또는 이에 준하는 비용’(자본적 지출액)에 해당함에도, 관련 법령에 열거되어 있지 않다 하여 쟁점건축물 공사비를 쟁점토지의 필요경비에서 제외할 수는 없다.

(2)쟁점토지는 비사업용 토지에 해당하지 아니하므로, 장기보유특별공제를 적용하여야 한다.

(가)처분청은 쟁점토지가 종합합산과세되었으므로 비사업용 토지에 해당한다는 의견이나, 양천구청장이 쟁점토지를 종합합산과세한 것은 행정상의 착오이며, 청구인은 쟁점토지를 취득한 후 2년 내 건축공사를 착공하였으므로, 쟁점토지는「지방세법 시행령」에 따라 쟁점건축물 착공일부터 별도합산과세대상 토지에 해당한다.

(나)처분청은「지방세법 시행령」(2010.9.20. 대통령령 제22395호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제132조의2 제1항 각 호 외 부분 단서에서 허가 등을 받지 아니한 건축물 또는 사용승인을 받지 아니하고 사용중인 건축물의 부속토지는 별도합산과세대상 토지에서 제외한다고 규정되어 있으므로, 쟁점토지는 별도합산과세대상 토지에 해당하지 않는다는 의견이나, 청구인은 양천구청장으로부터 쟁점건축물의 건축허가(양천구 2007-신축허가-71호)를 받아 실질적으로 공사를 완료하였고, OOO장으로부터 ‘공사완료에 따른 사용독려 공문’(건축과 3290호, 2009.3.14.)까지 수령한 사실도 있어 건축허가를 받지 않은 건물이 아니며, 한번도 사용하지 않았으므로 ‘사용승인 없이 사용한 건물’에도 해당하지 않는다.

(다)「소득세법 시행규칙」(2012.2.28. 기획재정부령 제265호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제83조의5 제1항 제9호를 보면, 건축물이 멸실ㆍ철거되거나 무너진 토지의 경우 당해 건축물이 멸실ㆍ철거되거나 무너진 날부터 2년간은 비사업용 토지로 보지 아니하도록 규정되어 있고, 청구인은「개발이익환수에 관한 법률 시행령」제8조 제1항 제2호(주택건설사업 등 토지의 개발과 건축물의 건축을 함께 행하는 개발사업의 경우에는 관계행정청의 인가 등을 받아 건축물의 사용을 개시하는 경우)에 따라 OOO장으로부터 2010년 3월 개발부담금을 부과받은 사실이 있다.

(라)따라서, 비록 쟁점건축물의 경우 내부 인테리어 공사는 없었지만, 창호공사 및 가스 인입선 공사까지 마쳤으므로, 이를 철거하기 전까지 동 건축물의 부속토지인 쟁점토지는 「지방세법 시행령」제132조의2 제1항에 따라 별도합산과세대상 토지에 해당하며, 철거일부터 2년 이내는 「소득세법 시행규칙」제83조의5 제1항 제9호에 해당하여 비사업용 토지에 해당하지 않는다.

나.처분청 의견

(1)공사비(건축비) 등의 필요경비 해당여부와 관련하여 청구인이 주장하는 쟁점건축물의 건축비 등은 양도가액에서 공제되는 필요경비로 관련 법령에 열거되어 있지 않고, 쟁점토지의 양도가액과 직접 대응되는 비용으로 볼 수 없다.

(가)청구인은 쟁점토지 취득 후 쟁점건축물을 신축하던 중에 다른 목적으로 동 토지를 사용하기 위해 동 건축물을 철거하고 쟁점토지만을 양도하였으므로, 쟁점건축물 공사비를 쟁점토지의 필요경비에 산입하여야 한다고 주장하나,토지와 그 지상건물을 함께 취득하였다가 토지만을 이용하기 위하여 건물을 철거하고 나대지 상태로 토지만을 양도하는 경우 철거된 건물의 취득가액과 철거비용 등을 토지의 취득가액에 포함되는 양도자산의 필요경비로 산입하기 위해서는 취득 후 단시일 내에 건물의 철거에 착수하는 등 토지와 건물의 취득이 당초부터 건물을 철거하여 토지만을 이용하려는 목적이었음이 명백한 것으로 인정될 때에 한한다.

청구인은 쟁점토지만을 이용하기 위해 부득이하게 기존건물을 동 토지와 함께 취득한 것이 아니고, 동 토지를 취득한 후 자신이 목적하는 용도에 이용하기 위해 쟁점건축물을 신축하여 이용하려 하였으나 양수인으로부터 쟁점토지를 아파트건설용지로 사용하자는 제안을 받고 약정에 따라 동 토지를 양도하기 위해 신축중인 쟁점건축물을 철거한 것인바, 양수인에게 토지만을 인도할 의무를 이행하기 위하여 부득이하게 건물을 취득한 것도 아니므로 쟁점건축물의 신축이 당초부터 동 건축물을 철거하여 쟁점토지만을 이용하려는 목적이었음이 명백한 것으로 인정되지 않는다.

(나)청구인은 상가 부속토지인 쟁점토지를 아파트건설용지로 용도를 바꾸기 위한 용도변경의 목적으로 쟁점건축물을 철거한 것이고 쟁점건축물 신축을 통해 쟁점토지의 가격이 상승하였으므로, ‘용도변경·개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용’으로 자본적 지출액에 해당한다고 주장하나, 당초 아파트건설용지로 사용하기 위해 부득이 기존건물을 취득하여 철거하고 개발사업을 한 것이 아니며, 다른 목적에 사용하기 위해 토지를 개발하고 건물을 신축하다가 목적이 바뀌어 신축중인 건물을 철거하고 토지를 양도한 것인바, 쟁점건축물 공사비는 쟁점토지의 양도를 위해 직접 투입된 비용으로 볼 수 있는 인과관계가 없어 필요경비에 산입할 수 없다.

(다)양도가액에서 공제되는 필요경비가 되기 위해서는 양도가액과 직접 대응되는 비용이어야 하는 것인바, 기존건물을 철거하여 나대지 상태로 양도하지 아니하고 그 지상에 새 건물을 신축하여 양도하는 경우에도 위와 같은 요건을 갖춘 때에 기존건물의 취득가액이 필요경비로 인정되는 것이므로, 이는 기존건물을 취득하는 목적이 토지를 취득하여 이용하는 데에 있어 기존건물을 철거하지 않으면 안되는 것이어야 철거를 전제로 기존건물을 매수하는 것이고, 기존건물을 철거하여야 그 토지를 목적하는 용도에 이용할 수 있는 것으로 인정되어야 하기 때문이다(대법원 1992.9.8. 선고 92누7399 판결, 같은 뜻임).

청구인은 쟁점토지를 취득한 후 쟁점건축물을 신축함으로써 동 토지를 청구인이 목적하는 용도에 이용하려다가 양수인에게 양도하면서 양수인과 동 건축물을 철거하여 나대지 상태로 인도하기로 한 계약에 따라 신축하던 쟁점건축물을 철거한 것인바, 당초 청구인이 토지만을 이용할 목적으로 토지와 건물을 함께 취득한 것이 아니고, 토지의 취득 후 단시일 내에 건물의 철거에 착수하는 등 토지와 건물의 취득이 당초부터 건물을 철거하여 토지만을 이용하려는 목적이었음이 명백한 것으로 인정되지 아니하므로, 건물의 취득가액이나 그 철거비용은 양도자산인 토지의 취득가액에 포함되지 않고, 토지의 용도변경·개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용인 자본적 지출액에 해당하지 않으며, 토지의 양도가액과 직접 대응되는 비용으로 볼 수 없다.

(2)청구인은 「소득세법 시행규칙」제83조의5 제1항 제5호 및 제9호에 해당하여 비사업용 토지로 볼 수 없어 장기보유특별공제를 적용하여야 한다고 주장하나, 「소득세법 시행령」제168조의14 및 같은 법 시행규칙 제83조의5에 의해 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지는 공익 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황, 취득사유 또는 이용현황(사업에 사용, 건물멸실) 등 토지를 소유주가 본래의 용도로 사용할 수 없는 경우에 유예기간을 인정하는 것이다(대법원 2010.8.19. 선고 2010두7291 판결).

(가)쟁점토지가 「소득세법 시행규칙」제83조의5 제1항 제5호(사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공한 토지)에 해당하여 동 토지의 취득일부터 2년 및 착공일 이후 건설이 진행중인 기간은 비사업용 토지에 해당하지 않는지 여부에 대하여 보면, 지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공한 토지에 대하여는 같은 항 제5호의 규정이 적용되는 것인바, 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공하였는지 여부는 당해 토지의 취득·착공·사용현황 등에 따라 판단할 사항(재산-1228, 2007.10.10.)으로서, 이는 실제 사업용으로 사용하기 위하여 착공하여 실제 사업용 건물로 사용되었는지 여부가 중요하다 할 것이다.

따라서, 쟁점토지 위에 신축중인 쟁점건축물을 멸실하고 동 토지를 양도한 경우에는 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공한 토지로 볼 수 없으므로 비사업용 토지로 보지 않는 2년의 유예기간을 적용할 수 없다.

(나) 「소득세법 시행규칙」제83조의5 제1항 제9호(건축물이 멸실ㆍ철거되거나 무너진 토지)에 의해 건축물이 멸실ㆍ철거일부터 2년간 비사업용 토지로 볼 수 없는지 여부에 대하여 보면, 청구인의 경우 쟁점건축물을 신축하여 본래의 목적에 사용하다가 부득이 철거·멸실한 경우가 아니고, 신축중인 토지의 이용목적이 바뀌어 매매계약에 따라 매도인(청구인)이 양도물건 경계 안 지장물에 대한 강제집행 및 철거비용을 부담하기로 약정한 것으로서 부득이한 사유가 아닌 토지의 양도를 위한 조건부 지장물 철거에 불과하다.

따라서, 이 건의 경우와 같이 쟁점건축물을 사업용으로 사용할 의사 없이 완공 전 철거하고 나대지 상태로 양도한 경우는 공익 또는 불가피한 사유로 인하여 당해 토지를 사업용으로 부득이하게 사용하지 못하는 경우 일정기간 유예를 주는 위 규정의 입법취지에 부합하지 않는다.

3.심리 및 판단

가.쟁점

①쟁점토지 위에 신축하였다가 철거한 쟁점건축물 공사 등과 관련하여 지출한 쟁점금액을 쟁점토지의 필요경비로 인정하여야 한다는 청구주장의 당부

②쟁점토지는 비사업용 토지에 해당하지 아니하므로 장기보유특별공제를 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

나.관련 법령 등 : <별지> 기재

다.사실관계 및 판단

(1)청구인이 제출한 자료에 대하여 살펴본다.

(가)쟁점토지의 등기부등본에 따르면, 쟁점토지는 2007.4.19. 증여를 원인으로 같은 날 청구인에게 소유권이전등기되었고, 2009.4.17. 신탁을 원인으로 같은 날 주식회사 OOO에게 소유권이전등기되었으며, 2010.1.28. 수탁자경질을 원인으로 2010.2.1. 주식회사 OOO에게 소유권이전등기되었고, 2011.1.27. 신탁재산의 귀속을 원인으로 같은 날 청구인에게 소유권이전등기되었으며, 2010.3.24. 매매를 원인으로 2011.1.27. OOO에게 소유권이전등기된 것으로 나타난다.

(나)청구인은 쟁점건축물 신축공사와 관련하여 OOO로부터 수취한 6매의 세금계산서를 제시하였는바, 그 세부 내역은 다음 <표2>와 같다.

(다)청구인과 OOO 간 2009.3.7. 체결된 사업약정(이하 “사업약정”이라 하고, 동 약정의 서면을 이하 “사업약정서”라 한다)의 주요내용은 다음 <표3>과 같다.

(라)양천구청장이 청구인에게 송부한 ‘공사완료에 따른 사용승인 독려’ 문건(2009.3.13.)에 따르면, OOO장은 청구인이 2007.8.9. 건축허가를 득한 쟁점토지 지상 쟁점건축물이 외장공사 완료 후 장기간 공사중단되어 불량 청소년들의 비행장소로 사용될 우려가 있어 통보하오니 빠른 시일 내에 공사완료 후 사용승인을 득하여 유지·관리하기 바라며, 만약 빠른 시일 내에 사용승인이 불가능할 경우 순찰 등의 방법으로 우범지역이 되지 않도록 협조하여 주기 바란다고 기재되어 있다.

(마)청구인과 OOO 간 2010.3.24. 체결된 쟁점토지의 매매계약(이하 “쟁점계약”이라 하고, 동 계약의 서면을 이하 “쟁점계약서”라 한다)의 주요내용은 다음 <표4>와 같다.

(바)OOO이 청구인에게 송부한 ‘건축허가 취소원 처리 알림’ 문건(2009.6.9.)의 주요내용은 다음 <표5>와 같다.

(사)청구인이 OOO에게 송부한 통보서(2009.7.29.)에 따르면, 기존에 미등기상태로 있던 쟁점건축물은 귀하OOO와 수차례 협의하여 철거하기로 하였고, 그 협의에 따라 귀하가 추천하는 업자와 철거하려는 상황에서 귀하가 또다시 2009.6.1. 통보에 관한 내용으로 억지 주장을 함에 따라 철거작업이 중단되었고, 이에 본인(청구인)은 부득이 철거업자를 변경하여 철거작업을 마쳤는바, 귀하가 사업약정과 무관한 억지주장을 하면서 사업약정서에 의한 자금집행을 거절하는 것은 사업약정서 제8조 제1항 제2호에 위배되므로, 본인은 이에 따라 사업약정을 해제함을 통보한다고 기재되어 있다.

(아)한국감정원이 주식회사 OOO장의 평가의뢰에 따라 쟁점토지를 평가한 내역에 따르면, 2007.7.18. 현재 쟁점토지의 평가가액은 OOO원으로 나타난다.

(자)쟁점토지의 주요 개별공시지가 내역은 다음 <표6>과 같다.

(차)그 밖에 청구인은OOO장이 청구인에게 송부한 ‘개발비용산출내역서 제출안내’ 문건(2007.11.23.),쟁점건축물의 건축허가 취소원(2009.6.1.), 주식회사 OOO의 2008.1.22. 쟁점건축물의 OOO 완료에 대한 감리확인서 등을 제출하였다.

(2)이 건 심판청구의 전심절차인 이의신청에 대한 결정서(결정일은 2014.3.19.이며, 이하 “이의신청결정서”라 한다)에서 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가)청구인과 OOO 간 작성된 공사계약서(2007.9.6.)에 따르면, 청구인은 2007.9.6. OOO과 쟁점건축물 신축공사 계약(일괄도급 방식)을 OOO원(부가가치세 제외)에 체결한 것으로 나타난다.

(나)쟁점건축물 공사에 대한 감리확인서, 기성청구서 등에 따르면, 청구인은 2008.1.11. 쟁점건축물의 창틀공사를, 2008.1.22. 유리부착 공사를 각 완료한 것으로 나타난다.

(다)처분청이OOO장에게 쟁점토지에 대한 재산세 과세내역을 조회한 결과, 2007 2010년의 기간 동안 쟁점토지 중 서울특별시 OOO의 일부인 27㎡가 2010년 별도합산과세대상 토지로 과세되었고, 이를 제외한 나머지 토지는 모두 종합합산과세대상 토지로 과세된 것으로 확인된다.

(라)쟁점건축물의 철거시기를 직접 확인할 수 있는 증빙자료는 없으나, 쟁점건축물의 건축허가 관련 서류, 공사 관련 서류, 공동사업약정 관련 서류 등에 따르면, 쟁점건축물은 청구인이 OOO와 공동사업 약정을 맺은 2009.3.17.부터 청구인이 OOO에게 공동사업 약정 해제를 통보한 2009.7.29.까지의 기간 중에 철거된 것으로 추정된다.

(마)쟁점건축물에 대한 건축허가(양천구-2007-건축과-신축허가-71)문건 등에 따르면, 청구인은 2007.8.9. 당시 제3종 일반주거지역인 쟁점토지 위에 건축면적 1,653㎡ 규모의 지상 2층 근린상가 건축허가를 받았으나,양천구청장은 2009.6.1. 청구인의 신청에 따라 동 건축물에 대한 건축허가를 취소하였고, 청구인은 2010.3.31. 위 건축허가에 따른 개발이익에 대하여 양천구청장이 부과한 쟁점토지 개발부담금 OOO원을 납부한 것으로 나타난다.

(바)국세통합전산망에 따르면, 청구인은 2007.5.29. 쟁점토지를 사업장으로 하여 OOO을 상호로, 주업종을 주차장업으로, 부업종을 토지임대업으로 하여 사업자등록하였다가 2009.5.22. 주업종을 주택신축판매업으로, 부업종을 부동산임대업·부동산매매업·주차장업으로 변경하였고, 2011.2.7. 폐업신고한 것으로 나타난다.

(3)이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점토지 위에 신축하였다가 철거한 쟁점건축물 공사 등과 관련하여 지출한 쟁점금액을 쟁점토지의 필요경비로 인정하여야 한다고 주장하나, 청구인은 개인의 사업 목적을 위해 쟁점건축물을 신축하다가 이를 철거하고 양수인에게 쟁점토지를 양도하였으므로, 쟁점금액이 쟁점토지의 양도를 위해 직접 투입되었거나 쟁점토지의 양도가액과 직접 대응되는 비용으로 보기 어려운 점, 쟁점건축물의 신축이 쟁점토지 가격의 상승과 직접적 관계가 있는지 불분명하고, 쟁점토지는 아파트건설용지로 양도된 점, 쟁점금액은「소득세법」등 관련 법령에서 양도가액에서 공제되는 필요경비로 규정되어있지 않은 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

(4)다음으로, 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점토지가 비사업용 토지에 해당하지 아니하므로, 장기보유특별공제를 적용하여야 한다고 주장하나, 양천구청장은 2007 2010년의 기간 동안 쟁점토지 중 일부를 제외한 토지 전체를 종합합산과세대상 토지로 과세하였고, 설령 쟁점건축물 건축시점부터 쟁점토지를 별도합산과세대상 토지로 본다 하더라도 쟁점토지는 2008년 1월 외장공사가 완료된 후 공사가 진행되지 않음으로써 공사가 6개월 이상 중단되었으므로, 2008년 7월부터는「지방세법」에 따라 종합합산과세대상 토지로 분류함이 타당한 점, 「소득세법 시행령」제168조의14 제1항, 같은 법 시행규칙 제83조의5 제1항 제5호 및 제9호는 지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공한 토지, 착공일 이후 건설이 진행 중인 토지 및 건축물이 철거된 토지 등의 경우 일정 기간을 비사업용 토지 산정 기간에서 제외하고 있으나, 쟁점건축물을 실제 완공하여 본래의 목적(사업용)으로 사용하지 않았으므로, 부득이한 사유로 유예기간을 인정하는 위 규정의 취지에 맞지 않아 이를 적용할 수 없는 것으로 보이는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4.결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법령

【쟁점① 관련】

(1)소득세법(2012.1.1. 법률 제11146호로 개정되기 전의 것)

제97조(양도소득의 필요경비 계산) ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액

가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액. 다만, 제96조 제2항 각 호 외의 부분에 해당하는 경우에는 그 자산 취득 당시의 기준시가

나. 가목 본문의 경우로서 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

2. 자본적 지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것

3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것

②제1항에 따른 양도소득의 필요경비는 다음 각 호에 따라 계산한다.

1. 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우의 필요경비는 다음 각목의 금액에 제1항 제2호 및 제3호의 금액을 더한 금액으로 한다.

가. 제1항 제1호 가목 본문에 따르는 경우에는 해당 실지거래가액

나. 제1항 제1호 나목 및 제114조 제7항에 따라 환산가액에 의하여 취득 당시의 실지거래가액을 계산하는 경우로서 법률 제4803호 소득세법개정법률 부칙 제8조에 따라 취득한 것으로 보는 날(이하 이 목에서 "의제취득일"이라 한다) 전에 취득한 자산(상속 또는 증여받은 자산을 포함한다)의 취득가액을 취득 당시의 실지거래가액과 그 가액에 취득일부터 의제취득일의 전날까지의 보유기간의 생산자물가상승률을 곱하여 계산한 금액을 합산한 가액에 의하는 경우에는 그 합산한 가액

다. 제7항 각 호 외의 부분 본문에 의하는 경우에는 해당 실지거래가액

2. 그 밖의 경우의 필요경비는 제1항 제1호 가목 단서, 같은 호 나목(제1호 나목이 적용되는 경우는 제외한다), 제7항(제1호 다목이 적용되는 경우는 제외한다) 또는 제114조 제7항(제1호 나목이 적용되는 경우는 제외한다)의 금액에 자산별로 대통령령으로 정하는 금액을 더한 금액. 다만, 제1항 제1호 나목에 따라 취득가액을 환산가액으로 하는 경우로서 가목의 금액이 나목의 금액보다 적은 경우에는 나목의 금액을 필요경비로 할 수 있다.

가. 제1항 제1호 나목에 따른 환산가액과 본문 중 대통령령으로 정하는 금액의 합계액

나. 제1항 제2호 및 제3호에 따른 금액의 합계액

③ 제2항에 따라 필요경비를 계산할 때 양도자산 보유기간에 그 자산에 대한 감가상각비로서 각 과세기간의 사업소득금액을 계산하는 경우 필요경비에 산입하였거나 산입할 금액이 있을 때에는 이를 제1항의 금액에서 공제한 금액을 그 취득가액으로 한다.

⑤ 취득에 든 실지거래가액의 범위, 증여세 상당액 계산 등 필요경비의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

⑥ 제4항에서 규정하는 연수는 등기부에 기재된 소유기간에 따른다.

(2)소득세법 시행령(2012.2.2. 대통령령 제23588호로 개정되기 전의 것)

제67조(즉시상각의 의제) ② 제1항에서 "자본적 지출"이라 함은 사업자가 소유하는 감가상각자산의 내용연수를 연장시키거나 당해 자산의 가치를 현실적으로 증가시키기 위하여 지출한 수선비를 말하며, 다음 각 호의 1에 규정하는 것에 대한 지출을 포함하는 것으로 한다.

1. 본래의 용도를 변경하기 위한 개조

2. 엘리베이터 또는 냉난방장치의 설치

3. 빌딩 등의 피난시설 등의 설치

4. 재해 등으로 인하여 건물·기계·설비 등이 멸실 또는 훼손되어 당해 자산의 본래 용도로의 이용가치가 없는 것의 복구

5. 기타 개량·확장·증설 등 제1호 내지 제4호와 유사한 성질의 것

제163조(양도자산의 필요경비) ① 법 제97조 제1항 제1호 가목 본문에서 "취득에 든 실지거래가액"이란 다음 각 호의 금액을 합한 것을 말한다.

1. 제89조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 취득원가에 상당하는 가액(제89조 제2항 제1호의 규정에 의한 현재가치할인차금을 포함하되 부당행위계산에 의한 시가초과액을 제외한다)

2. 취득에 관한 쟁송이 있는 자산에 대하여 그 소유권 등을 확보하기 위하여 직접소요된 소송비용·화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액

3. 제1호의 규정을 적용함에 있어 당사자 약정에 의한 대금지급방법에 따라 취득원가에 이자상당액을 가산하여 거래가액을 확정하는 경우 당해 이자상당액은 취득원가에 포함한다. 다만, 당초 약정에 의한 거래가액의 지급기일의 지연으로 인하여 추가로 발생하는 이자상당액은 취득원가에 포함하지 아니한다.

② 제1항 제1호에 따라 제89조 제2항 제1호에 따른 현재가치할인차금을 취득원가에 포함하는 경우에 있어서 양도자산의 보유기간 중에 그 현재가치할인차금의 상각액을 각 연도의 사업소득금액 계산 시 필요경비로 산입하였거나 산입할 금액이 있는 때에는 이를 제1항의 금액에서 공제한다.

③ 법 제97조 제1항 제2호에서 "자본적 지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 제67조 제2항의 규정을 준용하여 계산한 자본적 지출액

2. 양도자산을 취득한 후 쟁송이 있는 경우에 그 소유권을 확보하기 위하여 직접 소요된 소송비용·화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액

3. 양도자산의 용도변경·개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용

3의2.「개발이익환수에 관한 법률」에 따른 개발부담금(개발부담금의 납부의무자와 양도자가 서로 다른 경우에는 양도자에게 사실상 배분될 개발부담금상당액을 말한다)

3의3.「재건축초과이익 환수에 관한 법률」에 따른 재건축부담금(재건축부담금의 납부의무자와 양도자가 서로 다른 경우에는 양도자에게 사실상 배분될 재건축부담금상당액을 말한다)

4. 제1호 내지 제3호, 제3호의2 및 제3호의3에 준하는 비용으로서 기획재정부령이 정하는 것

⑤ 법 제97조 제1항 제3호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 법 제94조 제1항 각 호의 자산을 양도하기 위하여 직접 지출한 비용으로서 다음 각 목의 비용

가.「증권거래세법」에 따라 납부한 증권거래세

나. 양도소득세과세표준 신고서 작성비용 및 계약서 작성비용

다. 공증비용, 인지대 및 소개비

라. 가목부터 다목까지의 비용과 유사한 비용으로서 기획재정부령으로 정하는 비용

2. 법 제94조 제1항 제1호의 자산을 취득함에 있어서 법령등의 규정에 따라 매입한 국민주택채권 및 토지개발채권을 만기전에 양도함으로써 발생하는 매각차손. 이 경우 기획재정부령으로 정하는 금융기관(이하 이 호에서 "금융기관"이라 한다) 외의 자에게 양도한 경우에는 동일한 날에 금융기관에 양도하였을 경우 발생하는 매각차손을 한도로 한다.

⑥ 법 제97조 제3항 제2호에서 "대통령령으로 정하는 금액"이란 다음 각 호의 금액을 말한다.

1. 토지

취득당시의 법 제99조 제1항 제1호 가목의 규정에 의한 개별공시지가×3／100(법 제104조 제3항에 규정된 미등기양도자산의 경우에는 3／1000)

2. 건물

가. 법 제99조 제1항 제1호 다목의 규정에 의한 건물(그 부수토지를 포함한다) 및 동호 라목의 규정에 의한 주택 취득당시의 법 제99조 제1항 제1호 다목 또는 라목의 가액×3／100(법 제104조 제3항에 규정된 미등기양도자산의 경우에는 3／1000)

나. 가목외의 건물

취득당시의 법 제99조 제1항 제1호 나목의 가액×3／100(법 제104조 제3항에 규정된 미등기양도자산의 경우에는 3／1000)

3. 법 제94조 제1항 제2호 나목 및 다목의 규정에 의한 자산(법 제104조 제3항에 규정된 미등기 양도자산을 제외한다)

취득당시의 기준시가×7／100

4. 제1호 내지 제3호외의 자산

취득당시의 기준시가×1／100

⑦ 법 제97조 제4항에서 "대통령령으로 정하는 자산"이란 법 제94조 제1항 제4호 나목의 자산을 말한다.

⑫ 법 제97조 제1항 제1호 나목에서 "대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액"이란 제176조의2 제2항부터 제4항까지의 규정에 따른 가액을 말한다.

(3)소득세법 시행규칙(2012.2.28. 기획재정부령 제265호로 개정되기 전의 것)

제79조(양도자산의 필요경비 계산 등) ① 영 제163조 제3항 제4호에서 "기획재정부령이 정하는 것"이라 함은 다음 각 호의 비용을 말한다.

1.「하천법」·「댐건설 및 주변지역지원 등에 관한 법률」그 밖의 법률에 따라 시행하는 사업으로 인하여 해당사업구역 내의 토지소유자가 부담한 수익자부담금 등의 사업비용

2. 토지이용의 편의를 위하여 지출한 장애철거비용

3. 토지이용의 편의를 위하여 해당 토지 또는 해당 토지에 인접한 타인 소유의 토지에 도로를 신설한 경우의 그 시설비

4. 토지이용의 편의를 위하여 당해 토지에 도로를 신설하여 국가 또는 지방자치단체에 이를 무상으로 공여한 경우의 그 도로로 된 토지의 가액

5. 사방사업에 소요된 비용

6. 제1호 내지 제5호의 비용과 유사한 비용

【쟁점② 관련】

(1)소득세법(2012.1.1. 법률 제11146호로 개정되기 전의 것)

제95조(양도소득금액) ① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제1항 제4호부터 제10호까지의 규정에 따른 세율을 적용받는 자산 및 제104조 제6항을 적용받는 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 그 자산의 양도차익에 다음 표 1에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

표 1

표 2

③ 제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유 특별공제액은 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다.

④ 제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 제97조 제4항의 경우에는 증여한 배우자 또는 직계존비속이 해당 자산을 취득한 날부터 기산(起算)한다.

제104조의3(비사업용 토지의 범위) ① 제96조 제2항 제8호 및 제104조 제1항 제8호에서"비사업용 토지"란 해당 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

4.농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 다음 각 목을 제외한 토지

가.「지방세법」또는 관계 법률에 따라 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지

나. 「지방세법」제106조 제1항 제2호 및 제3호에 따른 재산세 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지

다. 토지의 이용 상황, 관계 법률의 의무 이행 여부 및 수입금액 등을 고려하여 거주 또는 사업과 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령으로 정하는 것

② 제1항을 적용할 때 토지 취득 후 법률에 따른 사용 금지나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 그 토지가 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 토지를 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다.

(2)소득세법 시행령(2012.2.2. 대통령령 제23588호로 개정되기 전의 것)

제168조의6(비사업용 토지의 기간기준) 법 제104조의3 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다.

2. 토지의 소유기간이 3년 이상이고 5년 미만인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간

가. 토지의 소유기간에서 3년을 차감한 기간을 초과하는 기간

나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간

다. 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.

제168조의14(부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등) ① 법 제104조의3 제2항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간 동안 법 제104조의3 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지(이하 "비사업용 토지"라 한다)에 해당하는지 여부를 판정한다.

4. 그 밖에 공익, 기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황·취득사유 또는 이용상황 등을 감안하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지: 기획재정부령으로 정하는 기간

(3)소득세법 시행규칙(2012.2.28. 기획재정부령 제265호로 개정되기 전의 것)

제83조의5(부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등) ① 영 제168조의14 제1항 제4호에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간 동안 법 제104조의3 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판정한다. 다만, 부동산매매업(한국표준산업분류에 따른 건물건설업 및 부동산공급업을 말한다)을 영위하는 자가 취득한 매매용부동산에 대하여는 제1호 및 제2호를 적용하지 아니한다.

5. 지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공(착공일이 불분명한 경우에는 착공신고서 제출일을 기준으로 한다)한 토지 : 당해 토지의 취득일부터 2년 및 착공일 이후 건설이 진행 중인 기간(천재지변, 민원의 발생 그 밖의 정당한 사유로 인하여 건설을 중단한 경우에는 중단한 기간을 포함한다)

9. 건축물이 멸실·철거되거나 무너진 토지 : 당해 건축물이 멸실·철거되거나 무너진 날부터 2년

(4)지방세법(2010.3.31. 법률 제10221호로 개정되기 전의 것)

제182조(과세대상의 구분) ① 토지에 대한 재산세 과세대상은 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분한다.

1. 종합합산과세대상 : 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 별도합산 또는 분리과세대상이 되는 토지를 제외한 토지. 다만, 다음 각 목의 1에 해당하는 토지는 종합합산과세대상으로 보지 아니한다.

가. 이 법 또는 관계법령의 규정에 의하여 재산세가 비과세 또는 면제되는 토지

나. 이 법 또는 다른 법령의 규정에 의하여 재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지

2.별도합산과세대상 : 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 대통령령이 정하는 건축물의 부속토지 및 별도합산과세하여야 할 상당한 이유가 있는 것으로서 대통령령이 정하는 토지. 다만, 제1항 제1호 가목 및 나목의 규정에 의한 토지는 이를 별도합산과세대상으로 보지 아니한다.

3. 분리과세대상 : 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 다음 각 목의 1에 해당하는 토지

가.공장용지·전·답·과수원 및 목장용지로서 대통령령이 정하는 토지

나. 산림의 보호육성을 위하여 필요한 임야 및 종중소유 임야로서 대통령령이 정하는 임야

다. 제112조 제2항의 규정에 의한 골프장(동조동항 각호외의 부분 후단의 규정을 적용하지 아니한다)용 토지와 동조동항의 규정에 의한 고급오락장용 토지로서 대통령령이 정하는 토지

라.「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」제2조 제1호에 따른 공장의 부속토지로서 개발제한구역의 지정이 있기 이전에 그 부지취득이 완료된 곳으로서 대통령령이 정하는 토지

마. 가목 내지 라목의 규정에 의한 토지와 유사한 토지로서 분리과세하여야 할 상당한 이유가 있는 것으로서 대통령령이 정하는 토지

② 주거와 주거외의 용도에 겸용되는 과세대상의 구분방법, 주택부속토지의 범위산정 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(5)지방세법 시행령(2010.9.20. 대통령령 제22395호로 개정되기 전의 것)

제131조의2(별도합산과세대상토지의 범위) ① 법 제182조 제1항 제2호 본문에서 "대통령령이 정하는 건축물의 부속토지"라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 건축물의 부속토지를 말한다.다만,「건축법」등 관계 법령의 규정에 따라 허가 등을 받아야 할 건축물로서 허가 등을 받지 아니한 건축물 또는 사용승인을 받아야 할 건축물로서 사용승인(임시사용승인을 포함한다)을 받지 아니하고 사용중인 건축물의 부속토지를 제외한다.

1. 특별시지역·광역시지역 및 시지역(다음 각목의 어느 하나에 해당하는 지역을 제외한다) 안의 공장용 건축물의 부속토지로서 공장용 건축물의 바닥면적(건물외의 시설물의 경우에는 그 수평투영면적을 말한다)에 제2항의 규정에 의한 용도지역별 적용배율을 곱하여 산정한 범위 안의 토지

가. 읍·면지역

나.「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 의하여 지정된 산업단지

다.「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의하여 지정된 공업지역

2. 건축물(제1호의 규정에 의한 공장용 건축물을 제외한다)의 부속토지 중 다음 각목의 어느 하나에 해당하는 건축물의 부속토지를 제외한 건축물의 부속토지로서 건축물의 바닥면적(건물외의 시설물의 경우에는 그 수평투영면적을 말한다)에 제2항의 규정에 의한 용도지역별 적용배율을 곱하여 산정한 면적 범위 안의 토지

가. 법 제182조 제1항 제3호 다목의 규정에 의한 토지 안의 건축물의 부속토지

나. 건축물의 시가표준액이 해당 부속토지의 시가표준액의 100분의 2에 미달하는 건축물의 부속토지 중 그 건축물의 바닥면적을 제외한 부속토지

제131조(건축물의 범위 등) ①제131조의2 제1항에 따른 건축물의 범위에는행정안전부령으로 정하는 지상정착물, 과세기준일 현재 건축물이 사실상 멸실된 날(건축물이 사실상 멸실된 날을 알 수 없는 경우에는 건축물대장상의 멸실일)부터 6개월이 지나지 않은 건축물, 건축허가를 받았으나 「건축법」제18조에 따라 착공이 제한된 건축물 및 건축 중인 건축물은 포함하되,과세기준일 현재 정당한 사유 없이 6개월 이상 공사가 중단된 건축물은 제외한다.

(5)개발이익 환수에 관한 법률(2014.1.14. 법률 제12245호로 개정되기 전의 것)

제5조(대상 사업) ① 개발부담금의 부과 대상인 개발사업은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업 등으로 한다.

1. 택지개발사업(주택단지 조성 사업을 포함한다. 이하 같다)

2. 산업단지개발사업

3. 관광단지조성사업

4. 도시환경정비사업(공장을 건설하는 경우는 제외한다)

5. 물류시설용지조성사업

6. 온천 개발사업

7. 여객자동차터미널사업

8. 골프장 건설사업

9. 지목변경이 수반되는 사업으로서 대통령령으로 정하는 사업

10. 제1호부터 제8호까지의 사업과 유사한 사업으로서 대통령령으로 정하는 사업 등

(6)개발이익 환수에 관한 법률(2014.7.14. 대통령령 제25452호로 개정되기 전의 것)

제4조(대상 사업) ① 법 제5조에 따라 부담금의 부과 대상이 되는 개발사업의 범위는 별표 1과 같고, 그 규모는 관계 법률에 따라 국가 또는 지방자치단체로부터 인가·허가·면허 등(신고를 포함하며, 이하 "인가 등"이라 한다)을 받은 사업 대상 토지의 면적(부과 종료 시점 전에「측량·수로조사 및 지적에 관한 법률」제84조에 따라 등록 사항 중 면적을 정정한 경우에는 그 정정된 면적을 말한다)이 다음 각 호에 해당하는 경우로 한다. 이 경우 동일인[배우자 및 직계존비속(直系尊卑屬)을 포함한다. 이하 같다]이 연접(連接)한 토지[동일인이 소유한 연속된 일단(一團)의 토지인 경우를 포함한다]에 하나의 개발사업이 끝난 후 5년 이내에 개발사업의 인가 등을 받아 사실상 분할하여 시행하는 경우에는 각 사업의 대상 토지 면적을 합한 토지에 하나의 개발사업이 시행되는 것으로 본다.

1. 특별시 또는 광역시의 지역 중 도시지역인 지역에서 시행하는 사업(제3호의 사업은 제외한다)의 경우 660제곱미터 이상

2. 제1호 외의 도시지역인 지역에서 시행하는 사업(제3호의 사업은 제외한다)의 경우 990제곱미터 이상

3. 도시지역 중 개발제한구역에서 그 구역의 지정 당시부터 토지를 소유한 자가 그 토지에 대하여 시행하는 사업의 경우 1천650제곱미터 이상