조심 2020서0782 (2020.05.12)

종합부동산

기각

「지방세법」 제106조 제1항 제1호 가목, 나목 및 제2호 단서 규정은 이 법 또는 다른 법령에 따라 재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지 등을 종합합산과세대상 내지 별도합산과세대상으로 보지 아니한다고 규정하고 있을 뿐, 이를 분리과세대상으로 보도록 규정하고 있지 아니한 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려움

종합부동산세법 6 / 종합부동산세법 11 / 지방세법 106 / 지방세법 113

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은「OOO 설치법」에 따라 설치된 대학병원으로, OOO 외 24건의 토지(이하 “전체토지”라 한다) 중 일부 수익사업을 위한 용도로 사용되는 면적을 제외한 부분(30,813.14㎡로 이하 “쟁점토지”라 한다)을 의료업에 직접 사용하고 있다.

나. 쟁점토지를 관할하는 각 지방자치단체장은「지방세특례제한법」(이하 “지특법”이라 한다) 제37조 제1항에 따라 재산세를 75% 감면하여 2019년 귀속 재산세를 부과·고지하였고, 처분청은 2019.6.1. 현재 청구법인이 소유한 전체토지에 대하여 합산공시가격 중 종합부동산세 과세기준금액을 초과하는 금액을 종합부동산세 과세표준으로 산정한 후, 2019.11.22. 청구법인에게 2019년 귀속 종합부동산세 OOO 및 농어촌특별세 OOO 합계 OOO을 결정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2020.2.5. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

「종합부동산세법」(이하 “종부세법”이라 한다.) 제11조 및 제12조에 의하면 토지에 대한 종합부동산세는 국내 소재 토지 중에서「지방세법」상 재산세 종합합산과세대상 또는 별도합산과세대상인 토지만을 과세대상으로 하므로 재산세 분리과세대상 토지는 종합부동산세의 과세대상이 아니다.

「지방세법」제106조 제1항에서는 재산세의 과세대상이 되는 토지를 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 분류하면서 각 호에서 토지를 분류하기 위한 기준을 제시하고 있으므로 재산세의 부과대상이 되는 토지는 반드시 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 혹은 분리과세대상 중 어느 하나에는 포섭되어야 하고, 법 제106조 제1항 제1호 나목 및 제2호 단서(이하 “쟁점규정”이라 한다)에서는 “재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지”의 경우 종합합산과세대상과 별도합산과세대상이 아니라고 규정하고 있는바, 조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고, 합리적인 이유없이 확장해석 하거나 유추해석 하는 것은 불가능하므로(대법원 2004.5.28. 선고 2003두7392 판결 등 참조), 재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지는 분리과세대상에 포섭되는 것으로 해석될 수밖에 없다.

대법원 역시 최근 판결(대법원 2018.11.29. 선고 2018두45725 판결)에서 구 「지방세법」제106조 제1항은 ‘구「지방세법」또는 다른 법령에 따라 재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지’를 별도합산과세대상으로 보지 않고, 종합합산과세대상으로도 보지 않으므로, 위 토지가 명시적으로 구 「지방세법」제106조 제1항 제3호 소정의 분리과세대상에 해당하지 않더라도 정책적인 고려에 따라 마련된 구 「지방세법」제106조 제1항 제2호 단서, 제1호 단서 (나)목의 규정으로 인하여 별도합산과세대상이나 종합합산과세대상이 아닌 분리과세대상으로 간주되어야 한다고 하면서, 이 사건 과세방식과 동일한 방식으로 이루어진 처분은 위법하다고 판단한 사실이 있다.

이 건에 있어 쟁점토지는 지특법 제37조에 따라 재산세가 100분의 75 경감되는 대상이므로 「지방세법」제106조 제1항 각 호 및 대법원 판결(대법원 2018.11.29. 선고 2018두45725 판결)에 비추어 쟁점토지 중 재산세가 감경되는 100분의 75에 해당하는 토지는 분리과세대상으로, 나머지는 별도합산과세대상으로 분류되어야 하므로 쟁점토지 관련 종합부동산세 등 부과처분 중 100분의 75 해당 부분은 감액경정 하여야 한다.

위와 같이 쟁점토지 중 재산세 분리과세대상에 해당하는 100분의 75에 해당하는 부분은 종합부동산세 과세대상이 아니고, 나머지 100분의 25에 해당하는 부분의 공시가격도 종부세법 제6조 제1항 및 제3항에 따라 그 공시가격에서 재산세 경감비율(100분의 75)을 곱한 금액을 공제한 금액을 공시가격으로 하여 과세표준을 경정하여야 하므로 이를 반영하면 공시가격이 당초 OOO에서 OOO 감액되어 결국, 청구인이 부담하여야 할 정당한 종합부동산세액은 처분청이 경정한 OOO이 아닌 OOO이 되는 것이다(농어촌특별세도 OOO이 아닌 OOO이 됨).

나. 처분청 의견

종부세법은 토지분 종합부동산세 과세와 관련하여 해당 법에서 과세대상 물건을 직접 규정하고 있는 사항은 없고, 종부세법 제11조에서 토지에 대한 종합부동산세는 「지방세법」제106조에 따른 종합합산과세대상과 별도합산과세대상으로 구분하여 과세한다고 규정하고 있다.

따라서, 처분청은 쟁점토지 중 재산세가 경감되는 비율 부분에 해당하는 토지가 재산세 분리과세대상 토지인지 아니면 종합·별도합산과세대상 토지인지 여부를 판단할 수 있는 주체가 아니고, 해당 시·군·구의 과세대상 구분을 준용하여 판단하고 있으며, 재산세 경감되는 비율 부분이 종합·별도합산과세대상 토지가 아니라 하여 바로 분리과세대상에 해당한다고 보기 어려우므로 청구주장은 타당하지 아니하다.

아울러 종부세법은 종합부동산세의 비과세 및 감면 등에 관하여 직접 규정하고 있는 사항은 없고, 종부세법 제6조에서 재산세 감면규정은 종합부동산세를 부과함에 있어서 이를 준용하도록 규정하고 있으므로 쟁점토지 중 재산세가 경감되는 비율에 해당하지 않은 토지에 대해서 공시가격에 재산세 감면비율인 75%를 곱한 금액을 공제한 금액을 공시가격으로 보아 종합부동산세를 감액하기도 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

쟁점토지 중 재산세 경감비율(75%)에 해당하는 부분은 재산세 분리과세대상에 해당하고, 재산세 비경감비율(25%) 부분의 공시가격은 경감비율을 곱한 금액을 공제한 금액으로 하여 과세표준을 산정하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 종합부동산세법 제6조【비과세 등】①「지방세특례제한법」또는 조세특례제한법에 의한 재산세의 비과세·과세면제 또는 경감에 관한 규정(이하 "재산세의 감면규정"이라 한다)은 종합부동산세를 부과함에 있어서 이를 준용한다.

② 「지방세특례제한법」제4조에 따른 시·군의 감면조례에 의한 재산세의 감면규정은 종합부동산세를 부과함에 있어서 이를 준용한다.

③ 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 재산세의 감면규정을 준용함에 있어서 그 감면대상인 주택 또는 토지의 공시가격에서 그 공시가격에 재산세 감면비율(비과세 또는 과세면제의 경우에는 이를 100분의 100으로 본다)을 곱한 금액을 공제한 금액을 공시가격으로 본다.

④ 제1항 및 제2항의 재산세의 감면규정 또는 분리과세규정에 따라 종합부동산세를 경감하는 것이 종합부동산세를 부과하는 취지에 비추어 적합하지 않은 것으로 인정되는 경우 등 대통령령이 정하는 경우에는 종합부동산세를 부과함에 있어서 제1항 및 제2항 또는 그 분리과세규정을 적용하지 아니한다.

제11조【과세방법】토지에 대한 종합부동산세는 국내에 소재하는 토지에 대하여 「지방세법」제106조 제1항 제1호에 따른 종합합산과세대상(이하 "종합합산과세대상"이라 한다)과 같은 법 제106조 제1항 제2호에 따른 별도합산과세대상(이하 "별도합산과세대상"이라 한다)으로 구분하여 과세한다.

제12조【납세의무자】① 과세기준일 현재 토지분 재산세의 납세의무자로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 해당 토지에 대한 종합부동산세를 납부할 의무가 있다.

1. 종합합산과세대상인 경우에는 국내에 소재하는 해당 과세대상토지의 공시가격을 합한 금액이 5억원을 초과하는 자

2. 별도합산과세대상인 경우에는 국내에 소재하는 해당 과세대상토지의 공시가격을 합한 금액이 80억원을 초과하는 자

(2) 지방세특례제한법 제37조【공공의료기관에 대한 감면】① 다음 각 호의 법인이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 75를, 과세기준일 현재 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세( 「지방세법」제112조에 따른 부과액을 포함한다)의 100분의 75를 2020년 12월 31일까지 각각 경감한다.

1.「OOO 설치법」에 따라 설치된 OOO

(3) 지방세법 제106조【과세대상의 구분 등】① 토지에 대한 재산세 과세대상은 다음 각 호에 따라 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분한다.

1. 종합합산과세대상 : 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지를 제외한 토지. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지는 종합합산과세대상으로 보지 아니한다.

가. 이 법 또는 관계 법령에 따라 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지

나. 이 법 또는 다른 법령에 따라 재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지

2. 별도합산과세대상 : 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지. 다만, 제1호 가목 및 나목에 따른 토지는 별도합산과세대상으로 보지 아니한다.

3. 분리과세대상 : 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 국가의 보호·지원 또는 중과가 필요한 토지로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지

가. 공장용지·전·답·과수원 및 목장용지로서 대통령령으로 정하는 토지

나. 산림의 보호육성을 위하여 필요한 임야 및 종중 소유 임야로서 대통령령으로 정하는 임야

다. 제13조 제5항에 따른 골프장용 토지와 같은 항에 따른 고급오락장용 토지로서 대통령령으로 정하는 토지

라.「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」제2조 제1호에 따른 공장의 부속토지로서 개발제한구역의 지정이 있기 이전에 그 부지취득이 완료된 곳으로서 대통령령으로 정하는 토지

마. 국가 및 지방자치단체 지원을 위한 특정목적 사업용 토지로서 대통령령으로 정하는 토지

바. 에너지·자원의 공급 및 방송·통신·교통 등의 기반시설용 토지로서 대통령령으로 정하는 토지

사. 국토의 효율적 이용을 위한 개발사업용 토지로서 대통령령으로 정하는 토지

아. 그 밖에 지역경제의 발전, 공익성의 정도 등을 고려하여 분리과세 하여야 할 타당한 이유가 있는 토지로서 대통령령으로 정하는 토지

다. 사실관계 및 판단

(1) 토지에 대한 재산세 과세대상 구분 관련 쟁점규정 등 입법연혁은 다음과 같다.

(가) 쟁점규정은 1989.6.1. 처음으로「지방세법」에 신설되었고, 이후 재산세제 개편에 따라 2005년부터 종합토지세가 재산세(지방세)와 종합부동산세(국세)로 이원화되면서「지방세법」에 규정되었으며, 2005.1.5. 전까지는 쟁점규정이 “종합합산 또는 별도합산 과세표준에 합산하지 않는다”고 규정되어 있었으나, 2005.1.5.부터는 이를 “종합 또는 별도합산과세대상 토지로 보지 않는다”고 규정되었다.

(나) 2018년 재산세 과세기준일(6.1.) 현재 지방세법령에 따른 재산세과세대상 구분은 「지방세법」제106조 제1항 제2호 및 같은 법 시행령 제101조에서 별도합산과세대상 토지를, 같은 법 제106조 제1항 제3호 및 같은 법 시행령 제102조에서 분리과세대상 토지를 열거하고 있고, 위 별도합산과세대상과 분리과세대상 토지를 제외한 모든 토지를 종합합산과세대상으로 구분하고 있으며,「지방세법」상 쟁점토지와 같이 의료업에 직접 사용하는 토지는 분리과세대상으로 열거되어 있지 아니한다.

(다) 종부세법 제6조 제1항은 지특법 또는「조세특례제한법」에 의한 재산세의 비과세·과세면제 또는 경감에 관한 규정은 종합부동산세를 부과함에 있어서 이를 준용한다고 규정하고 있고, 같은 조 제3항은 제1항의 규정에 의하여 재산세의 감면규정을 준용함에 있어서 그 감면대상인 주택 또는 토지의 공시가격에서 그 공시가격에 재산세 감면비율을 곱한 금액을 공제한 금액을 공시가격으로 본다고 규정하고 있으며, 종부세법 제11조는 토지에 대한 종합부동산세는 국내에 소재하는 토지에 대하여 「지방세법」제106조 제1항 제1호에 따른 종합합산과세대상과 같은 법 제106조 제1항 제2호에 따른 별도합산과세대상으로 구분하여 과세한다고 규정하고 있음

(라) 최근 개정된「지방세법」(2019.12.3., 법률 제16663호로 개정된 것)의 입법이유, 국회 회의록(행정안전위원회 검토보고서 등) 등을 보면, 토지분 재산세를 경감할 때 그 비율에 해당하는 부분의 토지가 종합합산과세대상 및 별도합산과세대상에서 분리과세대상으로 전환하는 취지가 아님을 명확히 한다고 기재되어 있다(＜표1＞ 참고).

＜표1＞ 행정안전위원회 검토보고서 등 주요 내용

(2) 청구법인은 쟁점토지 중 재산세 분리과세대상에 해당하는 100분의 75에 해당하는 부분은 종합부동산세 과세대상이 아니고, 나머지 100분의 25에 해당하는 부분의 공시가격은 100분의 75만큼 줄어들어야 하는데, 이를 반영하여 쟁점토지에 대한 재산세 과세대상 항목을 재분류하면 아래 ＜표2＞와 같이 쟁점토지의 공시가격은 OOO이 감소되고, 청구법인이 납부하여야 할 종합부동산세 정당세액은 OOO이 된다고 주장하고 있다.

＜표2＞ (단위 : 원)

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점토지 중 재산세 분리과세대상에 해당하는 100분의 75에 해당하는 부분은 종합부동산세 과세대상이 아니고, 나머지 100분의 25에 해당하는 부분의 공시가격도 종부세법 제6조 제1항 및 제3항에 따라 그 공시가격에서 재산세 경감비율(100분의 75)을 곱한 금액을 공제한 금액을 공시가격으로 하여 과세표준을 경정하여야 한다고 주장하나, 종부세법 제11조에서 토지에 대한 종합부동산세는 국내에 소재하는 토지에 대하여 「지방세법」제106조 제1항 제1호에 따른 종합합산과세대상과 같은 법 제106조 제1항 제2호에 따른 별도합산과세대상으로 구분하여 과세하도록 규정되어 있고, 종부세법 제6조 제1항에서 지특법 또는「조세특례제한법」에 의한 재산세의 비과세ㆍ과세면제 또는 경감에 관한 규정은 종합부동산세를 부과함에 있어서 이를 준용하도록 규정하고 있는 점, 「지방세법」제106조는 재산세 과세대상인 토지를 종합합산, 별도합산 및 분리과세대상으로 구분하고, 별도합산 또는 분리과세대상이 되는 토지를 제외하고는 모두 종합합산과세대상으로 구분하도록 규정하고 있으며, 다만 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지 또는 재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지는 종합합산과세대상 및 별도합산과세대상에서 제외하도록 규정하고 있는데, 위의 분리과세대상은 정책적 고려에 따라 중과세 또는 경과세의 필요가 있는 토지에 대하여 예외적으로 별도의 기준에 의하여 분리과세함으로써 종합 또는 별도합산과세에서 오는 불합리함을 보완하고자 하는 것으로 그 대상은 「지방세법」제106조 및 같은 법 시행령 제102조에 한정적으로 규정되어 있는 점(대법원 2013.7.26. 선고 2011두19963 판결, 같은 뜻임), 「지방세법」제106조 제1항 제1호 가목, 나목 및 제2호 단서 규정은 이 법 또는 다른 법령에 따라 재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지 등을 종합합산과세대상 내지 별도합산과세대상으로 보지 아니한다고 규정하고 있을 뿐, 이를 분리과세대상으로 보도록 규정하고 있지 아니한 점, 2019.12.3.「지방세법」이 개정되면서 재산세가 경감되는 토지는 분리과세대상으로 전환하는 취지가 아님을 명확히 한다고 입법이유서 등에 나타나는 점 등에서 재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 부분이 분리과세대상에 포섭된다는 전제하에서 그 부분을 종합부동산세 과세대상에서 제외하고, 그 외 부분에 대한 종합부동산세에 있어서는 재산세 경감비율 상당액을 감면하여야 한다는 청구주장은 이유 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.