조심 2018서1802 (2018.08.27)

법인

경정

청구법인과 피합병법인의 합병은 「법인세법」제44조 제2항에 따른 ‘적격합병’에 해당하고, 쟁점기부금한도초과이월액은 피합병법인의 각 사업연도 소득금액 계산시 손금에 산입하지 아니한 금액에 해당하는 점, 적격합병시 합병등기일 현재 피합병법인의 세무조정사항 중 유보(또는 △유보)로 소득처분되는 사항에 한정하여 합병법인에 승계된다는 처분청의 의견은 그 법적 근거가 없는 점 등에 비추어 피합병법인의 쟁점기부금한도초과이월액을 합병법인인 청구법인에게 승계되지 아니하는 것으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

법인세법 제44조

조심2019서0354

OOO장이 2017.11.22. 청구법인에게 한 2015～2016사업연도 법인세 환급을 구하는 경정청구 거부처분은 피합병법인의 지정기부금 손금산입 한도초과금액의 이월액 합계 OOO을 청구법인의 각 사업연도 소득금액 계산시 기부금의 손금산입 범위내에서 손금산입하는 것으로 하여 과세표준 및 세액을 경정한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 「OOO」에 따라 1954.4.1. 설립되어 OOO를 본점소재지로 하여 금융업 등을 영위하는 법인으로, 2009.10.28. 인적분할을 통해 OOO(이하 “피합병법인”이라 한다) 및 OOO로부터 분리․설립되었다가 2014.12.31. 다시 피합병법인과 OOO를 흡수합병하였다.

나. 청구법인은 피합병법인의 2014년말 현재 남아있는 지정기부금 손금산입한도액 초과금액의 이월액 합계 OOO(이하 “쟁점기부금한도초과이월액”이라 한다)이 합병법인인 청구법인에게 승계되므로 청구법인의 2015사업연도에 이를 손금산입하여 법인세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 “ 「법인세법」제44조 제2항 또는 제3항에 따른 적격합병의 경우 합병등기일 현재 피합병법인이 같은 법 제24조 제1항에 따라 손금에 산입하지 아니한 지정기부금 손금산입한도 초과금액의 이월액은 합병법인에게 승계되지 아니한다”는 이유로 2017.11.22. 이를 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2018.2.13. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 「법인세법」상 적격합병시 피합병법인의 익금불산입 및 손금불산입 금액(세무조정사항)은 모두 합병법인에 승계된다고 규정하고 있는바, 세무조정으로 인해 발생한 피합병법인의 지정기부금 한도초과액만 예외적으로 승계되지 않을 이유가 없다.

「법인세법」제44조의3 제2항 및 같은 법 시행령 제85조에 따르면 ① 적격합병시 합병법인은 피합병법인이 ② 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준을 계산할 때 ③ 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액은 모두 합병법인에 승계된다고 명시되어 있는바, 이를 해당 조문의 요건별로 살펴보면, ① 청구법인과 피합병법인과의 합병은 ‘적격합병’에 해당하고, ② 각 사업연도 소득금액은 당기순이익에 소득조정금액을 가감하고 기부금 한도초과액을 가산하여 기부금 한도초과 이월액을 손금산입하는 방식으로 계산하며, ③ 「법인세법」제24조 및 같은 법 시행령 제38조에서 지정기부금 한도초과액은 해당 사업연도 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다고 규정하고 있다.

따라서, 피합병법인의 쟁점기부금한도초과이월액은 피합병법인이 ‘각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한 금액’에 해당하므로 합병법인인 청구법인이 이를 그대로 승계하여 2015사업연도에 손금산입 범위내에서 손금산입하는 것이 타당하다.

(2) 지정기부금 한도초과액은 합병법인이 승계할 수 없다는 기존 유권해석은 합병시 승계할 수 있는 세무조정항목을 열거하고 있던 시기의 유권해석이므로, 합병세제가 완전포괄주의로 개편된 2010년 이후에는 적용될 여지가 없다.

관련 유권해석(서이46012-10396, 2001.10.20.)을 보더라도 지정기부금손금산입한도액의 초과금액을 합병법인이 승계하여 손금에 산입할 수 없는 근거로 ‘피합병법인이 지정기부금의 한도초과로 손금에 산입하지 아니한 금액은 「법인세법」제49조 또는 다른 규정에 이를 승계하는 규정이 없다’고 언급하고 있는바,

동 유권해석 당시 「법인세법」상 별도의 규정이 있는 경우를 제외하고는 「법인세법 시행령」제85조 제1항에서 손금에 산입하지 아니한 금액의 처리에 관하여 합병법인에게 승계되는 경우를 열거하고 있고, 피합병법인이 지정기부금의 한도초과로 손금에 산입하지 아니한 금액은 「법인세법」제49조 또는 다른 규정에 이를 승계하는 규정이 없으므로 합병법인이 승계하여 손금에 산입할 수 없다고 보충설명하고 있다.

하지만, 2010년 합병․분할시 과세특례제도를 선진화하여 기업구조조정을 지원하기 위해 합병․분할 관련 규정을 대폭 개정하였는바, 개정내용 중 세무조정사항에 대해서는 기존에는 세무조정사항을 항목별로 구분하여 강제승계, 강제미승계, 선택승계로 나누어 승계여부를 결정하였으나, 세무조정사항의 승계요건을 정비하여 적격합병의 경우에는 원칙적으로 일괄승계, 비적격합병의 경우 원칙적으로 일괄불승계로 변경되었다. 이는 적격합병이 형식적인 조직개편에 지나지 않아 미실현손익이 실현되는 시점으로 보기 어려울 뿐만 아니라, 적격합병시점에 과도한 세부담을 지울 경우에는 원활한 구조조정을 방해하는 요소가 될 수 있으므로, 세무조정사항 전체 승계를 인정하는 것이다.

위 유권해석은 2010년 합병세제 개편 전의 「법인세법」에서 합병시 승계되는 세무조정사항을 열거하고 있을 시점에 나온 것으로, 유권해석의 판단기준 또한 관련 법령에서 지정기부금 손금산입한도 초과액을 열거하고 있지 아니하므로 승계대상에서 제외한다고 답변하고 있으나, 2010년 법 개정을 통해 적격합병시 세무조정사항을 전부 승계하도록 변경되었다.

따라서, 2010년 「법인세법 시행령」제85조 개정 이후에 발생한 이 건에 대하여 2010년 「법인세법 시행령」제85조 개정 전의 유권해석(서이46012-10396, 2001.10.20)을 적용하여 판단하는 것은 타당하지 아니하므로, 피합병법인의 쟁점기부금한도초과이월액은 합병법인인 청구법인에게 승계되는 것이 타당하다.

(3) 처분청은 적격합병의 경우 합병법인이 승계하는 피합병법인의 세무조정사항을 유보 또는 △유보로 소득처분되는 세무조정사항으로 한정하고 있으나, 「법인세법」제44조의3 제2항 및 같은 법 시행령 제85조에서는 적격합병시 승계대상 세무조정사항을 ‘유보 또는 △유보로 소득처분되는 세무조정사항’으로 한정한다는 규정이 없고, 피합병법인이 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액은 모두 합병법인에 승계한다고 규정하고 있다

‘법인세 과세표준 및 세액조정계산서(「법인세법 시행규칙」별지 제3호 서식)’상 기부금 한도초과액이 각 사업연도 소득금액 계산시 익금산입 또는 손금산입 항목에 포함되지 아니한 이유는 차가감소득금액을 기초로 기부금 한도액을 계산하는 법 구조상 해당 기부금 한도초과액을 익금산입 또는 손금산입 항목에 포함할 경우 기부금 한도초과액에 의해 차가감소득금액이 바뀌는 순환논리에 빠져 적정한 한도액을 구할 수 없기 때문이며, 이에 따라 기부금 한도초과 및 한도초과이월액의 손금산입을 차가감소득금액 다음 단계에 반영하여 각 사업연도 소득금액을 산출하도록 한 것이다.

지정기부금 한도초과액은 각 사업연도 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한 금액으로 5년간 이월하여 손금산입이 가능한 세무조정사항임에도, 처분청이 승계대상 세무조정사항을 자산․부채와 관련된 세무조정사항으로 한정하고 소득처분이 기타사외유출이라는 사유로 승계대상에 해당하지 않는다는 것은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 이 건은 적격합병의 경우 합병등기일 현재 피합병법인의 지정기부금 한도초과액 이월액을 합병법인이 승계하여 손금에 산입할 수 있는지 여부로 지정기부금 한도초과액도 ｢법인세법 시행령｣ 제85조에 따라 합병법인에게 승계되는 세무조정사항에 해당하는지 여부가 쟁점이다.

(2) 현행 ｢법인세법｣ 제44조의3 제2항 및 같은 법 시행령 제85조에 따르면, 합병등기일 현재 피합병법인의 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액을 ‘세무조정사항’이라고 정의하면서 적격합병의 경우 세무조정사항이 모두 합병법인에게 승계되는 것으로 규정하고 있는바, 동 규정은 적격합병이 형식적인 조직개편에 지나지 않아 미실현손익이 실현되는 시점으로 보기 어려우므로 세무조정사항 전체의 승계를 인정한 것이므로 기부금 한도초과액의 경우에도 세무조정사항에 해당하면 합병법인에게 승계되는 것이 원칙이다.

세무조정사항 승계의 의미는 합병시점에 남아있는 세무조정사항을 피합병법인의 소득금액에 반영하지 않고, 이를 승계받은 합병법인이 합병이후 실제 추인 요건충족시에 합병법인의 소득금액 계산시 익금산입 또는 손금산입하게 되는 것인바, 이러한 관점에서 볼 때 승계할 피합병법인의 세무조정사항은 결국 유보 또는 △유보 처분밖에 없는 것으로 세무조정사항의 승계 규정인 ｢법인세법 시행령｣ 제85조의 제목을 세무조정사항의 승계가 아닌 ‘합병 및 분할시의 자산․부채의 승계’로 규정한 점에 비추어 볼 때 자산․부채와 관련된 세무조정사항인 유보 또는 △유보로 소득처분되는 세무조정사항만이 승계대상으로 보는 것이 타당하며, 승계한 세무조정사항은 합병법인의 합병일이 속하는 사업연도의 세무조정시 ｢자본금과 적립금조정명세서(을)｣상에 유보사항으로 가산하고, 피합병법인의 최종 사업연도 소득금액 계산시 다시 익금 또는 손금으로 추인되지 않는 것이다.

(3) 이 건의 경우, 지정기부금 한도초과액은 ｢법인세법 시행령｣ 제106조 제1항 제3호 가목에 따라 기타사외유출로 처분되므로 승계대상인 세무조정사항에 포함되지 않는 것으로 보는 것이 타당한바, 비록 사외유출로 처분되는 다른 세무조정사항과는 달리 기부금 한도초과액의 경우에 한해 5년간 이월손금산입을 허용한다고 하더라도 기부금 한도초과이월액은 사내유보로 처분되는 세무조정사항과는 명확히 구분되는 것으로, 사내유보의 경우에는 이후 사업연도에 반드시 손금산입(△유보) 또는 익금산입(유보)으로 반대의 세무조정을 통하여 추인되지만, 기부금 한도초과액의 경우 사업연도 종료일로부터 5년간 한도미달액이 발생하는 경우에 한해 한도미달액의 범위 내에서 손금산입하는 것으로 한도미달액이 발생하지 않으면 소멸되는 것이다.

(4) 만약, 적격합병의 경우 지정기부금 한도초과액을 승계대상 세무조정사항으로 본다면 적격합병의 경우에는 합병법인이 지정기부금 한도초과액이 발생한 사업연도 종료일부터 5년간 한도미달액이 발생한 경우에 한해 한도미달액의 범위 내에서 손금에 산입할 수 있으나, 비적격합병의 경우는 피합병법인의 손금산입이 불가능하고 소멸하게 되는 것으로 이는 세무조정사항 승계의 기본원칙(승계 ⇒ 합병법인 단계 추인, 미승계 ⇒ 피합병법인 단계 추인)에 위배된다.

따라서, 적격합병의 경우 합병등기일 현재 피합병법인의 세무조정사항 중 유보 또는 △유보로 소득처분되는 세무조정사항만이 합병법인에게 일괄 승계되는 것으로 보는 것이 타당한바, 이 건의 경우 지정기부금 한도초과액은 기타사외유출로 처분되므로 합병법인인 청구법인에게 승계되지 않는 것이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

적격합병의 경우 합병법인(청구법인)이 피합병법인의 지정기부금 손금산입한도액 초과금액의 이월액을 승계한 것으로 보아 합병법인의 각 사업연도 소득금액 계산시 손금산입하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 법인세법(2015.12.15. 법률 제13555호로 개정되기 전의 것)

제24조(기부금의 손금불산입) ① 내국법인이 각 사업연도에 지출한 기부금 중 사회복지·문화·예술·교육·종교·자선·학술 등 공익성을 고려하여 대통령령으로 정하는 기부금(이하 "지정기부금"이라 한다) 중 제1호의 금액에서 제2호의 금액을 뺀 금액에 100분의 10을 곱하여 산출한 금액(이하 이 조에서 "손금산입한도액"이라 한다)을 초과하는 금액과 지정기부금 외의 기부금은 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

1. 해당 사업연도의 소득금액(제44조, 제46조 및 제46조의5에 따른 양도손익은 제외하고 제2항에 따른 기부금과 지정기부금을 손금에 산입하기 전의 소득금액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)

2. 제2항에 따라 손금에 산입되는 기부금과 제13조 제1호에 따른 결손금의 합계액

② 제1항과 제29조는 다음 각 호의 기부금(이하 "법정기부금"이라 한다)에 대하여는 적용하지 아니한다. 다만, 법정기부금을 합한 금액이 해당 사업연도의 소득금액에서 제13조 제1호의 결손금을 뺀 후의 금액에 100분의 50을 곱하여 산출한 금액(이하 이 조에서 "법정기부금의 손금산입한도액"이라 한다)을 초과하는 경우 그 초과하는 금액은 그 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.(이하 생략)

④ 제1항과 제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 지정기부금의 손금산입한도액 초과금액 및 법정기부금의 손금산입한도액 초과금액은 대통령령으로 정하는 바에 따라 해당 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 5년 이내에 끝나는 각 사업연도에 이월하여 그 초과금액을 손금에 산입한다.

제44조의3(적격 합병 시 합병법인에 대한 과세특례) ① 제44조 제2항 또는 제3항에 따라 양도손익이 없는 것으로 한 경우 합병법인은 제44조의2에도 불구하고 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 것으로 한다. 이 경우 장부가액과 제44조의2 제1항에 따른 시가와의 차액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 자산별로 계상하여야 한다.

② 합병법인은 제1항에 따라 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 경우 피합병법인의 합병등기일 현재의 제13조 제1호의 결손금과 피합병법인이 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액, 그 밖의 자산·부채 및 제59조에 따른 감면·세액공제 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 승계한다.

(2) 법인세법 시행령(2016.1.22. 대통령령 제26922호로 개정되기 전의 것)

제38조(기부금의 손금산입 범위 등) ① 법 제24조 제2항 제1호의 규정에 의한 국가 또는 지방자치단체에 무상으로 기증하는 금품의 가액에는 법인이 개인 또는 다른 법인에게 자산을 기증하고 이를 기증받은 자가 지체없이 다시 국가 또는 지방자치단체에 기증한 금품의 가액과 「한국은행법」에 의한 한국은행이 「국제금융기구에의 가입조치에 관한 법률」제2조 제2항의 규정에 의하여 출연한 금품의 가액을 포함한다.

④ 법 제24조 제4항을 적용할 때 같은 조 제1항 및 제2항에 따른 지정기부금의 손금산입한도액 초과금액 및 법정기부금의 손금산입한도액 초과금액은 이월된 각 사업연도에 있어서 지정기부금 및 법정기부금이 각각 같은 조 제1항 및 제2항에 따른 손금산입한도액에 미달하는 경우에 한하여 그 미달하는 금액의 범위에서 손금에 산입한다.

제85조(합병 및 분할 시의 자산ㆍ부채의 승계) 내국법인이 합병 또는 분할하는 경우 법 또는 다른 법률에 다른 규정이 있는 경우 외에는 법 제44조의2 제1항 후단, 제44조의3 제2항, 제46조의2 제1항 후단, 제46조의3 제2항 또는 물적분할에 따라 피합병법인등의 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액(이하 이 조에서 "세무조정사항"이라 한다)의 승계는 다음 각 호의 구분에 따른다.

1. 적격합병 또는 적격분할의 경우 : 세무조정사항(분할의 경우에는 분할하는 사업부문의 세무조정사항에 한정한다)은 모두 합병법인 등에 승계

2. 제1호 외의 경우 : 법 제33조 제3항ㆍ제4항 및 제34조 제6항에 따라 퇴직급여충당금 또는 대손충당금을 합병법인 등이 승계한 경우에는 그와 관련된 세무조정사항을 승계하고 그 밖의 세무조정사항은 모두 합병법인 등에 미승계

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2014.12.31. OOO와 OOO를 흡수합병하였는데 동 합병이 적격합병에 해당한다는 점, 합병당시 피합병법인인 OOO의 지정기부금 손금산입한도초과액의 이월금액이 합계 OOO이라는 점 등에 대하여 청구법인과 처분청 사이에 다툼이 없다.

(2) 국세청장의 과세자문신청에 대한 회신 공문(법령해석과-3020, 2017.10.24.)을 보면 “ 「법인세법」제44조 제2항 또는 제3항에 따른 적격합병의 경우 합병등기일 현재 피합병법인이 같은 법 제24조 제1항에 따라 손금에 산입하지 아니한 지정기부금 손금산입한도 초과금액의 이월액은 합병법인에게 승계되지 않는 것”이라는 회신내용이 기재되어 있다.

(3) 청구법인은 피합병법인의 2014사업연도말에 남아있는 지정기부금한도초과액이 합병법인인 청구법인에게 승계되었으므로 쟁점기부금한도초과이월액을 손금산입하여 2015～2016사업연도 법인세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2017.11.22. 위 과세자문신청 회신내용과 같은 이유로 이를 거부하였다.

＜표1＞ 경정청구 내역

(4) 「법인세법 시행령」제85조 규정과 관련하여, 2010.6.8. 개정 전․후의 조문내용을 비교해 보면 다음과 같다.

＜표2＞ 법인세법 시행령 제85조 개정 전․후 비교