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[사건번호]
조심2010서2439 (2010.10.05)
[세목]
부가
[결정유형]
기각
[결정요지]
면세사업으로 사업자등록 후 과세사업으로 정정 등록한 경우 면세사업 등록기간 중 교부받은 매입세금계산서상 매입세액을 공제받을 수 있는지 없음
[관련법령]
부가가치세법 제5조【등록】
[참조결정]
조심2008서4058 / 조심2010중0252 /
[주 문]
심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
가. 청구법인은 2009.5.28. 자산운용업을 주업종으로 하는 면세사업자등록을 신청하여 면세사업자 번호(OOOOOOOOOOOO)를 부여받은 후, 2009.7.29. OO위원회로부터 OO투자업에 대한 본인가를 받고, 집합투자업 부동산집합투자기구의 본인가 업무가 과세사업임을 인지하고 2010.1.7. 면세사업자에서 부가가치세 과세사업자로 정정 등록한 후, 2010.4.7. 면세사업 등록기간에 교부받은 2009년 제1기 및 제2기 매입세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)상의 매입세액 공제를 경정 청구하였다.
나. 처분청은 2010.6.14. 과세사실판단자문위원회 의결 결과 및 관련 예규 등을 검토하여 청구법인이 면세사업자로 등록된 기간동안 교부받은 쟁점세금계산서상 매입세액은 「부가가치세법」 제17조 제2항 제5호의 공제받지 못하는 등록하기 전 매입세액에 해당한다 하여 2010.6.21. 청구법인의 경정청구에 대하여 거부통지를 하였다.
다. 청구법인은 이에 불복하여 2010.7.20. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
가. 청구법인 주장
(1) 청구법인은 2009.5.21.「자본시장과 OO투자업에 관한 법률」에 따라 부동산 관련 펀드의 운용업무 등을 제공하는 것을 목적으로 설립되었으며, 2009.7.29. OO위원회로부터 본인가를 받은 업무는 집합투자업 부동산집합투자기구이고 「부가가치세법」상 과세사업에 해당하나, 청구법인이 2009.5.28. 착오로 면세사업자로 신고하여 처분청으로부터 면세사업자용 사업자등록증을 교부받은 후, 과세사업임을 인지하고 2010.1.7. 사업자등록 정정 신청을 하여 과세사업자로 사업자등록증을 재교부받았다.
「부가가치세법」상 가산세 적용시에도 실질과세원칙을 적용하고 있고, 특히 매출처별세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별등록번호 또는 공급가액이 전부 또는 일부가 착오로 기재된 경우라도 교부하였거나 교부받은 세금계산서에 의하여 거래사실이 확인되는 분의 공급가액에 대하여는 가산세를 적용하지 아니하고 있는 바, 청구법인이 영위하는 자산운용업이 「부가가치세법」상 면세사업인 OO업에 해당한다는 착오로 인하여 면세사업자로 등록신청하였고, 처분청은 청구법인의 신청 내용대로 면세사업자등록증을 교부하였으나, 제출된 OO투자업 인가서에 부동산집합투자기구에 대한 집합투자업만을 인가받아 청구법인이 설립시점부터 과세사업만을 영위할 수 밖에 없었음이 확인되므로 비록 면세사업자로 등록되었더라도 거래의 실질에 따라 과세사업으로 간주하여 매입세액을 공제하여야 한다.
(2) 청구법인은 사업자등록증 신청시 사업허가 전 등록에 해당하여 자산운용업 예비허가서를 제출하였고 예비허가 업무는 부동산간접투자기구라는 투자회사의 자산을 운용하는 업으로 한정되어 있어 「부가가치세법 시행령」제33조 제1항 제4호 다목에 의하여 부가가치세 면세대상에서 제외하도록 되어 있는 바, 사업자등록 신청을 받은 처분청이 예비허가 업무를 확인하였다면 청구법인이 과세사업자라는 것을 인지할 수 있음에도 면세사업자등록증을 발급한 것은 처분청의 과실이며, 또한 처분청이 오류로 인하여 발급된 면세사업자등록증을 직권으로 과세사업인 사업자등록증으로 교부하였여야 함에도 청구법인이 정정 신고할 때까지 적절한 조치를 취하지 아니한 과실이 있으며, 청구법인은 처분청이 발급한 면세사업자등록증을 믿고 적법한 부가가치세 신고행위를 한 것에 대하여 공제받지 못하는 등록하기 전 매입세액으로 보아 불공제한 처분은 신의성실원칙 및 실질과세원칙에 불합치하여 부당하다.
나. 처분청 의견
(1) 「부가가치세법」 제5조 제1항의 사업자등록 의무자는 부가가치세의 납세의무가 있는 사업자에 한하고, 부가가치세 면세사업자는 그 등록의무가 없으며, 같은 법 제17조 제2항 제5호의 등록은 부가가치세의 납세의무가 있는 사업자의 사업자등록만을 의미한다 할 것이고, 부가가치세 면세사업자인지 또는 과세사업자인지 여부를 불문하고 사업자가 면세사업자용으로 기재된 사업자등록증을 교부받은 것만으로는 같은 법 제5조 제1항에서 정한 사업자등록을 한 것으로 볼 수 없어(OO OOOOOOOOO, 2009.2.17. 등 다수) 면세사업자로 사업자등록을 하고 있는 기간 중에 교부받은 쟁점세금계산서상 매입세액은 같은 법 제17조 제2항 제5호에서 규정한 공제받지 못하는 등록하기 전 매입세액에 해당하여 이를 매출세액에서 공제할 수 없으므로 처분은 정당하다.
(2) 또한, 신의성실원칙은 과세관청 뿐만 아니라 납세자에게도 요구되는 것으로서 사업자등록은 인허가 대상이 아닌 신청사항으로 사업자의 신청에 따라 사업자등록증을 교부하는 행위는 등록사실을 증명하는 증서의 교부행위에 불과한 것으로 청구법인이 사업자등록을 자산운용업(OO)으로 신청한데 대하여 처분청이 면세사업자등록증을 교부한 것은 신의성실원칙에 위배되지 아니하므로 경정청구에 대한 거부처분은 정당하다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁점
자산운용업을면세사업으로 사업자등록 후 과세사업으로 정정 등록한 경우 면세사업 등록기간 중 교부받은 매입세금계산서상 매입세액을 공제받을 수 있는지 여부
나. 관련 법령
(1) 부가가치세법
제2조 【납세의무자】① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 이 법에 따라 부가가치세를 납부할 의무가 있다..
1. 영리목적의 유무에 관계없이 사업상 독립적으로 재화(제1조에 따른 재화를 말한다. 이하 같다) 또는 용역(제1조에 따른 용역을 말한다. 이하 같다)을 공급하는 자(이하 "사업자"라 한다)
제5조 【등 록】① 사업자는 사업장마다 대통령령으로 정하는 바에 따라사업개시일부터 20일 이내에 사업장 관할세무서장에게 등록하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 시작하려는 자는 사업개시일 전이라도 등록할 수 있다.
② 제1항에도 불구하고 둘 이상의 사업장이 있는 사업자는 사업자단위로 해당 사업자의 본점 또는 주사무소 관할세무서장에게 등록할 수 있다.
③ 제1항에 따라 등록한 사업자가 사업자단위로 등록하려면 사업자단위과세사업자로 적용받으려는 과세기간 개시 20일 전까지 등록하여야 한다.
④ 사업장 관할세무서장(제2항의 경우에는 본점 또는 주사무소 관할세무서장을 말한다. 이하 같다)은 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 등록한 사업자에게 대통령령으로 정하는 바에 따라 등록번호가 부여된 등록증(이하 “사업자등록증”이라 한다)을 교부하여야 한다.
⑤ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 등록한 사업자가 휴업 또는 폐업하거나 등록사항이 변경된 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 지체 없이 사업장 관할세무서장에게 신고하여야 한다. 제1항 단서에 따라 등록한 자가 사실상 사업을 시작하지 아니하게 되는 경우에도 또한 같다.
⑥ 사업자가 폐업하거나 제1항 단서에 따라 등록한 후 사실상 사업을 시작하지 아니하게 되는 경우에는 사업장 관할세무서장은 지체 없이 그 등록을 말소하여야 한다.
⑦ 사업장 관할세무서장은 필요하다고 인정하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업자등록증을 갱신교부할 수 있다.
⑧ 제1항부터 제7항까지에서 규정한 사항 외에 사업자등록, 사업자등록증 교부, 등록 변경ㆍ포기 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
제12조【면세】①다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.
10. OOㆍ보험용역으로서 대통령령이 정하는 것
제17조 【납부세액】② 다음각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
5.제5조 제1항 또는 제2항에 따른 등록을 하기 전의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 것은 제외한다.
(2) 부가가치세법 시행령
제7조 【등록신청과 등록증 교부】① 법 제5조 제1항에 따라 등록하려는 사업자는 사업장마다 다음 각 호의 사항을 기재한 사업자등록신청서를 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 다만, 법 제5조 제2항 및 제3항에 따라 사업자단위로 등록하려는 사업자는 본점 또는 주사무소(이하 “사업자단위과세적용사업장”이라 한다)에 대하여 다음 각 호의 사항을 적은 사업자등록신청서를 본점 또는 주사무소 관할세무서장에게 제출하여야 한다.
1. 사업자의 인적사항
2. 사업자등록신청사유
3. 사업개시연월일 또는 사업장설치 착수연월일
4. 기타 참고사항
② 제1항의 신청서에는 다음 각 호의 서류를 첨부하여야 한다. 다만, 법 제5조 제1항 단서의 경우에 해당 법인의 설립등기전 또는 사업의 허가ㆍ등록이나 신고전에 등록을 하는 때에는 법인설립을 위한 사업허가신청서 사본, 사업등록신청서 사본, 사업신고서 사본이나 사업계획서로 이에 갈음할 수 있다.
2. 법령에 의하여 허가를 받거나 등록 또는 신고를 하여야 하는 사업의 경우에는 사업허가증 사본ㆍ사업등록증 사본 또는 신고필증 사본
3. 사업장을 임차한 경우에는 임대차계약서 사본
4. 「상가건물 임대차보호법」 제2조 제1항의 규정에 의한 상가건물을 임차한 경우 해당 부분의 도면(상가건물의 일부분을 임차하는 경우에 한한다)
③ 제1항의 신청을 받은 세무서장은 사업자의 인적사항과 그 밖에 필요한 사항을 기재한 사업자등록증을 신청일부터 3일(토요일, 「관공서의 공휴일에 관한 규정」 제2조에 따른 공휴일 또는 「근로자의 날 제정에 관한 법률」에 따른 근로자의 날은 제외한다. 이하 이 항에서 같다) 이내에 신청자에게 교부하여야 한다. 다만, 사업장시설이나 사업현황을 확인하기 위하여 국세청장이 필요하다고 인정하는 경우에는 교부기한을 5일 이내에서 연장하고 조사한 사실에 따라 사업자등록증을 교부할 수 있다.
④ 사업자가 법 제5조 제1항 및 제2항에 따라 등록을 하지 아니하는 경우에는 관할세무서장이 조사하여 등록시킬 수 있다. .
⑧ 「소득세법」 제168조 및 「법인세법」 제111조의 규정에 의하여 등록한 자로서 면세사업을 영위하는 자가 추가로 과세사업을 영위하고자 하는 경우에 제11조 제1항의 규정을 준용하여 사업자등록정정신고서를 제출한 때에는 제1항의 규정에 의한 등록신청을 한 것으로 본다.
⑩ 관할세무서장은 제1항 및 제2항에 따른 등록신청의 내용을 보정(補正)할 필요가 있다고 인정되는 때에는 10일 이내의 기간을 정하여 보정을 요구할 수 있다. 이 경우 해당 보정기간은 제3항 본문 및 단서에 따른 기간에 산입하지 아니한다.
제33조 【OOㆍ보험용역의 범위】① 법 제12조 제1항 제10호에 규정하는 OOㆍ보험용역은 다음 각 호에 규정하는 사업에 해당하는 역무로 한다.
4. 「자본시장과 OO투자업에 관한 법률」에 따른 다음 각 목의 사업
다. 집합투자업. 다만, 집합투자업자가 투자자로부터 자금 등을 모아서 부동산, 실물자산 및 그 밖의 기획재정부령으로 정하는 자산에 운용하는 경우는 제외한다.
제60조 【매입세액의 범위】⑧ 법 제17조 제2항 제5호에 규정하는 등록은 등록신청일을 기준으로 한다.
⑨ 법 제17조 제2항 제5호 단서에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 등록신청일부터 역산하여 20일 이내의 것을 말한다.
다. 사실관계 및 판단
(1) 청구법인은 자본금 100억원, 영리 외국인투자기업으로서 주업종은 OO/자산운용업이고 2009.5.28. OO위원회로부터 받은 예비허가서를 첨부하여 부가가치세 면세사업으로 사업자등록을 신청(개업일 2009.5.21.)하고 면세법인사업자로 사업자등록증(OOOOOOOOOOOO)을 교부받았으며, 2010.1.7. 사업자등록을 법인사업자로 정정 신청하여 사업자등록증을 재교부받은 것으로 사업자등록신청서 등에 나타난다.
(2) 청구법인은 2010.4.7. 면세사업 등록기간에 교부받은 쟁점세금계산서상 매입세액 공제를 경정 청구하였으나, 처분청은 쟁점세금계산서상 매입세액은 「부가가치세법」 제17조 제2항 제5호의 공제받지 못하는 등록하기 전 매입세액에 해당한다 하여 2010.6.21. 청구법인의 경정청구를 거부통지한 사실이 심리자료 등에 나타난다.
(3) 청구법인은 OO위원회로부터 인가받은 사업이 당초 과세사업임에도 착오로 면세사업자로 등록하였지만 실질적으로 과세사업을 영위하였으므로 실질에 따라 과세사업으로 간주하여야 하며, 청구법인은 사업개시일 후 20일 이내에 등록신청을 하였고 당초 과세사업을 면세사업으로 등록한 것은 처분청의 귀책사유가 존재하여 신의성실원칙에 위배된다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다.
(가) 「부가가치세법」제2조 제1항은 영리목적의 유무에 불구하고 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자(사업자)는 부가가치세를 납부할 의무가 있는 것으로 규정하고 있고, 같은 법 제5조 제1항은 사업자는 사업장마다 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업개시일부터 20일 이내에 사업장 관할 세무서장에게 등록하여야 한다고 규정하고 있으며, 같은 법 제17조 제2항 제5호는 제5조 제1항에 따른 등록을 하기 전의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하는 것으로 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제7조 제1항은 법 제5조 제1항에 따라 등록하려는 사업자는 사업장마다 사업자등록신청서를 관할세무서장에게 제출하여야 하는 것으로 규정하고 있으며, 같은 조 제8항은 「소득세법」제168조 및 「법인세법」제111조의 규정에 의하여 등록한 자로서 면세사업을 영위하는 자가 추가로 과세사업을 영위하고자 사업자등록정정신고서를 제출한 때에는 등록신청을 한 것으로 보는 것으로 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제8조 제2항은 관할세무서장은 과세자료를 효율적으로 처리하기 위하여 면세사업자에 대하여도 등록번호에 준하는 고유번호를 부여할 수 있도록 규정하고 있다.
(나) 청구법인은 2009.1.15. OO위원회로부터 자산운용업(부동산간접투자기구) 예비 허가를 받았고, 2009.7.30. OO투자업 본인가(집합투자업 부동산집합투자기구)를 통보받은 것으로 나타난다.
(다) 등기부등본을 보면, 청구법인은 2009.5.21. 설립등기하였으며, 사업목적은 ① 「자본시장과 OO투자업에 관한 법률」에 따른 부동산 관련 펀드의 운용업무 제공, ② 「자본시장과 OO투자업에 관한 법률」에 따른 투자자문 업무 및 투자일임업무 제공, ③ 상기 목적 달성에 직접 또는 간접으로 관련되거나 부수되는 모든 사업 및 활동 또는 「자본시장과 OO투자업에 관한 법률」에 따라 허용되는 기타 업무로 되어 있다.
(라) 위 사실관계 및 관련법령 등을 종합하면, 청구법인은 당초 허가받은 사업이 과세사업으로서 착오로 면세사업으로 등록 신청하였고, 실질적으로 과세사업을 영위하였으므로 실질에 따라 과세사업으로 간주하여야 한다고 주장하나, 청구법인이 사업자등록 신청을 하여 “면세사업자용”이라고 기재된 사업자등록증을 교부받았다고 하더라도 이는 「소득세법」상의 사업자등록을 한 것이거나 「부가가치세법」상의 고유번호를 부여받은 것으로 볼 수 있을 뿐 「부가가치세법」 제5조 제1항에서 정한 사업자등록을 한 것이라고는 볼 수 없다고 함이 상당하다(대법원 OOOOOOO, 1995.11.7. 같은 뜻).
「부가가치세법」제5조 제1항의 사업자등록 의무자는 부가가치세의 납세의무 있는 사업자에 한하고 부가가치세 면세사업자는 그 등록의무가 없다고 할 것이므로 같은 법 제17조 제2항 제5호에서 규정하는 “제5조 제1항의 규정에 의한 등록”은 부가가치세 납세의무가 있는 사업자의 사업자등록을 의미한다고 할 것이고, 같은 법 시행령 제7조 제8항에서「소득세법」및 「법인세법」의 규정에 의하여 등록한 자로서 면세사업을 영위하는 자가 과세사업을 영위하고자 사업자등록정정신고서를 제출한 때에는 「부가가치세법」제5조 제1항에서 규정하는 사업자등록신청을 한 것으로 보도록 규정하고 있는 점에 비추어 볼 때, 청구법인이 면세사업자에서 과세사업자로 사업자등록정정 신청(2008.10.7.)을 하기 전까지는 청구법인이 인가받은 사업이 당초 과세사업이었다 하더라도 「부가가치세법」에 따른 사업자등록을 한 것으로 볼 수 없으므로 면세사업자로 사업자등록을 한 기간 중에 교부받은 쟁점세금계산서상 쟁점매입세액은 「부가가치세법」 제17조 제2항 제5호에서 규정하는 등록을 하기 전의 매입세액에 해당하여 이를 매출세액에서 공제할 수는 없다 할 것이다(조심 OOOOOOOO, 2010.6.1. 같은 뜻).
(마) 또한, 청구법인은 사업개시일 후 20일 이내에 등록신청을 하였고 당초 과세사업에 대하여 면세사업자 등록증을 교부하는 것은 처분청의 귀책사유가 존재하여 신의성실원칙에 위배된다고 주장하나, 「부가가치세법」상의 사업자등록은 과세관청으로 하여금 부가가치세의 납세의무자를 파악하고 그 과세자료를 확보케 하려는 데 입법 취지가 있는 것으로서, 이는 단순한 사업사실의 신고이며 사업자가 소관 세무서장에게 소정의 사업자등록신청서를 제출함으로써 성립되는 것이고, 사업자등록증의 교부는 이와 같은 등록사실을 증명하는 증서의 교부행위에 불과한 것으로 과세관청이 납세의무자에게 면세사업자등록증을 교부한 행위만으로는 과세관청이 납세의무자에게 그가 영위하는 사업에 관하여 부가가치세를 과세하지 아니함을 시사하는 언동이나 공적인 견해를 표명한 것이라 할 수 없는 바(대법원 OOOOOOO, 2000.2.11. 참조), 청구법인이 당초 과세사업에 대하여 면세사업(자산운용업/OO)으로 사업자등록을 신청한 것에 대하여 처분청이 면세사업자등록증을 교부하였다 하여 신의성실원칙에 위배된다고 보기 어렵다.
따라서, 처분청이 쟁점세금계산서상 매입세액을 공제받지 못하는 등록하기 전 매입세액으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.
4. 결론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.