원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원에 환송한다.

상고이유(상고이유서 제출기간이 경과한 후에 제출된 상고이유보충서의 기재는 상고이유를 보충하는 범위 내에서)를 판단한다.

1. 구 조세특례제한법(2014. 12. 23. 법률 제12853호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제120조 제1항 제2호, 제31조 제1항, 제2항 및 조세특례제한법 시행령 제28조 제1항 제2호(이하 위 법령을 통틀어 ‘이 사건 쟁점조항’이라고 한다)는 중소기업 간의 통합에 의하여 존속하는 법인(이하 ‘존속법인’이라고 한다)이 통합으로 인하여 소멸하는 기업(이하 ‘소멸기업’이라고 한다)으로부터 해당 사업용 재산을 양수하는 경우, 소멸기업의 중소기업자가 존속법인의 주주이고, 그가 당해 통합으로 인하여 취득하는 주식의 가액이 소멸기업의 순자산가액(통합일 현재의 시가로 평가한 자산의 합계액에서 충당금을 포함한 부채의 합계액을 공제한 금액을 말한다) 이상이 되면, 존속법인이 양수하는 해당 사업용 재산의 취득세를 면제하도록 규정하고 있다.

이 사건 쟁점조항에 의하면, 존속기업이 소멸기업으로부터 취득하는 사업용 재산에 관한 취득세를 면제받기 위해서는 소멸기업의 중소기업자가 ‘당해 통합으로 인하여 취득하는 주식의 가액’이 소멸기업의 순자산가액 이상이어야 한다.

이때 ‘당해 통합으로 인하여 취득하는 주식’은 이 사건 쟁점조항이 그 취득시점에 아무런 제한을 두지 않고 있으므로 그 문언에 충실하게 사업용 재산 취득 이후라도 ‘통합의 대가로 취득하는 주식’이기만 하면 이에 포함된다고 봄이 타당하다.

한편 존속기업이 발행하여 소멸기업의 중소기업자가 취득한 주식이 이러한 주식에 해당하는지는 법률행위 해석의 문제로서 그 거래의 내용과 당사자의 의사를 기초로...