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전주지방법원 2016.09.08 2015구합896
보조금(부가가치세환급금)반환처분취소
주문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

이유

1. 처분의 경위

가. 피고는 2012경 원고를 수산물 산지가공시설 사업(군산 가자미액젓 가공공장 신축, 이하 ‘이 사건 사업’이라 한다)의 사업자로 지정하고, 원고에게 국비 400,000,000원, 시비 400,000,000원, 합계 800,000,000원의 보조금(이하 ‘이 사건 보조금’이라 한다)을 지급하였다.

나. 피고는 2013. 4. 4. 원고에게 ‘해당 사업 기간 중이거나 완료된 사업을 세무사를 통하여 부가세 신고한 서류와 환급받은 은행계좌 통장내역을 2013. 4. 8.까지 제출하여 주기 바라고, 부가세 환급금을 받았을 경우 국비, 도비, 시비에 대한 환급금은 반환하여 주기 바란다’는 내용의 부가가치세 환급금 반환요청을 하였다.

다. 군산시 감사담당관실에서는 2014. 11. 10.부터 15일간 농어업분야 민간자본보조사업 특정감사를 실시한 후, 농수산물유통과에 아래와 같은 내용으로 부가가치세 환급금을 회수하라는 처분요구를 하였다.

감사결과 처분요구서 [부서ㆍ기관명] 농수산물유통과 [행정상 처분] 시정 [재정상 처분] 회수 72,728,210원 [제목] 이 사건 사업 보조금 정산 부적정 [현황] 이 사건 사업 현황

가. 보조사업자: 원고

나. 사업비: 1,450,994,550원 - 국비 400,000,000원, 시비 400,000,000원, 자기부담 605,994,550원 [지적사항] 농수산물유통과에서는 2012년 이 사건 사업의 보조사업자로 선정된 원고에 대하여 2012. 4. 27. 8억 원의 보조금 교부를 결정ㆍ지급하고 2013. 4. 8. 사업준공에 따른 보조금 정산을 완료하였다.

부가가치세법 제59조 제2항 제2호에 따르면 사업자가 대통령령으로 정하는 사업설비를 신설ㆍ취득ㆍ확장 또는 증축하는 경우에는 납세지 관할 세무서장은 환급을 신고한 사 업자에게 대통령령으로 정하는 바에 따라 환급세액을 조기에 환급할 수 있다고 되어...

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